Metagenomiko (NGS)

Ĉaspafila metagenomikaĵo kun Illumina estas populara ilo por studi mikrobiomojn per rekta sekvencado de DNA el kompleksaj specimenoj, ebligante la studon de kaj taksonomia kaj funkcia diverseco. La BMKCloud-metagenomika (NGS) duktosistemo komenciĝas per kvalito-kontrolo kaj metagenoma asembleo, el kiuj genoj estas antaŭdiritaj kaj grupigitaj en ne-redundajn datumbazojn, kiuj estas prinotitaj laŭ funkcio kaj taksonomio uzante plurajn datumbazojn. Ĉi tiu informo estas uzata por analizi ene de specimena taksonomia diverseco (alfa-diverseco) kaj inter-specimena diverseco (beta-diverseco). Diferenciala analizo inter grupoj trovas OTU-ojn kaj biologiajn funkciojn, kiuj malsamas inter la du grupoj uzante kaj parametrikajn kaj ne-parametrajn testojn, dum korelacia analizo rilatigas ĉi tiujn diferencojn al mediaj faktoroj.