Vörur

16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-PacBio

Undireiningin á 16S og 18S rRNA sem inniheldur bæði mjög varðveitt svæði og of breytileg svæði er fullkomið sameindafingrafar til að bera kennsl á dreifkjörnunga og heilkjörnunga lífvera.Með því að nýta sér raðgreiningu er hægt að miða á þessar þéttingar byggðar á varðveittu hlutunum og hægt er að greina ofur-breytilegu svæðin að fullu til örveruauðkenningar sem stuðlar að rannsóknum sem ná yfir örverufjölbreytileikagreiningu, flokkunarfræði, flokkun osfrv. Einsameind í rauntíma (SMRT) ) raðgreining PacBio vettvangs gerir kleift að fá mjög nákvæmar langar lestur, sem gætu náð yfir magnara í fullri lengd (u.þ.b. 1,5 Kb).Víðtæka sýn á erfðasviðið jók mjög upplausnina í tegundaskýringum í bakteríum eða sveppum.

Pallur:PacBio framhald II

Hafðu samband við okkur

Upplýsingar um þjónustu

Niðurstöður kynningar

Dæmirannsókn

Þjónustukostir

● Langlestur sem sýnir 16S/18S/ITS röð í fullri lengd

● Mjög nákvæm grunnsímtöl með PacBio CCS ham raðgreiningu

● Upplausn á tegundastigi í OTU/ASV skýringu

● Nýjasta QIIME2 greiningarflæði með fjölbreyttum greiningum hvað varðar gagnagrunn, athugasemdir, OTU/ASV.

● Gildir fyrir fjölbreyttar örverusamfélagsrannsóknir

● BMK hefur mikla reynslu af yfir 100.000 sýnum á ári, sem þekur jarðveg, vatn, gas, seyru, saur, þörm, húð, gerjunarsoð, skordýr, plöntur o.fl.

● BMKCloud auðveldaði gagnatúlkun sem innihélt 45 sérsniðin greiningartæki

Þjónustulýsingar

RöðunPallur	Bókasafn	Mælt er með gögnum	Afgreiðslutími
PacBio framhald II	SMRT-bjalla	5K/10K/20K merki	44 virkir dagar

Lífupplýsingagreiningar

● Gæðaeftirlit með hráum gögnum

● OTU þyrping/de-noise (ASV)

● OTU athugasemd

● Alfa fjölbreytileiki

● Beta fjölbreytileiki

● Millihópagreining

● Sambandsgreining gegn tilraunaþáttum

● Spá um virkni gen

Dæmi um kröfur og afhending

Dæmi um kröfur:

FyrirDNA útdrættir:

Tegund sýnis	Magn	Einbeiting	Hreinleiki
DNA útdrættir	＞ 1 μg	＞ 20 ng/μl	OD260/280= 1,6-2,5

Fyrir umhverfissýni:

Tegund sýnis	Mælt er með sýnatökuaðferð
Jarðvegur	Magn sýnatöku: ca.5 g;Fjarlægja þarf visnað efni sem eftir er af yfirborði;Malaðu stóra bita og farðu í gegnum 2 mm síu;Dæmdu sýni í dauðhreinsuðu EP-röri eða cyrotube til fyrirvara.
Saur	Magn sýnatöku: ca.5 g;Safnaðu og deiltu sýnum í dauðhreinsað EP-rör eða frystirör til að panta.
Innihald í þörmum	Sýni þarf að vinna við smitgát.Þvoið uppsafnaðan vef með PBS;Miðfleyttu PBS og safnaðu botnfallinu í EP-rör.
Seyru	Magn sýnatöku: ca.5 g;Safnaðu og deiltu seyrusýni í dauðhreinsað EP-rör eða frystirör til að panta
Vatnshlot	Fyrir sýni með takmarkað magn af örverum, eins og kranavatni, brunnvatni osfrv., Safnaðu að minnsta kosti 1 L af vatni og farðu í gegnum 0,22 μm síu til að auðga örveru á himnunni.Geymið himnuna í dauðhreinsuðu röri.
Húð	Skafið yfirborð húðarinnar varlega með sæfðri bómullarþurrku eða skurðarblaði og setjið það í dauðhreinsað túpu.

Mælt er með sýnishornafhendingu

Frystu sýnin í fljótandi köfnunarefni í 3-4 klukkustundir og geymdu í fljótandi köfnunarefni eða -80 gráður til langtíma geymslu.Sýnisflutningur með þurrís er nauðsynlegur.

Þjónustuvinnuflæði

Sýnishorn afhending

Bókasafnsbygging

Röðun

Gagnagreining

Þjónusta eftir sölu

Fyrri: 16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-NGS

Næst: Greining fyrir transposasa-aðgengilegu krómatíni með raðgreiningu með mikilli afköst (ATAC-seq)

1.Skýringarhlutfall V3+V4(Illumina)-undirstaða örverusamfélagsprófunar á móti sniði sem byggir á fullri lengd (PacBio).
(Gögnum um 30 verkefna sem valin voru af handahófi voru notuð fyrir tölfræði)

2. Skýringarhraði raðgreiningar í fullri lengd á tegundastigi í mismunandi sýnistegundum

3.Tegundadreifing

4.Phylogenetic tré

BMK mál

Útsetning fyrir arseni veldur skemmdum á þörmum og þar af leiðandi virkjun á þörmum-lifrarás sem leiðir til bólgu og svitamyndunar í lifur í öndum

Birt:Vísindi alls umhverfisins,2021

Röðunarstefna:

Sýni: Viðmiðunarhópur á móti 8 mg/kg ATO útsettum hópi
Afrakstur raðgreiningargagna: 102.583 óunnar CCS raðir alls
Eftirlit: 54.518 ± 747 virkur CCS
ATO-útsett: 45.050 ± 1675 virkur CCS

Helstu niðurstöður

Alfa fjölbreytileiki:Útsetning fyrir ATO breytti verulega örveruauðgi og fjölbreytileika í þörmum í öndunum.

Metastas greining:
Í fylkisstigi: 2 bakteríuþráður greindust aðeins í samanburðarhópum
Í ættkvíslinni: 6 ættkvíslir fundust marktækt mismunandi í hlutfallslegu magni
Í tegundastigi: 36 tegundir voru greindar í heildina, þar af 6 af þeim verulega ólíkar í endurlífgun

Tilvísun

Thingholm, LB, o.fl.„Offitusjúklingar með og án sykursýki af tegund 2 sýna mismunandi virkni og samsetningu þarma örvera.Cell Host & Microbe26.2 (2019).