mRNA-sekvenco (NGS) kun referenca genaro
RNA-sekvencado estas norma ilo tra vivsciencoj kaj kultivaĵoj, transpontante la breĉon inter genaroj kaj proteomoj. Ĝia forto kuŝas en la malkovro de novaj transskribaĵoj kaj kvantigado de ilia esprimo per unu provo. Ĝi estas vaste uzata por komparaj transskribaĵaj studoj, klarigante genojn rilatajn al diversaj trajtoj aŭ fenotipoj, kiel komparado de mutaciuloj kun sovaĝaj tipoj aŭ rivelado de gena esprimo sub specifaj kondiĉoj. La aplikaĵo BMKCloud mRNA (Reference) integras espriman kvantigadon, diferencigan espriman analizon (DEG) kaj sekvencajn strukturajn analizojn en la bioinformadikan dukton de mRNA-sekvencado (NGS) kaj kombinas la fortojn de simila programaro, certigante oportunon kaj uzanto-amikecon. Uzantoj povas alŝuti siajn RNA-sekvencadajn datumojn al la nubo, kie la aplikaĵo ofertas ampleksan, unu-haltan bioinformadikan analizan solvon. Plie, ĝi prioritatigas klientan sperton, ofertante personigitajn operaciojn adaptitajn al la specifaj bezonoj de uzantoj. Uzantoj povas mem agordi parametrojn kaj sendi la dukto-mision, kontroli la interagan raporton, vidi datumojn/diagramojn kaj kompletigi datenminadon, kiel ekzemple: cela genselektado, funkcia agregaciado, diagramado, ktp.
Platformo:Illumina, MGI
Strategio:RNA-Seq
Aranĝo: Parigita, pura-datumoj.
Biblioteka tipo:fr-senfadena, fr-unuafadeno aŭ fr-duafadeno
Leglongo:150 bazpunktoj
Dosiertipo:*.fastq, *.fq, *.fastq.gz aŭ *.fq.gz. La sistemo farosaŭtomate parigi la .fastq-dosierojn laŭ iliaj dosiernomoj,ekz. *_1.fastq parigita kun *._2.fastq.
Nombro de specimenoj:Ne estas limigoj pri la nombrode specimenoj, sed la analiztempo pligrandiĝos laŭ la nombro despecimenoj kreskas.
Rekomendita Datuma Kvanto:6G po specimeno
