Árið 2021 varð BMKGENE vitni að 31 De novo erfðamengisrannsóknum sem gefnar voru út með góðum árangri í áhrifamiklum tímaritum með heildaráhrifaþáttum yfir 320. 15 greinanna voru meðhöfundar og 4 þeirra voru meðhöfundar sem fyrstu höfundar BMKGENE
Rétt eftir ársbyrjun 2022 hafa þegar verið birtar tvær rannsóknargreinar í tímaritinu „Natural Genetics“ og „Molecular Plant“ í sömu röð.Þær eru: „Tvær ólíkar haplotýpur úr mjög arfblendnu lychee erfðamengi benda til sjálfstæðra tamningaratburða fyrir snemm- og seinþroska yrki“ (Lychee erfðamengi rannsóknir, framkvæmdar af College of Horticulture, South China Agricultural University, og vísindasamstarfsfólki, birt á Natural Genetics. ), og „Erfðaefnisraðir fimm Sitopsis tegunda Aegilops og uppruni fjöllitaðs hveitis B-undirgenoms“ (Erfðamengi fimm Sitopsis tegunda, framkvæmd af rannsóknarteymi prófessors Bao Liu við Northeast Normal University.).Við munum einnig fara yfir þessar tvær greinar og deila með lesendum okkar.
Nú skulum við kíkja á frábærar rannsóknargreinar sem birtar voru árið 2021, höfundar BMK og samstarfsaðstöðu okkar.
Erfðamengi plantna - Bylting á fjöltegundum.
1. Hágæða erfðamengissamsetning undirstrikar erfðafræðilega eiginleika rúgsins og landbúnaðarfræðilega mikilvæg gen
Samstarfsaðstaða: Landbúnaðarháskólinn í Henan
Tímarit: Natural Genetics
Áhrifaþáttur: 38,31
Í þessu verkefni var erfðamengi Weining rúg, úrvals kínverskt rúgafbrigði, raðgreint.Samsettu samstæðurnar (7,74 Gb) voru 98,47% af áætlaðri erfðamengisstærð (7,86 Gb), þar sem 93,67% samstæðunnar (7,25 Gb) voru úthlutað til sjö litninga.Endurtekin frumefni mynduðu 90,31% af samansettu erfðamengi.Frekari greiningar á Weining-samstæðunni varpa nýju ljósi á fjölföldun gena um allt erfðamengi og áhrif þeirra á gena nýmyndun sterkju, líkamlega skipulagningu flókinna prólamínstaðla, genatjáningareiginleika sem liggja að baki upphafseinkennum og hugsanlegum litningatengdum litningasvæðum og staði í rúg.Þessi erfðamengisröð lofar að flýta fyrir erfðafræði- og kynbótarannsóknum á rúg og skyldri kornrækt.
2.Rose without prickle: erfðafræðileg innsýn sem tengist rakaaðlögun
Samstarfsaðstaða: Kunming Institute of Grasafræði, Kínverska vísindaakademían
Tímarit: National Science Review
Áhrifaþáttur: 17,273
Í þessu verkefni var sýnum safnað af 'Basye's Thornless' (BT, stingalausu afbrigði af Rosa wichuraiana), 'Old Blush' (OB, stofnandi arfgerð í rósaræktun), F1 blendingum þeirra og BCF1.Og hágæða viðmiðunarerfðamengissamsetning var búin til til að bera kennsl á erfðafræðilega þætti sem tengjast þróun stönguls.Stærð erfðamengisins er um 530,6 Mb.Til að sannreyna gæði samsetta erfðamengisins var gerð greining eins og samanburður á erfðakorti, BUSCO, NGS les endursamsetning, samanburður við OB haplotype, raðgreiningargrunnvilluhraðastýringu og erfðamengi-breitt LTR Assembly Index gildisskoðun (LAI=20,03).Þessar rannsóknir sýna hið flókna erfðamynstur og eftirlitskerfi stofnpricks og veitti okkur grunn og ný úrræði til að rannsaka líffræði rósa og námu sameindamerkjum sem tengjast mikilvægum eiginleikum.
3.Heildararfleifðarröð tilbúinna allófjölliða í Cucumis afhjúpar innsýn í erfðamengi þróun allopolyploidization
Samstarfsaðstaða: Landbúnaðarháskólinn í Nanjing
Tímarit: Advanced Science
Áhrifaþáttur: 16.801
Í þessari rannsókn var greint frá hágæða erfðamengi tilbúins allotetraploid sem fæst með því að blanda saman milli gúrku (C. sativus, 2n = 14) og villtra ættingjategunda hennar (C. hystrix, 2n = 24) og síðari litningafjölgun, sem er sú fyrsta. fullkomlega raðað tilbúið allopolyploid.Samsetning erfðamengisins beitti vinnuflæði „PacBio+BioNano+Hi-C+Illumina“ raðgreiningar, sem leiddi til erfðamengistærðar upp á 530,8 Mb og contig N50 = 6,5 Mb.Lesum var úthlutað á 19 gervilitninga og undirgefina.Niðurstöðurnar bentu til þess að blending, frekar en tvíföldun erfðamengis, veldur meirihluta erfðafræðilegra breytinga í bæði kjarna- og cp erfðamengi.Það benti til þess að fasta arfblendnin veiti C.×hytivus aukna streituaðlögun.Niðurstöðurnar veita nýja innsýn í þróun fjölfrænna plantna og bjóða upp á væntanlega ræktunarstefnu fyrir framtíðarræktun.
