Seqüenciació metagenòmica -NGS
Un metagenoma és una col·lecció del material genètic total d'una comunitat mixta d'organismes, com ara metagenomes ambientals i humans. Conté genomes de microorganismes cultivables i no cultivables. La seqüenciació metagenòmica d'escopeta amb NGS permet l'estudi d'aquests paisatges genòmics intricats incrustats en mostres ambientals proporcionant més que un perfil taxonòmic, donant també una visió granular de la diversitat d'espècies, la dinàmica d'abundància i les estructures poblacionals complexes. Més enllà dels estudis taxonòmics, la metagenòmica d'escopeta també ofereix una perspectiva de la genòmica funcional, que permet l'exploració de gens codificats i els seus papers putatius en els processos ecològics. Finalment, l'establiment de xarxes de correlació entre elements genètics i factors ambientals contribueix a una comprensió holística de la intricada interacció entre les comunitats microbianes i el seu fons ecològic. En conclusió, la seqüenciació metagenòmica és un instrument fonamental per aclarir les complexitats genòmiques de diverses comunitats microbianes, il·luminant les relacions polièdriques entre la genètica i l'ecologia dins d'aquests ecosistemes complexos.
Plataformes: Illumina NovaSeq i DNBSEQ-T7
Avantatges del servei
●Mètode lliure d'aïllament i cultiu per al perfil de la comunitat microbiana: Permet la seqüenciació de material genètic a partir d'organismes no cultivables.
●Alta Resolució: Detectar espècies de poca abundància en mostres ambientals.
●Anàlisi Bioinformàtica Integral:Centrat no només en la diversitat taxonòmica sinó també en la diversitat funcional de la comunitat.
●Àmplia experiència:Amb un historial de tancar amb èxit múltiples projectes de metagenòmica en diversos dominis de recerca i processar més de 200.000 mostres, el nostre equip aporta una gran experiència a cada projecte.
Especificacions del servei
| Plataforma de seqüenciació | Estratègia de seqüenciació | Dades recomanades | Control de qualitat |
| Illumina NovaSeq o DNBSEQ-T7 | PE150 | 6-20 Gb | Q30≥85% |
Requisits del servei
| Concentració (ng/µL) | Import total (ng) | Volum (µl) |
| ≥1 | ≥30 | ≥20 |
● Sòl/fang: 2-3g
● Contingut intestinal-animal: 0,5-2g
● Contingut intestinal-insecte: 0,1-0,25g
● Superfície vegetal (sediment enriquit): 0,5-1g
● Sediment enriquit amb brou de fermentació): 0,2-0,5g
● Excrements (animals grans): 0,5-2g
● Excrements (ratolí): 3-5grains
● Líquid de rentat alveolar pulmonar: paper de filtre
● Hisop vaginal: 5-6 hisops
● Hisop de pell/genital/saliva/teixit tou oral/cosopió faríngi/rectal: 2-3 hisopos
● Microorganisme superficial: 5-6 hisops
● Massa d'aigua/aire/biofilm: paper de filtre
● Endòfits: 2-3g
● Placa dental: 0,5-1g
Flux de treball del servei
Lliurament de la mostra
Construcció de la biblioteca
Seqüenciació
Anàlisi de dades
Serveis postvenda
Inclou l'anàlisi següent:
● Control de qualitat de dades de seqüenciació
● Muntatge del metagenoma i predicció de gens
● Anotació gènica
● Anàlisi de la diversitat alfa taxonòmica
● Anàlisi funcional de la comunitat: funció biològica, metabòlica, resistència als antibiòtics
● Anàlisi de la diversitat tant funcional com taxonòmica:
Anàlisi de la diversitat beta
Anàlisi intergrupal
Anàlisi de correlacions: entre factors ambientals i composició i diversitat de l'OUT
Anàlisi funcional: resistència als antibiòtics CARD
Anàlisi diferencial de vies metabòliques KEGG: mapa de calor de vies significatives
Diversitat alfa de distribució taxonòmica: índex ACE
Diversitat beta de distribució taxonòmica: PCoA
Exploreu els avenços facilitats pels serveis de seqüenciació del metagenoma de BMKGene amb Illumina a través d'una col·lecció de publicacions curada.
Hai, Q. et al. (2023) "Anàlisi metagenòmica i metabolòmica dels canvis en el contingut intestinal de la truita arc de Sant Martí (Oncorhynchus mykiss) infectada amb el virus de la necrosi hematopoètica infecciosa a diferents temperatures de l'aigua de cultiu",Fronteres en microbiologia, 14, pàg. 1275649. doi: 10.3389/FMICB.2023.1275649.
Mao, C. et al. (2023) "Comunitats microbianes, gens de resistència i riscos de resistoma en llacs urbans de diferents estats tròfics: enllaços interns i influències externes",Journal of Hazardous Materials Advances, 9, pàg. 100233. doi: 10.1016/J.HAZADV.2023.100233.
Su, M. et al. (2022) "L'anàlisi metagenòmica va revelar les diferències en la composició i la funció entre els microorganismes associats a líquids i sòlids del rumen d'ovella",Fronteres en microbiologia, 13, pàg. 851567. doi: 10.3389/FMICB.2022.851567.
Yin, J. et al. (2023) "La microbiota obesa derivada del porc de Ningxiang reconeix el metabolisme de la carnitina per promoure la deposició d'àcids grassos musculars en porcs magres DLY",La Innovació, 4(5), pàg. 100486. doi: 10.1016/J.XINN.2023.100486.
Zhao, X. et al. (2023) "Insights metagenòmics sobre els riscos potencials dels residus de plàstic bio/no degradables i no plàstics representatius a la part superior i baixa de l'estuari de Haihe, Xina",Ciència de l'entorn total, 887, pàg. 164026. doi: 10.1016/J.SCITOTENV.2023.164026.
