Am Joer 2021, BMKGENE Zeien 31 De novo Genom Fuerschung erfollegräich publizéiert an héich-Impakt Zäitschrëften mat total Impakt Faktoren iwwer 320. 15 vun den Artikelen goufen Co-auteur 4 vun hinnen waren als éischt Autoren vun BMKGENE Co-auteur.
Direkt nom Ufank vum Joer 2022 goufen et schonn zwee Fuerschungsartikelen am Journal "Natural Genetics" respektiv "Molecular Plant" publizéiert.Si sinn, "Zwee divergent Haplotypen aus engem héich heterozygote Lychee Genom suggeréieren onofhängeg Domestikatiounsevenementer fir fréi a spéider Reife Sorten" (Lychee Genom Fuerschung, geleet vum College of Horticulture, South China Agricultural University, a wëssenschaftleche Kollaborateuren, publizéiert op Natural Genetics. ), an "Genom Sequenzen vun de fënnef Sitopsis Arten vun Aegilops an den Urspronk vum polyploid Weess B-Subgenome" (Fënnef Sitopsis Arten Genom, geleet vum Professer Bao Liu Fuerschungsteam vun der Northeast Normal University.).Mir wäerten och dës zwee Artikelen iwwerpréiwen a mat eise Lieser deelen.
Elo, loosst eis e Bléck op déi exzellent Fuerschungsartikelen, déi am Joer 2021 publizéiert goufen, co-auteur vum BMK an eise kollaboréierten Ariichtungen.
Planzgenom - Duerchbréch op Multi-Arten.
1.A qualitativ héichwäerteg Genom Assemblée beliicht Roggen genomesch Charakteristiken an agronomesch wichteg Genen
Zesummenaarbecht Ariichtung: Henan Agricultural University
Journal: Natural Genetics
Impakt Faktor: 38,31
An dësem Projet gouf de Genom vum Weining Rye, eng Elite Chinese Roggen Varietéit, Sequenzéiert.Déi versammelt Contigs (7.74 Gb) hunn 98.47% vun der geschätzter Genomgréisst (7.86 Gb) ausgemaach, mat 93.67% vun de Contigs (7.25 Gb) zu siwe Chromosomen zougewisen.Repetitive Elementer hunn 90,31% vum versammelten Genom ausgemaach.Weider Analyse vun der Weining Assemblée werfen neit Liicht op Genom-breet Genduplikatioune an hiren Impakt op Stärkebiosynthese Genen, kierperlech Organisatioun vu komplexe Prolamin Loci, Genausdrocksfeatures ënnerierdesch fréie Rubrik Trait a putativ Domestikatioun-assoziéiert chromosomal Regiounen a Loci am Roggen.Dës Genom Sequenz versprécht genomesch a Zuchtstudien a Roggen a verwandte Getreidekulturen ze beschleunegen.
2.Rose ouni Prickle: genomesch Abléck verbonne mat Feuchtigkeit Adaptatioun
Zesummenaarbecht Facilitéit: Kunming Institut fir Botanik, Chinesesch Akademie vun de Wëssenschaften
Journal: National Science Review
Impakt Faktor: 17.273
An dësem Projet goufen Echantillon vun 'Basye's Thornless' (BT, e prickle-fräie Kultivar vu Rosa wichuraiana), 'Old Blush' (OB, e Grënner-Genotyp an der Rous Domestikatioun), hir F1 Hybriden a BCF1 gesammelt.An eng qualitativ héichwäerteg Referenzgenomversammlung gouf generéiert fir genetesch Elementer ze identifizéieren am Zesummenhang mat der Stammprickle Entwécklung.D'Genomgréisst ass ongeféier 530,6 Mb.Fir d'Qualitéit vum versammelten Genom z'iwwerpréiwen, Analyse wéi genetesch Kaartverglach, BUSCO, NGS liest Reassembly, Verglach mat OB Haplotyp, Sequenzéierungsbasisfehlerquote Kontroll a Genom-breet LTR Assemblée Index Wäertprüfung (LAI = 20.03) goufen duerchgefouert.Dës Fuerschung verroden de komplexe Ierfschaftsmuster a Reguléierungsmechanismus vu Stammprickelen an huet eis eng Fondatioun an nei Ressourcen zur Verfügung gestallt fir d'Rosebiologie ze studéieren a molekulare Markéierer mat wichtegen Eegeschaften ze minen.
