אין 2021, BMKGENE וויטנאַסט 31 דע נאָוואָ גענאָמע פאָרשונג הצלחה ארויס אין הויך-פּראַל דזשערנאַלז מיט גאַנץ פּראַל סיבות איבער 320. 15 פון די ארטיקלען זענען קאָ-אָטערד 4 פון זיי זענען קאָ-אָטערד ווי די ערשטער מחברים דורך BMKGENE
גלייך נאָך די אָנהייב פון יאָר 2022, עס זענען שוין ארויס צוויי פאָרשונג אַרטיקלען אויף זשורנאַל "נאַטוראַל גענעטיק" און "מאָלעקולאַר פּלאַנט" ריספּעקטיוולי.זיי זענען, "צוויי דייווערדזשאַנט האַפּלאָטיפּעס פון אַ העכסט העטעראָזיגאָוס ליטשעע גענאָמע פֿאָרשלאָגן פרייַ דאָמעסטיקאַטיאָן געשעענישן פֿאַר פרי און שפּעט-מאַטיורינג קולטיוואַרס" (ליטשעע גענאָמע פאָרשונג, געפירט דורך קאָלעגע פון האָרטיקאַלטשער, דרום טשיינאַ אַגריקולטוראַל אוניווערסיטעט, און וויסנשאפטלעכע קאָללאַבאָראַטאָרס, ארויס אויף נאַטירלעך גענעטיקס. ), און "גענאָמע סיקוואַנסיז פון די פינף סיטאָפּסיס מינים פון אַעגילאָפּס און די אָנהייב פון פּאָליפּלאָיד ווייץ ב-סובגענאָמע" (פינף סיטאָפּסיס מינים גענאָמע, געפירט דורך פּראָפעסאָר באַאָ ליו ס פאָרשונג מאַנשאַפֿט פון נאָרטהעאַסט נאָרמאַל אוניווערסיטעט.).מיר וועלן אויך אָפּשאַצן די צוויי אַרטיקלען און טיילן מיט אונדזער לייענער.
איצט, לאָזן אונדז נעמען אַ בליק אויף די ויסגעצייכנט פאָרשונג אַרטיקלען ארויס אין 2021 מיט BMK און אונדזער מיטאַרבעט פאַסילאַטיז.
פּלאַנט גענאָמע - ברייקטרוס אויף מאַלטי-מינים.
1. א הויך-קוואַליטעט גענאָמע פֿאַרזאַמלונג כיילייץ קאָרן גענאָמיק קעראַקטעריסטיקס און אַגראָנאָמיקאַללי וויכטיק גענעס
קאָללאַבאָראַטעד פאַסיליטי: הענאַן אַגריקולטוראַל אוניווערסיטעט
זשורנאַל: נאַטירלעך גענעטיקס
פּראַל פאַקטאָר: 38.31
אין דעם פּרויעקט, גענאָמע פון וויינינג קאָרן, אַן עליט כינעזיש קאָרן פאַרשיידנקייַט, איז געווען סיקוואַנס.די פארזאמלט קאָנטיגס (7.74 גיגאבייט) אַקאַונאַד פֿאַר 98.47% פון די עסטימאַטעד גענאָמע גרייס (7.86 גיגאבייט), מיט 93.67% פון די קאָנטיגס (7.25 גיגאבייט) אַסיינד צו זיבן טשראָמאָסאָומז.ריפּעטיטיוו עלעמענטן קאַנסטאַטוטאַד 90.31% פון די אַסעמבאַלד גענאָמע.ווייַטער אַנאַליזעס פון די וויינינג פֿאַרזאַמלונג אָפּדאַך נייַ ליכט אויף דזשינאָום-ברייט דזשין דופּליקיישאַנז און זייער פּראַל אויף קראָכמאַל ביאָסינטהעסיס גענעס, גשמיות אָרגאַניזאַציע פון קאָמפּלעקס פּראָלאַמין לאָקי, דזשין אויסדרוק פֿעיִקייטן אַנדערלייינג פרי כעדינג טרייט און פּאָטאַטיווע דאָמעסטיקאַטיאָן-פארבונדן כראָמאָסאָמאַל מקומות און לאָסי אין קאָרן.דער גענאָמע סיקוואַנס הבטחות צו פאַרגיכערן גענאָמיק און ברידינג שטודיום אין קאָרן און פֿאַרבונדענע קאַשע קראַפּס.
