Kleine RNA

Kleine RNAs (sRNAs) sind kurze, nicht-kodierende RNAs mit einer durchschnittlichen Länge von 18–30 Nukleotiden. Zu ihnen gehören miRNAs, siRNAs und piRNAs, die wichtige Funktionen in regulatorischen Prozessen erfüllen. Die BMKCloud sRNA-Pipeline bietet sowohl Standard- als auch benutzerdefinierte Analysen zur miRNA-Identifizierung. Nach dem Trimmen der Reads und der Qualitätskontrolle werden diese mit verschiedenen Datenbanken abgeglichen, um sRNAs zu klassifizieren und miRNAs auszuwählen und auf das Referenzgenom abzubilden. Die miRNA-Identifizierung erfolgt anhand bekannter miRNA-Datenbanken und liefert Informationen zu Sekundärstruktur, miRNA-Familie und Zielgenen. Die Analyse der differentiellen Genexpression identifiziert differentiell exprimierte miRNAs, und die entsprechenden Zielgene werden funktionell annotiert, um angereicherte Kategorien zu finden.