3.Whole-Genome Sequenz vu synthetiséierte Allopolyploiden am Cucumis verroden Abléck an d'Genom Evolutioun vun der Allopolyploidiséierung
Zesummenaarbecht Ariichtung: Nanjing Agricultural University
Journal: Advanced Science
Impakt Faktor: 16.801
Dës Etude huet de qualitativ héichwäertege Genom vun engem syntheteschen Allotetraploid gemellt, deen duerch interspezifesch Hybridiséierung tëscht Gurken (C. sativus, 2n = 14) a seng wëll relativ Arten (C. hystrix, 2n = 24) a spéider Chromosomenduplikatioun kritt gëtt, wat déi éischt ass. voll sequenzéiert syntheteschen Allopolyploid.D'Versammlung vum Genom applizéiert den Workflow vun "PacBio + BioNano + Hi-C + Illumina" Sequenzéierung, huet zu Genomgréisst vun 530.8Mb a contig N50 = 6.5Mb gefouert.Liest goufen zu 19 Pseudochromosomen an subgenomes zougewisen.D'Resultater weisen datt Hybridiséierung, anstatt Genom Duplikatioun, d'Majoritéit vun de genomesche Verännerungen a béid nuklearen a cp Genomen verursaacht.Et huet virgeschloen datt déi fix Heterozygositéit C. × hytivus mat verstäerkter Stressadaptatioun ubitt.D'Resultater bidden nei Abléck an d'Pflanzenpolyploidie Evolutioun a bidden eng potenziell Zuchtstrategie fir zukünfteg Kulturen.
4.Comparative Genom Analysen Highlight Transposon Mediated Genom Expansion an d'Evolutionär Architektur vun 3D Genomic Folding a Cotton
Zesummenaarbecht Facilitéit: Huazhong Agricultural University
Journal: Molekulare Biologie an Evolutioun
Impakt Faktor: 16.242
Dëse Projet huet Nanopore Sequencing benotzt fir Genom vun dräi Kottengspezialitéiten ze sammelen nämlech: Gossypium rotundifolium (K2, Genomgréisst = 2.44Gb, contigN50 = 5.33Mb), G. arboreum (A2, Genomgréisst = 1.62Gb, contigN50 = 1.69 = 1.69). G. raimondii (D5, Genom Gréisst = 0.75Gb, contigN50 = 17.04 Gb).Iwwer 99% vun allen dräi Genome goufen duerch Hi-C versammelt.D'Resultater vun der BUSCO Analyse sinn 92,5%, 93,9% an 95,4% respektiv.All dës Zuelen hunn uginn datt déi dräi Versammlungsgenome Referenzgrad sinn.Vergläichend Genom Analysen dokumentéiert d'Detailer vun der Lineage-spezifescher TE Amplifikatioun, déi zu de grousse Genomgréisst Differenzen bäidroen.Dës Etude beliicht d'Roll vun transposon-mediéierten Genom Expansioun an der Evolutioun vu méi héijer Uerdnung Chromatin Struktur a Planzen.
