Eukaryotische mRNA-Sequenzierung – Illumina
Vorteile
ØSehr erfahren: Über 200.000 Proben wurden in BMK verarbeitet, die verschiedene Probentypen abdecken, darunter Zellkulturen, Gewebe, Körperflüssigkeiten usw., und über 7.000 abgeschlossene mRNA-Seq-Projekte, die verschiedene Forschungsbereiche abdecken.
ØStrenges Qualitätskontrollsystem: Wichtige Qualitätskontrollpunkte in allen Schritten, einschließlich Probenvorbereitung, Bibliotheksvorbereitung, Sequenzierung und Bioinformatik, werden genau überwacht, um qualitativ hochwertige Ergebnisse zu liefern.
ØMehrere Datenbanken für Funktionsannotationen und Anreicherungsstudien verfügbar, um verschiedene Forschungsziele zu erfüllen.
ØAfter-Sales-Services: After-Sales-Services gültig für 3 Monate nach Projektabschluss, einschließlich Projektnachbereitung, Fehlerbehebung, Fragen und Antworten zu Ergebnissen usw.
Musteranforderungen und Lieferung
| Bücherei | Sequenzierungsstrategie | Daten empfohlen | Qualitätskontrolle |
| Poly A angereichert | Illumina PE150 | 6 GB | Q30≥85% |
Beispielanforderungen:
Nukleotide:
| Reinheit | Integrität | Menge |
| OD260/280≥1,7-2,5 OD260/230≥0,5-2,5Begrenzte oder keine Protein- oder DNA-Kontamination auf dem Gel. | Für Pflanzen: RIN≥6,5; Für Tiere: RIN≥7;28S/18S≥1,0;begrenzte oder keine Grundlinienerhöhung | Konz.≥30 ng/μl;Volumen ≥ 10 μl;Gesamt ≥ 1,5 μg |
Gewebe: Gewicht (trocken):≥1g
*Für Gewebe, das kleiner als 5 mg ist, empfehlen wir, eine schockgefrorene (in flüssigem Stickstoff) Gewebeprobe zu versenden.
Zellsuspension:Zellzahl = 3×106- 1×107
*Wir empfehlen, gefrorenes Zelllysat zu versenden.Für den Fall, dass die Zellzahlen kleiner als 5 × 105 sind, wird ein Schockgefrieren in flüssigem Stickstoff empfohlen, was für die Mikroextraktion vorzuziehen ist.
Blutproben:Volumen≥1 ml
Mikroorganismus:Masse ≥ 1 g
Empfohlene Musterlieferung
Behälter: 2 ml Zentrifugenröhrchen (Alufolie wird nicht empfohlen)
Musterbeschriftung: Gruppe+Replikat zB A1, A2, A3;B1, B2, B3... ...
Sendung:
- Trockeneis: Proben müssen in Beutel verpackt und in Trockeneis vergraben werden.
- RNAstable-Röhrchen: RNA-Proben können in RNA-Stabilisierungsröhrchen (z. B. RNAstable®) getrocknet und bei Raumtemperatur versandt werden.
Service-Arbeitsablauf
Experimentdesign
Musterlieferung
RNA-Extraktion
Bibliotheksbau
Sequenzierung
Datenanalyse
Kundendienst
Bioinformatik
Eukaryotisch Ablauf der mRNA-Sequenzanalyse
Bioinformatik
ØQualitätskontrolle der Rohdaten
ØReferenzgenom-Alignment
ØAnalyse der Transkriptstruktur
ØAusdrucksquantifizierung
ØDifferentialausdrucksanalyse
ØFunktionsannotation und -anreicherung
1.mRNA-Daten Sättigungskurve
2.Differentielle Expressionsanalyse – Volcano-Plot
3.KEGG-Anmerkung auf DEGs
4.GO-Klassifizierung auf DEGs
