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Genomweite Assoziationsanalyse
Die genomweite Assoziationsstudie (GWAS) zielt darauf ab, genetische Varianten (Genotyp) zu identifizieren, die mit bestimmten Merkmalen (Phänotyp) assoziiert sind.Die GWAS-Studie untersucht genetische Marker im gesamten Genom einer großen Anzahl von Individuen und sagt Genotyp-Phänotyp-Assoziationen durch statistische Analyse auf Populationsebene voraus.Es wird häufig in der Erforschung menschlicher Krankheiten und beim funktionellen Gen-Mining an komplexen Merkmalen von Tieren oder Pflanzen eingesetzt.
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Einzelkern-RNA-Sequenzierung
Der Fortschritt in der Einzelzellerfassung und der Technik zum Aufbau individueller Bibliotheken in Kombination mit Hochdurchsatzsequenzierung ermöglicht Genexpressionsstudien auf Zelle-für-Zelle-Basis.Es ermöglicht eine tiefere und vollständige Systemanalyse komplexer Zellpopulationen, bei der eine Maskierung ihrer Heterogenität durch Mittelwertbildung aller Zellen weitgehend vermieden wird.
Einige Zellen eignen sich jedoch nicht für die Herstellung einer Einzelzellsuspension. Daher sind andere Probenvorbereitungsmethoden erforderlich – die Kernextraktion aus Geweben, d. Zellsequenzierung.
BMK bietet einen 10× Genomics ChromiumTM-basierten Einzelzell-RNA-Sequenzierungsservice an.Dieser Dienst wird häufig in Studien zu krankheitsbezogenen Studien genutzt, beispielsweise zur Differenzierung von Immunzellen, zur Tumorheterogenität, zur Gewebeentwicklung usw.
Räumlicher Transkriptom-Chip: 10× Genomics
Plattform: Illumina NovaSeq-Plattform
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Sequenzierung des gesamten pflanzlichen/tierischen Genoms
Die Neusequenzierung des gesamten Genoms, auch WGS genannt, ermöglicht die Aufdeckung sowohl häufiger als auch seltener Mutationen im gesamten Genom, einschließlich Single Nucleotide Polymorphism (SNP), Insertion Deletion (InDel), Structure Variation (SV) und Copy Number Variation (CNV). ).SVs machen einen größeren Teil der Variationsbasis aus als SNPs und haben einen größeren Einfluss auf das Genom, was erhebliche Auswirkungen auf lebende Organismen hat.Die Long-Read-Resequenzierung ermöglicht eine präzisere Identifizierung großer Fragmente und komplizierter Variationen, da Long-Reads die chromosomale Kreuzung über komplizierte Regionen wie Tandem-Wiederholungen, GC/AT-reiche Regionen und hypervariable Regionen erheblich erleichtern.
Plattform: Illumina, PacBio, Nanopore
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BMKMANU S1000 räumliches Transkriptom
Die räumliche Organisation von Zellen spielt bei verschiedenen biologischen Prozessen wie der Immuninfiltration, der Embryonalentwicklung usw. eine entscheidende Rolle. Die räumliche Transkriptomsequenzierung, die die Profilierung der Genexpression anzeigt und gleichzeitig Informationen über die räumliche Position beibehält, hat großartige Einblicke in die Gewebearchitektur auf Transkriptomebene geliefert.Mit der Entwicklung der Technologie müssen die ultraklare Gewebemorphologie und die tatsächlichen strukturellen Unterschiede der räumlichen molekularen Expression mit höherer Auflösung untersucht werden.BMKGENE bietet einen umfassenden Komplettservice zur räumlichen Transkriptomsequenzierung von Proben bis hin zu biologischen Erkenntnissen.
Räumliche Transkriptomik-Technologien ermöglichten neue Perspektiven in verschiedenen Forschungsbereichen, indem sie das Genexpressionsprofil mit räumlichem Inhalt in heterogenen Proben auflösten.
Räumlicher Transkriptom-Chip: BMKMANU S1000
Plattform: Illumina NovaSeq-Plattform
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10x Genomics Visium Spatial Transkriptom
Visium Spatial Gene Expression ist eine gängige Technologie zur räumlichen Transkriptomsequenzierung zur Klassifizierung von Gewebe basierend auf der Gesamt-mRNA.Kartieren Sie das gesamte Transkriptom mit morphologischem Kontext, um neue Einblicke in die normale Entwicklung, Krankheitspathologie und klinische translationale Forschung zu gewinnen.BMKGENE bietet einen umfassenden Komplettservice zur räumlichen Transkriptomsequenzierung von Proben bis hin zu biologischen Erkenntnissen.
Räumliche Transkriptomik-Technologien ermöglichten neue Perspektiven in verschiedenen Forschungsbereichen, indem sie das Genexpressionsprofil mit räumlichem Inhalt in heterogenen Proben auflösten.
Räumlicher Transkriptom-Chip: 10x Genomics Visium
Plattform:Illumina NovaSeq-Plattform
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Vollständige mRNA-Sequenzierung – Nanopore
Die RNA-Sequenzierung war ein unschätzbar wertvolles Werkzeug für eine umfassende Transkriptomanalyse.Zweifellos hat die traditionelle Short-Read-Sequenzierung hier zahlreiche wichtige Fortschritte erzielt.Dennoch stößt es häufig auf Einschränkungen bei der Identifizierung, Quantifizierung und PCR-Verzerrung von Isoformen in voller Länge.
