Röðun á sértækum staðbundnum magnabrotum (SLAF-Seq)
Verkflæði
Þjónustan hefur einhverja forhönnun in silico til að tryggja bestu mögulegu ensímval við undirbúning bókasafnsins.
Tæknileg áætlun
Þjónustueiginleikar
● Raðgreining á NovaSeq með PE150.
● Undirbúningur bókasafns með tvöfaldri strikamerkjun, sem gerir kleift að safna saman yfir 1000 sýnum.
● Óháð viðmiðunarerfðamengi:
Með viðmiðunarerfðamengi: uppgötvun SNP og InDel
Án viðmiðunarerfðamengis: sýnishornsþyrping og uppgötvun SNP
● Íí silicoÁ forhönnunarstigi eru margar samsetningar takmarkandi ensíma skimaðar til að finna þær sem mynda einsleita dreifingu SLAF merkja eftir erfðamengjunum.
● Í fortilrauninni eru þrjár ensímsamsetningar prófaðar í 3 sýnum til að búa til 9 SLAF bókasöfn og þessar upplýsingar eru notaðar til að velja bestu samsetningu skerðiensíma fyrir verkefnið.
Kostir þjónustu
●Uppgötvun á mikilli erfðafræðilegri merkinguVið samþættum tvöfalt strikamerkjakerfi með miklum afköstum sem gerir kleift að raðgreina stóra þýði samtímis og mögnun á sértækum stöðum eykur skilvirkni, sem tryggir að merkjanúmer uppfylli fjölbreyttar kröfur ýmissa rannsóknarspurninga.
● Lítil háð erfðamengiÞetta er hægt að nota á tegundir með eða án viðmiðunarerfðamengis.
●Sveigjanleg hönnun kerfisinsHægt er að velja meltingu með einu ensími, tveimur ensímum, mörgum ensímum og ýmsar gerðir ensíma til að mæta mismunandi rannsóknarmarkmiðum eða tegundum.
● Mikil skilvirkni í ensímmeltingu: Leiðsla áí silicoForhönnun og fortilraun tryggja bestu mögulegu hönnun með jafnri dreifingu SLAF merkja á litningnum (1 SLAF merki/4Kb) og fækkun endurtekinna raða (<5%).
●Víðtæk sérþekkingVið leggjum mikla reynslu í hvert verkefni og höfum lokið yfir 5000 SLAF-Seq verkefnum á hundruðum tegunda, þar á meðal plöntum, spendýrum, fuglum, skordýrum og vatnalífverum.
● Sjálfþróað lífupplýsingavinnuferliVið þróuðum samþætt lífupplýsingavinnuflæði fyrir SLAF-Seq til að tryggja áreiðanleika og nákvæmni lokaniðurstaðnanna.
Þjónustulýsingar
| Tegund greiningar | Ráðlagður íbúafjöldi | Raðgreiningaraðferð | |
| Dýpt merkisraðgreiningar | Merkisnúmer | ||
| Erfðakort | 2 foreldrar og >150 afkvæmi | Foreldrar: 20x WGS Afsláttur: 10x | Stærð erfðamengis: <400 Mb: Mælt er með WGS <1Gb: 100K merki 1-2Gb:: 200K merki >2Gb: 300K merki Hámark 500 þúsund merki |
| Rannsóknir á erfðamengistengdum tengslum (GWAS) | ≥200 sýni | 10x | |
| Erfðafræðileg þróun | ≥30 sýni, með >10 sýnum frá hverjum undirhópi | 10x | |
Þjónustukröfur
Styrkur ≥ 5 ng/µL
Heildarmagn ≥ 80 ng
Nanodrop OD260/280=1,6-2,5
Agarósagel: engin eða takmörkuð niðurbrot eða mengun
Ráðlagður sýnishornsafhending
Ílát: 2 ml skilvinduglas
(Við mælum með að geyma flest sýnin ekki í etanóli)
Merking sýna: Sýni þurfa að vera greinilega merkt og eins og upplýsingablaðið sem sent er inn.
Sending: Þurrís: Sýni þarf fyrst að pakka í poka og geyma í þurrís.
Þjónustuvinnuflæði
Sýnishorn af gæðaeftirliti
Tilraunatilraun
SLAF-tilraun
Undirbúningur bókasafns
Raðgreining
Gagnagreining
Þjónusta eftir sölu
Lífupplýsingagreining okkar felur í sér:
Gagnagæðaeftirlit og gagnaklipping til að fjarlægja N-ríkar lestur, millistykkislestur eða lestur af lágum gæðum.