4. Samanburðargreining á erfðamengi varpa ljósi á stækkun erfðamengis sem miðlað er við transposon miðlaða erfðamengi og þróunararkitektúr þrívíddar erfðafræðilegrar fellingar í bómull
Samstarfsaðstaða: Huazhong Agricultural University
Tímarit: Molecular Biology and Evolution
Áhrifaþáttur: 16,242
Þetta verkefni notaði Nanopore Sequencing til að setja saman erfðamengi þriggja bómullartegunda, nefnilega: Gossypium rotundifolium (K2, erfðamengi stærð = 2,44Gb, contigN50 = 5,33Mb), G. arboreum (A2, erfðamengi stærð = 1,62Gb, contigN50 = 1,62Gb, contigN50 = 1,69M). G. raimondii (D5, erfðamengi stærð = 0,75Gb, contigN50 = 17,04 Gb).Yfir 99% af öllum þremur erfðamengjunum voru sett saman í gegnum Hi-C.Niðurstöður BUSCO greiningar eru 92,5%, 93,9% og 95,4% í sömu röð.Allar þessar tölur gáfu til kynna að erfðamengi samsetningar þriggja eru viðmiðunarstig.Samanburðargreiningar á erfðamengi skjalfestu upplýsingar um ættarsértæka TE mögnun sem stuðlar að miklum mun á erfðamengi.Þessi rannsókn varpar ljósi á hlutverk transposon-miðlaðrar erfðamengisstækkunar í þróun hærri röð litningabyggingar í plöntum.
5. Samsetning og greining á litningakvarða á lífmassauppskeru Miscanthus lutarioriparius erfðamengi
Samstarfsaðstaða: CAS Center for Excellence í sameindaplöntuvísindum
Tímarit: Nature Communications
Áhrifaþáttur: 14,912
Þetta verkefni greindi frá samsetningu á litningakvarða á erfðamengi Miscanthus lutarioriparius með því að sameina Oxford Nanopore raðgreiningu og Hi-C tækni.2,07Gb samsetningin nær yfir 96,64% af erfðamenginu, með contig N50 upp á 1,71 Mb.Um 94,30% af heildarröðunum voru festar í 19 gervilitninga.Með samanburði við BAC röð, LAI mat, BUSCO mat, endursamsetningu með NGS gögnum, endursamsetningu umritsgagna, var erfðamengið metið sem hágæða og samfellu.Allotetraploid uppruni M. lutarioriparius er staðfestur með því að nota miðlægar gervitunglaendurtekningar.Samhliða tvítekin gen af M. lutarioriparius eru hagnýt auðguð, ekki aðeins hvað varðar streituviðbrögð, heldur frumuvegglífmyndun.Genaflíkingar gegna líklega hlutverki í C4 ljóstillífun og stuðla að Miscanthus C4 ljóstillífun við lágan hita.Rannsóknin veitti mikilvæg viðmið til að rannsaka fjölærar plöntur.
6. Camptotheca acuminata erfðamengissamsetning á litningastigi veitir innsýn í þróunarlegan uppruna camptothecin lífmyndunar
Samstarfsaðstaða: Sichuan háskólinn
Tímarit: Nature Communications
Áhrifaþáttur: 14,912
Þetta verkefni greindi frá hágæða C. acuminata erfðamengissamsetningu á litningastigi, með stærð erfðamengisins 414,95 Mb og contingN50 1,47 Mb.Við komumst að því að C. acuminata upplifir sjálfstæða fjölföldun í heilu erfðaefninu og fjölmörg gen sem koma frá því tengjast nýmyndun camptothecins.Virkni mismunun LAMT gensins og jákvæð þróun tveggja SLAS gena áttu því bæði mikið þátt í myndun camptothecins í C. acuminata.Niðurstöðurnar lögðu áherslu á mikilvægi hágæða erfðamengissamsetningar til að bera kennsl á erfðabreytingar á þróunaruppruna annars efnis umbrotsefnis.
