Ooru maapu
Ọpa Heatmap gba faili data matrix kan bi titẹ sii ati gba awọn olumulo laaye lati ṣe àlẹmọ, ṣe deede ati data iṣupọ. Ọran lilo akọkọ fun awọn maapu ooru jẹ itupalẹ iṣupọ ti ipele ikosile pupọ laarin awọn apẹẹrẹ oriṣiriṣi.
Itọkasi Gene
Ọpa Annotation Gene n ṣe alaye alaye jiini ti o da lori tito lẹsẹsẹ ti awọn faili FASTA ti nwọle si ọpọlọpọ awọn apoti isura data.
Ohun elo Ipilẹṣẹ Iṣatunṣe Agbegbe (BLAST)
Ohun elo BLAST jẹ ẹya BMKCloud ti irẹpọ ti NCBI BLAST ati pe o le ṣee lo lati ṣe awọn iṣẹ kanna ni lilo data ti a gbejade si akọọlẹ BMKCloud.
CDS_UTR Asọtẹlẹ
Ohun elo Asọtẹlẹ CDS_UTR jẹ apẹrẹ lati ṣe asọtẹlẹ awọn agbegbe ifaminsi (CDS) ati awọn agbegbe ti kii ṣe ifaminsi (UTR) ni awọn ilana itọka ti a fun ni da lori awọn abajade BLAST lodi si awọn data data amuaradagba ti a mọ ati awọn abajade asọtẹlẹ ORF.
Manhattan Idite
Ohun elo Manhattan Plot n jẹ ki ifihan ti awọn idanwo ayẹwo giga ati pe a lo nigbagbogbo ni awọn ikẹkọ ẹgbẹ-ara-ara (GWAS).
Circos aworan atọka
Ọpa aworan atọka CIRCOS n pese iworan daradara ti bii ẹya-ara genomic ṣe pin kaakiri jiini. Awọn ẹya ti o wọpọ pẹlu iye loci, SNPs, InDels, igbekale ati awọn iyatọ nọmba ẹda.
Gene Ontology (GO) Imudara
Ọpa Imudara GO n pese itupalẹ imudara iṣẹ. Sọfitiwia akọkọ ninu ọpa yii ni package TopGO-Bioconductor, eyiti o pẹlu itupalẹ ikosile iyatọ, itupalẹ imudara GO ati iwoye awọn abajade.
Itupalẹ Nẹtiwọọki Ajọ-ikosile Gene ti iwọn (WGCNA)
WGCNA jẹ ọna iwakusa data ti a lo lọpọlọpọ fun wiwa awọn modulu ikosile jiini. O wulo si ọpọlọpọ data ikosile pẹlu microarray ati data ikosile jiini NGS.
InterProScan
Ohun elo InterProScan n pese itupalẹ ọkọọkan amuaradagba InterPro ati ipin.
GO KEGG Imudara
Ohun elo Idaraya GO KEGG jẹ apẹrẹ lati ṣe agbekalẹ itan-akọọlẹ imudara GO, histogram imudara KEGG ati ipa ọna imudara KEGG ti o da lori eto apilẹṣẹ ti a pese ati asọye ti o baamu.