Genetics ti itiranya
Awọn anfani Iṣẹ
Takagi et al.,Iwe akọọlẹ ọgbinỌdun 2013
● Iṣiro akoko iyatọ eya ati iyara ti o da lori awọn iyatọ ti nucleotide ati ipele amino acids
● Ṣiṣafihan ibatan phylogenetic diẹ sii ti o gbẹkẹle laarin awọn eya pẹlu ipa ti o dinku ti itankalẹ convergent ati itankalẹ ti o jọra
● Ṣiṣeto awọn ọna asopọ laarin awọn iyipada jiini ati awọn ẹda-ara lati ṣawari awọn jiini ti o jọmọ iwa
● Iṣiro oniruuru jiini, eyiti o ṣe afihan agbara ti itiranya ti awọn ẹda
● Yiyara Yipada akoko
● Iriri ti o gbooro: BMK ti ṣajọpọ iriri nla ni iye eniyan ati awọn iṣẹ akanṣe itankalẹ fun ọdun 12, ti o bo awọn ọgọọgọrun eya, ati bẹbẹ lọ ati ṣe alabapin ninu awọn iṣẹ akanṣe giga giga 80 ti a tẹjade ni Ibaraẹnisọrọ Iseda, Awọn ohun ọgbin Molecular, Iwe Iroyin Biotechnology Plant, ati bẹbẹ lọ.
Awọn pato Iṣẹ
Awọn ohun elo:
Ni deede, o kere ju awọn olugbe agbegbe mẹta (fun apẹẹrẹ awọn ipin tabi awọn igara) ni a gbaniyanju.Olugbe-ipin kọọkan yẹ ki o ni ko kere ju awọn eniyan mẹwa 10 (Awọn ohun ọgbin 15, le dinku fun awọn eya toje).
Ilana ilana-tẹle:
* WGS le jẹ oojọ fun awọn eya pẹlu jiini itọkasi didara, lakoko ti SLAF-Seq wulo fun awọn eya boya pẹlu tabi laisi genome itọkasi, tabi genome itọkasi ti ko dara.
| Kan si iwọn genome | WGS | SLAF-Tags (×10,000) |
| ≤ 500 Mb | 10×/kọọkan | WGS jẹ iṣeduro diẹ sii |
| 500 Mb - 1 Gb | 10 | |
| 1 Gb - 2 Gb | 20 | |
| ≥2 Gb | 30 |
Awọn itupalẹ bioinformatics
● Ayẹwo ti itankalẹ
● Yiyan gbigba
● Jiini sisan
● Itan-akọọlẹ eniyan
● Àkókò ìyàtọ̀
Awọn ibeere Ayẹwo ati Ifijiṣẹ
Awọn ibeere Apeere:
| Awọn eya | Tissu | WGS-NGS | SLAF |
| Eranko
| visceral àsopọ |
0.5-1g
|
0.5g
|
| Isan iṣan | |||
| Ẹjẹ ẹran ọsin | 1.5ml
| 1.5ml
| |
| Ẹjẹ adie / Ẹja | |||
| Ohun ọgbin
| Ewe tuntun | 1-2g | 0.5-1g |
| Petal/yiyo | |||
| Gbongbo/Irugbin | |||
| Awọn sẹẹli | cell ti gbin |
| gDNA | Ifojusi | Iye (ug) | OD260/OD280 |
| SLAF | ≥35 | ≥1.6 | 1.6-2.5 |
| WGS-NGS | ≥1 | ≥0.1 | - |
Sisan Iṣẹ Iṣẹ
Apẹrẹ adanwo
Ifijiṣẹ apẹẹrẹ
Ikole ìkàwé
Titele
Itupalẹ data
Lẹhin-tita awọn iṣẹ
*Awọn abajade demo ti o han nibi jẹ gbogbo lati awọn genomes ti a tẹjade pẹlu BMKGENE
1.Evolution onínọmbà ni awọn ikole ti phylogenetic igi, olugbe be ati PCA da lori jiini iyatọ.
Igi phylogenetic duro fun taxonomic ati awọn ibatan itankalẹ laarin awọn eya pẹlu baba ti o wọpọ.
