Ilana Metagenomic -NGS
Metagenome jẹ akojọpọ awọn ohun elo jiini lapapọ ti agbegbe ti o dapọ ti awọn oganisimu, gẹgẹbi ayika ati awọn metagenomes eniyan. O ni awọn genomes ti mejeeji ti o le gbin ati awọn microorganisms ti a ko le gbin. Itọpa metagenomic Shotgun pẹlu NGS ngbanilaaye ikẹkọ ti awọn ala-ilẹ intricate genomic wọnyi ti a fi sinu awọn ayẹwo ayika nipa fifunni diẹ sii ju profaili taxonomic, fifunni tun awọn oye granular sinu oniruuru eya, awọn agbara nla, ati awọn ẹya olugbe eka. Ni ikọja awọn ikẹkọ taxonomic, awọn metagenomics ibọn tun funni ni irisi jinomiki iṣẹ ṣiṣe, ti n muu ṣawari ti awọn Jiini ti a fiweranṣẹ ati awọn ipa ipadabọ wọn ninu awọn ilana ilolupo. Nikẹhin, idasile awọn nẹtiwọọki ibamu laarin awọn eroja jiini ati awọn ifosiwewe ayika ṣe alabapin si oye pipe ti ibaraenisepo intricate laarin awọn agbegbe makirobia ati ipilẹṣẹ ilolupo wọn. Ni ipari, itọsẹ metagenomic duro bi ohun elo pataki fun ṣiṣafihan awọn intricacies genomic ti awọn agbegbe makirobia ti o yatọ, ti n tan imọlẹ awọn ibatan lọpọlọpọ laarin awọn Jiini ati ilolupo laarin awọn ilolupo ilolupo wọnyi.
Awọn iru ẹrọ: Illumina NovaSeq ati DNBSEQ-T7
Awọn anfani Iṣẹ
●Iyasọtọ ati Ọna-ọfẹ Ogbin fun Iṣafihan Agbegbe Microbial: Ṣiṣe ṣiṣe ilana ti awọn ohun elo jiini lati awọn oganisimu ti a ko le gbin.
●Ipinnu giga: Ṣawari awọn eya-ọpọlọpọ kekere ni awọn ayẹwo ayika.
●Itupalẹ Bioinformatics ni kikun:Idojukọ kii ṣe lori oniruuru taxonomic ṣugbọn tun lori oniruuru iṣẹ ṣiṣe ti agbegbe.
●Iriri pupọ:Pẹlu igbasilẹ orin kan ti pipade awọn iṣẹ akanṣe metagenomics lọpọlọpọ ni aṣeyọri ni ọpọlọpọ awọn agbegbe iwadii ati sisẹ lori awọn apẹẹrẹ 200,000, ẹgbẹ wa mu ọrọ ti iriri wa si gbogbo iṣẹ akanṣe.
