In 2021, BMKGENE hà vistu 31 ricerca di genomu De novo publicata cù successu in ghjurnali d'impattu elevatu cù fatturi d'impattu totali più di 320. 15 di l'articuli sò stati co-autori 4 d'elli sò stati co-autori cum'è i primi autori da BMKGENE.
Subitu dopu à l'iniziu di l'annu 2022, ci sò digià dui articuli di ricerca publicati in a rivista "Genetica Naturale" è "Pianta Molecular" rispettivamente.Sò, "Dui aplotipi divergenti da un genoma di litchi altamente eterozigote suggerenu avvenimenti di domesticazione indipendenti per i cultivars di maturazione precoce è tardiva" (Ricerca di u genoma di Lychee, realizata da College of Horticulture, South China Agricultural University, è cullaburatori scientifichi, publicatu nantu à Genetica Naturale. ), è "Sequences Genome di e cinque spezie Sitopsis di Aegilops è l'urìgine di u granu poliploide B-subgenome" (Cinque genoma di spezie Sitopsis, realizatu da u gruppu di ricerca di u prufessore Bao Liu di l'Università Normale di u Nordu).Avemu ancu riviseghjà sti dui articuli è sparte cù i nostri lettori.
Avà, fighjemu un sguardu à l'excellenti articuli di ricerca publicati in 2021 co-autori da BMK è e nostre strutture cullaburate.
Genoma di a pianta - Avanzate nantu à multi-spezie.
1.Una assemblea di genoma di alta qualità mette in risaltu e caratteristiche genomiche di segale è geni agronomichi impurtanti
Facilità Collaborata: Università Agricola Henan
Journal: Genetica Naturale
Impact Factor: 38,31
In questu prughjettu, u genoma di u segale di Weining, una varietà d'elite di segale cinese, hè stata sequenziata.I contigs assemblati (7,74 Gb) cuntavanu 98,47% di a dimensione di u genoma stimatu (7,86 Gb), cù 93,67% di i contigs (7,25 Gb) assignati à sette cromusomi.Elementi ripetitivi custituiscenu 90,31% di u genoma assemblatu.Ulteriori analisi di l'assemblea di Weining gettanu una nova luce nantu à duplicazioni di geni in tuttu u genoma è u so impattu nantu à i geni di biosintesi di amido, l'urganizazione fisica di i loci di prolamin cumplessi, e caratteristiche di l'espressione genica sottostanti i tratti iniziale di l'intestazione è e regioni cromosomiali associate à a domesticazione putativa è loci in segale.Questa sequenza di genomu prumetti di accelerà i studii genomici è di ripruduzzione in u segale è i culturi di cereali cunnessi.
2.Rose senza prickle: insights genomicu ligati à l'adattazione di l'umidità
Cullaburazione: Istitutu Kunming di Botanica, Accademia Cinese di Scienze
Journal: National Science Review
Impact Factor: 17.273
In questu prughjettu, i campioni di 'Basye's Thornless' (BT, un cultivar prickle-free di Rosa wichuraiana), 'Old Blush' (OB, un genotipu fundatore in a domesticazione di rosa), i so ibridi F1 è BCF1 sò stati cullati.È hè stata generata una assemblea di genoma di riferimentu d'alta qualità per identificà elementi genetichi ligati à u sviluppu di u spinu di u troncu.A dimensione di u genoma hè di circa 530,6 Mb.Per verificà a qualità di u genoma assemblatu, l'analisi cum'è a comparazione di a mappa genetica, BUSCO, NGS leghje riassembly, paraguni cù l'aplotipu OB, u cuntrollu di a rata di errore di basa di sequenza è u cuntrollu di u valore di l'Indice di Assembly LTR in u genoma (LAI = 20.03).Sta ricerca palesa u mudellu di eredità cumplessu è u meccanismo di regulazione di i prickles stem è ci hà furnitu un fundamentu è risorse novi per studià a biologia di rosa è i marcatori moleculari di mine associati à tratti impurtanti.
3. A sequenza di u genoma interu di l'allopoliploidi sintetizzati in Cucumis revela una visione di l'evoluzione di u genoma di l'allopoliploidizazione
Facilità Collaborata: Università Agricola Nanjing
Rivista: Advanced Science
Fattore d'Impattu: 16.801
Stu studiu hà riportatu u genomu d'alta qualità di un allotetraploid sinteticu ottenutu cù l'ibridazione interspecifica trà cucumber (C. sativus, 2n = 14) è e so spezie relative salvatiche (C. hystrix, 2n = 24) è a duplicazione cromusomica sussegwente, chì hè a prima. allopoliploide sintetico completamente sequenziato.L'assemblea di u genoma hà applicatu u flussu di travagliu di sequenza "PacBio + BioNano + Hi-C + Illumina", hà risultatu in a dimensione di u genoma di 530.8Mb è contig N50 = 6.5Mb.Leghjite sò state assignate à 19 pseudocromosomi è subgenomi.I risultati indicanu chì l'ibridazione, piuttostu chè a duplicazione di u genoma, provoca a maiò parte di i cambiamenti genomici in i genomi nucleari è cp.Suggerì chì l'heterozigosità fissa furnisce C. × hytivus cù l'adattazione aumentata di stress.I risultati furniscenu novi insights in l'evoluzione di a poliploidia vegetale è offrenu una strategia di ripruduzzione prospettiva per i culturi futuri.
