mRNA-seq (NGS) amb genoma de referència
RNA-seq és una eina estàndard en les ciències de la vida i dels cultius, que redueix la bretxa entre genomes i proteomes. El seu punt fort rau en descobrir nous transcrits i quantificar la seva expressió en un sol assaig. S'utilitza àmpliament per a estudis transcriptòmics comparatius, il·luminant gens relacionats amb diversos trets o fenotips, com ara comparar mutants amb tipus salvatges o revelar l'expressió gènica en condicions específiques. L'aplicació BMKCloud mRNA (Reference) integra la quantificació d'expressió, l'anàlisi d'expressió diferencial (DEG) i les anàlisis d'estructura de seqüències a la cadena de bioinformàtica mRNA-seq (NGS) i combina els punts forts de programari similar, garantint la comoditat i la facilitat d'ús. Els usuaris poden carregar les seves dades de RNA-seq al núvol, on l'aplicació ofereix una solució completa d'anàlisi bioinformàtica única. A més, prioritza l'experiència del client, oferint operacions personalitzades adaptades a les necessitats específiques dels usuaris. Els usuaris poden establir paràmetres i enviar la missió de la cadena per si mateixos, consultar l'informe interactiu, veure dades/diagrames i completar la mineria de dades, com ara: selecció de gens objectiu, agrupació funcional, diagramació, etc.


Plataforma:Il·lumina, MGI
Estratègia:RNA-Seq
Disseny: Comparat, dades netes.
Tipus de biblioteca:fr-sense cadena, fr-primera cadena o fr-segona cadena
Durada de lectura:150 pb
Tipus de fitxer:*.fastq, *.fq, *.fastq.gz o *.fq.gz. El sistema ho faràemparella automàticament els fitxers .fastq segons els seus noms de fitxer,p. ex. *_1.fastq emparellat amb *._2.fastq.
Nombre de mostres:No hi ha restriccions en el nombrede mostres, però el temps d'anàlisi augmentarà a mesura que augmenta el nombre deles mostres creixen.
Quantitat de dades recomanada:6G per mostra