2. רויז אָן שטעכיק: גענאָמיק ינסייץ לינגקט צו נעץ אַדאַפּטיישאַן
קאָללאַבאָראַטעד מעכירעס: קונמינג אינסטיטוט פון באַטאַני, כינעזיש אַקאַדעמי פון ססיענסעס
זשורנאַל: נאַשאַנאַל וויסנשאַפֿט איבערבליק
פּראַל פאַקטאָר: 17.273
אין דעם פּרויעקט, סאַמפּאַלז פון 'Basye's Thornless' (BT, אַ שטעכיק-פריי קולטיוואַר פון Rosa wichuraiana), 'Old Blush' (OB, אַ גרינדער גענאָטיפּע אין רויז דאַמעסטאַקיישאַן), זייער F1 כייבראַדז און BCF1 זענען געזאמלט.און אַ הויך-קוואַליטעט רעפֿערענץ גענאָמע פֿאַרזאַמלונג איז געווען דזשענערייטאַד צו ידענטיפיצירן גענעטיק עלעמענטן שייַכות צו סטעם שטעכיק אַנטוויקלונג.די גענאָמע גרייס איז וועגן 530.6 מב.צו באַשטעטיקן די קוואַליטעט פון די אַסעמבאַלד גענאָמע, אַנאַליסיס ווי גענעטיק מאַפּע פאַרגלייַך, BUSCO, NGS לייענט ריאַסעמבאַלינג, פאַרגלייַך מיט אָב האַפּלאָטיפּע, סיקוואַנסינג באַזע טעות קורס קאָנטראָל און גענאָמע-ברייט LTR אַסעמבלי אינדעקס ווערט טשעק (LAI = 20.03) זענען דורכגעקאָכט.דער פאָרשונג אַנטדעקן דעם קאָמפּלעקס ירושה מוסטער און רעגולאַטאָרי מעקאַניזאַם פון סטעם פּריקאַלז און צוגעשטעלט אונדז מיט אַ יסוד און ראָמאַן רעסורסן צו לערנען רויז ביאָלאָגי און מייַן מאָלעקולאַר מאַרקערס פֿאַרבונדן מיט וויכטיק טרייץ.
3. גאַנץ דזשינאָום סיקוואַנס פון סינטאַסייזד אַללאָפּאָללאָידס אין קוקומיס ריווילז ינסייץ אין די גענאָמע עוואַלושאַן פון אַללאָפּאָללאָידיזאַטיאָן
קאָללאַבאָראַטעד פאַסיליטי: נאַנדזשינג אַגריקולטוראַל אוניווערסיטעט
זשורנאַל: אַוואַנסירטע וויסנשאַפֿט
פּראַל פאַקטאָר: 16.801
דעם לערנען געמאלדן די הויך-קוואַליטעט דזשינאָום פון אַ סינטעטיש אַלאָטעטראַפּלאָיד באקומען מיט ינטערספּעזיפיש כייברידיזיישאַן צווישן וגערקע (C. sativus, 2n = 14) און זיין ווילד קאָרעוו מינים (C. hystrix, 2n = 24) און סאַבסאַקוואַנט כראָמאָסאָם דופּליקאַטיאָן, וואָס איז דער ערשטער. גאָר סיקוואַנסעד סינטעטיש אַלאָפּאָללאָיד.די פֿאַרזאַמלונג פון די גענאָמע האט די וואָרקפלאָוו פון "PacBio + BioNano + Hi-C + Illumina" סיקוואַנסינג, ריזאַלטיד אין גענאָמע גרייס פון 530.8 מב און קאָנטיג נ 50 = 6.5 מב.רידינגז זענען אַסיינד צו 19 פּסעודאָטהראָמאָסאָמעס און סובגענאָמעס.די רעזולטאַטן האָבן אנגעוויזן אַז כייברידיזיישאַן, אלא ווי גענאָמע דופּליקיישאַן, ז די מערהייַט פון גענאָמיק ענדערונגען אין ביידע יאָדער און קפּ גענאָמעס.עס סאַגדזשעסטיד אַז די פאַרפעסטיקט העטעראָזיגאָסיטי גיט C. × היטיוווס מיט געוואקסן דרוק אַדאַפּטיישאַן.די רעזולטאטן צושטעלן נייַע ינסייץ אין די עוואָלוציע פון פאַבריק פּאָליפּלאָידיע און פאָרשלאָגן אַ פּראָספּעקטיוו ברידינג סטראַטעגיע פֿאַר צוקונפֿט קראַפּס.
