-
Seqüenciació d'ARN d'un sol nucli
El desenvolupament de tècniques de captura d'una sola cèl·lula i de construcció de biblioteques personalitzades, juntament amb la seqüenciació d'alt rendiment, ha revolucionat els estudis d'expressió gènica a nivell cel·lular. Aquest avenç permet una anàlisi més profunda i completa de les poblacions cel·lulars complexes, superant les limitacions associades a la mitjana de l'expressió gènica a totes les cèl·lules i preservant la veritable heterogeneïtat dins d'aquestes poblacions. Tot i que la seqüenciació d'ARN unicel·lular (scRNA-seq) té avantatges innegables, es troba amb reptes en determinats teixits on la creació d'una suspensió unicel·lular resulta difícil i requereix mostres fresques. A BMKGene, abordem aquest obstacle oferint la seqüenciació d'ARN d'un sol nucli (snRNA-seq) mitjançant la tecnologia d'última generació 10X Genomics Chromium. Aquest enfocament amplia l'espectre de mostres susceptibles de l'anàlisi del transcriptoma a nivell d'una sola cèl·lula.
L'aïllament dels nuclis s'aconsegueix mitjançant l'innovador xip 10X Genomics Chromium, que inclou un sistema de microfluídica de vuit canals amb dobles encreuaments. Dins d'aquest sistema, les perles de gel que incorporen codis de barres, primers, enzims i un sol nucli s'encapsulen en gotes d'oli de mida nanolitres, formant una emulsió de gel en emulsió (GEM). Després de la formació de GEM, es produeix la lisi cel·lular i l'alliberament de codi de barres dins de cada GEM. Posteriorment, les molècules d'ARNm es sotmeten a una transcripció inversa en ADNc, incorporant codis de barres 10X i identificadors moleculars únics (UMI). Aquests ADNc es sotmeten a una construcció estàndard de biblioteques de seqüenciació, facilitant una exploració robusta i completa dels perfils d'expressió gènica a nivell d'una sola cèl·lula.
Plataforma: plataforma 10× Genomics Chromium i Illumina NovaSeq
-
10x Genomics Visium Spatial Transcriptome
La transcriptòmica espacial és una tecnologia d'avantguarda que permet als investigadors investigar els patrons d'expressió gènica dins dels teixits tot preservant el seu context espacial. Una plataforma potent en aquest domini és 10x Genomics Visium juntament amb la seqüenciació Illumina. El principi de 10X Visium es troba en un xip especialitzat amb una àrea de captura designada on es col·loquen seccions de teixit. Aquesta àrea de captura conté punts amb codi de barres, cadascun corresponent a una ubicació espacial única dins del teixit. A continuació, les molècules d'ARN capturades del teixit s'etiqueten amb identificadors moleculars únics (UMI) durant el procés de transcripció inversa. Aquests punts de codi de barres i UMI permeten un mapeig espacial precís i la quantificació de l'expressió gènica amb una resolució d'una sola cèl·lula. La combinació de mostres amb codi de barres espacial i UMI garanteix la precisió i l'especificitat de les dades generades. Mitjançant l'ús d'aquesta tecnologia de transcriptòmica espacial, els investigadors poden obtenir una comprensió més profunda de l'organització espacial de les cèl·lules i de les complexes interaccions moleculars que es produeixen dins dels teixits, oferint informació inestimable sobre els mecanismes subjacents als processos biològics en múltiples camps, com l'oncologia, la neurociència, la biologia del desenvolupament i la immunologia. , i estudis botànics.
Plataforma: 10X Genomics Visium i Illumina NovaSeq
-
Seqüenciació d'ARNm de longitud completa-Nanopore
Tot i que la seqüenciació d'ARNm basada en NGS és una eina versàtil per quantificar l'expressió gènica, la seva dependència de lectures curtes restringeix la seva eficàcia en anàlisis transcriptòmiques complexes. D'altra banda, la seqüenciació de nanopors utilitza tecnologia de lectura llarga, que permet la seqüenciació de transcripcions d'ARNm de longitud completa. Aquest enfocament facilita una exploració integral de l'empalmament alternatiu, les fusions de gens, la poliadenilació i la quantificació d'isoformes d'ARNm.
La seqüenciació de nanoporos, un mètode que es basa en senyals elèctrics en temps real d'una molècula única de nanopors, proporciona resultats en temps real. Guiat per proteïnes motores, l'ADN de doble cadena s'uneix a proteïnes nanoporos incrustades en un biofilm, desenrotllant-se a mesura que passa pel canal de nanopors sota una diferència de voltatge. Els distintius senyals elèctrics generats per diferents bases de la cadena d'ADN es detecten i classifiquen en temps real, facilitant una seqüenciació de nucleòtids precisa i contínua. Aquest enfocament innovador supera les limitacions de lectura curta i proporciona una plataforma dinàmica per a anàlisis genòmiques complicades, inclosos estudis transcriptòmics complexos, amb resultats immediats.
