Assemblament del genoma basat en Hi-C
Hi-C és un mètode dissenyat per capturar la configuració dels cromosomes combinant interaccions basades en la proximitat i seqüenciació d'alt rendiment. Es creu que la intensitat d'aquestes interaccions està correlacionada negativament amb la distància física als cromosomes. Per tant, les dades Hi-C s'utilitzen per guiar l'agrupació, l'ordenació i l'orientació de les seqüències assemblades en un esborrany del genoma i ancorar-les a un cert nombre de cromosomes. Aquesta tecnologia permet un assemblatge de genomes a nivell de cromosoma en absència d'un mapa genètic basat en la població. Cada genoma necessita un Hi-C.
Característiques del servei
● Seqüenciació en Illumina NovaSeq amb PE150.
● El servei requereix mostres de teixit, en lloc d'àcids nucleics extrets, per entrellaçar-se amb formaldehid i conservar les interaccions ADN-proteïna.
● L'experiment Hi-C implica la restricció i reparació dels extrems enganxosos amb biotina, seguida de la circularització dels extrems roms resultants tot preservant les interaccions. A continuació, l'ADN es retira amb perles d'estreptavidina i es purifica per a la posterior preparació de la biblioteca.
Avantatges del servei
Visió general de Hi-C
(Lieberman-Aiden E et al.,Ciència, 2009)
●Eliminació de la necessitat de dades genètiques de població:Hi-C substitueix la informació essencial necessària per a l'ancoratge de contigs.
●Alta densitat de marcadors:condueix a una alta taxa d'ancoratge de contig superior al 90%.
●Àmplia experiència i registre de publicacions:BMKGene té una àmplia experiència amb més de 2000 casos d'assemblatge de genomes Hi-C de 1000 espècies diferents i diverses patents. Més de 200 casos publicats tenen un factor d'impacte acumulatiu de més de 2000.
●Equip bioinformàtic altament qualificat:Amb patents internes i drets d'autor de programari per a experiments Hi-C i anàlisi de dades, el programari de visualització de dades de desenvolupament propi permet el moviment, la inversió, la revocació i la repetició manuals de blocs.
●Suport postvenda:El nostre compromís s'estén més enllà de la finalització del projecte amb un període de servei postvenda de 3 mesos. Durant aquest temps, oferim seguiment del projecte, assistència per a la resolució de problemes i sessions de preguntes i respostes per respondre a qualsevol dubte relacionat amb els resultats.
●Anotació completa: utilitzem múltiples bases de dades per anotar funcionalment els gens amb variacions identificades i realitzar l'anàlisi d'enriquiment corresponent, proporcionant informació sobre múltiples projectes de recerca.
Especificacions del servei
| Preparació de la biblioteca | Estratègia de seqüenciació | Sortida de dades recomanada | Control de qualitat |
| Biblioteca Hi-C | Illumina NovaSeq PE150 | 100x | Q30 ≥ 85% |
Requisits de la mostra
| teixit | Quantitat requerida |
| Vísceres d'animals | ≥ 2 g |
| Múscul animal | |
| Sang de mamífers | ≥ 2 mL |
| Sang d'aus de corral/peix | |
| Planta - Fulla fresca | ≥ 3 g |
| Cèl·lules cultivades | ≥ 1x107 |
| insecte | ≥ 2 g |
Flux de treball del servei
Disseny d'experiments
Lliurament de mostres
Construcció de biblioteques
Seqüenciació
Anàlisi de dades
Serveis postvenda
1) Control de qualitat de dades en brut
2) QC de la biblioteca Hi-C: estimació d'interaccions Hi-C vàlides
3) Assemblament Hi-C: agrupació de contigs en grups, seguida d'ordenació de contigs dins de cada grup i assignació d'orientació de contigs
4) Avaluació Hi-C
QC de la biblioteca Hi-C: estimació de parells d'interacció vàlids Hi-C
Assemblatge Hi-C – estadístiques
Avaluació posterior al muntatge: mapa de calor de la intensitat del senyal entre els compartiments
Exploreu els avenços facilitats pels serveis d'acoblament Hi-C de BMKGene a través d'una col·lecció curada de publicacions.
Tian, T. et al. (2023) «Assemblament del genoma i dissecció genètica d'un germoplasma de blat de moro resistent a la sequera prominent», Nature Genetics 2023 55:3, 55(3), pàg. 496–506. doi: 10.1038/s41588-023-01297-y.
Wang, ZL et al. (2020) «Un muntatge a escala cromosòmica del genoma de l'abella asiàtica Apis cerana», Frontiers in Genetics, 11, pàg. 524140. doi: 10.3389/FGENE.2020.00279/BIBTEX.
Zhang, F. et al. (2023) «Revelant l'evolució de la biosíntesi d'alcaloides tropànics mitjançant l'anàlisi de dos genomes de la família Solanaceae», Nature Communications 2023 14:1, 14(1), pàg. 1–18. doi: 10.1038/s41467-023-37133-4.
Zhang, X. et al. (2020) «Els genomes de l'arbre banià i la vespa pol·linitzadora proporcionen informació sobre la coevolució figuera-vespa», Cell, 183(4), pàg. 875-889.e17. doi: 10.1016/J.CELL.2020.09.043
