page_head_bg

Productes

Seqüenciació metagenòmica (NGS)

El metagenoma fa referència a una col·lecció de material genètic total d'una comunitat mixta d'organismes, com ara el metagenoma ambiental, el metagenoma humà, etc. Conté genomes de microorganismes cultivables i no cultivables.La seqüenciació metagenòmica és una eina molecular utilitzada per analitzar els materials genòmics mixtes extrets de mostres ambientals, que proporciona informació detallada sobre diversitat i abundància d'espècies, estructura de població, relació filogenètica, gens funcionals i xarxa de correlació amb factors ambientals.

Plataforma:Illumina NovaSeq6000


Detalls del servei

Resultats de demostració

Cas pràctic

Avantatges del servei

ØAïllament i cultiu lliure per al perfil de la comunitat microbiana

ØAlta resolució en la detecció d'espècies de baixa abundància en mostres ambientals

ØLa idea de "meta-" integra totes les característiques biològiques a nivell funcional, a nivell d'espècie i a nivell de gens, la qual cosa reflecteix una visió dinàmica més propera a la realitat.

ØBMK acumula una gran experiència en diversos tipus de mostres amb més de 10.000 mostres processades.

Especificacions del servei

SeqüenciacióPlataforma

Biblioteca

Rendiment de dades recomanat

Temps estimat d'execució

Illumina NovaSeq 6000

PE250

Etiquetes 50K/100K/300K

30 dies

Anàlisis bioinformàtics

üControl de qualitat de dades en brut

üMuntatge del metagenoma

üConjunt de gens no redundants i anotació

üAnàlisi de la diversitat d'espècies

üAnàlisi de la diversitat de funcions genètiques

üAnàlisi intergrupal

üAnàlisi d'associació contra factors experimentals

2

Requisits de mostra i lliurament

Requisits de mostra:

PerExtractes d'ADN:

Tipus de mostra

Import

Concentració

Puresa

Extractes d'ADN

> 30 ng

> 1 ng/μl

OD260/280= 1,6-2,5

Per a mostres ambientals:

Tipus de mostra

Procediment de mostreig recomanat

Sòl

Quantitat de mostreig: aprox.5 g;La substància marcida restant s'ha d'eliminar de la superfície;Tritureu trossos grans i passeu per filtre de 2 mm;Mostres alíquotes en tub EP estèril o cirotub per a la reserva.

Excrements

Quantitat de mostreig: aprox.5 g;Recolliu i alíquote mostres en tub EP estèril o criotub per a la reserva.

Continguts intestinals

Les mostres s'han de processar en condicions asèptiques.Rentar el teixit recollit amb PBS;Centrifugueu el PBS i recolliu el precipitant en tubs EP.

Llots

Quantitat de mostreig: aprox.5 g;Recolliu i alíquote la mostra de fang en un tub EP o criotub estèril per a la reserva

Mas d'aigua

Per a mostres amb quantitat limitada de microbis, com ara aigua de l'aixeta, aigua de pou, etc., recollir almenys 1 L d'aigua i passar per un filtre de 0,22 μm per enriquir microbians a la membrana.Emmagatzemar la membrana en un tub estèril.

Pell

Raspau amb cura la superfície de la pell amb un cotó estèril o una fulla quirúrgica i col·loqueu-la en un tub estèril.

Lliurament de mostres recomanat

Congeleu les mostres en nitrogen líquid durant 3-4 hores i emmagatzemeu-les en nitrogen líquid o -80 graus per reservar a llarg termini.Cal enviar mostres amb gel sec.

Flux de treball del servei

logo_02

Lliurament de la mostra

logo_04

Construcció de la biblioteca

logo_05

Seqüenciació

logo_06

Anàlisi de dades

logo_07

Serveis postvenda


  • Anterior:
  • Pròxim:

  • 1.Histograma: Distribució de les espècies

    3

    2.Gens funcionals anotats a les vies metabòliques KEGG

    4

    3.Mapa de calor: Funcions diferencials basades en l'abundància relativa de gens54.Circs de gens de resistència als antibiòtics CARD

    6

    Cas BMK

    Prevalència de gens de resistència als antibiòtics i patògens bacterians al llarg del continu sòl-arrel de manglar

    Publicat:Journal of Hazardous Materials, 2021

    Estratègia de seqüenciació:

    Materials: extractes d'ADN de quatre fragments de mostres associades a l'arrel de manglar: compartiments de sòl no plantat, rizosfera, episfera i endosfera.
    Plataforma: Illumina HiSeq 2500
    Objectius: Metagenoma
    Regió V3-V4 del gen rRNA 16S

    Resultats clau

    Es va processar la seqüenciació metagenòmica i el perfil de metabarcodificació en el continu sòl-arrel de plançons de manglar per estudiar la disseminació de gens de resistència als antibiòtics (ARG) del sòl a les plantes.Les dades metagenòmices van revelar que el 91,4% dels gens de resistència als antibiòtics s'identificaven habitualment als quatre compartiments del sòl esmentats anteriorment, cosa que mostrava una moda contínua.La seqüenciació d'amplicó de l'ARNr 16S va generar 29.285 seqüències, que representen 346 espècies.Combinant-se amb el perfil d'espècies mitjançant la seqüenciació d'amplicons, es va trobar que aquesta disseminació era independent de la microbiota associada a l'arrel, però es podria facilitar mitjançant elements genètics mòbils.Aquest estudi va identificar el flux d'ARG i patògens del sòl a les plantes a través d'un continu sòl-arrel interconnectat.

    Referència

    Wang, C., Hu, R., Strong, PJ, Zhuang, W. i Shu, L. .(2020).Prevalència de gens de resistència als antibiòtics i patògens bacterians al llarg del continu sòl-arrel de manglar.Revista de materials perillosos, 408, 124985.

    obtenir un pressupost

    Escriu el teu missatge aquí i envia'ns-ho

    Envia'ns el teu missatge: