Ilana Metagenomic -NGS
Awọn anfani Iṣẹ
● Iyasọtọ ati ogbin-ọfẹ fun profaili agbegbe makirobia
● Ipinnu giga ni wiwa awọn eya-ọpọlọpọ kekere ni awọn ayẹwo ayika
● Ero ti "meta-" ṣepọ gbogbo awọn ẹya ara ẹrọ ti ibi-ara ni ipele iṣẹ-ṣiṣe, ipele eya ati ipele jiini, eyiti o ṣe afihan wiwo ti o ni agbara ti o sunmọ si otitọ.
● BMK ṣajọpọ iriri nla ni awọn iru apẹẹrẹ oniruuru pẹlu awọn ayẹwo to ju 10,000 ti a ti ni ilọsiwaju.
Awọn pato Iṣẹ
| Platform | Titele | Data ti a ṣe iṣeduro | Akoko iyipada |
| Illumina NovaSeq Platform | PE150 | 6 G/10 G/20 G | 45 Awọn ọjọ iṣẹ |
Awọn itupalẹ bioinformatics
● Aise data didara iṣakoso
● Apejọ Metagenome
● Eto apilẹṣẹ aiṣe-padabọ ati asọye
● Ayẹwo oniruuru
● Ayẹwo oniruuru iṣẹ jiini
● Ayẹwo laarin ẹgbẹ
● Iṣiro ẹgbẹ lodi si awọn ifosiwewe idanwo
Awọn ibeere Ayẹwo ati Ifijiṣẹ
Awọn ibeere Apeere:
FunDNA ayokuro:
| Apeere Iru | Iye | Ifojusi | Mimo |
| DNA ayokuro | 30ng | 1ng/μl | OD260/280 = 1.6-2.5 |
Fun awọn apẹẹrẹ ayika:
| Iru apẹẹrẹ | Ilana iṣapẹẹrẹ ti a ṣe iṣeduro |
| Ile | Iye iṣapẹẹrẹ: isunmọ.5 g;Ohun elo ti o gbẹ nilo lati yọ kuro ni oke;Lilọ awọn ege nla ki o kọja nipasẹ àlẹmọ 2 mm;Aliquot awọn ayẹwo ni ifo EP-tube tabi cyrotube fun ifiṣura. |
| Igbẹ | Iye iṣapẹẹrẹ: isunmọ.5 g;Gba ati aliquot awọn ayẹwo ni ifo EP-tube tabi cryotube fun ifiṣura. |
| Awọn akoonu inu | Awọn ayẹwo nilo lati ni ilọsiwaju labẹ ipo aseptic.Wẹ àsopọ ti a gba pẹlu PBS;Centrifuge awọn PBS ati ki o gba awọn precipitant ni EP-tube. |
| Sludge | Iye iṣapẹẹrẹ: isunmọ.5 g;Gba ati aliquot sludge ayẹwo ni ifo EP-tube tabi cryotube fun ifiṣura |
| Olomi | Fun apẹẹrẹ pẹlu iye to lopin ti makirobia, gẹgẹbi omi tẹ ni kia kia, omi kanga, ati bẹbẹ lọ, Gba o kere ju 1 L omi ki o kọja nipasẹ àlẹmọ 0.22 μm lati ṣe alekun microbial lori awo ilu.Tọju awo ilu ni tube ifo. |
| Awọ ara | Ṣọra ge oju awọ ara pẹlu swab owu ti ko ni ifo tabi abẹfẹlẹ abẹ ki o gbe sinu tube ti o ni ifo. |
Niyanju Ifijiṣẹ Apeere
Di awọn ayẹwo naa sinu omi nitrogen fun awọn wakati 3-4 ati fipamọ sinu nitrogen olomi tabi iwọn -80 si ifiṣura igba pipẹ.Ayẹwo gbigbe pẹlu yinyin gbigbẹ ni a nilo.
Sisan Iṣẹ Iṣẹ
Ifijiṣẹ apẹẹrẹ
Ikole ìkàwé
Titele
Itupalẹ data
Lẹhin-tita awọn iṣẹ
1.Histogram: Awọn eya pinpin
2.Awọn Jiini iṣẹ ti a ṣe alaye si awọn ipa ọna iṣelọpọ KEGG
3.Heat map: Awọn iṣẹ iyatọ ti o da lori opo-ara ibatan ibatan
4.Circos ti CARD aporo resistance Jiini
BMK nla
Itankale ti awọn jiini resistance aporo aporo ati awọn pathogens kokoro-arun lẹgbẹẹ itesiwaju gbongbo ile-mangrove
Atejade:Iwe akọọlẹ Awọn ohun elo Ewu, 2021
Ilana ilana-tẹle:
Awọn ohun elo: Awọn iyọkuro DNA ti awọn ajẹkù mẹrin ti gbongbo mangrove ti o ni ibatan awọn ayẹwo: ile ti a ko gbin, rhizosphere, episphere ati awọn ipin endosphere
Syeed: Illumina HiSeq 2500
Awọn ibi-afẹde: Metagenome
16S rRNA pupọ V3-V4 ekun
Awọn abajade bọtini
Ilana metagenomic ati profaili metabarcoding lori itesiwaju gbongbo ile ti awọn irugbin mangrove ni a ṣe ilana lati le ṣe iwadi itankale awọn jiini resistance aporo (ARGs) lati ile sinu awọn irugbin.Awọn alaye metagenomic fi han pe 91.4% ti awọn jiini resistance aporo aporo jẹ idanimọ ni gbogbogbo ni gbogbo awọn yara ile mẹrin ti a mẹnuba loke, eyiti o ṣafihan aṣa ti nlọsiwaju.16S rRNA ampilifaya lesese ti ipilẹṣẹ 29.285 ọkọọkan, nsoju 346 eya.Apapọ pẹlu awọn profaili eya nipa ampilifaya sequencing, yi itankale ti a ri lati wa ni ominira ti root-somọ microbiota, sibẹsibẹ, o le wa ni dẹrọ nipasẹ mobile ti jiini eroja.Iwadi yii ṣe idanimọ ṣiṣan ti ARGs ati awọn pathogens lati ile sinu awọn irugbin nipasẹ isọdọmọ ile-root itesiwaju.
Itọkasi
Wang, C., Hu, R., Alagbara, PJ, Zhuang, W., & Shu, L.(2020).Itankale ti awọn Jiini resistance aporo aporo ati awọn pathogens kokoro-arun lẹba ile–itẹsiwaju root root mangrove.Iwe akosile Awọn ohun elo Ewu, 408Ọdun 124985.
