Productes

*Els resultats de demostració que es mostren aquí són tots de genomes publicats amb Biomarker Technologies

1. Estimació del temps d'inserció de LTR: La figura mostra una distribució bimodal única en els temps d'inserció de LTR-RT al genoma del sègol de Weining, en comparació amb altres espècies.El pic més recent va aparèixer fa uns 0,5 milions d'anys.

Li Guang et al.,Genètica de la natura, 2021

2.Filogènia i anàlisi de la família gènica del chaiot (Sechium edule): mitjançant l'anàlisi del chaiot i les altres 13 espècies relacionades de la família gènica, es va trobar que Chayote estava més relacionat amb la carbassa de serp (Trichosanthes anguina).Chayote derivat de la carbassa de serp al voltant de 27-45 Mya i es va observar una duplicació del genoma sencer (WGD) en chayote en 25 ± 4 Mya, que és el tercer esdeveniment de WGD a cucuibitaceae.

Fu A et al.,Recerca en horticultura, 2021

3.Anàlisi de la sintènia: es van trobar alguns gens relacionats amb les fitohormones en el desenvolupament de la fruita en el chaiot, la carbassa i la carbassa.La correlació entre chaiote i carbassa és lleugerament superior a la entre chaiote i carbassa de serp.

Fu A et al.,Recerca en horticultura, 2021

4.Anàlisi de la família de gens: l'enriquiment de KEGG en l'expansió i la contracció de la família de gens en els genomes de G.thurberi i G.davidsonii va demostrar que es van ampliar els gens relacionats amb la biosíntesi d'esteroides i la biosíntesi de brassinosteroides.

Yang Z et al.,BMC Biologia, 2021

5.Anàlisi de duplicació del genoma sencer: l'anàlisi de la distribució 4DTV i Ks mostra un esdeveniment de duplicació del genoma sencer.Els pics d'intraespècies van mostrar esdeveniments de duplicació.Els pics d'interespècies mostren esdeveniments d'especiació.L'anàlisi va indicar que en comparació amb les altres tres espècies estretament relacionades, O. europaea va passar per una duplicació de gens a gran escala més recentment.

Rao G et al.,Recerca en horticultura, 2021

Cas BMK

Rosa sense espina: coneixements genòmics relacionats amb l'adaptació a la humitat

Publicat: National Science Review, 2021

Estratègia de seqüenciació:

'La de BasyeSense espines' (R.Wichurainan) genoma:
Aprox.93 X PacBio + aprox.90 X Nanopore + 267 X Il·lumina

Resultats clau

1.El genoma de R.wichuraiana d'alta qualitat es va construir mitjançant tècniques de seqüenciació de lectura llarga, que donen un conjunt de 530,07 Mb (la mida estimada del genoma va ser d'aproximadament 525,9 Mb per citometria de flux i 525,5 per enquesta del genoma; l'heterozigositat era d'uns 1,03%).La puntuació estimada de BUSCO era del 93,9%.En comparació amb "Old blush" (haploOB), la qualitat i la integritat d'aquest genoma es van confirmar mitjançant la precisió d'una base única i l'índex de muntatge LTR (LAI = 20, 03).El genoma de R.wichuraiana conté 32.674 gens codificants de proteïnes.

2.L'anàlisi conjunta multiòmica, consistent en genòmica comparada, transcriptòmica, anàlisi QTL de població genètica, va revelar l'especiació crucial entre R. wichuraiana i Rosa chinensis.A més, és probable que la variació d'expressió dels gens relacionats en QTL s'associés amb el patró de la tija.

L'anàlisi de la genòmica comparada entre Basye;s Thornless i Rosa chinensis, inclosa l'anàlisi de sintènia, el grup de la família de gens, l'anàlisi d'expansió i contracció, va revelar un gran nombre de variacions, relacionades amb trets crucials de les roses.L'expansió única de la família de gens NAC i FAR1/FRS era molt probable que estigués associada amb la resistència al punt negre.

Zhong, M., et al."Rosa sense espina: coneixements genòmics relacionats amb l'adaptació a la humitat"National Science Review, 2021;, nwab092.