-
Anàlisi d'associacions a tot el genoma
L'estudi d'associació a tot el genoma (GWAS) té com a objectiu identificar variants genètiques (genotip) que s'associen a trets específics (fenotip).L'estudi GWAS investiga els marcadors genètics creuen el genoma sencer d'un gran nombre d'individus i prediu les associacions genotip-fenotip mitjançant anàlisi estadística a nivell de població.S'ha aplicat àmpliament en investigacions sobre malalties humanes i mineria de gens funcionals en trets complexos d'animals o plantes.
-
Seqüenciació d'ARN d'un sol nucli
L'avenç en la captura de cèl·lules individuals i la tècnica de construcció de biblioteques individuals que es combinen amb la seqüenciació d'alt rendiment permeten estudis d'expressió gènica cèl·lula per cèl·lula.Permet una anàlisi del sistema més profunda i completa de poblacions cel·lulars complexes, en la qual evita en gran mesura l'emmascarament de la seva heterogeneïtat fent la mitjana de totes les cèl·lules.
No obstant això, algunes cèl·lules no són adequades per convertir-se en suspensió unicel·lular, de manera que es necessiten altres mètodes de preparació de mostres: l'extracció del nucli dels teixits, és a dir, el nucli s'extreu directament de teixits o cèl·lules i es prepara en suspensió d'un sol nucli per a un sol nucli. seqüenciació cel·lular.
BMK ofereix un servei de seqüenciació d'ARN unicel·lular basat en 10x Genomics ChromiumTM.Aquest servei s'ha utilitzat àmpliament en estudis sobre estudis relacionats amb malalties, com ara la diferenciació de cèl·lules immunitàries, heterogeneïtat del tumor, desenvolupament de teixits, etc.
Xip de transcriptoma espacial: 10× Genòmica
Plataforma: Illumina NovaSeq 6000
-
Seqüenciació del genoma sencer de plantes/animals
La reseqüenciació del genoma sencer, també coneguda com WGS, permet revelar mutacions tant comunes com rares a tot el genoma, incloent el polimorfisme de nucleòtids únics (SNP), la supressió d'inserció (InDel), la variació d'estructura (SV) i la variació del nombre de còpies (CNV). ).Els SV constitueixen una part més gran de la base de variació que els SNP i tenen un impacte més gran en el genoma, la qual cosa té un efecte significatiu en els organismes vius.La reseqüenciació de lectura llarga permet una identificació més precisa de fragments grans i variacions complicades perquè les lectures llargues faciliten molt l'encreuament cromosòmic sobre regions complicades com ara repeticions en tàndem, regions riques en GC/AT i regions hipervariables.
Plataforma: Illumina, PacBio, Nanopore
-
Transcriptoma espacial BMKMANU S1000
L'organització espacial de les cèl·lules té un paper vital en diversos processos biològics, com ara la infiltració immune, el desenvolupament embrionari, etc. La seqüenciació espacial del transcriptoma, que indica el perfil de l'expressió gènica alhora que conserva la informació de la posició espacial, ha proporcionat una gran visió de l'arquitectura dels teixits a nivell de transcriptoma.Amb el desenvolupament de la tecnologia, la morfologia del teixit ultraclar i la diferència estructural real de l'expressió molecular espacial s'han d'estudiar amb una resolució més alta.BMKGENE ofereix un servei integral de seqüenciació de transcriptoma espacial, des de mostres fins a coneixements biològics.
Les tecnologies de transcriptòmica espacial van potenciar noves perspectives en diversos àmbits de recerca en resoldre el perfil d'expressió gènica amb contingut espacial en mostres heterogènies.
Xip de transcriptoma espacial: BMKMANU S1000
Plataforma: Illumina NovaSeq 6000
-
10x Genomics Visium Spatial Transcriptome
Visium Spatial Gene Expression és una tecnologia de seqüenciació de transcriptoma espacial convencional per classificar teixits en funció de l'ARNm total.Mapeja tot el transcriptoma amb context morfològic per descobrir noves idees sobre el desenvolupament normal, la patologia de la malaltia i la investigació clínica translacional.BMKGENE ofereix un servei integral de seqüenciació de transcriptoma espacial, des de mostres fins a coneixements biològics.
