BMKCloud Log in
条形 banner-03

Vörur

DNA/RNA raðgreining -PacBio Sequencer

DNA/RNA raðgreining -PacBio Sequencer Valin mynd
  • DNA/RNA raðgreining -PacBio Sequencer
  • DNA/RNA raðgreining -PacBio Sequencer
  • DNA/RNA raðgreining -PacBio Sequencer

PacBio raðgreiningarvettvangur er langlestur raðgreiningarvettvangur, sem einnig er þekktur sem ein af þriðju kynslóðar raðgreiningartækni (TGS).Kjarnatæknin, einni sameind í rauntíma (SMRT), eykur myndun lestra sem eru tugir kílóa að lengd.Á grundvelli „Raðunar-með-myndunar“ er einkjarnaupplausn náð með Zero-mode waveguide (ZMW), þar sem aðeins takmarkað rúmmál neðst (staður sameindamyndunar) er upplýst.Að auki forðast SMRT raðgreining að mestu raðsértæka hlutdrægni í NGS kerfi, þar sem flest PCR mögnunarþrep eru ekki nauðsynleg í byggingarferli bókasafns.

 

Leikvangur: Framhald II, Revio


Upplýsingar um þjónustu

Niðurstöður kynningar

Eiginleikar

Tvær raðstillingar á PacBio röðunartækinu: Continuous Long Read (CLR) og Circular Consensus Read (CCS)

Röðunarhamur Stærð bókasafns Fræðileg gögnAfrakstur (á hverja frumu) EinstaklingsgrunnurNákvæmni Umsóknir
CLR 20Kb, 30Kb osfrv. 80 Gb til 130 Gb U.þ.b.85% Nýjasta, SV-kall o.s.frv.
CCS 15-20 Kb

14 til 40 Gb/klefi (framhald II)

70 til 110 Gb/Cell (Revio)

Fer eftir sýnunum

 U.þ.b.99% Nýjasta, SNP/Indel/SV símtöl, Iso-Seq,

Samanburður á frammistöðu og eiginleikum Revio og Sequel II

Skilmálar

Framhald II kerfi

Revio kerfi

Auka

Meiri þéttleiki

8 milljónir ZMW

25 milljónir ZMW

3x

Óháð stig

1

4

4x

Styttri keyrslutími

30 klukkustundir

24 klukkustundir

1,25x

30X HiFi erfðamengi manna / ár

88

1.300

15x í heildina

Þjónustukostir

● Yfir 8 ára reynsla á PacBio raðgreiningarvettvangi með þúsundum lokaðra verkefna með ýmsum tegundum.

● Fullbúið með nýjustu PacBio raðgreiningarpöllunum, Revio til að tryggja nægjanlegt afköst raðgreiningar.

● Hraðari afgreiðslutími, meiri gagnaafköst og nákvæmari gögn.

● Stuðlað í hundruðum áhrifamikilla PacBio-rita.

Dæmi um kröfur


Tegund sýnis Magn Styrkur （Qubit®） Bindi Hreinleiki Aðrir
Erfðafræðilegt DNA Fer eftir gagnaþörf ≥50 ng/μl ≥15μl OD260/280=1,7-2,2;
OD260/230=1,8-2,5;
Bjartur toppur við 260 nm，engin mengun		 Mæla þarf styrk með Qubit og Qubit/Nanopore = 0,8-2,5
Heildar RNA ≥1,2μg ≥120 ng/μl ≥15μl OD260/280=1,7-2,5;
OD260/230=0,5-2,5；engin mengun

RIN gildi ≥7,5

5≥28S/18S≥1

 

Þjónustuverkflæði

undirbúningur sýna

Undirbúningur sýnis

Undirbúningur bókasafns

Bókasafnsbygging

Röðun

Röðun

Gagnagreining

Gagnagreining

Dæmi um QC

Verkefnaafhending

  • Fyrri:
  • Næst:

    • 1.In-house Data Yield

    Gögn mynduð úr 63 CCS frumum (frá 26 tegundum)

    GÖGN-PacBio-CCS-15 Kb Meðaltal Hámark Min Miðgildi
    Afrakstur - undirlestur (Gb) 421.12 544,27 221,38 426,58
    Yiled - CCS(Gb) 25,93 38,59 10,86 25.43
    Polymerasi N50 145.651 175.430 118.118 144.689
    Undirlestur N50 17.509 23.924 12.485 17.584
    CCS N50 14.490 19.034 9.876 14.747
    Meðallengd - Polymerase 67.995 89.379 49.664 66.433
    Meðallengd-Subreads 15.866 21.036 11.657 16.012
    Meðallengd-CCS 14.489 19.074 8.575 14.655

    Gögn mynduð úr 16 CLR frumum (frá 76 tegundum)

    DATA-PacBio-CLR-30Kb Meðaltal Hámark Min Miðgildi
    Afrakstur - undirlestur (Gb) 142,20 291,40 50,55 142,49
    Polymerasi N50 39.456 121.191 15.389 35.231
    Undirlestur N50 28.490 41.012 14.430 29.063
    Meðallengd - Polymerase 22.063 48.886 8.747 21.555
    Meðallengd-Subreads 17.720 27.225 8.293 17.779

    2.Gögn QC – DemoTölfræði um afrakstur gagna

    Sýnishorn

    ccs Les Num

    Heildar ccs grunnar (bp)

    ccs les N50 (bp)

    ccs meðallengd (bp)

    ccs lengsta lestur (bp)

    undirlestur Basar (bp)

    ccs hlutfall (%)

    PB_BMKxxx

    3.444.159

    54.164.122.586

    15.728

    15.726

    36.110

    863.326.330.465

    6.27

     

    fáðu tilboð

    Skrifaðu skilaboðin þín hér og sendu okkur

    Varaflokkum

    Sendu skilaboðin þín til okkar:

    Ýttu á Enter til að leita eða ESC til að loka