4. קאָמפּאַראַטיווע גענאָמע אַנאַליזעס הויכפּונקט טראַנספּאָסאָן מעדיאַטעד גענאָמע יקספּאַנשאַן און די עוואָלוטיאָנאַרי אַרטשיטעקטורע פון 3 ד גענאָמיק פאָלדינג אין וואַטע
קאָללאַבאָראַטעד פאַסיליטי: Huazhong Agricultural University
זשורנאַל: מאָלעקולאַר ביאָלאָגי און עוואַלושאַן
פּראַל פאַקטאָר: 16.242
דעם פּרויעקט געניצט נאַנאָפּאָרע סיקוואַנסינג צו אַסעמבאַל גענאָמע פון דריי וואַטע מינים, ניימלי: Gossypium rotundifolium (K2, גענאָמע גרייס = 2.44Gb, contigN50 = 5.33Mb), G. arboreum (A2, גענאָמע גרייס = 1.62Gb, contigN50 = 1.69). G. raimondii (D5, גענאָמע גרייס = 0.75 גב, קאָנטיגנ 50 = 17.04 גב).איבער 99% פון אַלע דריי גענאָמעס זענען פארזאמלט דורך Hi-C.די רעזולטאַטן פון BUSCO אַנאַליסיס זענען ריספּעקטיוולי 92.5%, 93.9% און 95.4%.אַלע די נומערן אנגעוויזן אַז די דריי פֿאַרזאַמלונג גענאָמעס זענען רעפֿערענץ-מיינונג.קאָמפּאַראַטיווע גענאָמע אַנאַליזעס דאַקיומענטאַד די דעטאַילס פון ייכעס-ספּעציפיש TE אַמפּלאַפאַקיישאַן קאַנטריביוטינג צו די גרויס דזשינאָום גרייס דיפעראַנסיז.די לערנען אָפּדאַך ליכט אויף די ראָלע פון טראַנספּאָסאָן-מעדיאַטעד גענאָמע יקספּאַנשאַן אין דער עוואָלוציע פון העכער-סדר טשראָמאַטין סטרוקטור אין געוויקסן.
