Seqüenciació metagenòmica -NGS
Un metagenoma és una col·lecció del material genètic total d'una comunitat mixta d'organismes, com ara metagenomes ambientals i humans. Conté genomes de microorganismes cultivables i no cultivables. La seqüenciació metagenòmica de shotgun amb NGS permet l'estudi d'aquests paisatges genòmics intricats integrats en mostres ambientals proporcionant més que perfils taxonòmics, donant també informació granular sobre la diversitat d'espècies, la dinàmica d'abundància i les estructures de població complexes. Més enllà dels estudis taxonòmics, la metagenòmica de shotgun també ofereix una perspectiva de genòmica funcional, permetent l'exploració de gens codificats i els seus suposats papers en els processos ecològics. Finalment, l'establiment de xarxes de correlació entre elements genètics i factors ambientals contribueix a una comprensió holística de la complexa interacció entre les comunitats microbianes i el seu fons ecològic. En conclusió, la seqüenciació metagenòmica es presenta com un instrument fonamental per desentranyar les complexitats genòmiques de diverses comunitats microbianes, il·luminant les relacions multifacètiques entre la genètica i l'ecologia dins d'aquests ecosistemes complexos.
Plataformes: Illumina NovaSeq i DNBSEQ-T7
Avantatges del servei
●Mètode d'aïllament i sense cultiu per a la creació de perfils de comunitats microbianes: Permetre la seqüenciació de material genètic d'organismes no cultivables.
●Alta resolucióDetectar espècies de baixa abundància en mostres ambientals.
●Anàlisi bioinformàtica exhaustiva:Centrat no només en la diversitat taxonòmica sinó també en la diversitat funcional de la comunitat.
●Àmplia experiència:Amb un historial de tancament amb èxit de múltiples projectes de metagenòmica en diversos àmbits de recerca i processament de més de 200.000 mostres, el nostre equip aporta una gran experiència a cada projecte.
Especificacions del servei
| Plataforma de seqüenciació | Estratègia de seqüenciació | Dades recomanades | Control de qualitat |
| Illumina NovaSeq o DNBSEQ-T7 | PE150 | 6-20 Gb | Q30≥85% |
Requisits del servei
| Concentració (ng/µL) | Quantitat total (ng) | Volum (µL) |
| ≥1 | ≥30 | ≥20 |
● Sòl/fang: 2-3 g
● Contingut intestinal animal: 0,5-2 g
● Contingut intestinal d'insectes: 0,1-0,25 g
● Superfície vegetal (sediment enriquit): 0,5-1 g
● Sediment enriquit amb brou de fermentació): 0,2-0,5 g
● Femtes (animals grans): 0,5-2 g
● Femtes (ratolí): 3-5 grans
● Líquid de rentat alveolar pulmonar: paper de filtre
● Hisop vaginal: 5-6 hisops
● Hisop de pell/genital/saliva/teixit tou oral/hisop faringi/hisop rectal: 2-3 hisops
● Microorganisme superficial: 5-6 hisops
● Cos d'aigua/aire/biofilm: paper de filtre
● Endòfits: 2-3 g
● Placa dental: 0,5-1 g
Flux de treball del servei
Lliurament de mostres
Construcció de biblioteques
Seqüenciació
Anàlisi de dades
Serveis postvenda
Inclou l'anàlisi següent:
● Control de qualitat de les dades de seqüenciació
● Assemblament del metagenoma i predicció gènica
● Anotació genètica
● Anàlisi taxonòmica de la diversitat alfa
● Anàlisi funcional de la comunitat: funció biològica, metabòlica, resistència als antibiòtics
● Anàlisi de la diversitat funcional i taxonòmica:
Anàlisi de diversitat beta
Anàlisi intergrupal
Anàlisi de correlació: entre factors ambientals i composició i diversitat de l'OUT
Anàlisi funcional: resistència als antibiòtics CARD
Anàlisi diferencial de les vies metabòliques de KEGG: mapa de calor de les vies significatives
Diversitat alfa de la distribució taxonòmica: índex ACE
Diversitat beta de la distribució taxonòmica: PCoA
Exploreu els avenços facilitats pels serveis de seqüenciació de metagenomes de BMKGene amb Illumina a través d'una col·lecció curada de publicacions.
Hai, Q. et al. (2023) 'Anàlisi metagenòmica i metabolòmica dels canvis en el contingut intestinal de la truita arc de Sant Martí (Oncorhynchus mykiss) infectada amb el virus de la necrosi hematopoètica infecciosa a diferents temperatures de l'aigua de cultiu',Fronteres en Microbiologia, 14, pàg. 1275649. doi: 10.3389/FMICB.2023.1275649.
Mao, C. et al. (2023) «Comunitats microbianes, gens de resistència i riscos de resistòmes en llacs urbans de diferents estats tròfics: vincles interns i influències externes».Revista d'Avenços en Materials Perillosos, 9, pàg. 100233. doi: 10.1016/J.HAZADV.2023.100233.
Su, M. et al. (2022) «L'anàlisi metagenòmica va revelar diferències en la composició i la funció entre els microorganismes associats a líquids i sòlids del rumen oví».Fronteres en Microbiologia, 13, pàg. 851567. doi: 10.3389/FMICB.2022.851567.
Yin, J. et al. (2023) 'La microbiota derivada del porc obes de Ningxiang reconfigura el metabolisme de la carnitina per promoure la deposició d'àcids grassos musculars en porcs DLY magres',La innovació, 4(5), pàg. 100486. doi: 10.1016/J.XINN.2023.100486.
Zhao, X. et al. (2023) «Informació metagenòmica sobre els riscos potencials de plàstics bio/no degradables representatius i deixalles no plàstiques als trams superior i inferior de l'estuari de Haihe, Xina».Ciència del Medi Ambient Total, 887, pàg. 164026. doi: 10.1016/J.SCITOTENV.2023.164026.
