Metagenomik (NGS)

Die Shotgun-Metagenomik mit Illumina ist ein beliebtes Werkzeug zur Untersuchung von Mikrobiomen durch direkte Sequenzierung von DNA aus komplexen Proben und ermöglicht die Untersuchung sowohl der taxonomischen als auch der funktionellen Vielfalt. Die metagenomische (NGS)-Pipeline von BMKCloud beginnt mit der Qualitätskontrolle und der Metagenomassemblierung, anhand derer Gene vorhergesagt und in nicht redundanten Datensätzen geclustert werden, die mithilfe mehrerer Datenbanken hinsichtlich Funktion und Taxonomie annotiert werden. Diese Informationen werden verwendet, um die taxonomische Diversität innerhalb der Stichprobe (Alpha-Diversität) und die Diversität zwischen den Stichproben (Beta-Diversität) zu analysieren. Die Differenzialanalyse zwischen Gruppen findet OTUs und biologische Funktionen, die sich zwischen den beiden Gruppen unterscheiden, und zwar mithilfe parametrischer und nichtparametrischer Tests, während die Korrelationsanalyse diese Unterschiede mit Umweltfaktoren in Beziehung setzt.