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DNA/RNA-Sequenzierung – Nanoporensequenzierer

DNA/RNA-Sequenzierung – Abbildung des Nanoporensequenzierers

Die ONT-Sequenzierung ist eine auf Nanoporen basierende Technologie zur Echtzeit-Sequenzierung einzelner Moleküle mittels elektrischer Signale. Das Sequenzierungsprinzip ist bei allen Plattformen identisch. Doppelsträngige DNA/RNA bindet an nanoporöse Proteine im Biofilm und entwindet sich unter dem Einfluss von Motorproteinen. Durch die Spannungsdifferenz an beiden Seiten des Biofilms passieren die DNA/RNA-Stränge die Nanoporenkanalproteine mit einer bestimmten Geschwindigkeit. Aufgrund der unterschiedlichen chemischen Eigenschaften der verschiedenen Basen im DNA/RNA-Strang verursacht jede einzelne Base oder jedes DNA-Molekül beim Durchtritt durch den Nanoporenkanal Veränderungen der elektrischen Signale. Durch die Detektion und Zuordnung dieser Signale lassen sich die entsprechenden Basentypen berechnen und die Sequenz in Echtzeit erfassen.

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Servicedetails

Demo-Ergebnis

Service-Details Funktionen

Plattform	Bibliotheksgröße	Theoretische Datenausbeute (pro Zelle)	Einzelbasisgenauigkeit	Anwendungen
Nanopore	8 kb, 10 kb, 20 kb, Ultralang, cDNA-PCR	70-90 Gbit/Zelle	85-92%	SV-Aufruf, De novo, Sequenzierung vollständiger Sequenzen, Iso-Seq, Genannotation, Nachweis von DNA-Methylierung

Servicevorteile

● Mehr als 5 Jahre Erfahrung mit der PacBio-Sequenzierungsplattform mit Tausenden abgeschlossenen Projekten mit verschiedenen Spezies.
● BMKGENE ist ein offizieller Partner von Oxford Nanopore und verfügt über eine Dual-Plattform-RNA/DNA-Zertifizierung.
● Es gibt gängige Sequenziergeräte mit vollständiger Ausstattung und ausreichendem Sequenzierdurchsatz.
● Auf der Nanopore-Plattform basieren mehr als 10 Tier- und Pflanzen-De-Nove-Forschungsarbeiten, die in international renommierten Fachzeitschriften veröffentlicht wurden.

Musteranforderungen

Probenart

Menge

Konzentration (Qubit ®)

Volumen

Reinheit

Andere

Genomische DNA

Abhängig von den Datenanforderungen

≥20ng/μl

≥15 μl

OD260/280=1,7-2,2;

OD260/230≥1,5;

Deutliches Maximum bei 260 nm, keine Verunreinigungen

Die Konzentration muss mittels Qubit gemessen werden, und das Verhältnis Qubit/Nanopore ist ≤ 2.

Gesamt-RNA

≥1,2 μg

≥100 μg/μl

≥15 μl

OD260/280=1,7-2,5;

OD260/230=0,5-2,5; keine Verunreinigungen

RIN-Wert ≥7,5

Service-Workflow

Probenvorbereitung

Bibliotheksbau

Sequenzierung

Datenanalyse

Projektabwicklung

Vorherige: Vorgefertigte Illumina-Bibliotheken

Nächste: Sequenzierung spezifisch-lokusverstärkter Fragmente (SLAF-Seq)

Datenqualitätsbewertung der DNA-Probe

Tabelle 1. Statistiken zu bereinigten Daten.

BMKID	rawSeqNum	rawSumBase	saubereSequenznummer	cleanSumBase	cleanN50Len	saubere N90-Linse	sauberer Mittelwert Länge	cleanMaxLen	sauberer Mittelwert der Qualität
DNA_BMK01	1.218.239	26,37	1.121.736	25,90	28.014	15.764	23.090	143.181	9