Seqüenciació metagenòmica (NGS)
Avantatges del servei
ØAïllament i cultiu lliure per al perfil de la comunitat microbiana
ØAlta resolució en la detecció d'espècies de baixa abundància en mostres ambientals
ØLa idea de "meta-" integra totes les característiques biològiques a nivell funcional, a nivell d'espècie i a nivell de gens, la qual cosa reflecteix una visió dinàmica més propera a la realitat.
ØBMK acumula una gran experiència en diversos tipus de mostres amb més de 10.000 mostres processades.
Especificacions del servei
| SeqüenciacióPlataforma | Biblioteca | Rendiment de dades recomanat | Temps estimat d'execució |
| Illumina NovaSeq 6000 | PE250 | Etiquetes 50K/100K/300K | 30 dies |
Anàlisis bioinformàtics
üControl de qualitat de dades en brut
üMuntatge del metagenoma
üConjunt de gens no redundants i anotació
üAnàlisi de la diversitat d'espècies
üAnàlisi de la diversitat de funcions genètiques
üAnàlisi intergrupal
üAnàlisi d'associació contra factors experimentals
Requisits de mostra i lliurament
Requisits de mostra:
PerExtractes d'ADN:
| Tipus de mostra | Import | Concentració | Puresa |
| Extractes d'ADN | > 30 ng | ＞ 1 ng/μl | OD260/280= 1,6-2,5 |
Per a mostres ambientals:
| Tipus de mostra | Procediment de mostreig recomanat |
| Sòl | Quantitat de mostreig: aprox.5 g;La substància marcida restant s'ha d'eliminar de la superfície;Tritureu trossos grans i passeu per filtre de 2 mm;Mostres alíquotes en tub EP estèril o cirotub per a la reserva. |
| Excrements | Quantitat de mostreig: aprox.5 g;Recolliu i alíquote mostres en tub EP estèril o criotub per a la reserva. |
| Continguts intestinals | Les mostres s'han de processar en condicions asèptiques.Rentar el teixit recollit amb PBS;Centrifugueu el PBS i recolliu el precipitant en tubs EP. |
| Llots | Quantitat de mostreig: aprox.5 g;Recolliu i alíquote la mostra de fang en un tub EP o criotub estèril per a la reserva |
| Mas d'aigua | Per a mostres amb quantitat limitada de microbis, com ara aigua de l'aixeta, aigua de pou, etc., recollir almenys 1 L d'aigua i passar per un filtre de 0,22 μm per enriquir microbians a la membrana.Emmagatzemar la membrana en un tub estèril. |
| Pell | Raspau amb cura la superfície de la pell amb un cotó estèril o una fulla quirúrgica i col·loqueu-la en un tub estèril. |
Lliurament de mostres recomanat
Congeleu les mostres en nitrogen líquid durant 3-4 hores i emmagatzemeu-les en nitrogen líquid o -80 graus per reservar a llarg termini.Cal enviar mostres amb gel sec.
Flux de treball del servei
Lliurament de la mostra
Construcció de la biblioteca
Seqüenciació
Anàlisi de dades
Serveis postvenda
1.Histograma: Distribució de les espècies
2.Gens funcionals anotats a les vies metabòliques KEGG
3.Mapa de calor: Funcions diferencials basades en l'abundància relativa de gens
4.Circs de gens de resistència als antibiòtics CARD
Cas BMK
Prevalència de gens de resistència als antibiòtics i patògens bacterians al llarg del continu sòl-arrel de manglar
Publicat:Journal of Hazardous Materials, 2021
Estratègia de seqüenciació:
Materials: extractes d'ADN de quatre fragments de mostres associades a l'arrel de manglar: compartiments de sòl no plantat, rizosfera, episfera i endosfera.
Plataforma: Illumina HiSeq 2500
Objectius: Metagenoma
Regió V3-V4 del gen rRNA 16S
Resultats clau
Es va processar la seqüenciació metagenòmica i el perfil de metabarcodificació en el continu sòl-arrel de plançons de manglar per estudiar la disseminació de gens de resistència als antibiòtics (ARG) del sòl a les plantes.Les dades metagenòmices van revelar que el 91,4% dels gens de resistència als antibiòtics s'identificaven habitualment als quatre compartiments del sòl esmentats anteriorment, cosa que mostrava una moda contínua.La seqüenciació d'amplicó de l'ARNr 16S va generar 29.285 seqüències, que representen 346 espècies.Combinant-se amb el perfil d'espècies mitjançant la seqüenciació d'amplicons, es va trobar que aquesta disseminació era independent de la microbiota associada a l'arrel, però es podria facilitar mitjançant elements genètics mòbils.Aquest estudi va identificar el flux d'ARG i patògens del sòl a les plantes a través d'un continu sòl-arrel interconnectat.
Referència
Wang, C., Hu, R., Strong, PJ, Zhuang, W. i Shu, L. .(2020).Prevalència de gens de resistència als antibiòtics i patògens bacterians al llarg del continu sòl-arrel de manglar.Revista de materials perillosos, 408, 124985.