4. Analisi di Genome Comparative Highlight Transposon Mediated Genome Expansion and the Evolutionary Architecture of 3D Genomic Folding in Cotton
Facilità Collaborata: Università Agricola Huazhong
Journal: Biologia Molecular è Evoluzione
Impact Factor: 16.242
Stu prughjettu utilizatu Nanopore Sequencing per assemblà u genoma di trè spezie di cuttuni à dì: Gossypium rotundifolium (K2, genome size = 2.44Gb, contigN50 = 5.33Mb), G. arboreum (A2, genome size = 1.62Gb, contigN50 = Mb), è 1. G. raimondii (D5, genome size = 0.75Gb, contigN50 = 17.04 Gb).Più di 99% di tutti i trè genomi sò stati assemblati attraversu Hi-C.I risultati di l'analisi BUSCO sò 92,5%, 93,9% è 95,4% rispettivamente.Tutti questi numeri indicanu chì i trè genomi di l'assemblea sò di riferimentu.L'analisi comparative di u genoma documentavanu i dettagli di l'amplificazione TE specifica di u lignaghju chì cuntribuiscenu à e grandi differenze di dimensione di u genoma.Stu studiu mette in luce u rolu di l'espansione di u genoma mediata da transposoni in l'evoluzione di a struttura di cromatina d'ordine superiore in e piante.
5. Assemblage à l'échelle chromosomique et analyse du génome de la culture de biomasse Miscanthus lutarioriparius
Facilità Collaborata: CAS Center for Excellence in Molecular Plant Sciences
Journal: Nature Communications
Impact Factor: 14.912
Stu prughjettu hà riportatu un assemblamentu à scala cromusomica di u genoma di Miscanthus lutarioriparius cumminendu a sequenza di Oxford Nanopore è e tecnulugia Hi-C.L'assemblea 2.07Gb copre 96.64% di u genoma, cù contig N50 di 1.71 Mb.Circa 94,30% di e sequenze totali sò stati ancorati in 19 pseudochromosomes.Attraversu paraguni cù sequenza BAC, valutazione LAI, valutazione BUSCO, re-assemblea cù dati NGS, re-assemblea di dati transcriptome, u genoma hè stata evaluata cum'è alta qualità è continuità.L'origine allotetraploide di M. lutarioriparius hè cunfirmata cù ripetizioni di satelliti centromerichi.Tandem genesi duplicati di M. lutarioriparius sò arricchiti funziunali micca solu in termini ligati à a risposta di stress, ma a biosintesi di u muru cellulare.I duplicati di geni ghjucanu probabilmente un rolu in a fotosintesi C4 è cuntribuiscenu à a fotosintesi di Miscanthus C4 à bassa temperatura.A ricerca furnia una riferenza impurtante per studià e piante perenne.
6.Un assemblea di genoma di Camptotheca acuminata à livellu di cromusomu furnisce insights in l'origine evolutiva di a biosintesi di camptotecina
Facilità Collaborata: Università di Sichuan
Journal: Nature Communications
Impact Factor: 14.912
Stu prughjettu signalatu un high-di qualità, chromosome-livellu assemblea genomu C. acuminata, cù taglia genome di 414.95Mb è contingN50 1.47Mb.Avemu trovu chì C. acuminata sperimenta una duplicazione indipendente di u genoma sanu è numerosi genes derivanu da questu sò ligati à a biosintesi di camptotecina.A divergenza funziunale di u genu LAMT è l'evoluzione positiva di dui geni SLAS, per quessa, i dui cuntribuiscenu assai à a biosintesi di camptothecin in C. acuminata.I risultati anu enfatizatu l'impurtanza di l'assemblea di genomu d'alta qualità in l'identificazione di cambiamenti genetichi in l'origine evolutiva di un metabolitu secundariu.
7.Genomu definitu di Allele revela a differenziazione biallelica durante l'evoluzione di cassava
Cullaburazione: Accademia Cinese di Scienze Agricole Tropicali
Journal: Plant Molecular
Impact Factor: 13.162
Stu prughjettu hà assemblatu un genoma di riferimentu per cassava cun contigN50 1.1Mb utilizendu a piattaforma di sequenza Pacific Biosciences (PacBio).Dopu a valutazione da BUSCO, l'indice LAI è a mappa genetica à alta densità, u genoma assemblatu hè cunfirmatu cum'è di qualità di riferimentu.E regioni ridondanti sò state identificate è i contigs sò stati ancorati nantu à 18 pseudochromosomes cù ligami Hi-C.Stu genoma di riferimentu d'alta qualità è definitu d'alleli per a manioca hè preziosu per identificà bi-alleli divergenti nantu à i cromusomi omologhi, chì permettenu di scopra a differenziazione è a dominanza di l'espressione di bi-alleli è e so forze evolutive sottostanti.Hà facilitatu strategie innovatori di ripruduzzione in manioca è altri culturi altamente eterozygoti.
