Bulked Segregant-analizo
Servaj Avantaĝoj
Takagi et al., The Plant Journal, 2013
● Preciza lokalizo: Miksi bulks kun 30+30 ĝis 200+200 individuoj por minimumigi fonan bruon;ne-sinonima mutaciul-bazita kandidatregiona prognozo.
● Ampleksa analizo: Profunda kandidatgena funkcio komentario, inkluzive de NR, SwissProt, GO, KEGG, COG, KOG ktp.
● Pli Rapida Tempo: Rapida gena lokalizo ene de 45 labortagoj.
● Vasta sperto: BMK kontribuis en miloj da trajtoj lokalizado, kovrante diversajn speciojn kiel kultivaĵoj, akvaj produktoj, arbaro, floroj, fruktoj ktp.
Specifoj de Servo
Populacio:
Apartiga epigono de gepatroj kun kontraŭaj fenotipoj.
ekz. F2-devenado, Backcrossing (BC), Rekombina denaska linio (RIL)
Miksa naĝejo
Por kvalitaj trajtoj: 30 ĝis 50 individuoj (minimume 20)/groco
Por kvanta tratoj: supraj 5% ĝis 10% individuoj kun aŭ ekstremaj fenotipoj en la tuta populacio (minimume 30+30).
Rekomendita sinsekva profundo
Almenaŭ 20X/gepatro kaj 1X/idoj individuo (ekz. por idoj miksa aro de 30+30 individuoj, sekvenca profundo estos 30X po groco)
Bioinformadikaj analizoj
● Tuta genoma resekvencado
● Prilaborado de datumoj
● SNP/Indel-voko
● Kandidatregiona ekzamenado
● Kandidat gena funkcio komentario
Specimenaj Postuloj kaj Livero
Ekzemplaj Postuloj:
Nukleotidoj:
| specimeno de gDNA | Specimeno de histo |
| Koncentriĝo: ≥30 ng/μl | Plantoj: 1-2 g |
| Kvanto: ≥2 μg (Volumno ≥15 μl) | Bestoj: 0,5-1 g |
| Pureco: OD260/280= 1.6-2.5 | Tuta sango: 1,5 ml |
Serva Laborfluo
Eksperimenta dezajno
Specimena livero
RNA-eltiro
Bibliotekokonstruo
Sekvencado
Analizo de datumoj
Post-vendaj servoj
1.Asocia analizbazo sur Eŭklida Distanco (ED) por identigi kandidatregionon.En la sekva figuro
X-akso: Kromosomnombro;Ĉiu punkto reprezentas ED-valoron de SNP.La Nigra linio respondas al konvenita ED-valoro.Pli alta ED-valoro indikas pli signifan asocion inter la ejo kaj la fenotipo.Ruĝa streka linio reprezentas sojlon de signifa asocio.
2.Asocia analizo bazita neniu SNP-indekso
X-akso: Kromosomnombro;Ĉiu punkto reprezentas SNP-indeksan valoron.La nigra linio signifas konvenitan SNP-indeksan valoron.Ju pli granda estas la valoro, des pli signifa estas la asocio.
Kazo BMK
La plej-efika kvanta trajtolokuso Fnl7.1 ĉifras malfruan embriogenezon abundan proteinon asociitan kun fruktokololongo en kukumo
Eldonita: Plant Biotechnology Journal, 2020
Sekvenca strategio:
Gepatroj (Jin5-508, YN): Tuta genaro resekvencado por 34× kaj 20×.
DNA-naĝejoj (50 Longkolaj kaj 50 mallongkolaj): Resekvencado por 61× kaj 52×
Ŝlosilaj rezultoj
En ĉi tiu studo, apartiganta populacio (F2 kaj F2:3) estis generita transirante longkola kukumlinio Jin5-508 kaj mallongkolo YN.Du DNA-naĝejoj estis konstruitaj fare de 50 ekstremaj long-kolaj individuoj kaj 50 ekstremaj mallong-kolaj individuoj.Grave-efika QTL estis identigita sur Chr07 per BSA-analizo kaj tradicia QTL-mapado.La kandidatregiono estis plue malvastigita per fajna mapado, gen-esprimo-kvantigo kaj transgenaj eksperimentoj, kiuj malkaŝis ŝlosilan genon en kontrolado de kolo-longo, CsFnl7.1.Krome, polimorfismo en CsFnl7.1-reklamantregiono estis trovita esti rilata al ekvivalenta esprimo.Plia filogenetika analizo sugestis ke Fnl7.1-lokuso tre verŝajne devenas de Hindio.
 QTL-mapado en BSA-analizo por identigi kandidatregionon asociitan kun kukuma kololongo |  LOD-profiloj de kukuma kolo-longa QTL identigita sur Chr07 |
Xu, X. , et al."La plej-efika kvanta trajtolokuso Fnl7.1 ĉifras malfruan embriogenezan abundan proteinon asociitan kun fruktokololongo en kukumo."Plant Biotechnology Journal 18.7 (2020).
