Mapa de calor
L'eina Heatmap accepta un fitxer de dades matricials com a entrada i permet als usuaris filtrar, normalitzar i agrupar dades. El cas d'ús principal dels mapes de calor és l'anàlisi de clústers del nivell d'expressió gènica entre diferents mostres.
Anotació de gens
L'eina Gene Annotation realitza anotacions de gens basades en l'alineació de seqüències dels fitxers FASTA d'entrada amb diverses bases de dades.
Eina bàsica de cerca d'alineació local (BLAST)
L'eina BLAST és una versió integrada a BMKCloud de NCBI BLAST i es pot utilitzar per dur a terme les mateixes funcions utilitzant dades carregades al compte de BMKCloud.
Predicció CDS_UTR
L'eina de predicció CDS_UTR està dissenyada per predir regions codificants (CDS) i regions no codificants (UTR) en seqüències de transcrits donades basant-se en resultats de BLAST contra bases de dades de proteïnes conegudes i resultats de predicció ORF.
Trama de Manhattan
L'eina Manhattan Plot permet la visualització d'experiments amb una mostra alta i s'utilitza habitualment en estudis d'associació de tot el genoma (GWAS).
Diagrama de Circs
L'eina CIRCOS Diagram proporciona una visualització eficient de com es distribueixen les característiques genòmiques al llarg del genoma. Les característiques comunes inclouen loci quantitatius, SNP, InDels, variants estructurals i de nombre de còpies.
Enriquiment d'ontologia gènica (GO)
L'eina GO Enrichment proporciona anàlisi d'enriquiment funcional. El programari principal d'aquesta eina és el paquet TopGO-Bioconductor, que inclou anàlisi d'expressió diferencial, anàlisi d'enriquiment de GO i visualització dels resultats.
Anàlisi de xarxa de coexpressió gènica ponderada (WGCNA)
El WGCNA és un mètode de mineria de dades àmpliament utilitzat per descobrir mòduls de coexpressió gènica. És aplicable a diversos conjunts de dades d'expressió, incloent-hi dades d'expressió gènica de microarrays i NGS.
InterProScan
L'eina InterProScan proporciona anàlisi i classificació de seqüències de proteïnes InterPro.
Enriquiment GO KEGG
L'eina d'enriquiment GO KEGG està dissenyada per generar un histograma d'enriquiment GO, un histograma d'enriquiment KEGG i una via d'enriquiment KEGG basats en un conjunt de gens proporcionat i l'anotació corresponent.