8.Insights genomicu nantu à a crescita rapida di paulownias è a furmazione di a scopa di streghe di Paulownia
Facilità Collaborata: Università Agricola Henan
Journal: Plant Molecular
Impact Factor: 13.162
Stu prughjettu hà riunitu un genoma nucleare d'alta qualità di Paulownia fortunei, 511.6 Mb in size, with 93.2% of the sequences being anchored to 20 pseudochromosomes.A più alta efficienza fotosintetica hè ottenuta da l'integrazione di a fotosintesi C3 è a via di u metabolismu di l'acidu crassulaceanu, chì pò avè cuntribuitu à l'abitudine di crescita estremamente rapida di l'arburi di paulownia.A sequenza di u genoma supplementu di u fitoplasma PaWB, cumminata cù analisi funzionali, hà indicatu chì l'efectore PaWB-SAP54 interagisce direttamente cù Paulownia PfSPLa, chì à u turnu provoca a degradazione di PfSPLa da a via mediata da ubiquitina è porta à a furmazione di scopa di streghe.I dati furnì una visione significativa di a biologia di e paulownias è u mecanismu regulatori per a furmazione di PaWB.
Genoma di l'animali - Insights profondi di l'evoluzione di e spezie
1.U genoma di Nautilus pompilius illumina l'evoluzione di l'ochji è a biomineralizazione
Cullaburazione: Istitutu di Oceanologia di u Mari Meridionale di a Cina, CAS
Journal: Ecologia naturale è evoluzione
Impact Factor: 15.462
Stu prughjettu hà prisentatu un genoma cumpletu per Nautilus pompilius.Hà u genoma minimalista trà i cefalopodi sequenziati, chì hè 730.58Mb cun contigN50 = 1.1Mb.U risultatu di valutazione BUSCO hè 91,31%.Cumminatu cù transcriptome, proteoma, famiglia di geni è analisi filogenetiche, stu genoma furnia una riferenza fundamentale nantu à l'innovazioni di cefalopodi, cum'è l'ochju pinhole è a biomineralizazione.A ricerca hà indicatu chì i danni nantu à a completezza di u gruppu di geni Hox puderanu esse ligatu à a sparizione di a cunchiglia di i Molluschi.Impurtante, parechje innovazioni genomiche cumprese pèrdite di geni, cuntrazione indipendente è espansione di famiglie di geni specifichi è e so rete regulatori associate prubabilmente mudificanu l'evoluzione di l'ochju pinhole di nautilus.U genoma di nautilus custituì una risorsa preziosa per ricustruisce i scenarii evolutivi è l'innuvazioni genomiche chì formanu i cefalopodi esistenti.
2. L'analisi di u genoma di Seadragon furnisce insights in u so fenotipu è u locu di determinazione di u sessu
Cullaburazione: Istitutu di Oceanologia di u Mari Meridionale di a Cina, CAS
Rivista: Avanzate di a scienza
Impact Factor: 14.132
Ce projet a séquencé de novo des génomes masculins et féminins du dragon de mer commun (Phyllopteryx taeniolatus) et de ses espèces étroitement apparentées, le poisson pipe alligator (Syngnathoides biaculeatus).A dimensione di u genoma per Phyllopteryx taeniolatus hè ~ 659 Mb（♂） è ~ 663 Mb（♀）, cù contigN50 di 10.0Mb è 12.1mb.a dimensione di u genoma per Phyllopteryx taeniolatus hè 637 Mb (♂) è ~ 648 Mb (♀), cù contigN50 di 18.0Mb è 21.0Mb.Attraversu l'analisi filogenetica, u drago marinu cumuni è u pesci pipa alligatore sò taxon sorella di Syngnathinae, è divergu circa 27,3 Ma fà.I profili di trascrizione da una novità evolutiva, l'appendici di foglia, mostranu chì un inseme di geni tipicamente implicati in u sviluppu di l'aletta sò stati cooptati è ancu un arricchimentu di trascrizioni per a riparazione di i tessuti potenziali è i geni di difesa immune.Hè statu identificatu un locus putativu determinante di u sessu chì codifica un genu amhr2y specificu di u maschile spartutu da u drago marinu cumuni è l'alligatore.Stu prughjettu hà furnitu evidenza critica per studii di evoluzione adattativa.
Tempu di post: 19-sep-2022