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DNA/RNA-Sequenzierung – Nanoporen-Sequenzer

Bei der ONT-Sequenzierung handelt es sich um eine Einzelmolekül-Echtzeit-Sequenzierungstechnologie für elektrische Signale, die auf Nanoporen basiert. Das Sequenzierungsprinzip jeder Plattform ist das gleiche.Doppelsträngige DNA/RNA bindet an nanoporöses Protein, das im Biofilm eingebettet ist, und entfaltet sich unter der Führung des Motorproteins. Unter der Wirkung von Spannungsunterschieden auf beiden Seiten des Biofilms passieren DNA/RNA-Stränge bei einem bestimmten Wert das Nanoporen-Kanalprotein Rate.Aufgrund der unterschiedlichen chemischen Eigenschaften der verschiedenen Basen auf dem DNA-/RNA-Strang führt der Durchgang einer einzelnen Base oder eines DNA-Moleküls durch den Nanoporenkanal zu einer Änderung unterschiedlicher elektrischer Signale.Durch die Erkennung und Zuordnung dieser Signale können die entsprechenden Basentypen berechnet und die Echtzeiterkennung der Sequenz abgeschlossen werden.


Servicedetails

Demo-Ergebnis

Servicedetails-Funktionen

Plattform

Bibliotheksgröße

Theoretischer Datenertrag (pro Zelle)

Einzelbasis-Genauigkeit

Anwendungen

Nanopore

8 Kb, 10 kb, 20 kb, Ultralong, cDNA-PCR

70–90 GB/Zelle

85-92 %

SV-Calling, De-novo, Sequenzierung in voller Länge, Iso-Seq, Genannotation, Nachweis der DNA-Methylierung

Servicevorteile

● Über 5 Jahre Erfahrung mit der PacBio-Sequenzierungsplattform mit Tausenden abgeschlossenen Projekten mit verschiedenen Arten.
● BMKGENE ist offizieller Partner von Oxford Nanopore mit Dual-Plattform-RNA/DNA-Zertifizierung.
● Es gibt Mainstream-Modelle von Sequenzern mit kompletter Ausstattung und ausreichendem Sequenzierungsdurchsatz.
● Basierend auf der Nanopore-Plattform wurden mehr als 10 Tier- und Pflanzenforschungen von Denovo in international renommierten Fachzeitschriften veröffentlicht.

Beispielanforderungen


Beispielstyp

Menge

Konzentration (Qubit ®)

Volumen

Reinheit

Andere

Genomische DNA

Abhängig von den Datenanforderungen

 ≥20ng/μl

≥15μl

OD260/280=1,7-2,2;

OD260/230≥1,5;

Klarer Peak bei 260 nm, keine Verunreinigungen

Die Konzentration muss mit Qubit und Qubit/Nanopore ≤ 2 gemessen werden

Gesamt-RNA

≥1,2μg

≥100μg/μl

≥15μl

OD260/280=1,7-2,5;

OD260/230=0,5-2,5;keine Verunreinigungen

RIN-Wert ≥7,5

 

Service-Workflow

Probenvorbereitung

Probenvorbereitung

Bibliotheksvorbereitung

Bibliotheksbau

Sequenzierung

Sequenzierung

Datenanalyse

Datenanalyse

Proben-QC

Projektabwicklung


  • Vorherige:
  • Nächste:

  • Datenqualitätsbewertung von DNA-Proben

    Tabelle 1. Statistiken zu sauberen Daten.

    BMKID

    rawSeqNum

    rawSumBase

    cleanSeqNum

    cleanSumBase

    cleanN50Len

    cleanN90Len

    cleanMeanLen

    cleanMaxLen

    cleanMeanQual

    DNA_BMK01

    1.218.239

    26.37

    1.121.736

    25,90

    28.014

    15.764

    23.090

    143.181

    9

    Datenqualitätsbewertung der RNA-Probe

    Tabelle 1. Statistiken zu sauberen Daten.

    Dateiname

    Kunden ID

    ReadNum

    Basisnummer

    N50

    Mittlere Länge

    Maximale Länge

    Mittlerer Qscore

    RNA_BMK001

    C2

    8.947.708

    4.047.230.083

    398

    452

    129.227

    F12

    Abbildung 1. Leselängenverteilung

    A3

    Abbildung 2. Qualitätsfaktorverteilung sauberer Daten

    A4

    Abbildung 3. Längen- und Qualitätsbewertungsverteilung sauberer Daten

    A5

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