Die Nanoporen-Sequenzierung unterscheidet sich von anderen Sequenzierungsplattformen dadurch, dass die Nukleotide direkt ohne DNA-Synthese abgelesen werden und ein langer Lesevorgang mit mehreren zehn Kilobasen erzeugt wird.Dies ermöglicht das direkte Auslesen von Transkripten in voller Länge und die Bewältigung der Herausforderungen bei Studien auf Isoformenebene.
Plattform::Nanoporen-PromethION
Bibliothek:cDNA-PCR
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mRNA-Sequenzierung in voller Länge – PacBio
De novoTranskriptomsequenzierung in voller Länge, auch bekannt alsDe novoIso-Seq nutzt die Vorteile des PacBio-Sequenzers in Bezug auf die Leselänge, was die Sequenzierung von cDNA-Molekülen voller Länge ohne Unterbrechungen ermöglicht.Dadurch werden Fehler, die bei den Schritten zur Transkriptassemblierung entstehen, vollständig vermieden und Unigene-Sets mit einer Auflösung auf Isoform-Ebene erstellt.Diese Unigene-Sets liefern leistungsstarke genetische Informationen als „Referenzgenom“ auf Transkriptomebene.Darüber hinaus ermöglicht dieser Dienst in Kombination mit Sequenzierungsdaten der nächsten Generation eine genaue Quantifizierung der Expression auf Isoformebene.
Plattform: PacBio Sequel IIBibliothek: SMRT-Glockenbibliothek -
Eukaryotische mRNA-Sequenzierung-Illumina
Die mRNA-Sequenzierung ermöglicht die Profilierung aller mRNAs, die unter bestimmten Bedingungen aus Zellen transkribiert werden.Es handelt sich um eine leistungsstarke Technologie zur Aufdeckung von Genexpressionsprofilen, Genstrukturen und molekularen Mechanismen bestimmter biologischer Prozesse.Bisher wird die mRNA-Sequenzierung häufig in der Grundlagenforschung, der klinischen Diagnostik, der Arzneimittelentwicklung usw. eingesetzt.
Plattform: Illumina NovaSeq-Plattform
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Nicht referenzbasierte mRNA-Sequenzierung – Illumina
Die mRNA-Sequenzierung nutzt die Next-Generation-Sequencing-Technik (NGS), um die Boten-RNA (mRNA) von Eukaryoten zu einem bestimmten Zeitpunkt zu erfassen, in dem einige spezielle Funktionen aktiviert werden.Das längste gespleißte Transkript wurde „Unigene“ genannt und als Referenzsequenz für die anschließende Analyse verwendet. Dies ist ein wirksames Mittel, um den molekularen Mechanismus und das regulatorische Netzwerk der Art ohne Referenz zu untersuchen.
Nach der Zusammenstellung der Transkriptomdaten und der unigenen funktionellen Annotation
(1) SSR-Analyse, CDS-Vorhersage und Genstruktur werden durchgeführt.
(2) Es wird eine Quantifizierung der unigenen Expression in jeder Probe durchgeführt.
(3) Unterschiedlich exprimierte Unigene zwischen Proben (oder Gruppen) werden basierend auf der Unigene-Expression entdeckt
(4) Clustering, funktionale Annotation und Anreicherungsanalyse unterschiedlich exprimierter Unigene werden durchgeführt
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Lange nichtkodierende Sequenzierung – Illumina
Lange nichtkodierende RNAs (lncRNAs) sind eine Art RNA-Moleküle mit einer Länge von mehr als 200 nt, die sich durch ein extrem geringes Kodierungspotential auszeichnen.LncRNA kommt als Schlüsselelement nicht-kodierender RNAs hauptsächlich im Zellkern und Plasma vor.Die Entwicklung in der Sequenzierungstechnologie und Bioinformatik ermöglicht die Identifizierung zahlreicher neuartiger lncRNAs und deren Verknüpfung mit biologischen Funktionen.Die zunehmenden Belege deuten darauf hin, dass lncRNA in hohem Maße an der epigenetischen Regulation, der Transkriptionsregulation und der Posttranskriptionsregulation beteiligt ist.
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Kleine RNA-Sequenzierung – Illumina
Small RNA bezieht sich auf eine Klasse nichtkodierender RNA-Moleküle, die normalerweise weniger als 200 nt lang sind, einschließlich Micro-RNA (miRNA), Small Interference RNA (siRNA) und Piwi-interacting RNA (piRNA).
MicroRNA (miRNA) ist eine Klasse endogener kleiner RNA mit einer Länge von etwa 20–24 nt, die eine Vielzahl wichtiger regulatorischer Rollen in Zellen spielt.miRNA ist an vielen Lebensprozessen beteiligt, zeigt eine gewebespezifische und stadienspezifische Expression und ist bei verschiedenen Arten hoch konserviert.
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circRNA-Sequenzierung-Illumina
CircRNAs (Circular RNAs) sind eine Klasse nichtkodierender RNA-Moleküle, denen die 5‘-Endkappe und der 3‘-Ende-Poly(A)-Schwanz fehlen.CircRNAs bilden durch die kovalente Bindung eine kreisförmige Struktur aus, die der RNA-Exonuklease-Verdauung entgegenwirkt.circRNA spielt eine wichtige Rolle beim Wachstum und der Entwicklung von Organismen und ihrer Widerstandsfähigkeit gegenüber der äußeren Umgebung.
CircRNA hat viele Funktionen, die miRNA kompetitiv binden können, die regulatorische Funktion von ceRNA ausüben und die Genexpression regulieren können.In den letzten Jahren wurde auch festgestellt, dass es eng mit dem Auftreten und der Entwicklung von Krankheiten zusammenhängt und große Anwendungsaussichten in Richtung Marker für die Krankheitsdiagnose usw. bietet.
