●Mètode lliure d'aïllament i cultiu per al perfil de la comunitat microbiana: Permet la seqüenciació de material genètic a partir d'organismes no cultivables.
●Alta Resolució: Detectar espècies de poca abundància en mostres ambientals.
●Anàlisi Bioinformàtica Integral:Centrat no només en la diversitat taxonòmica sinó també en la diversitat funcional de la comunitat.
●Àmplia experiència:Amb un historial de tancar amb èxit múltiples projectes de metagenòmica en diversos dominis de recerca i processar més de 200.000 mostres, el nostre equip aporta una gran experiència a cada projecte.
Plataforma de seqüenciació | Estratègia de seqüenciació | Dades recomanades | Control de qualitat |
Illumina NovaSeq o DNBSEQ-T7 | PE150 | 6-20 Gb | Q30≥85% |
Concentració (ng/µL) | Import total (ng) | Volum (µl) |
≥1 | ≥30 | ≥20 |
● Sòl/fang: 2-3g
● Contingut intestinal-animal: 0,5-2g
● Contingut intestinal-insecte: 0,1-0,25g
● Superfície vegetal (sediment enriquit): 0,5-1g
● Sediment enriquit amb brou de fermentació): 0,2-0,5g
● Excrements (animals grans): 0,5-2g
● Excrements (ratolí): 3-5grains
● Líquid de rentat alveolar pulmonar: paper de filtre
● Hisop vaginal: 5-6 hisops
● Hisop de pell/genital/saliva/teixit tou oral/cosopió faríngi/rectal: 2-3 hisopos
● Microorganisme superficial: 5-6 hisops
● Massa d'aigua/aire/biofilm: paper de filtre
● Endòfits: 2-3g
● Placa dental: 0,5-1g
Inclou l'anàlisi següent:
● Control de qualitat de dades de seqüenciació
● Muntatge del metagenoma i predicció de gens
● Anotació gènica
● Anàlisi de la diversitat alfa taxonòmica
● Anàlisi funcional de la comunitat: funció biològica, metabòlica, resistència als antibiòtics
● Anàlisi de la diversitat tant funcional com taxonòmica:
Anàlisi de la diversitat beta
Anàlisi intergrupal
Anàlisi de correlacions: entre factors ambientals i composició i diversitat de l'OUT
Anàlisi funcional: resistència als antibiòtics CARD
Anàlisi diferencial de vies metabòliques KEGG: mapa de calor de vies significatives
Diversitat alfa de distribució taxonòmica: índex ACE
Diversitat beta de distribució taxonòmica: PCoA
Exploreu els avenços facilitats pels serveis de seqüenciació del metagenoma de BMKGene amb Illumina a través d'una col·lecció de publicacions curada.
Hai, Q. et al. (2023) "Anàlisi metagenòmica i metabolòmica dels canvis en el contingut intestinal de la truita arc de Sant Martí (Oncorhynchus mykiss) infectada amb el virus de la necrosi hematopoètica infecciosa a diferents temperatures de l'aigua de cultiu",Fronteres en microbiologia, 14, pàg. 1275649. doi: 10.3389/FMICB.2023.1275649.
Mao, C. et al. (2023) "Comunitats microbianes, gens de resistència i riscos de resistoma en llacs urbans de diferents estats tròfics: enllaços interns i influències externes",Journal of Hazardous Materials Advances, 9, pàg. 100233. doi: 10.1016/J.HAZADV.2023.100233.
Su, M. et al. (2022) "L'anàlisi metagenòmica va revelar les diferències en la composició i la funció entre els microorganismes associats a líquids i sòlids del rumen d'ovella",Fronteres en microbiologia, 13, pàg. 851567. doi: 10.3389/FMICB.2022.851567.
Yin, J. et al. (2023) "La microbiota obesa derivada del porc de Ningxiang reconeix el metabolisme de la carnitina per promoure la deposició d'àcids grassos musculars en porcs magres DLY",La Innovació, 4(5), pàg. 100486. doi: 10.1016/J.XINN.2023.100486.
Zhao, X. et al. (2023) "Insights metagenòmics sobre els riscos potencials dels residus de plàstic bio/no degradables i no plàstics representatius a la part superior i baixa de l'estuari de Haihe, Xina",Ciència de l'entorn total, 887, pàg. 164026. doi: 10.1016/J.SCITOTENV.2023.164026.