Ooru maapu
Faili data Matrix jẹ lilo fun iyaworan maapu ooru, eyiti o le ṣe àlẹmọ, ṣe deede ati data matrix iṣupọ.O jẹ lilo pupọ julọ fun itupalẹ iṣupọ ti ipele ikosile pupọ laarin awọn apẹẹrẹ oriṣiriṣi.
Itọkasi Gene
Itọkasi iṣẹ Jiini jẹ ṣiṣe nipasẹ awọn ilana iyaworan ni faili FASTA lodi si ọpọlọpọ data data.
Itọkasi Gene
Ohun elo Ipilẹṣẹ Iṣatunṣe Agbegbe
CDS_UTR_Asọtẹlẹ
Ọpa yii jẹ apẹrẹ lati ṣe asọtẹlẹ awọn agbegbe ifaminsi (CDS) ati awọn agbegbe ti kii ṣe ifaminsi (UTR) ni awọn ilana iwe afọwọkọ ti a fun ti o da lori fifunni lodi si data data amuaradagba ti a mọ ati asọtẹlẹ ORF.
Manhattan Idite
Idite Manhattan jẹ ki ifihan data pẹlu nọmba nla ti awọn aaye data.O ti wa ni lilo nigbagbogbo ni awọn ẹkọ ẹgbẹ-ara-jakejado (GWAS).
Sakosi
CIRCOS aworan atọka jeki taara igbejade ti SNP, InDeL, SV, CNV pinpin lori genome.
GO_Idaraya
TopGO jẹ ọpa ti a ṣe apẹrẹ fun imudara iṣẹ-ṣiṣe.TopGO-Bioconductor package ni awọn itupalẹ ikosile iyatọ, itupalẹ imudara GO ati iworan ti awọn abajade.Yoo ṣe agbekalẹ folda kan pẹlu iṣẹjade ti a npè ni "Ayaya", eyiti o ni awọn abajade ninu fun topGO_BP, topGO_CC ati topGO_MF.
WGCNA
WGCNA jẹ ọna iwakusa data ti a lo lọpọlọpọ fun wiwa awọn modulu ikosile jiini.O wulo si ọpọlọpọ data ikosile pẹlu data microarray ati data ikosile pupọ ti ipilẹṣẹ lati iran atẹle.
InterProScan
InterPro amuaradagba ọkọọkan onínọmbà ati classification
GO_KEGG_Imudara
Ọpa yii jẹ apẹrẹ lati ṣe ipilẹṣẹ itan-akọọlẹ imudara GO, histogram imudara KEGG ati ipa ọna imudara KEGG ti o da lori ipilẹ apilẹṣẹ ti a pese ati asọye ti o baamu.