Seqüenciació llarga no codificant-Illumina
Avantatges del servei
● Avantatges del servei
● Especifica cel·lular i tissular
● L'etapa específica expressa i presenta un canvi dinàmic d'expressió
● Patrons precisos d'expressió temporal i espacial
● Anàlisi conjunta amb dades d'ARNm.
● Lliurament de resultats basat en BMKCloud: extracció de dades personalitzada disponible a la plataforma.
● Serveis postvenda vàlids durant 3 mesos un cop finalitzat el projecte
Requisits de mostra i lliurament
| Biblioteca | Plataforma | Dades recomanades | QC de dades |
| esgotament de l'ARNr | Il·lumina PE150 | 10 Gb | Q30≥85% |
| Conc. (ng/μl) | Quantitat (μg) | Puresa | Integritat |
| ≥ 100 | ≥ 0,5 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Es mostra al gel una contaminació limitada o nul·la de proteïnes o ADN. | Per a plantes: RIN≥6,5; Per a animals: RIN≥7,0; 5,0≥28S/18S≥1,0; elevació de referència limitada o nul·la |
Nucleòtids:
Teixit: Pes (sec): ≥1 g
* Per a teixits de menys de 5 mg, recomanem enviar una mostra de teixit congelada (en nitrogen líquid).
Suspensió cel·lular: Recompte de cèl·lules = 3×107
* Recomanem enviar lisat cel·lular congelat.En cas que aquesta cel·la tingui un nombre inferior a 5×105, es recomana congelar ràpidament en nitrogen líquid.
Mostres de sang:
PA×genBloodRNATube;
6 ml de TRIzol i 2 ml de sang (TRIzol: sang = 3: 1)
Lliurament de mostres recomanat
Envàs: tub de centrífuga de 2 ml (no es recomana paper d'alumini)
Etiquetatge de la mostra: grup+rèplica, p. ex. A1, A2, A3;B1, B2, B3....
Enviament:
1.Gel sec: les mostres s'han d'envasar en bosses i enterrar-les en gel sec.
2. Tubs RNAstable: les mostres d'ARN es poden assecar en un tub d'estabilització d'ARN (per exemple, RNAstable®) i enviar-se a temperatura ambient.
Flux de treball del servei
Disseny d'experiments
Lliurament de la mostra
Extracció d'ARN
Construcció de la biblioteca
Seqüenciació
Anàlisi de dades
Serveis postvenda
Bioinformàtica
1.Classificació del LncRNA
LncRNA predit pels quatre programaris anteriors es va classificar en 4 categories: lincRNA, anti-sentit-LncRNA, intrònic-LncRNA;sentit-LncRNA.La classificació de LncRNA es va mostrar a l'histograma següent.
Classificació de lncRNA
2.Gens dirigits a cis de l'anàlisi d'enriquiment de DE-lncRNA
ClusterProfiler es va utilitzar en l'anàlisi d'enriquiment GO en gens dirigits a cis de lncRNA expressat de manera diferent (DE-lncRNA), en termes de processos biològics, funcions moleculars i components cel·lulars.L'anàlisi d'enriquiment GO és un procés per identificar termes GO significativament enriquits dirigits per DEG en comparació amb el genoma sencer.Els termes enriquits es van presentar en histograma, gràfic de bombolles, etc. tal com es mostra a continuació.
Gens dirigits a cis de l'anàlisi d'enriquiment de DE-lncRNA - Gràfic de bombolles
3. Comparant la longitud, el nombre d'exons, l'ORF i la quantitat d'expressió d'ARNm i lncRNA, podem entendre les diferències d'estructura, seqüència, etc. entre ells, i també comprovar si el nou lncRNA predit per nosaltres s'ajusta a les característiques generals.
Cas BMK
Perfil d'expressió de lncRNA desregulat en adenocarcinomes de pulmó de ratolí amb mutació KRAS-G12D i eliminació de P53
Publicat:Revista de Medicina Cel·lular i Molecular,2019
Estratègia de seqüenciació
Il·lumina
Recollida de mostres
Les cèl·lules KP (shRNA-2) i el control negatiu (sh-Scr) es van obtenir el dia 6 d'una infecció viral específica.
Resultats clau
Aquest estudi investiga els lncRNAs expressats de manera aberrant a l'adenocarcinoma de pulmó del ratolí amb Knockout P53 i la mutació KrasG12D.
Es van expressar de manera diferencial 1,6424 lncRNAs (canvi ≥ 2 vegades, P <0,05).
2. Entre tots els 210 lncRNAs (FC≥8), l'expressió d'11 lncRNAs estava regulada per P53, 33 lncRNAs per KRAS i 13 lncRNAs per hipòxia a les cèl·lules KP primàries, respectivament.
3.NONMMUT015812, que estava notablement regulat a l'adenocarcinoma pulmonar del ratolí i regulat negativament per la reexpressió de P53, es va detectar per analitzar la seva funció cel·lular.
4. La derrota de NONMMUT015812 per part dels shRNA va disminuir la capacitat de proliferació i migració de les cèl·lules KP.NONMMUT015812 era un oncogen potencial.
 Anàlisi de la via KEGG dels gens expressats de manera diferencial a les cèl·lules KP de derrocament NONMMUT015812 |  Anàlisi d'ontologia gènica dels gens expressats de manera diferencial a les cèl·lules KP de derrocament NONMMUT015812 |
Referència
Perfil d'expressió de lncRNA desregulat en adenocarcinomes de pulmó de ratolí amb mutació KRAS-G12D i eliminació de P53 [J].Journal of Cellular and Molecular Medicine, 2019, 23(10).DOI： 10.1111/jcmm.14584