Plataforma: Nanopore PromethION 48
-
Seqüenciació d'ARNm de longitud completa -PacBio
Tot i que la seqüenciació d'ARNm basada en NGS és una eina versàtil per quantificar l'expressió gènica, la seva dependència de lectures curtes restringeix el seu ús en anàlisis transcriptòmiques complexes. D'altra banda, la seqüenciació PacBio (Iso-Seq) utilitza tecnologia de lectura llarga, que permet la seqüenciació de transcripcions d'ARNm de longitud completa. Aquest enfocament facilita una exploració integral de l'empalmament alternatiu, les fusions de gens i la poliadenilació. Tanmateix, hi ha altres opcions per a la quantificació de l'expressió gènica a causa de la gran quantitat de dades requerides. La tecnologia de seqüenciació PacBio es basa en la seqüenciació en temps real d'una sola molècula (SMRT), proporcionant un avantatge diferent en la captura de transcripcions d'ARNm de longitud completa. Aquest enfocament innovador implica l'ús de guies d'ona de mode zero (ZMW) i pous microfabricats que permeten l'observació en temps real de l'activitat de l'ADN polimerasa durant la seqüenciació. Dins d'aquests ZMW, l'ADN polimerasa de PacBio sintetitza una cadena complementària d'ADN, generant lectures llargues que abasten la totalitat de les transcripcions d'ARNm. El funcionament de PacBio en mode de seqüenciació de consens circular (CCS) millora la precisió seqüenciant repetidament la mateixa molècula. Les lectures HiFi generades tenen una precisió comparable a NGS, contribuint encara més a una anàlisi exhaustiva i fiable de les característiques transcriptòmiques complexes.
Plataforma: PacBio Sequel II; PacBio Revio
-
Seqüenciació d'ARNm eucariota-NGS
La seqüenciació d'ARNm, una tecnologia versàtil, permet el perfil complet de totes les transcripcions d'ARNm dins de les cèl·lules en condicions específiques. Amb les seves àmplies aplicacions, aquesta eina d'avantguarda revela perfils d'expressió gènica complexos, estructures gèniques i mecanismes moleculars associats a diversos processos biològics. Ampliament adoptada en investigació fonamental, diagnòstic clínic i desenvolupament de fàrmacs, la seqüenciació d'ARNm ofereix informació sobre les complexitats de la dinàmica cel·lular i la regulació genètica, despertant curiositat pel seu potencial en diversos camps.
Plataforma: Illumina NovaSeq X; DNBSEQ-T7
-
Seqüenciació d'ARNm no basada en referència-NGS
La seqüenciació d'ARNm permet el perfil complet de totes les transcripcions d'ARNm dins de les cèl·lules en condicions específiques. Aquesta tecnologia d'avantguarda serveix com una eina potent, revelant perfils d'expressió gènica complexos, estructures gèniques i mecanismes moleculars associats a diversos processos biològics. Ampliament adoptada en la investigació fonamental, el diagnòstic clínic i el desenvolupament de fàrmacs, la seqüenciació d'ARNm ofereix informació sobre les complexitats de la dinàmica cel·lular i la regulació genètica.
Plataforma: Illumina NovaSeq X; DNBSEQ-T7
-
Seqüenciació llarga no codificant-Illumina
Els ARN llargs no codificants (lncRNAs) són més llargs que 200 nucleòtids que tenen un potencial de codificació mínim i són elements fonamentals dins de l'ARN no codificant. Trobats al nucli i al citoplasma, aquests ARN tenen un paper crucial en la regulació epigenètica, transcripcional i post-transcripcional, subratllant la seva importància en la configuració dels processos cel·lulars i moleculars. La seqüenciació de LncRNA és una eina poderosa en la diferenciació cel·lular, l'ontogènesi i les malalties humanes.
Plataforma: Illumina NovaSeq
-
Seqüenciació d'ARN petit-Il·lumina
Les molècules petites d'ARN (sRNA) inclouen microRNAs (miRNAs), petits ARN interferents (siRNAs) i ARNs que interactuen amb piwi (piRNAs). Entre aquests, els miRNAs, d'uns 18-25 nucleòtids de llargada, destaquen especialment pel seu paper regulador fonamental en diversos processos cel·lulars. Amb patrons d'expressió específics del teixit i de l'etapa, els miRNA presenten una alta conservació en diferents espècies.
Plataforma: Illumina NovaSeq
-
Seqüenciació de CircRNA-Il·lumina
La seqüenciació d'ARN circular (circRNA-seq) consisteix a perfilar i analitzar els ARN circulars, una classe de molècules d'ARN que formen bucles tancats a causa d'esdeveniments d'empalmament no canònics, proporcionant a aquest ARN una major estabilitat. Tot i que s'ha demostrat que alguns circRNA actuen com a esponges de microRNA, segrestant microRNAs i impedint que regulin els seus ARNm objectiu, altres circRNAs poden interactuar amb proteïnes, modular l'expressió gènica o tenir papers en els processos cel·lulars. L'anàlisi de l'expressió de circRNA proporciona informació sobre els papers reguladors d'aquestes molècules i la seva importància en diversos processos cel·lulars, etapes de desenvolupament i condicions de la malaltia, contribuint a una comprensió més profunda de la complexitat de la regulació de l'ARN en el context de l'expressió gènica.
-
Seqüenciació del transcriptoma complet - Illumina
La seqüenciació del transcriptoma sencer ofereix un enfocament integral per perfilar diverses molècules d'ARN, que inclou ARN codificants (ARNm) i no codificants (ARNlnc, circRNA i miRNA). Aquesta tècnica captura tot el transcriptoma de cèl·lules específiques en un moment donat, permetent una comprensió holística dels processos cel·lulars. També coneguda com a "seqüenciació de l'ARN total", té com a objectiu revelar xarxes reguladores intricades a nivell de transcriptoma, que permeten anàlisis en profunditat com ara l'ARN endogen competidor (ARNce) i l'anàlisi conjunta de l'ARN. Això marca el pas inicial cap a la caracterització funcional, especialment en el desenrotllament de les xarxes reguladores que impliquen interaccions ceRNA basades en circRNA-miRNA-mRNA.
