lncrna

Lange nicht-kodierende RNAs (lncRNA) sind RNAs mit mehr als 200 Nukleotiden, geringem Kodierungspotenzial, aber kritischen regulatorischen Funktionen. Die BMKCloud lncRNA-Pipeline ist für die Analyse rRNA-armer Bibliotheken mit einem hochwertigen, gut annotierten Referenzgenom konzipiert, indem die lncRNA- und mRNA-Expression gemeinsam analysiert werden. Nach dem Read-Trimmen und der Qualitätskontrolle werden die Reads mit dem Referenzgenom abgeglichen, um Transkripte zusammenzusetzen. Die anschließende Genstrukturanalyse deckt alternatives Spleißen und neue Gene auf. Transkripte werden als mRNAs oder lncRNAs identifiziert, und die Analyse der differentiellen Expression identifiziert differentiell exprimierte lncRNAs, ihre Ziele und differentiell exprimierte Gene (DEGS). Sowohl DEGs als auch differentiell exprimierte lncRNA-Ziele werden funktionell annotiert, um angereicherte Funktionskategorien zu finden.