Awọn pato Iṣẹ
| Sequencing Syeed | Ilana titele | Data niyanju | Iṣakoso didara |
| Illumina NovaSeq tabi DNBSEQ-T7 | PE150 | 6-20Gb | Q30≥85% |
Awọn ibeere Iṣẹ
| Ifojusi (ng/µL) | Apapọ iye (ng) | Iwọn (µL) |
| ≥1 | ≥30 | ≥20 |
● Ile / sludge: 2-3g
● Awọn akoonu inu-ẹranko: 0.5-2g
● Awọn akoonu inu-kokoro: 0.1-0.25g
● Ilẹ-ọgbin (erofo ti o dara): 0.5-1g
● Bakteria broth idarato erofo: 0.2-0.5g
● Faeces (ẹranko nla): 0.5-2g
● Faeces (eku): 3-5grains
● Omi iṣan alveolar ẹdọforo: iwe àlẹmọ
● Obo swab: 5-6 swabs
● Awọ ara / swab abe / itọ / asọ ti ẹnu / pharyngeal swab / rectal swab: 2-3 swabs
● Awọn microorganism ti oju: 5-6 swabs
● Waterbody / air / biofilm: àlẹmọ iwe
● Endophytes: 2-3g
● Dental Plaque: 0.5-1g
Sisan Iṣẹ Iṣẹ
Ifijiṣẹ apẹẹrẹ
Ikole ìkàwé
Titele
Itupalẹ data
Lẹhin-tita awọn iṣẹ
Pẹlu itupale wọnyi:
● Sequencing data didara iṣakoso
● Apejọ Metagenome ati asọtẹlẹ jiini
● Àlàyé Gene
● Taxonomic alpha oniruuru onínọmbà
● Ayẹwo iṣẹ-ṣiṣe ti agbegbe: iṣẹ-ṣiṣe ti ibi-ara, ti iṣelọpọ, ipakokoro aporo
● Onínọmbà lori iṣẹ mejeeji ati oniruuru taxonomic:
Beta oniruuru onínọmbà
Inter-ẹgbẹ onínọmbà
Itupalẹ ibamu: laarin awọn ifosiwewe ayika ati akopọ OUT ati oniruuru
Itupalẹ iṣẹ-ṣiṣe: Idaabobo aporo aisan CARD
Iṣiro iyatọ ti awọn ipa ọna iṣelọpọ KEGG: maapu ooru ti awọn ipa ọna pataki
Alfa oniruuru ti taxonomic pinpin: ACE atọka
Beta oniruuru ti taxonomic pinpin: PCoA
Ṣawakiri awọn ilọsiwaju ti o ni irọrun nipasẹ BMKGene's metagenome sequencing awọn iṣẹ pẹlu Illumina nipasẹ ikojọpọ ti awọn atẹjade.
Hai, Q. et al. (2023) 'Metagenomic ati metabolomic onínọmbà ti awọn iyipada ninu awọn akoonu inu ifun ti ẹja Rainbow (Oncorhynchus mykiss) ti o ni akoran pẹlu ọlọjẹ negirosisi hematopoietic negirosisi ni orisirisi awọn iwọn otutu omi aṣa',Furontia ni Maikirobaoloji, 14, p. 1275649. doi: 10.3389 / FMCB.2023.1275649.
Mao, C. et al. (2023) 'Awọn agbegbe microbial, awọn jiini resistance, ati awọn ewu resistome ni awọn adagun ilu ti awọn ipinlẹ trophic oriṣiriṣi: Awọn ọna asopọ inu ati awọn ipa ita’,Iwe akosile ti Awọn ilọsiwaju Awọn ohun elo Ewu9, p. 100233. doi: 10.1016 / J.HAZADV.2023.100233.
Su, M. et al. (2022) 'Onínọmbà Metagenomic Ṣafihan Awọn iyatọ ninu Iṣajọpọ ati Iṣe Laarin Liquid-Associated and Solid-Associated Microorganisms of Sheep Rumen',Furontia ni Maikirobaoloji, 13, p. 851567. doi: 10.3389 / FMCB.2022.851567.
Yin, J. et al. (2023) 'Microbiota ti o ni isanraju Ningxiang ẹlẹdẹ ṣe atunṣe iṣelọpọ carnitine lati ṣe igbelaruge ifisilẹ acid fatty isan ni awọn ẹlẹdẹ DLY ti o tẹẹrẹ',Awọn Innovation, 4 (5), ojú ìwé. 100486. doi: 10.1016 / J.XINN.2023.100486.
Zhao, X. et al. (2023) 'Awọn oye Metagenomic sinu awọn ewu ti o pọju ti aṣoju bio/ ṣiṣu ti kii ṣe ibajẹ ati idoti ti kii ṣe ṣiṣu ni awọn oke ati isalẹ ti Haihe Estuary, China',Imọ ti Apapọ Ayika, 887, p. 164026. doi: 10.1016 / J.SCITOTENV.2023.164026.