5. טשראָמאָסאָם-וואָג פֿאַרזאַמלונג און אַנאַליסיס פון בייאַמאַס גערעטעניש Miscanthus lutarioriparius גענאָמע
קאָללאַבאָראַטעד מעכירעס: CAS צענטער פֿאַר עקסאַלאַנס אין מאָלעקולאַר פּלאַנט ססיענסעס
זשורנאַל: נאַטור קאָמוניקאַציע
פּראַל פאַקטאָר: 14.912
דער פּרויעקט האָט געמאלדן אַ כראָמאָסאָם-וואָג פֿאַרזאַמלונג פון Miscanthus lutarioriparius גענאָמע דורך קאַמביינינג אָקספֿאָרד נאַנאָפּאָרע סיקוואַנסינג און הי-C טעקנאַלאַדזשיז.די 2.07 גב פֿאַרזאַמלונג קאָווערס 96.64% פון די גענאָמע, מיט אַ קאָנטיג N50 פון 1.71 מב.בעערעך 94.30% פון גאַנץ סיקוואַנסיז זענען אַנגקערד אין 19 פּסעודאָטהראָמאָסאָמעס.דורך פאַרגלייַך מיט BAC סיקוואַנס, LAI אפשאצונג, BUSCO אפשאצונג, שייַעך-פֿאַרזאַמלונג מיט NGS דאַטן, שייַעך-פֿאַרזאַמלונג פון טראַנסקריפּטאָמע דאַטן, די גענאָמע איז געווען עוואַלואַטעד ווי הויך-קוואַליטעט און קאַנטיניויישאַן.אַלאָטעטראַפּלאָיד אָנהייב פון די M. lutarioriparius איז באשטעטיקט ניצן סענטראָמעריק סאַטעליט ריפּיץ.טאַנדעם דופּליקאַט גענעס פון M. lutarioriparius זענען פאַנגקשאַנאַל ענריטשט ניט בלויז אין טערמינען שייַכות צו דרוק ענטפער, אָבער צעל וואַנט ביאָסינטהעסיס.גענע דופּליקאַטן מיסטאָמע שפּילן אַ ראָלע אין די C4 פאָטאָסינטהעסיס און ביישטייערן צו Miscanthus C4 פאָטאָסינטהעסיס ביי נידעריק טעמפּעראַטור.די פאָרשונג צוגעשטעלט וויכטיק רעפֿערענץ פֿאַר לערנען דוירעסדיק געוויקסן.
6. א כראָמאָסאָם-מדרגה Camptotheca acuminata גענאָמע פֿאַרזאַמלונג גיט ינסייץ אין די עוואָלוטיאָנאַרי אָנהייב פון קאַמפּטאָטהעסין ביאָסינטהעסיס
קאָללאַבאָראַטעד פאַסיליטי: סיטשואַן אוניווערסיטעט
זשורנאַל: נאַטור קאָמוניקאַציע
פּראַל פאַקטאָר: 14.912
דעם פּרויעקט געמאלדן אַ הויך-קוואַליטעט, כראָמאָסאָם-מדרגה C. acuminata גענאָמע פֿאַרזאַמלונג, מיט גענאָמע גרייס פון 414.95מב און קאָנטינגנ50 1.47מב.מיר געפונען אַז C. acuminata יקספּיריאַנסיז אַ פרייַ גאַנץ-גענאָמע דופּליקאַטיאָן און פילע גענעס דערייווד פון עס זענען שייַכות צו קאַמפּטאָטהעסין ביאָסינטהעסיס.די פאַנגקשאַנאַל דיווערדזשאַנס פון די LAMT דזשין און positive עוואָלוציע פון צוויי SLAS גענעס, דעריבער, ביידע קאַנטריביוטיד זייער צו די קאַמפּטאָטהעסין ביאָסינטהעסיס אין C. acuminata.די רעזולטאַטן אונטערגעשטראכן די וויכטיקייט פון הויך-קוואַליטעט גענאָמע פֿאַרזאַמלונג אין ידענטיפיינג גענעטיק ענדערונגען אין די עוואָלוטיאָנאַרי אָנהייב פון אַ צווייטיק מעטאַבאָליטע.
7.אַללע-דיפיינד גענאָמע ריווילז בייאַלעלליק דיפערענשייישאַן בעשאַס קאַססאַוואַ עוואָלוציע
קאָללאַבאָראַטעד פאַסיליטי: כינעזיש אַקאַדעמי פון טראָפּיקאַל אַגריקולטוראַל ססיענסעס
זשורנאַל: מאָלעקולאַר פּלאַנט
פּראַל פאַקטאָר: 13.162
דער פּרויעקט פארזאמלט אַ רעפֿערענץ גענאָמע פֿאַר קאַססאַוואַ מיט קאָנטיגנ 50 1.1 מב ניצן Pacific Biosciences (PacBio) סיקוואַנסינג פּלאַטפאָרמע.נאָך אפשאצונג דורך BUSCO, LAI אינדעקס און הויך-געדיכטקייַט גענעטיק מאַפּע, די אַסעמבאַלד גענאָמע איז באשטעטיקט ווי רעפערענסע-מיינונג.די יבעריק מקומות זענען יידענאַפייד און קאָנטיגס זענען אַנגקערד אויף 18 פּסעודאָטהראָמאָסאָמעס ניצן Hi-C פֿאַרבינדונגען.דעם הויך-קוואַליטעט און אַללע-דיפיינד רעפֿערענץ גענאָמע פֿאַר קאַססאַוואַ איז ווערטפול אין די ידענטיפיינג דייווערדזשאַנט ביי-אַלאַלז אויף האָמאָלאָגאָוס טשראָמאָסאָומז, אַלאַוינג צו ויספאָרשן דיפערענשייישאַן און אויסדרוק דאַמאַנאַנס פון ביי-אַלאַלז און זייער אַנדערלייינג עוואָלוטיאָנאַרי דרייווינג פאָרסעס.עס פאַסילאַטייטיד ינאָוווייטינג ברידינג סטראַטעגיעס אין קאַססאַוואַ און אנדערע העכסט העטעראָזיגאָוס קראַפּס.
8. גענאָמיק ינסייץ אין די שנעל וווּקס פון פּאַולאָווניאַס און די פאָרמירונג פון Paulownia וויטשיז בעזעם
קאָללאַבאָראַטעד מעכירעס: Henan אַגריקולטוראַל אוניווערסיטעט
זשורנאַל: מאָלעקולאַר פּלאַנט
פּראַל פאַקטאָר: 13.162
דער פּרויעקט פארזאמלט אַ הויך-קוואַליטעט יאָדער גענאָמע פון Paulownia fortunei, 511.6 מב אין גרייס, מיט 93.2% פון די סיקוואַנסיז אַנגקערד צו 20 פּסעודאָטהראָמאָסאָמעס.העכער פאָטאָסינטעטיק עפעקטיווקייַט איז אַטשיווד דורך ינטאַגרייטינג C3 פאָטאָסינטהעסיס און די פּאַטוויי פון קראַססולאַסעאַן זויער מאַטאַבאַליזאַם, וואָס קען האָבן קאַנטריביוטיד צו די גאָר שנעל וווּקס געוווינהייטן פון פּאַולאָוניאַ ביימער.נאָך גענאָמע סיקוואַנסינג פון PaWB פיטאָפּלאַסמאַ, קאַמביינד מיט פאַנגקשאַנאַל אַנאַליזעס, ינדיקייץ אַז די יפעקטיוואָר PaWB-SAP54 גלייך ינטעראַקץ מיט Paulownia PfSPLa, וואָס אין קער ז די דערנידעריקונג פון PfSPLa דורך די וביקוויטין-מעדיאַטעד פּאַטוויי און פירט צו די פאָרמירונג פון וויטשיז בעזעם.די דאַטן צוגעשטעלט באַטייַטיק ינסייץ אין די ביאָלאָגי פון פּאַולאָווניאַס און די רעגולאַטאָרי מעקאַניזאַם פֿאַר די פאָרמירונג פון PaWB.