7.Samsætuskilgreint erfðamengi sýnir tvísamsætu aðgreiningu við þróun kassava
Samstarfsaðstaða: Chinese Academy of Tropical Agricultural Sciences
Tímarit: Molecular Plant
Áhrifaþáttur: 13,162
Þetta verkefni setti saman viðmiðunarerfðamengi fyrir kassava með contigN50 1.1Mb með því að nota Pacific Biosciences (PacBio) raðgreiningarvettvang.Eftir mat með BUSCO, LAI vísitölu og háþéttni erfðakorti, er samsett erfðamengi staðfest sem refence-grade.Óþarfa svæði voru auðkennd og samstæður voru festar á 18 gervilitninga með því að nota Hi-C tengla.Þetta hágæða og samsætuskilgreinda viðmiðunarerfðamengi fyrir kassava er dýrmætt til að bera kennsl á ólíkar tvísamsætur á einsleitum litningum, sem gerir kleift að kanna aðgreining og tjáningaryfirráð tvísamsæta og undirliggjandi þróunardrifkrafta þeirra.Það auðveldaði nýstárlegar ræktunaraðferðir í kassava og annarri mjög arfblendinni ræktun.
8. Erfðafræðileg innsýn í hraðan vöxt paulownias og myndun Paulownia nornasóps
Samstarfsaðstaða: Landbúnaðarháskólinn í Henan
Tímarit: Molecular Plant
Áhrifaþáttur: 13,162
Þetta verkefni setti saman hágæða kjarnaerfðamengi Paulownia fortunei, 511,6 Mb að stærð, þar sem 93,2% raðanna voru festar við 20 gervilitninga.Meiri skilvirkni ljóstillífunar næst með því að samþætta C3 ljóstillífun og efnaskiptaferil crassulaceansýru, sem gæti hafa stuðlað að mjög hröðum vaxtarvenjum paulownia trjáa.Viðbótaruppröðun í erfðamengi PaWB phytoplasma, ásamt virknigreiningum, benti til þess að áhrifavaldurinn PaWB-SAP54 hafi bein samskipti við Paulownia PfSPLa, sem aftur veldur niðurbroti PfSPLa með ubiquitin-miðluðum ferli og leiðir til myndunar nornasóps.Gögnin veittu marktæka innsýn í líffræði paulownias og eftirlitskerfi fyrir myndun PaWB.
Erfðamengi dýra - Djúp innsýn í þróun tegunda
1. Erfðamengi Nautilus pompilius lýsir upp augnþróun og lífefnavæðingu
Samstarfsaðstaða: South China Sea Institute of Oceanology, CAS
Tímarit: Natural Ecology & Evolution
Áhrifaþáttur: 15,462
Þetta verkefni kynnti fullkomið erfðamengi fyrir Nautilus pompilius.Það hefur lægstur erfðamengi meðal raðgreindra cephalopoda, sem er 730.58Mb með contigN50 = 1.1Mb.Niðurstaða BUSCO mats er 91,31%.Ásamt umritunar-, próteóm-, genafjölskyldu- og fylgjugreiningu veitti þetta erfðamengi grundvallarviðmiðun um nýjungar í cephalopoda, svo sem auga og lífefnavæðingu.Rannsóknin benti til þess að skemmdir á heilleika Hox genaklasans gætu tengst því að skel hvarf lindýra.Mikilvægt er að margar erfðafræðilegar nýjungar, þar með talið genatap, óháður samdráttur og stækkun sérstakra genafjölskyldna og tengd eftirlitsnet þeirra, mótuðu líklega þróun nautilus pinhole augans.Nautilus erfðamengið var dýrmæt auðlind til að endurbyggja þróunarsviðsmyndir og erfðafræðilegar nýjungar sem móta núlifandi bláfugla.
2.Seadragon erfðamengisgreining veitir innsýn í svipgerð þess og kynákvörðunarstað
Samstarfsaðstaða: South China Sea Institute of Oceanology, CAS
Tímarit: Science Advances
Áhrifaþáttur: 14,132
Þetta verkefni de novo-raðað erfðamengi karl- og kvendýra af algengum sjódreka (Phyllopteryx taeniolatus) og náskyldum tegundum hans, rjúpnafiski (Syngnathoides biaculeatus).Erfðamengi stærð Phyllopteryx taeniolatus er ~659 Mb（♂）og ~663 Mb（♀）, með contigN50 upp á 10.0Mb og 12.1mb.erfðamengi stærð Phyllopteryx taeniolatus er 637 Mb (♂) og ~648 Mb (♀), með contigN50 18,0 Mb og 21,0 Mb.Með sýklafræðilegri greiningu eru algengi sjódreki og krókódípípufiskur systurflokkur Syngnathinae og skiluðu sér frá um 27,3 ma síðan.Umritunarsnið frá þróunarfræðilegri nýjung, lauflíkum viðaukum, sýna að safn gena sem venjulega taka þátt í þróun ugga hefur verið valið sem og auðgun afrita fyrir hugsanlega vefjaviðgerðir og ónæmisvarnargen.Hugsanleg kynákvarðandi staðsetning sem kóðar karlsértækt amhr2y geni sem deilt er með algengum sjódreka og krókódópípufiskum.Þetta verkefni gaf mikilvægar sannanir fyrir rannsóknum á aðlögunarþróun.
Birtingartími: 19. september 2022