5.Chromosom-Skala Assemblée an Analyse vu Biomass Ernte Miscanthus lutarioriparius Genom
Zesummenaarbecht Ariichtung: CAS Center fir Excellence an molekulare Planzewëssenschaften
Journal: Natur Kommunikatiounen
Impakt Faktor: 14.912
Dëse Projet huet eng Chromosom-Skala Versammlung vum Miscanthus lutarioriparius Genom gemellt andeems Oxford Nanopore Sequenzéierung an Hi-C Technologien kombinéiert ginn.D'2.07Gb Versammlung deckt 96.64% vum Genom, mat contig N50 vun 1.71 Mb.Ongeféier 94,30% vun de Gesamtsequenzen goufen an 19 Pseudochromosomen verankert.Duerch Verglach mat BAC Sequenz, LAI Evaluatioun, BUSCO Evaluatioun, Re-Assemblée mat NGS Donnéeën, Re-Assemblée vun transcriptome Donnéeën, gouf de Genom als héich Qualitéit a Kontinuitéit bewäert.Allotetraploid Hierkonft vum M. lutarioriparius gëtt mat centromeresche Satelliten-Wiederholungen bestätegt.Tandem duplizéiert Genen vum M. lutarioriparius sinn funktionell beräichert net nëmmen a Begrëffer am Zesummenhang mat Stressreaktioun, mee Zellmauer Biosynthese.Gen Duplikate spille méiglecherweis eng Roll an der C4 Fotosynthese a droen zur Miscanthus C4 Fotosynthese bei niddreger Temperatur bäi.D'Fuerschung huet eng wichteg Referenz geliwwert fir méijähreg Planzen ze studéieren.
6.A Chromosom-Niveau Camptotheca acuminata Genom Assemblée liwwert Abléck an den evolutiven Urspronk vun der Camptothecin Biosynthese
Zesummenaarbecht Ariichtung: Sichuan Universitéit
Journal: Natur Kommunikatiounen
Impakt Faktor: 14.912
Dëse Projet huet eng qualitativ héichwäerteg Chromosomen-Niveau C. acuminata Genom Versammlung gemellt, mat Genomgréisst vun 414.95Mb a contingN50 1.47Mb.Mir hunn erausfonnt datt C. acuminata eng onofhängeg Ganzgenom Duplikatioun erliewt a vill Genen dovun ofgeleent si mat der Camptothecin Biosynthese verbonnen.D'funktionell Divergenz vun der LAMT Gentherapie a positiv Evolutioun vun zwee SLAS Genen, also souwuel bäigedroen vill zu der camptothecin biosynthesis zu C. acuminata.D'Resultater betount d'Wichtegkeet vun der qualitativ héichwäerteger Genom Assemblée bei der Identifikatioun vun geneteschen Ännerungen am evolutiven Urspronk vun engem sekundäre Metabolit.
7.Allele-definéiert Genom weist biallelesch Differenzéierung wärend der Kassava Evolutioun
Zesummenaarbecht Ariichtung: Chinesesch Akademie vun Tropical Agrarwëssenschaften
Journal: Molecular Plant
Impakt Faktor: 13.162
Dëse Projet huet e Referenzgenom fir Cassava mat contigN50 1.1Mb zesummegesat mat der Pacific Biosciences (PacBio) Sequenzéierungsplattform.No Evaluatioun vum BUSCO, LAI Index, an High-Density genetesch Kaart, gëtt de versammelt Genom als Referenzgrad bestätegt.Déi iwwerflësseg Regioune goufen identifizéiert a contigs goufen op 18 Pseudochromosomen verankert mat Hi-C Linken.Dëst héichqualitativ an allele-definéiert Referenzgenom fir Kassava ass wäertvoll fir divergent Bi-Allele op homologe Chromosomen z'identifizéieren, wat et erlaabt Differenzéierung an Ausdrocksdominanz vu Bi-Allelen an hir ënnerierdesch evolutiv dreiwend Kräfte z'entdecken.Et erliichtert innovativ Zuchtstrategien a Kassava an aner héich heterozygot Kulturen.
8.Genomesch Abléck an de schnelle Wuesstum vu Paulownias an d'Bildung vu Paulownia Hexenbesen
Zesummenaarbecht Facilitéit: Henan Agricultural University
Journal: Molecular Plant
Impakt Faktor: 13.162
Dëse Projet huet e qualitativ héichwäertegt nuklear Genom vu Paulownia fortunei, 511,6 Mb an der Gréisst, mat 93,2% vun de Sequenzen op 20 Pseudochromosomen verankert.Méi héich photosynthetesch Effizienz gëtt erreecht duerch d'Integratioun vun der C3 Photosynthese an de Crassulacean Säure Metabolismus Wee, wat zu der extrem séierer Wuesstumsgewunnecht vu Paulownia Beem bäigedroen huet.Zousätzlech Genom Sequenzéierung vu PaWB Phytoplasma, kombinéiert mat funktionnellen Analysen, huet uginn datt den Effektor PaWB-SAP54 direkt mat Paulownia PfSPLa interagéiert, wat am Tour d'Degradatioun vu PfSPLa duerch den ubiquitin-mediéierte Wee verursaacht a féiert zu der Bildung vun Hexenbesen.D'Daten hunn bedeitend Abléck an d'Biologie vu Paulownias an de reglementaresche Mechanismus fir d'Bildung vu PaWB geliwwert.