כייַע גענאָמע - טיף ינסייץ פון מינים עוואָלוציע
1. די גענאָמע פון Nautilus pompilius ילומאַנייץ אויג עוואָלוציע און בייאָומינעראַליזיישאַן
קאָללאַבאָראַטעד מעכירעס: דרום טשיינאַ ים אינסטיטוט פון אָסעאַנאָלאָגי, CAS
זשורנאַל: נאַטירלעך עקאָלאָגי & עוואָלוציע
פּראַל פאַקטאָר: 15.462
דער פּרויעקט דערלאנגט אַ גאַנץ גענאָמע פֿאַר Nautilus pompilius.עס האט די מינימאַליסט גענאָמע צווישן סיקוואַנסעד סעפאַלאָפּאָדס, וואָס איז 730.58 מב מיט קאָנטיגנ 50 = 1.1 מב.די BUSCO אפשאצונג רעזולטאַט איז 91.31%.קאַמביינד מיט טראַנסקריפּטאָמע, פּראָטעאָמע, דזשין משפּחה און פילאָגענעטיק אַנאַליסיס, דעם גענאָמע צוגעשטעלט אַ פונדאַמענטאַל רעפֿערענץ אויף סעפאַלאָפּאָד ינאָווויישאַנז, אַזאַ ווי די פּינכאָול אויג און בייאָמינעראַליזיישאַן.די פאָרשונג האט אנגעוויזן אַז שעדיקן אויף די קאַמפּליטנאַס פון האָקס דזשין קנויל קען זיין שייַכות צו די שאָל דיסאַפּירינג פון מאָללוסקס.ימפּאָרטאַנטלי, קייפל גענאָמיק ינאָווויישאַנז אַרייַנגערעכנט דזשין לאָססעס, פרייַ צונויפצי און יקספּאַנשאַן פון ספּעציפיש דזשין משפחות און זייער פֿאַרבונדן רעגולאַטאָרי נעטוואָרקס מסתּמא מאָולדיד די עוואָלוציע פון די נאַוטילוס פּינכאָול אויג.די נאַוטילוס גענאָמע קאַנסטאַטוטאַד אַ ווערטפול מיטל פֿאַר ריקאַנסטראַקטינג די עוואָלוטיאָנאַרי סינעריאָוז און גענאָמיק ינאָווויישאַנז וואָס פאָרעם די יגזיסטינג סעפאַלאָפּאָדס.
2.Seadragon גענאָמע אַנאַליסיס גיט ינסייץ אין זייַן פענאָטיפּע און געשלעכט פעסטקייַט לאָקוס
קאָללאַבאָראַטעד מעכירעס: דרום טשיינאַ ים אינסטיטוט פון אָסעאַנאָלאָגי, CAS
זשורנאַל: וויסנשאַפֿט אַדוואַנסאַז
פּראַל פאַקטאָר: 14.132
דער פּראָיעקט דע נאָוואָ-סיקוואַנסעד זכר און ווייַבלעך גענאָמעס פון די פּראָסט סעאַדראַגאָן (Phyllopteryx taeniolatus) און זייַן ענג פֿאַרבונדענע מינים, די אַלאַגייטער פּייפּפיש (Syngnathoides biaculeatus).די גענאָמע גרייס פֿאַר Phyllopteryx taeniolatus איז ~ 659 מב (♂) און ~ 663 מב (♀), מיט קאָנטיגנ 50 פון 10.0 מב און 12.1 מב.די גענאָמע גרייס פֿאַר Phyllopteryx taeniolatus איז 637 מב (♂) און ~ 648 מב (♀), מיט קאָנטיגנ 50 פון 18.0 מב און 21.0 מב.דורך פילאָגענעטיק אַנאַליסיס, די פּראָסט סידראַגאָן און די אַלאַגייטער פּייפּפיש זענען שוועסטער טאַקסאָן פון Syngnathinae, און דיווערדזשד אַרום 27.3 מאַ צוריק.טראַנסקריפּציע פּראָופיילז פון אַן עוואָלוטיאָנאַרי נייַקייַט, די בלאַט-ווי אַפּפּענדאַגעס, ווייַזן אַז אַ סכום פון גענעס טיפּיקלי ינוואַלווד אין פלוספעדער אַנטוויקלונג זענען קאָאָפּטעד און אַ ענריטשמענט פון טראַנסקריפּץ פֿאַר פּאָטענציעל געוועב פאַרריכטן און ימיון פאַרטיידיקונג גענעס.א פּאָטאַטיווע געשלעכט-דיטערמאַנינג לאָקוס קאָדירונג פון אַ זכר-ספּעציפיש אַמהר2י דזשין שערד דורך פּראָסט סעאַדראַגאָן און אַלאַגייטער פּייפּפיש איז יידענאַפייד.דער פּרויעקט צוגעשטעלט קריטיש זאָגן פֿאַר שטודיום פון אַדאַפּטיוו עוואָלוציע.
פּאָסטן צייט: סעפטעמבער 19-2022