PCA ni ero lati foju inu isunmọ laarin awọn olugbe agbegbe.
Eto olugbe ṣe afihan wiwa awọn ipin-olugbe pato ti jiini ni awọn ofin ti awọn igbohunsafẹfẹ allele.
Chen, ati.al.,PNAS, Ọdun 2020
2.Aṣayan gbigba
Yiyan yiyan n tọka si ilana nipasẹ eyiti a yan aaye anfani ati awọn igbohunsafẹfẹ ti awọn aaye didoju ti o sopọ mọ pọ si ati awọn ti awọn aaye ti ko ni asopọ ti dinku, ti o fa idinku ti agbegbe.
Wiwa jakejado-genome lori awọn agbegbe gbigba yiyan jẹ ṣiṣe nipasẹ ṣiṣe iṣiro atọka jiini olugbe (π， Fst, Tajima's D) ti gbogbo awọn SNP laarin ferese sisun (100 Kb) ni igbesẹ kan (10 Kb).
Oniruuru Nucleotide (π)
Tajima's D
Atọka imuduro (Fst)
Wu, et.al.,Ohun ọgbin MolecularỌdun 2018
3.Gene Sisan
Wu, et.al.,Ohun ọgbin MolecularỌdun 2018
4.Demographic itan
Zhang, ati.al.,Ekoloji Iseda & ItankalẹỌdun 2021
5.Divergence akoko
Zhang, ati.al.,Ekoloji Iseda & ItankalẹỌdun 2021
BMK nla
Maapu iyatọ genomic n pese awọn oye sinu ipilẹ jiini ti eso kabeeji Orisun Orisun Kannada (Brassica rapa ssp. Pekinensis) yiyan
Atejade: Ohun ọgbin MolecularỌdun 2018
Ilana ilana-tẹle:
Atunse: ijinle titele: 10×
Awọn abajade bọtini
Ninu iwadi yii, awọn eso kabeeji Kannada 194 ni a ṣe ilana fun atunbere pẹlu iwọn ijinle 10 ×, eyiti o mu 1,208,499 SNPs ati 416,070 InDels.Itupalẹ phylogenetic lori awọn laini 194 wọnyi fihan pe awọn ila wọnyi le pin si awọn ecotypes mẹta, orisun omi, ooru ati Igba Irẹdanu Ewe.Ni afikun, eto olugbe ati itupalẹ PCA fihan pe eso kabeeji orisun omi Kannada ti wa lati eso kabeeji Igba Irẹdanu Ewe ni Shandong, China.Awọn wọnyi ni a ṣe afihan ni atẹle si Koria ati Japan, ti o kọja pẹlu awọn laini agbegbe ati diẹ ninu awọn orisirisi ti o pẹ-bolting ti wọn ṣe afihan pada si China ati nikẹhin di eso kabeeji Kannada Orisun omi.
Ṣiṣayẹwo jakejado Genome lori awọn eso kabeeji Kannada orisun omi ati awọn cabbages Igba Irẹdanu Ewe lori yiyan ṣafihan 23 genomic loci ti o ti lọ nipasẹ yiyan ti o lagbara, meji ninu eyiti o bori pẹlu agbegbe iṣakoso akoko-bolting ti o da lori aworan agbaye QTL.Awọn agbegbe meji wọnyi ni a rii lati ni awọn jiini bọtini ti o ṣe ilana aladodo, BrVIN3.1 ati BrFLC1.Awọn jiini meji wọnyi ni a fọwọsi siwaju lati ni ipa ninu akoko bolting nipasẹ iwadi transcriptome ati awọn adanwo transgenic.
 Olugbe igbekale igbekale lori Chinese cabbages |  Alaye jiini lori yiyan eso kabeeji Kannada |
Tongbing, et al.“Map Iyipada Jiini kan Pese Awọn Imọye sinu ipilẹ Jiini ti eso kabeeji orisun omi Kannada (Brassica rapa ssp.pekinensis) Yiyan.”Awọn ohun ọgbin molikula,11 (2018): 1360-1376.
