Inicia la sessió a BMKCloud
1

mRNA-seq (NGS) amb genoma de referència

百迈客云网站-11

mRNA-seq (NGS) amb genoma de referència

RNA-seq és una eina estàndard en les ciències de la vida i dels cultius, que redueix la bretxa entre genomes i proteomes. El seu punt fort rau en descobrir nous transcrits i quantificar la seva expressió en un sol assaig. S'utilitza àmpliament per a estudis transcriptòmics comparatius, il·luminant gens relacionats amb diversos trets o fenotips, com ara comparar mutants amb tipus salvatges o revelar l'expressió gènica en condicions específiques. L'aplicació BMKCloud mRNA (Reference) integra la quantificació d'expressió, l'anàlisi d'expressió diferencial (DEG) i les anàlisis d'estructura de seqüències a la cadena de bioinformàtica mRNA-seq (NGS) i combina els punts forts de programari similar, garantint la comoditat i la facilitat d'ús. Els usuaris poden carregar les seves dades de RNA-seq al núvol, on l'aplicació ofereix una solució completa d'anàlisi bioinformàtica única. A més, prioritza l'experiència del client, oferint operacions personalitzades adaptades a les necessitats específiques dels usuaris. Els usuaris poden establir paràmetres i enviar la missió de la cadena per si mateixos, consultar l'informe interactiu, veure dades/diagrames i completar la mineria de dades, com ara: selecció de gens objectiu, agrupació funcional, diagramació, etc.

Resultats de la demostració
Mineria de dades
Requisit d'importació
Anàlisi principal
Referència
Resultats de la demostració

Mineria de dades

Requisit d'importació

Plataforma:Il·lumina, MGI
Estratègia:RNA-Seq
Disseny: Comparat, dades netes.
Tipus de biblioteca:fr-sense cadena, fr-primera cadena o fr-segona cadena
Durada de lectura:150 pb
Tipus de fitxer:*.fastq, *.fq, *.fastq.gz o *.fq.gz. El sistema ho faràemparella automàticament els fitxers .fastq segons els seus noms de fitxer,p. ex. *_1.fastq emparellat amb *._2.fastq.
Nombre de mostres:No hi ha restriccions en el nombrede mostres, però el temps d'anàlisi augmentarà a mesura que augmenta el nombre deles mostres creixen.
Quantitat de dades recomanada:6G per mostra

Anàlisi principal
Les principals eines d'anàlisi i bioinformàtiques de mRNA-seq (Referència)la canonada és la següent:
1. Control de qualitat de les dades en brut:
• Eliminació de seqüències de baixa qualitat, seqüències adaptadores,etc.;
•Eines: pipeline desenvolupat internament;
2. Alineació de dades amb un genoma de referència:
• Alineació de lectures amb un algoritme sensible a l'empalmament contra elgenoma de referència.
•Eines:HISAT2, eines sam
3. Anàlisi de la qualitat de la biblioteca:
• Anàlisi de longitud d'inserció, anàlisi de saturació de seqüències, etc.
•Eines:eines sam;
4. Anàlisi de l'estructura de seqüències:
• Anàlisi d'empalmament alternatiu, optimització de l'estructura gènica,predicció de nous gens, etc.
•Eines:CordaCorda, gffcompare, GATK,DIAMANT, InterProScan, iHMMER.
5. Anàlisi d'expressió diferencial:
•Cribratge DEG, anàlisi de correlacions, funcionalenriquiment;
Diversos resultats de visualització;
RambSEGseq, DESeq2, ggplot2, DEXSeq
Referència
1. Kim, Daehwan et al. «Alineació del genoma basada en grafs igenotipatge amb HISAT2 i genotip HISAT.NaturaBiotecnologia37 (2019): 907-915.
2. McKenna, Aaron et al. «El conjunt d'eines d'anàlisi del genoma: unMarc MapReduce per a l'anàlisi d'ADN de nova generacióseqüenciació de dades".Recerca del genoma209 (2010): 1297-303.
3. Li, Heng et al. «El format d'alineació/mapa de seqüències iEines SAM.”Bioinformàtica25 (2009): 2078-2079.
4. Perțea, Mihaela et al. "StringTie permet millorarreconstrucció d'un transcriptoma a partir de lectures de RNA-seq.NaturaBiotecnologia33 (2015): 290-295.
5. Love, Michael I. et al. «Estimació moderada del canvi de plecs idispersió per a dades de RNA-seq amb DESeq2.GenomaBiologia15 (2014): núm. pàg.
6. Eddy, Sean R. «Cerques accelerades de perfils HMM».PLoS Biologia Computacional7 (2011): núm. pàg.

obtenir un pressupost

Escriu el teu missatge aquí i envia'ns-el

Envia'ns el teu missatge: