16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-PacBio
Servaj Avantaĝoj
● Long-legadoj malkaŝantaj plenlongan sekvencon de 16S/18S/ITS
● Tre preciza baza vokado kun PacBio CCS-reĝimo-sekvencado
● Speci-nivela rezolucio en komentario OTU/ASV
● Plej nova QIIME2 analizanta fluon kun diversaj analizoj laŭ datumbazo, komentario, OTU/ASV.
● Aplikebla al diversaj mikrobaj komunumaj studoj
● BMK posedas vastan sperton kun pli ol 100,000 specimenoj/jare, kovrante grundon, akvon, gason, ŝlimon, fekon, intestojn, haŭton, fermentan buljonon, insektojn, plantojn, ktp.
● BMKCloud faciligis datuminterpreton enhavantan 45 personigitajn analizajn ilojn
Specifoj de Servo
| SekvencadoPlatformo | Biblioteko | Rekomenditaj datumoj | Turnaround Time |
| PacBio Sequel II | SMRT-sonorilo | 5K/10K/20K Etikedoj | 44 Labortagoj |
Bioinformadikaj analizoj
● Kontrolo de kvalito de krudaj datumoj
● OTU-grupo/Malbruo (ASV)
● OTU komentario
● Alfa-diverseco
● Beta diverseco
● Intergrupa analizo
● Asocia analizo kontraŭ eksperimentaj faktoroj
● Funkcia gena prognozo
Specimenaj Postuloj kaj Livero
Ekzemplaj Postuloj:
PorDNA-ekstraktoj:
| Specimena Tipo | Kvanto | Koncentriĝo | Pureco |
| DNA-ekstraktoj | > 1 μg | > 20 ng/μl | OD260/280= 1,6-2,5 |
Por mediaj specimenoj:
| Specimena tipo | Rekomendita prova proceduro |
| Grundo | Specimena kvanto: ĉ.5 g;Restanta velkinta substanco devas esti forigita de surfaco;Muelu grandajn pecojn kaj trairu 2 mm filtrilon;Alikvotaj specimenoj en sterila EP-tubo aŭ cirotubo por rezervado. |
| Feko | Specimena kvanto: ĉ.5 g;Kolektu kaj alikvotitajn specimenojn en sterila EP-tubo aŭ kriotubo por rezervado. |
| Intesta enhavo | Specimenoj devas esti prilaboritaj en asepta kondiĉo.Lavu kolektitan histon per PBS;Centrifugu la PBS kaj kolektu la precipitanton en EP-tuboj. |
| Ŝlimo | Specimena kvanto: ĉ.5 g;Kolektu kaj alikvoto de ŝlima specimeno en sterila EP-tubo aŭ kriotubo por rezervo |
| Akvokorpo | Por specimeno kun limigita kvanto da mikroba, kiel krana akvo, puta akvo, ktp., Kolektu almenaŭ 1 L da akvo kaj trapasu 0,22 μm-filtrilon por riĉigi mikroban sur la membrano.Konservu la membranon en sterila tubo. |
| Haŭto | Zorge skrapu la haŭtan surfacon per sterila kotono aŭ kirurgia klingo kaj metu ĝin en sterilan tubon. |
Rekomendita Specimena Livero
Frostigu la specimenojn en likva nitrogeno dum 3-4 horoj kaj konservu en likva nitrogeno aŭ -80 gradojn al longtempa rezervo.Specimena sendado kun seka glacio estas postulata.
Serva Laborfluo
Specimena livero
Bibliotekokonstruo
Sekvencado
Analizo de datumoj
Post-vendaj servoj
1.Annotata indico de V3+V4(Illumina)-bazita mikroba komunuma profilado kontraŭ Plenlonga (PacBio)-bazita profilado.
(Datumoj de 30 hazarde elektitaj projektoj estis aplikitaj por statistiko)
2.Komenta indico de plenlonga amplikonsekvencado ĉe specio-nivelo en malsamaj specimenaj tipoj
3.Specia distribuo
4.Filogenetika arbo
Kazo BMK
Eksponiĝo al arseniko induktas intestan barierdamaĝon kaj sekvan aktivigon de intest-hepata akso kondukanta al inflamo kaj piroptozo de hepato en anasoj.
Eldonita:Scienco de la Tuta Medio,2021
Sekvenca strategio:
Specimenoj: Kontrolo kontraŭ 8 mg/kg ATO elmontrita grupo
Sekvencaj datumoj-rendimento: 102,583 krudaj CCS-sekvencoj entute
Kontrolo: 54,518 ± 747 efika CCS
ATO-senŝirma : 45,050 ± 1675 efika CCS
Ŝlosilaj rezultoj
Alfa-diverseco:ATO-eksponiĝo signife ŝanĝis la intestan mikroban riĉecon kaj diversecon en la anasoj.
Analizo de metastatoj:
En filumo: 2 bakteriaj filumoj nur detektitaj en kontrolgrupoj
En genra nivelo: 6 genroj estis trovitaj signife malsamaj en relativa abundo
En specionivelo: 36 specioj estis identigitaj entute, kun 6 el ili signife malsamaj en reviviga abundo
Referenco
Thingholm, LB, et al."Grazaj Individuoj kun kaj sen Tipo 2 Diabeto Montras Malsaman Intestan Mikrobian Funkcian Kapaciton kaj Kunmetaĵon."Ĉela Gastiganto & Mikrobo26.2 (2019).
