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Eukaryotische mRNA-Sequenzierung-Illumina

Die mRNA-Sequenzierung ermöglicht die Profilierung aller mRNAs, die unter bestimmten Bedingungen aus Zellen transkribiert werden.Es handelt sich um eine leistungsstarke Technologie zur Aufdeckung von Genexpressionsprofilen, Genstrukturen und molekularen Mechanismen bestimmter biologischer Prozesse.Bisher wird die mRNA-Sequenzierung häufig in der Grundlagenforschung, der klinischen Diagnostik, der Arzneimittelentwicklung usw. eingesetzt.

Plattform: Illumina NovaSeq-Plattform


Servicedetails

Bioinformatik

Demo-Ergebnisse

Vorteile

● Sehr erfahren: Über 200.000 Proben wurden in BMK verarbeitet und decken verschiedene Probentypen ab, darunter Zellkultur, Gewebe, Körperflüssigkeit usw., und über 7.000 mRNA-Seq-Projekte wurden abgeschlossen, die verschiedene Forschungsbereiche abdecken.

● Strenges Qualitätskontrollsystem: Die wichtigsten Qualitätskontrollpunkte in allen Schritten, einschließlich Probenvorbereitung, Bibliotheksvorbereitung, Sequenzierung und Bioinformatik, werden genau überwacht, um qualitativ hochwertige Ergebnisse zu liefern.

● Mehrere Datenbanken stehen für Funktionsannotations- und Anreicherungsstudien zur Verfügung, um verschiedene Forschungsziele zu erfüllen.

● Kundendienst: Kundendienst, gültig für 3 Monate nach Projektabschluss, einschließlich Projektnachverfolgung, Fehlerbehebung, Fragen und Antworten zu Ergebnissen usw.

Musteranforderungen und Lieferung

Bibliothek Sequenzierungsstrategie Daten empfohlen Qualitätskontrolle
Poly A angereichert Illumina PE150

6 GB

Q30≥85 %

Probenanforderungen:

Nukleotide:

Konz. (ng/μl)

Menge (μg)

Reinheit

Integrität

≥ 20

≥ 0,5

OD260/280=1,7-2,5

OD260/230=0,5-2,5

Begrenzte oder keine Protein- oder DNA-Kontamination auf dem Gel sichtbar.

Für Pflanzen: RIN≥6,5;

Für Tiere: RIN≥7,0;

5,0≥28S/18S≥1,0;

begrenzte oder keine Grundlinienhöhe

Gewebe: Gewicht (trocken):≥1 g
*Für Gewebe mit weniger als 5 mg empfehlen wir, schockgefrorene (in flüssigem Stickstoff) Gewebeproben einzusenden.

Zellsuspension:Zellzahl = 3×106- 1×107
*Wir empfehlen den Versand von gefrorenem Zelllysat.Für den Fall, dass die Zellenzahl kleiner als 5×105 ist.

Blutproben:Volumen≥1 ml

Mikroorganismus:Masse ≥ 1 g

Empfohlene Musterlieferung

Behälter: 2 ml Zentrifugenröhrchen (Alufolie wird nicht empfohlen)

Probenbeschriftung: Gruppe+Replikation, z. B. A1, A2, A3;B1, B2, B3... ...

Sendung:

  1. Trockeneis: Proben müssen in Beutel verpackt und in Trockeneis vergraben werden.
  2. RNAstable-Röhrchen: RNA-Proben können in RNA-Stabilisierungsröhrchen (z. B. RNAstable®) getrocknet und bei Raumtemperatur versendet werden.

Service-Workflow

Proben-QC

Experimentdesign

Musterlieferung

Musterlieferung

Pilotversuch

RNA-Extraktion

Bibliotheksvorbereitung

Bibliotheksbau

Sequenzierung

Sequenzierung

Datenanalyse

Datenanalyse

Kundendienst

Kundendienst


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  • Bioinformatik

    wps_doc_10

    Eukaryotisch Arbeitsablauf zur mRNA-Sequenzierungsanalyse

    Bioinformatik

    ØQualitätskontrolle der Rohdaten

    ØReferenzgenom-Alignment

    ØAnalyse der Transkriptstruktur

    ØExpressionsquantifizierung

    ØDifferentialausdrucksanalyse

    ØFunktionsannotation und -anreicherung

    1.mRNA-Datensättigungskurve

    3(1)

    2.Differentialausdrucksanalyse – Vulkandiagramm

    4(1)

    3.KEGG-Anmerkung zu DEGs

    5(1)

    4.GO-Klassifizierung für DEGs

    6(1)

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