Déieregenom - Déif Abléck vun der Aartentwécklung
1.De Genom vum Nautilus pompilius beliicht Auge Evolutioun a Biomineraliséierung
Zesummenaarbecht Ariichtung: South China Sea Institut vun Oceanology, CAS
Journal: Natural Ecology & Evolution
Impakt Faktor: 15.462
Dëse Projet huet e komplette Genom fir Nautilus pompilius presentéiert.Et huet de minimalistesche Genom ënner sequenzéierten Cephalopoden, dat ass 730.58Mb mat contigN50 = 1.1Mb.D'BUSCO Evaluatiounsresultat ass 91,31%.Kombinéiert mat Transkriptom, Proteom, Genfamill a phylogenetesch Analyse, huet dëst Genom eng fundamental Referenz op Cephalopod Innovatiounen geliwwert, wéi zum Pinhole Auge a Biomineraliséierung.D'Fuerschung huet uginn datt Schued un der Vollständegkeet vum Hox Gencluster mat der Schuel verschwannen vu Mollusken verbonne ka sinn.Wichteg, multiple genomesch Innovatiounen abegraff Genverloschter, onofhängeg Kontraktioun an Expansioun vu spezifesche Genfamilljen an hir assoziéiert Reguléierungsnetzwierker hu méiglecherweis d'Evolutioun vum Nautilus Pinhole Auge geformt.Den Nautilus Genom huet eng wäertvoll Ressource ausgemaach fir d'evolutiounsszenarie a genomesch Innovatiounen ze rekonstruéieren déi existéierend Cephalopoden formen.
2.Seadragon Genom Analyse liwwert Abléck a säi Phänotyp a Geschlechtbestëmmungslocus
Zesummenaarbecht Ariichtung: South China Sea Institut vun Oceanology, CAS
Journal: Science Advances
Impakt Faktor: 14.132
Dëse Projet de novo-sequenzéiert männlech a weiblech Genome vum gemeinsame Seedragon (Phyllopteryx taeniolatus) a seng enk verwandte Spezies, den Alligator Pipefish (Syngnathoides biaculeatus).D'Genomgréisst fir Phyllopteryx taeniolatus ass ~659 Mb (♂) an ~663 Mb (♀), mat contigN50 vun 10.0Mb an 12.1mb.d'Genomgréisst fir Phyllopteryx taeniolatus ass 637 Mb (♂) an ~648 Mb (♀), mat contigN50 vun 18.0Mb an 21.0Mb.Duerch phylogenetesch Analyse sinn de gemeinsame Seadragon an den Alligator Pipefish Schwëster-Taxon vu Syngnathinae, a sinn virun ongeféier 27,3 Ma divergéiert.Transkriptiounsprofile vun enger evolutiver Neiheet, de Blatähnlechen Appendages, weisen datt eng Rei vun Genen, déi typesch an der Finentwécklung involvéiert sinn, co-optéiert goufen wéi och eng Beräicherung vun Transkripte fir potenziell Tissuereparatur an Immunverteidegungsgenen.E putative Geschlecht-bestëmmend Lokus, deen e männlecht spezifescht Amhr2y-Gen codéiert, gedeelt duerch gemeinsame Seadragon an Alligator Pipefish, gouf identifizéiert.Dëse Projet huet kritesch Beweiser fir Studien vun der adaptiver Evolutioun geliwwert.
Post Zäit: Sep-19-2022