ØAlta experiència: s'han processat més de 200.000 mostres a BMK que cobreixen diversos tipus de mostres, inclosos cultius cel·lulars, teixits, fluids corporals, etc. i més de 7.000 projectes d'ARNm-Seq tancats que cobreixen diverses àrees de recerca.
ØSistema de control de qualitat estricte: els punts bàsics de control de qualitat a través de tots els passos, com ara la preparació de mostres, la preparació de la biblioteca, la seqüenciació i la bioinformàtica, estan sota un estret seguiment per tal d'oferir resultats d'alta qualitat.
ØMúltiples bases de dades disponibles per a l'anotació de funcions i estudis d'enriquiment per complir amb diversos objectius de recerca.
ØServeis postvenda: serveis postvenda vàlids durant 3 mesos després de la finalització del projecte, inclòs el seguiment dels projectes, la resolució de problemes, les preguntes i respostes dels resultats, etc.
Biblioteca | Estratègia de seqüenciació | Dades recomanades | Control de qualitat |
Poly A enriquit | Il·lumina PE150 | 6 Gb | Q30≥85% |
Nucleòtids:
Puresa | Integritat | Import |
OD260/280≥1,7-2,5 OD260/230≥0,5-2,5Es mostra al gel una contaminació limitada o nul·la per proteïnes o ADN. | Per a plantes: RIN≥6,5; Per a animals: RIN≥7;28S/18S≥1,0; elevació de referència limitada o sense | Conc.≥30 ng/μl;Volum ≥ 10 μl;Total ≥ 1,5 μg |
Teixit: pes (sec):≥1 g
* Per a teixits inferiors a 5 mg, recomanem enviar una mostra de teixit congelada (en nitrogen líquid).
Suspensió cel·lular:Recompte de cèl·lules = 3×106- 1×107
* Recomanem enviar lisat cel·lular congelat.En cas que el recompte de cèl·lules sigui inferior a 5 × 105, es recomana congelar ràpidament en nitrogen líquid, que és preferible per a la microextracció.
Mostres de sang:Volum ≥1 ml
Microorganisme:Massa ≥ 1 g
Envàs: tub de centrífuga de 2 ml (no es recomana paper d'alumini)
Etiquetatge de la mostra: grup+rèplica, p. ex. A1, A2, A3;B1, B2, B3....
Enviament:
Bioinformàtica
Eucariotes Flux de treball d'anàlisi de seqüenciació d'ARNm
Bioinformàtica
ØControl de qualitat de dades en brut
ØAlineació del genoma de referència
ØAnàlisi de l'estructura de la transcripció
ØQuantificació de l'expressió
ØAnàlisi de l'expressió diferencial
ØAnotació i enriquiment de funcions
1.Corba de saturació de dades d'ARNm
2.Anàlisi de l'expressió diferencial-Gràfic del volcà
3.Anotació KEGG en DEG
4.Classificació GO en DEG