Metagenomic Sequencing -NGS
Metagenomo estas kolekto de la totala genetika materialo de miksita komunumo de organismoj, kiel ekzemple mediaj kaj homaj metagenomoj. Ĝi enhavas genarojn de kaj kultiveblaj kaj nekultiveblaj mikroorganismoj. Ĉaspafilo metagenomic-sekvencado kun NGS ebligas la studon de tiuj malsimplaj genomaj pejzaĝoj enkonstruitaj en mediaj provaĵoj disponigante pli ol taksonomia profilado, donante ankaŭ grajnecajn sciojn pri speciodiverseco, abundodinamiko kaj kompleksaj populaciostrukturoj. Preter taksonomiaj studoj, ĉaspafilo metagenomics ankaŭ ofertas funkcian genomikperspektivon, ebligante la esploradon de ĉifritaj genoj kaj iliajn supozajn rolojn en ekologiaj procezoj. Finfine, la establado de korelaciaj retoj inter genetikaj elementoj kaj medifaktoroj kontribuas al holisma kompreno de la malsimpla interagado inter mikrobaj komunumoj kaj ilia ekologia fono. En konkludo, metagenomic-sekvencado staras kiel pivota instrumento por malimpliki la genomajn komplikaĵojn de diversaj mikrobaj komunumoj, prilumante la multfacetajn rilatojn inter genetiko kaj ekologio ene de tiuj kompleksaj ekosistemoj.
Platformoj: Illumina NovaSeq kaj DNBSEQ-T7
Servaj Avantaĝoj
●Izoliteco kaj Kultivado-libera Metodo por Mikroba Komunuma Profilado: Ebligi sekvencon de genetika materialo de nekultiveblaj organismoj.
●Alta Rezolucio: Detektu malalt-abundajn speciojn en mediaj specimenoj.
●Ampleksa Bioinformatika Analizo:Temigis ne nur taksonomian diversecon sed ankaŭ la funkcian diversecon de la komunumo.
●Vasta Sperto:Kun historieto pri sukcese fermado de multoblaj metagenomikprojektoj en diversaj esploraj domajnoj kaj prilaborado de pli ol 200,000 specimenoj, nia teamo alportas riĉecon da sperto al ĉiu projekto.
Specifoj de Servo
| Sekvenca platformo | Sekvenca Strategio | Datenoj rekomenditaj | Kvalita kontrolo |
| Illumina NovaSeq aŭ DNBSEQ-T7 | PE150 | 6-20 Gb | Q30≥85% |
Servaj Postuloj
| Koncentriĝo (ng/µL) | Totala kvanto (ng) | Volumo (µL) |
| ≥1 | ≥30 | ≥20 |
● Grundo/ŝlimo: 2-3g
● Intesta enhavo-besto: 0,5-2g
● Intesta enhavo-insekto: 0,1-0,25g
● Planto surfaco (riĉigita sedimento): 0,5-1g
● Fermenta buljono riĉigita sedimento): 0,2-0,5g
● Fekaĵo (grandaj bestoj): 0,5-2g
● Feko (muso): 3-5grajnoj
● Pulma alveola lava fluido: filtrila papero
● Vagina swab: 5-6 swabs
● Haŭto/genitala lamvo/salivo/buŝa mola histo/faringa ŝtopilo/rektala lamvo: 2-3 ŝtompoj
● Surfaca mikroorganismo: 5-6 swabs
● Akvokorpo/aero/biofilmo: filtrila papero
● Endofitoj: 2-3g
● Denta Plako: 0,5-1g
Serva Laborfluo
Specimena livero
Biblioteka konstruado
Sekvencado
Analizo de datumoj
Post-vendaj servoj
Inkluzivas la sekvan analizon:
● Sekvenca datumkvalita kontrolo
● Metagenoma asembleo kaj gena prognozo
● Gena komentario
● Analizo de taksonomia alfa diverseco
● Funkcia analizo de la komunumo: biologia funkcio, metabola, antibiotika rezisto
● Analizo pri kaj funkcia kaj taksonomia diverseco:
Beta-diverseca analizo
Intergrupa analizo
Korelacianalizo: inter mediaj faktoroj kaj OUT-konsisto kaj diverseco
Funkcia analizo: CARD-antibiotika rezisto
Diferenciga analizo de KEGG-metabolaj padoj: varmomapo de signifaj padoj
Alfa-diverseco de taksonomia distribuo: ACE-indekso
Beta-diverseco de taksonomia distribuo: PCoA
Esploru la progresojn facilitajn de la metagenomaj sekvencaj servoj de BMKGene kun Illumina per vikariita kolekto de publikaĵoj.
Hai, Q. et al. (2023) "Metagenomia kaj metaboloma analizo de ŝanĝoj en intesta enhavo de ĉielarka truto (Oncorhynchus mykiss) infektita kun infekta hematopoieta nekrozoviruso ĉe malsamaj kulturaj akvotemperaturoj".Limoj en Mikrobiologio, 14, p. 1275649. doi: 10.3389/FMICB.2023.1275649.
Mao, C. et al. (2023) "Mikrobaj komunumoj, rezistaj genoj kaj rezistomaj riskoj en urbaj lagoj de malsamaj trofaj ŝtatoj: Internaj ligiloj kaj eksteraj influoj".Ĵurnalo de Danĝeraj Materialoj Antaŭenoj, 9, p. 100233. doi: 10.1016/J.HAZADV.2023.100233.
Su, M. et al. (2022) 'Metagenomic Analysis Revealed Differences in Composition and Function Between Liquid-Associated kaj Solid-Associated Microorganisms of Sheep Rumen',Limoj en Mikrobiologio, 13, p. 851567. doi: 10.3389/FMICB.2022.851567.
Yin, J. et al. (2023) "Grasa Ningxiang pork-derivita mikrobioto rekablas karnitinan metabolon por antaŭenigi muskolajn grasacidajn deponadon en malgrasaj DLY-porkoj",La Novigado, 4(5), p. 100486. doi: 10.1016/J.XINN.2023.100486.
Zhao, X. et al. (2023) "Metagenomaj komprenoj pri la eblaj riskoj de reprezentaj bio/ne-degradeblaj plastaj kaj ne-plastaj derompaĵoj en la supraj kaj malsupraj atingoj de Haihe Estuary, Ĉinio",Scienco de La Tuta Medio, 887, p. 164026. doi: 10.1016/J.SCITOTENV.2023.164026.
