Seqüenciació llarga no codificant: Illumina
Avantatges del servei
●Anàlisi conjunta d'ARNm i ARNncCombinant la quantificació de transcrits d'ARNm amb l'estudi de l'ARN no codificant (lncRNA) i les seves dianes, és possible obtenir una visió general detallada del mecanisme regulador subjacent a la resposta cel·lular.
●Àmplia experiènciaHem processat més de 230.000 mostres, que abasten diversos objectius de mostres i projectes. Aportem la nostra àmplia experiència a cada projecte.
●Anàlisi conjunta d'ARNm i ARNncCombinem la quantificació de transcrits d'ARNm amb l'estudi de l'ARN no codificant (lncRNA) i les seves dianes, cosa que permet obtenir una visió general en profunditat del mecanisme regulador subjacent a la resposta cel·lular.
●Control de qualitat rigorósImplementem punts de control bàsics en totes les etapes, des de la preparació de mostres fins a la preparació de biblioteques, la seqüenciació i la bioinformàtica. El nostre seguiment meticulós garanteix l'obtenció de resultats d'alta qualitat constant.
●Anotació completaFem servir diverses bases de dades per anotar funcionalment els gens amb expressió diferencial (DEG) i realitzar les anàlisis d'enriquiment corresponents. Aquest enfocament integral proporciona informació sobre els processos cel·lulars i moleculars subjacents a la resposta del transcriptoma, garantint que obtingueu tota la informació possible sobre les dades del vostre experiment.
●Suport postvendaEntenem la importància d'estar present, per això el nostre compromís s'estén més enllà de la finalització del projecte amb un període de servei postvenda de 3 mesos. Durant aquest temps, oferim seguiment del projecte, assistència per a la resolució de problemes i sessions de preguntes i respostes per respondre a qualsevol dubte relacionat amb els resultats.
Requisits i lliurament de la mostra
| Biblioteca | Plataforma | Dades recomanades | QC de dades |
| Biblioteca direccional esgotada d'ARN ribonucleic | Il·lumina PE150 | 10-16 Gb | Q30≥85% |
Nucleòtids:
| Conc. (ng/μl) | Quantitat (μg) | Puresa | Integritat |
| ≥ 80 | ≥ 0,8 | DO260/280=1,7-2,5 DO260/230=0,5-2,5 Contaminació limitada o nul·la de proteïnes o ADN mostrada al gel. | RIN ≥ 6,0; 5.0≥28S/18S≥1.0; elevació de la línia de base limitada o nul·la |
● Plantes:
Arrel, tija o pètal: 450 mg
Fulla o llavor: 300 mg
Fruita: 1,2 g
● Animal:
Cor o intestí: 450 mg
Vísceres o cervell: 240 mg
Múscul: 600 mg
Ossos, cabells o pell: 1,5 g
● Artròpodes:
Insectes: 9 g
Crustacis: 450 mg
● Sang sencera:2 tubs
● Cèl·lules: 106 cèl·lules
● Sèrum i plasma6 ml
Lliurament de mostres recomanat
Envàs: tub de centrífuga de 2 ml (no es recomana paper d'alumini)
Etiquetatge de mostra: Agrupa+replica, p. ex. A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Enviament:
1. Gel sec: Les mostres s'han d'envasar en bosses i enterrar-les en gel sec.
2. Tubs ARN estables: les mostres d'ARN es poden assecar en un tub d'estabilització d'ARN (per exemple, RNAstable®) i enviar-se a temperatura ambient.
Flux de treball del servei
Disseny d'experiments
Lliurament de mostres
Extracció d'ARN
Construcció de biblioteques
Seqüenciació
Anàlisi de dades
Serveis postvenda
Bioinformàtica
- Dades en brut
- QC de dades
- Alineació del genoma
- Estructura gènica (empalmament alternatiu, optimització de l'estructura gènica i predicció de nous gens)
- Quantificació de l'expressió gènica
- Anàlisi d'expressió diferencial
- Anotació i enriquiment DEG + Gens diana d'ARN lnc amb expressió diferencial
- Identificació de la transcripció
- Identificació de lncRNA (conservació de lncRNA i lncRNA conegut)
- Predicció de gens diana de lncRNA
- Quantificació de l'expressió de lncRNA
- Anàlisi conjunta amb dades d'ARNm
Anàlisi d'expressió gènica diferencial (DEG)
Quantificació de l'expressió de lncRNA: agrupament en clústers
Enriquiment de gens diana de lncRNA
Anàlisi conjunta de la posició de l'ARNm i l'ARNnc – Diagrama de Circos (el cercle central és l'ARNm i el cercle interior és l'ARNnc)
Exploreu els avenços facilitats pels serveis d'eqüenciació d'ARN no codificant (lncRNA) de BMKGene a través d'una col·lecció curada de publicacions.
Ji, H. et al. (2020) 'Identificació, predicció funcional i verificació clau de lncRNA de lncRNA relacionats amb l'estrès fred en fetge de rates',Informes científics2020 10:1, 10(1), pàg. 1–14. doi: 10.1038/s41598-020-57451-7.
Jia, Z. et al. (2021) «L'anàlisi transcriptòmica integrativa revela el mecanisme immunitari d'una soca de carpa comuna resistent al CyHV-3»,Fronteres en Immunologia, 12, pàg. 687151. doi: 10.3389/FIMMU.2021.687151/BIBTEX.
Wang, XJ et al. (2022) «Priorització basada en la integració multiòmica de xarxes de regulació d'ARN endògenes competidores en càncer de pulmó de cèl·lules petites: característiques moleculars i candidats a fàrmacs»,Fronteres en Oncologia, 12, pàg. 904865. doi: 10.3389/FONC.2022.904865/BIBTEX.
Xiao, L. et al. (2020) 'Dissecció genètica de la xarxa de coexpressió gènica subjacent a la fotosíntesi en Populus',Revista de Biotecnologia Vegetal, 18(4), pàg. 1015–1026. doi: 10.1111/PBI.13270.
Zheng, H. et al. (2022) «Una xarxa reguladora global per a l'expressió gènica desregulada i la senyalització metabòlica anormal en cèl·lules immunitàries en el microambient de la malaltia de Graves i la tiroiditis de Hashimoto»,Fronteres en Immunologia, 13, pàg. 879824. doi: 10.3389/FIMMU.2022.879824/BIBTEX.
