Metagenomic Sequencing-Nanopore
Þjónustukostir
● Hágæða samsetning-Aukandi nákvæmni tegundagreiningar og virkni genaspá
● Einangrun með lokuðu genamengi baktería
● Öflugri og áreiðanlegri notkun á fjölbreyttum svæðum, td greiningu á sjúkdómsvaldandi örverum eða sýklalyfjaónæmi tengdum genum
● Samanburðargreining á frumhverfum
Þjónustulýsingar
| Pallur | Röðun | Mælt er með gögnum | Afgreiðslutími |
| Nanopore | ONT | 6 G/10 G | 65 virkir dagar |
Lífupplýsingagreiningar
● Gæðaeftirlit með hráum gögnum
● Metagenome samkoma
● Óþarfi genasett og athugasemd
● Fjölbreytileikagreining tegunda
● Fjölbreytileikagreining erfðavirkni
● Millihópagreining
● Sambandsgreining gegn tilraunaþáttum
Dæmi um kröfur og afhending
Dæmi um kröfur og afhendingu
Dæmi um kröfur:
FyrirDNA útdrættir:
| Tegund sýnis | Magn | Einbeiting | Hreinleiki |
| DNA útdrættir | 1-1,5 μg | ＞ 20 ng/μl | OD260/280= 1,6-2,5 |
Fyrir umhverfissýni:
| Tegund sýnis | Mælt er með sýnatökuaðferð |
| Jarðvegur | Magn sýnatöku: ca.5 g;Fjarlægja þarf visnað efni sem eftir er af yfirborði;Malaðu stóra bita og farðu í gegnum 2 mm síu;Dæmdu sýni í dauðhreinsuðu EP-röri eða cyrotube til fyrirvara. |
| Saur | Magn sýnatöku: ca.5 g;Safnaðu og deiltu sýnum í dauðhreinsað EP-rör eða frystirör til að panta. |
| Innihald í þörmum | Sýni þarf að vinna við smitgát.Þvoið uppsafnaðan vef með PBS;Miðfleyttu PBS og safnaðu botnfallinu í EP-rör. |
| Seyru | Magn sýnatöku: ca.5 g;Safnaðu og deiltu seyrusýni í dauðhreinsað EP-rör eða frystirör til að panta |
| Vatnshlot | Fyrir sýni með takmarkað magn af örverum, eins og kranavatni, brunnvatni osfrv., Safnaðu að minnsta kosti 1 L af vatni og farðu í gegnum 0,22 μm síu til að auðga örveru á himnunni.Geymið himnuna í dauðhreinsuðu röri. |
| Húð | Skafið yfirborð húðarinnar varlega með sæfðri bómullarþurrku eða skurðarblaði og setjið það í dauðhreinsað túpu. |
Mælt er með sýnishornafhendingu
Frystu sýnin í fljótandi köfnunarefni í 3-4 klukkustundir og geymdu í fljótandi köfnunarefni eða -80 gráður til langtíma geymslu.Sýnisflutningur með þurrís er nauðsynlegur.
Þjónustuvinnuflæði
Sýnishorn afhending
Bókasafnsbygging
Röðun
Gagnagreining
Þjónusta eftir sölu
1.Hitakort: Tegundaauðsþyrping
2. Virk gen sem eru merkt við KEGG efnaskiptaferla
3.Tegundafylgninet
4.Circos of CARD sýklalyfjaónæmisgena
BMK mál
Nanopore metagenomics gerir skjóta klíníska greiningu á bakteríusýkingu í neðri öndunarvegi
Birt:Náttúrulíftækni, 2019
Tæknilegir hápunktar
Röð: Nanopore MinION
Klínísk metagenomics lífupplýsingafræði: Hýsil DNA eyðing, WIMP og ARMA greining
Hraðgreining: 6 klst
Mikið næmi: 96,6%
Helstu niðurstöður
Árið 2006 olli sýking í neðri öndunarfærum (LR) 3 milljón manna dauða á heimsvísu.Dæmigerð aðferð til að greina LR1 sjúkdómsvald er ræktun, sem hefur lélegt næmni, langan afgreiðslutíma og er skortur á leiðbeiningum í snemma sýklalyfjameðferð.Hröð og nákvæm örverugreining hefur lengi verið brýn þörf.Dr. Justin frá University of East Anglia og félagar hans þróuðu með góðum árangri Nanopore-undirstaða metagenomic aðferð til að greina sýkla.Samkvæmt vinnuflæði þeirra er hægt að tæma 99,99% af DNA hýsils.Hægt er að ljúka greiningu á sýkla og sýklalyfjaónæmum genum á 6 klukkustundum.
Tilvísun
Charalampous, T., Kay, GL, Richardson, H., Aydin, A. og O'Grady, J. .(2019).Nanopore metagenomics gerir skjóta klíníska greiningu á bakteríusýkingu í neðri öndunarvegi.Náttúrulíftækni, 37(7), 1.