Les tecnologies de transcriptòmica espacial van potenciar noves perspectives en diversos àmbits de recerca resolent el perfil d'expressió gènica amb contingut espacial en mostres heterogènies..
Xip de transcriptoma espacial: 10x Genomics Visium
Plataforma:Illumina NovaSeq 6000
-
Seqüenciació d'ARNm de longitud completa-Nanopore
La seqüenciació de l'ARN ha estat una eina inestimable per a l'anàlisi completa del transcriptoma.Sens dubte, la seqüenciació tradicional de lectura curta va aconseguir nombrosos desenvolupaments importants aquí.No obstant això, sovint es troba amb limitacions en les identificacions d'isoformes de llarga durada, la quantificació i el biaix de la PCR.
La seqüenciació de nanopores es distingeix d'altres plataformes de seqüenciació, ja que els nucleòtids es llegeixen directament sense síntesi d'ADN i genera una lectura llarga a desenes de quilobases.Això permet la lectura directa creuant transcripcions completes i abordar els reptes dels estudis a nivell d'isoforma.
Plataforma：Nanopore PromethION
Biblioteca:cDNA-PCR
-
Seqüenciació d'ARNm de longitud completa -PacBio
De nouseqüenciació de transcriptoma de longitud completa, també coneguda com aDe nouIso-Seq aprofita els avantatges del seqüenciador PacBio en longitud de lectura, que permet la seqüenciació de molècules d'ADNc de longitud completa sense cap interrupció.Això evita completament qualsevol error generat en els passos de muntatge de la transcripció i construeix conjunts unigènes amb resolució a nivell d'isoforma.Aquest conjunt unigène proporciona informació genètica potent com a "genoma de referència" a nivell de transcriptoma.A més, combinant-se amb dades de seqüenciació de nova generació, aquest servei permet una quantificació precisa de l'expressió a nivell d'isoformes.
Plataforma: PacBio Sequel IIBiblioteca: biblioteca de campanes SMRT -
Seqüenciació d'ARNm eucariotes-Il·lumina
La seqüenciació d'ARNm permet el perfil de tots els ARNm transcrits de cèl·lules en condicions específiques.És una tecnologia potent per revelar el perfil d'expressió gènica, les estructures gèniques i els mecanismes moleculars de determinats processos biològics.Fins ara, la seqüenciació de l'ARNm s'ha utilitzat àmpliament en la investigació fonamental, el diagnòstic clínic, el desenvolupament de fàrmacs, etc.
Plataforma: Illumina NovaSeq 6000
-
Seqüenciació d'ARNm no basada en referència-Illumina
La seqüenciació de l'ARNm adopta la tècnica de seqüenciació de nova generació (NGS) per capturar l'ARN missatger (ARNm) dels eucariotes en un període específic en què s'estan activant algunes funcions especials.La transcripció més llarga empalmada es va anomenar "Unigene" i es va utilitzar com a seqüència de referència per a l'anàlisi posterior, que és un mitjà eficaç per estudiar el mecanisme molecular i la xarxa reguladora de l'espècie sense referència.
Després del muntatge de dades del transcriptoma i l'anotació funcional unigène
(1) Es realitzaran anàlisis SSR, predicció de CDS i estructura gènica.
(2) Es realitzarà la quantificació de l'expressió unigènica a cada mostra.
(3) Es descobriran unigènes expressats de manera diferent entre mostres (o grups) basant-se en l'expressió unigènica
(4) Es realitzarà l'agrupament, l'anotació funcional i l'anàlisi d'enriquiment d'unigènes expressats de manera diferencial
-
Seqüenciació llarga no codificant-Illumina
Els ARN llargs no codificants (lncRNAs) són un tipus de molècules d'ARN amb una longitud superior a 200 nt, que es caracteritzen per un potencial de codificació extremadament baix.El LncRNA, com a membre clau dels ARN no codificants, es troba principalment al nucli i al plasma.El desenvolupament de la tecnologia de seqüenciació i la bioinformàtica permet identificar nombrosos lncRNAs nous i associar-los amb funcions biològiques.Les evidències acumulades suggereixen que el lncRNA està àmpliament implicat en la regulació epigenètica, la regulació de la transcripció i la regulació posterior a la transcripció.