Önnur gæðaeftirlit með hreinum lestrum til að athuga basadreifingu, gæði raðar og mat á gögnum, en einnig til að athuga meltingarvirkni og innskotin sem fengust.
Þegar búið er að athuga lesturinn eru tveir möguleikar í boði:
- Kortlagning á viðmiðunarerfðamengi
- Án viðmiðunarerfðamengis: klasamyndun
Að því loknu er greining á SLAF-merkjum notuð til að framkvæma afbrigðisköll til að hjálpa við uppgötvun merkjanna: SNP, InDel, SNV, CV-köll og skýringar.
Dreifing SLAF-merkja á litningum:
Dreifing SNPs á litningum:
SNP skýring
Jiang S, Li S, Luo J, Wang X og Shi C (2023) QTL kortlagning og umritunargreining á sykurinnihaldi við þroska ávaxtaPyrus pyrifolia.Framan. Plöntuvísindi.14:1137104. doi: 10.3389/fpls.2023.1137104
Li, J., Zhang, Y., Ma, R., Huang, W., Hou, J., Fang, C., & Sun, L. (2022). Auðkenning á st1 leiðir í ljós val sem felur í sér tengingu við fræformgerð og olíuinnihald við tamningu sojabauna.Tímarit um plöntulíftækni, 20(6), 1110-1121. https://doi.org/10.1111/pbi.13791
Xu, P., Zhang, X., Wang, X.o.fl.Erfðamengisröð og erfðafræðilegur fjölbreytileiki karpa,Cyprinus carpio.Nat Genet 46, 1212–1219 (2014). https://doi.org/10.1038/ng.3098
Zhuang, W., Chen, H., Yang, M.o.fl.Erfðamengi ræktaðra jarðhneta veitir innsýn í litningagerðir belgjurta, þróun fjölföldunar og tamningu nytjaplantna.Nat Genet 51, 865–876 (2019). https://doi.org/10.1038/s41588-019-0402-2
| Ár | Tímarit | IF | Titill | Umsóknir |
| 2022 | Náttúrusamskipti | 17.694 | Erfðafræðilegur grunnur gíga-litninga og gíga-erfðamengis trjápjóna Paeonia ostii | SLAF-GWAS |
| 2015 | Nýr plöntufræðingur | 7.433 | Tamingarfótspor festa erfðafræðilega þætti sem eru mikilvægir í landbúnaði sojabaunir | SLAF-GWAS |
| 2022 | Tímarit um háþróaðar rannsóknir | 12.822 | Gervi erfðamengisinnfærslur Gossypium barbadense í G. hirsutum sýna fram á betri staði til að bæta gæði og uppskeru bómullarþráða samtímis einkenni | SLAF-Þróunarerfðafræði |
| 2019 | Sameindaplanta | 10,81 | Stofnerfðagreining og De Novo-samsetning sýna uppruna Weedy Hrísgrjón sem þróunarleikur | SLAF-Þróunarerfðafræði |
| 2019 | Náttúruerfðafræði | 31.616 | Erfðamengisröð og erfðafræðilegur fjölbreytileiki karpans, Cyprinus carpio | SLAF-Tengslakort |
| 2014 | Náttúruerfðafræði | 25.455 | Erfðamengi ræktaðra jarðhneta veitir innsýn í litningagerðir belgjurta, fjölföldun Þróun og tamning nytjaplantna. | SLAF-Tengslakort |
| 2022 | Tímarit um plöntulíftækni | 9.803 | Auðkenning ST1 leiðir í ljós val sem felur í sér aðlögun að fræformgerð og olíuinnihald við ræktun sojabauna | Þróun SLAF-merkis |
| 2022 | Alþjóðlegt tímarit um sameindavísindi | 6.208 | Auðkenning og þróun DNA-merkja fyrir Wheat-Leymus mollis 2Ns (2D) Skipti á tvísómískum litningum | Þróun SLAF-merkis |
| Ár | Tímarit | IF | Titill | Umsóknir |
| 2023 | Landamæri í plöntufræði | 6.735 | QTL kortlagning og umritunargreining á sykurinnihaldi við þroska ávaxta Pyrus pyrifolia | Erfðakort |
| 2022 | Tímarit um plöntulíftækni | 8.154 | Auðkenning á ST1 leiðir í ljós val sem felur í sér aðlögun að fræformgerð og olíuinnihaldi við tamningu sojabauna
| SNP-köllun |
| 2022 | Landamæri í plöntufræði | 6.623 | Kortlagning erfðamengistengdra svipgerða Hulless Barely í þurrkaumhverfi.
| GWAS |
