Seqüenciació del genoma sencer de plantes/animals
1. Avantatges del servei
Àmplia experiència en seqüenciació del genoma per a més de 1000 espècies.
Més de 800 casos publicats amb un factor d'impacte acumulat superior a 4000.
Anàlisi bioinformàtica integral sobre crida de variació i anàlisi de funcions.
2. Especificacions del servei
| Plataforma | Biblioteca | Profunditat seq recomanada | |
| Il·lumina | PE 150 | Per a SNP, trucada InDel ≥ 10x Per a trucades SV, CNY ≥ 30x
| |
| Nanopor
| 8 kb | Per a trucades SV, CNY ≥ 20x | |
| Pacbio | CCS | 15 kb | Per a les trucades SNP, InDel, SV i CNY ≥ 10x |
3. Exemples de requisits
| Plataforma | Conc.(ng/μL)
| Import (ng)
| Puresa
| Gel d'agarosa
| ||
| OD260/280 | OD260/230 | 1. Netegeu la banda principal sense o limitadadegradació observada al gel. 2. Contaminació nula o limitada d'ARN o proteïnes
| ||||
| Il·lumina | ≥1 | ≥30
| - | - | ||
| Nanopor
| ≥30 | Depèn del rendiment de les dades 10 μg/cèl·lula | 1.7-2.2 | ≥1,5 | ||
| Pacbio | CCS | ≥50 | 1.7-2.2 | 1,8-2,5 | ||
4. Anàlisi de la bioinformació
5. Flux de treball del servei
Lliurament de la mostra
Extracció d'ADN
Construcció de la biblioteca
Seqüenciació
Anàlisi de dades
Lliurament de dades
1) Estadístiques de Cartografia del Genoma
Taula 1 Estadístiques del resultat de la cartografia
Figura 1 Distribució de la mida de la inserció i la cobertura de lectura.
2) Detecció variable
Figura 2 Estadístiques i anotació de SNP/INDEL/SV entre mostres
Figura 3 Distribució de les variacions a tot el genoma
3) Anotació funcional de variacions
| 2019 | Comunicacions de natura | La reseqüenciació de tot el genoma revela l'origen de Brassica napus i els loci genètics implicats en la seva millora |
| 2020 | PNAS | L'origen evolutiu i la història de la domesticació del peix daurat (Carassius auratus) |
| 2021 | Revista de Biotecnologia Vegetal | Genomes de referència de les dues espècies de jute conreades |
| 2021 | Revista de Biotecnologia Vegetal | Signatures genòmiques de Brassicajuncea al·lopoliploides vegetals i oleaginoses i loci genètics que controlen l'acumulació de glucosinolats |
| 2019 | Planta Molecular | La reseqüenciació de tot el genoma d'una col·lecció mundial d'accessions de colza revela la base genètica de la seva divergència d'ecotips |
| 2022 | Recerca en horticultura | L'anàlisi d'associació a tot el genoma proporciona informació molecular sobre la variació natural de la mida de les llavors de síndria |
| 2021 | Revista de Botànica Experimental | L'estudi d'associació a tot el genoma identifica variants de GhSAD1 que confereixen tolerància al fred al cotó |
| 2021 | Revista de Botànica Experimental | L'estudi d'associació a tot el genoma i la comparació de transcriptoma revelen nous gens QTL i candidats que controlen la mida dels pètals a la colza |
