lncRNA

Lange nicht kodierende RNAs (LNCRNA) sind RNAs länger als 200 Nukleotide mit niedrigem Codierungspotential, jedoch mit kritischen regulatorischen Funktionen. Die BMKCloud -LNCRNA -Pipeline wurde entwickelt, um rRNA abgereicherte Bibliotheken mit einem hochwertigen, gut annotierten Referenzgenom durch Analyse der LNCRNA- und mRNA -Expression zusammen zu analysieren. Nach dem Lesen von Trimm- und Qualitätskontrolle sind Lesevorgänge auf das Referenzgenom ausgerichtet, um Transkripte zusammenzustellen, und die anschließende Analyse der Genstruktur zeigt alternatives Spleißen und neuartige Gene. Transkripte werden als mRNAs oder lncRNAs identifiziert, und die differentielle Expressionsanalyse identifiziert differentiell exprimierte LNCRNAs, ihre Ziele und differentiell exprimierten Gene (DEGs). Sowohl DEGs als auch differentiell exprimierte lncRNA -Ziele werden funktional kommentiert, um angereicherte funktionelle Kategorien zu finden.