Metagenomika Sekvencado -NGS
Metagenomo estas kolekto de la tuta genetika materialo de miksita komunumo de organismoj, kiel ekzemple mediaj kaj homaj metagenomoj. Ĝi enhavas genarojn de kaj kultiveblaj kaj nekultiveblaj mikroorganismoj. Rapida metagenomika sekvencado per NGS ebligas la studon de ĉi tiuj komplikaj genomaj pejzaĝoj enigitaj en mediajn specimenojn, provizante pli ol taksonomian profiladon, donante ankaŭ detalajn komprenojn pri speciodiverseco, abundecodinamiko kaj kompleksaj populaciaj strukturoj. Preter taksonomiaj studoj, rapida metagenomikaĵo ankaŭ ofertas funkcian genomikan perspektivon, ebligante la esploradon de ĉifritaj genoj kaj iliaj supozeblaj roloj en ekologiaj procezoj. Fine, la establado de korelaciaj retoj inter genetikaj elementoj kaj mediaj faktoroj kontribuas al holisma kompreno de la komplika interagado inter mikrobaj komunumoj kaj ilia ekologia fono. Konklude, metagenomika sekvencado staras kiel pivota instrumento por malimpliki la genomajn komplikaĵojn de diversaj mikrobaj komunumoj, lumigante la multfacetajn rilatojn inter genetiko kaj ekologio ene de ĉi tiuj kompleksaj ekosistemoj.
Platformoj: Illumina NovaSeq kaj DNBSEQ-T7
Servaj Avantaĝoj
●Izolado kaj Senkultivada Metodo por Mikroba Komunuma Profilado: Ebligante sekvencadon de genetika materialo el nekultiveblaj organismoj.
●Alta RezolucioDetektu malriĉajn speciojn en mediaj specimenoj.
●Ampleksa Bioinformatika Analizo:Fokusita ne nur sur taksonomia diverseco sed ankaŭ sur la funkcia diverseco de la komunumo.
●Vasta Sperto:Kun historio de sukcese fermi plurajn metagenomikajn projektojn en diversaj esploraj kampoj kaj prilabori pli ol 200 000 specimenojn, nia teamo alportas abundon da sperto al ĉiu projekto.
Servaj Specifoj
| Sekvenca platformo | Sekvenca Strategio | Rekomenditaj datumoj | Kvalitkontrolo |
| Illumina NovaSeq aŭ DNBSEQ-T7 | PE150 | 6-20Gb | Q30≥85% |
Servaj Postuloj
| Koncentriĝo (ng/µL) | Tuta kvanto (ng) | Volumeno (µL) |
| ≥1 | ≥30 | ≥20 |
● Grundo/ŝlimo: 2-3g
● Intesta enhavo - besto: 0,5-2 g
● Intesta enhavo - insekto: 0,1-0,25g
● Plantsurfaco (riĉigita sedimento): 0,5-1g
● Fermentadbuljono riĉigita sedimento): 0,2-0,5g
● Fekaĵoj (grandaj bestoj): 0,5-2 g
● Fekaĵoj (musaj): 3-5 grajnoj
● Pulma alveola lava fluido: filtrilpapero
● Vagina vatbulo: 5-6 vatbuloj
● Haŭta/genitala vatbulo/salivo/buŝa mola histo/faringa vatbulo/rektuma vatbulo: 2-3 vatbuloj
● Surfaca mikroorganismo: 5-6 vatbuloj
● Akvokorpo/aero/biofilmo: filtrilpapero
● Endofitoj: 2-3g
● Denta plako: 0,5-1g
Serva Laborfluo
Specimena liverado
Biblioteka konstruado
Sekvencado
Analizo de datumoj
Postvendaj servoj
Inkluzivas la jenan analizon:
● Kontrolo de kvalito de sekvencado de datumoj
● Metagenoma asembleo kaj gena prognozo
● Gena prinotado
● Taksonomia alfa-diverseca analizo
● Funkcia analizo de la komunumo: biologia funkcio, metabola, antibiotika rezisto
● Analizo pri kaj funkcia kaj taksonomia diverseco:
Analizo de beta-diverseco
Intergrupa analizo
Korelacia analizo: inter mediaj faktoroj kaj OUT-konsisto kaj diverseco
Funkcia analizo: CARD-antibiotika rezisto
Diferenciala analizo de KEGG-metabolaj vojoj: varmomapo de signifaj vojoj
Alfa-diverseco de taksonomia distribuo: ACE-indekso
Beta-diverseco de taksonomia distribuo: PCoA
Esploru la progresojn faciligitajn per la metagenomaj sekvencaj servoj de BMKGene kun Illumina per zorge elektita kolekto de publikaĵoj.
Hai, Q. et al. (2023) 'Metagenomika kaj metabolomika analizo de ŝanĝoj en intesta enhavo de onkorinkoj (Oncorhynchus mykiss) infektitaj per infekta hematopoeza nekroza viruso ĉe malsamaj kulturakvaj temperaturoj',Frontiroj en Mikrobiologio, 14, p. 1275649. doi: 10.3389/FMICB.2023.1275649.
Mao, C. et al. (2023) 'Mikrobaj komunumoj, rezistaj genoj, kaj rezistomaj riskoj en urbaj lagoj de malsamaj trofaj statoj: Internaj ligiloj kaj eksteraj influoj',Ĵurnalo de Danĝeraj Materialoj Progresoj, 9, p. 100233. doi: 10.1016/J.HAZADV.2023.100233.
Su, M. et al. (2022) 'Metagenomika Analizo Malkaŝis Diferencojn en Konsisto kaj Funkcio Inter Likvaĵ-Asociitaj kaj Solid-Asociitaj Mikroorganismoj de Ŝafa Rumeno',Frontiroj en Mikrobiologio, 13, p. 851567. doi: 10.3389/FMICB.2022.851567.
Yin, J. et al. (2023) 'Obesa Ningxiang-pork-derivita mikrobioto restrukturas karnitinan metabolon por antaŭenigi muskolan grasacidan deponadon en malgrasaj DLY-porkoj',La Novigado, 4(5), p. 100486. doi: 10.1016/J.XINN.2023.100486.
Zhao, X. et al. (2023) 'Metagenomiaj komprenoj pri la eblaj riskoj de reprezentaj bio/ne-degradeblaj plastoj kaj ne-plastaj ruboj en la supraj kaj malsupraj partoj de la estuaro Haihe, Ĉinio',Scienco de la Tuta Medio, 887, p. 164026. doi: 10.1016/J.SCITOTENV.2023.164026.
