Metagenomic Sequencing -NGS
Servaj Avantaĝoj
● Izoliĝo kaj senkultivado por mikroba komunuma profilado
● Alta rezolucio en detektado de malalt-abundaj specioj en mediaj specimenoj
● La ideo de "meta-" integras ĉiujn biologiajn trajtojn je funkcia nivelo, specionivelo kaj gennivelo, kiu reflektas dinamikan vidon kiu estas pli proksima al realeco.
● BMK amasigas amasan sperton en diversaj specimenaj specoj kun pli ol 10,000 specimenoj prilaboritaj.
Specifoj de Servo
| Platformo | Sekvencado | Rekomenditaj datumoj | Tempo de turniĝo |
| Illumina NovaSeq 6000 | PE150 | 6 G/10 G/20 G | 45 Labortagoj |
Bioinformadikaj analizoj
● Kontrolo de kvalito de krudaj datumoj
● Metagenoma asembleo
● Ne-redunda genaro kaj komentario
● Analizo de specia diverseco
● Analizo de diverseco de genetikaj funkcioj
● Intergrupa analizo
● Asocia analizo kontraŭ eksperimentaj faktoroj
Specimenaj Postuloj kaj Livero
Ekzemplaj Postuloj:
PorDNA-ekstraktoj:
| Specimena Tipo | Kvanto | Koncentriĝo | Pureco |
| DNA-ekstraktoj | > 30 ng | > 1 ng/μl | OD260/280= 1,6-2,5 |
Por mediaj specimenoj:
| Specimena tipo | Rekomendita prova proceduro |
| Grundo | Specimena kvanto: ĉ.5 g;Restanta velkinta substanco devas esti forigita de surfaco;Muelu grandajn pecojn kaj trairu 2 mm filtrilon;Alikvotaj specimenoj en sterila EP-tubo aŭ cirotubo por rezervado. |
| Feko | Specimena kvanto: ĉ.5 g;Kolektu kaj alikvotitajn specimenojn en sterila EP-tubo aŭ kriotubo por rezervado. |
| Intesta enhavo | Specimenoj devas esti prilaboritaj en asepta kondiĉo.Lavu kolektitajn histojn per PBS;Centrifugu la PBS kaj kolektu la precipitanton en EP-tuboj. |
| Ŝlimo | Specimena kvanto: ĉ.5 g;Kolektu kaj alikvoto de ŝlima specimeno en sterila EP-tubo aŭ kriotubo por rezervo |
| Akvokorpo | Por specimeno kun limigita kvanto da mikroba, kiel krana akvo, puta akvo, ktp., Kolektu almenaŭ 1 L da akvo kaj trapasu 0,22 μm-filtrilon por riĉigi mikroban sur la membrano.Konservu la membranon en sterila tubo. |
| Haŭto | Zorge skrapu la haŭtan surfacon per sterila kotono aŭ kirurgia klingo kaj metu ĝin en sterilan tubon. |
Rekomendita Specimena Livero
Frostigu la specimenojn en likva nitrogeno dum 3-4 horoj kaj konservu en likva nitrogeno aŭ -80 gradojn al longtempa rezervo.Specimena sendado kun seka glacio estas postulata.
Serva Laborfluo
Specimena livero
Biblioteka konstruado
Sekvencado
Analizo de datumoj
Post-vendaj servoj
1.Histogramo: Specia distribuo
2.Funkciaj genoj komentitaj al KEGG-metabolaj vojoj
3.Harma mapo: Diferencaj funkcioj bazitaj sur relativa gena abundo
4.Circos de CARD antibiotikrezistaj genoj
Kazo BMK
Tropezo de antibiotikrezistaj genoj kaj bakteriaj patogenoj laŭ la grund-mangrova radikkontinuumo
Eldonita:Ĵurnalo de Danĝeraj Materialoj, 2021
Sekvenca strategio:
Materialoj: DNA-eltiraĵoj de kvar fragmentoj de mangrova radiko rilataj specimenoj: neplantita grundo, rizosfero, episfero kaj endosfera sekcioj
Platformo: Illumina HiSeq 2500
Celoj: Metagenomo
16S rRNA-geno V3-V4-regiono
Ŝlosilaj rezultoj
Metagenomic-sekvencado kaj metabarkodiga profilado sur grund-radika kontinuumo de mangrov-arbidoj estis prilaboritaj por studi la disvastigon de antibiotikrezistaj genoj (ARGoj) de grundo en plantojn.Metagenomaj datenoj rivelis ke 91.4% de antibiotikrezistaj genoj estis ofte identigitaj en ĉiuj kvar grundaj sekcioj menciitaj supre, kiuj montris kontinuan modon.16S rRNA-amplikonsekvencado generis 29,285 sekvencojn, reprezentante 346 speciojn.Kombinante kun specioprofilado per amplikonsekvencado, tiu disvastigo estis trovita esti sendependa de radik-rilata mikrobioto, aliflanke, ĝi povus esti faciligita per moveblaj de genetikaj elementoj.Tiu studo identigis la fluon de ARGoj kaj patogenoj de grundo en la plantojn tra interligita grund-radika kontinuumo.
Referenco
Wang, C. , Hu, R. , Forta, PJ , Zhuang, W. , & Ŝuo, L. .(2020).Tropezo de antibiotikrezistaj genoj kaj bakteriaj patogenoj laŭ la grund-mangrova radikkontinuumo.Ĵurnalo de Danĝeraj Materialoj, 408, 124985.
