Metagenomic raðgreining -ngs
Metagenome er safn af heildar erfðaefni blandaðs samfélags lífvera, svo sem umhverfis- og manna metagenomes. Það inniheldur erfðamengi bæði ræktunar og óræktanlegra örvera. Metagenomic raðgreining með haglabyssu með NGS gerir kleift að rannsaka þetta flókna erfðafræðilega landslag sem er innbyggt í umhverfissýni með því að veita meira en taxonomic snið, sem gefur einnig kornótt innsýn í fjölbreytni tegunda, gnægð gangverki og flókin mannvirki. Handan við flokkunarfræðilegar rannsóknir bjóða metagenomics haglabyssur einnig starfhæft sjónarhorn, sem gerir kleift að kanna kóðað gen og líkleg hlutverk þeirra í vistfræðilegum ferlum. Að lokum, stofnun fylgni net milli erfðaþátta og umhverfisþátta stuðlar að heildrænni skilningi á flóknu samspili örverusamfélaga og vistfræðilegs bakgrunns þeirra. Niðurstaðan er sú að metagenomic raðgreining stendur sem lykilatriði til að afhjúpa erfðafræðilega flækjur fjölbreyttra örverusamfélaga og lýsa upp margþætt tengsl erfðafræði og vistfræði innan þessara flóknu vistkerfa.
Pallar: Illumina Novaseq og Dnbseq-T7
Þjónustu kostir
●Einangrun og ræktunarlaus aðferð fyrir örverusnið: Virkja raðgreining á erfðaefni frá óræktanlegum lífverum.
●Háupplausn: Uppgötvaðu tegundir með litlum fíkniefni í umhverfissýnum.
●Alhliða greining á lífupplýsingum:Einbeitt ekki aðeins að flokkunarfræðilegum fjölbreytileika heldur einnig á virkni fjölbreytileika samfélagsins.
●Víðtæk reynsla:Með því að ná árangri um að loka mörgum Metagenomics verkefnum með góðum árangri á ýmsum rannsóknarsviðum og vinna yfir 200.000 sýni, fær teymið okkar mikla reynslu í hvert verkefni.
Þjónustusneiðbeiningar
| Röðunarpallur | Röðunarstefna | Mælt er með gögnum | Gæðaeftirlit |
| Illumina Novaseq eða Dnbseq-T7 | PE150 | 6-20GB | Q30 ≥85% |
Þjónustukröfur
| Styrkur (ng/µL) | Heildarupphæð (ng) | Rúmmál (µl) |
| ≥1 | ≥30 | ≥20 |
● Jarðvegur/seyru: 2-3g
● Innihald í þörmum: 0,5-2g
● Innihald í þörmum: 0,1-0,25g
● Yfirborð plantna (auðgað seti): 0,5-1g
● Gerjun seyði auðgað botnfall): 0,2-0,5g
● saur (stór dýr): 0,5-2g
● saur (mús): 3-5grain
● lungnablöðruholvökvi: síupappír
● Vaginal þurrkur: 5-6 þurrkur
● Húð/kynfærþurrkur/munnvatn/mjúkvef til inntöku/koki
● Yfirborðs örverur: 5-6 þurrkar
● Waterbody/Air/Biofilm: Sía pappír
● Endophytes: 2-3g
● Dental Plaque: 0,5-1g
Þjónustuvinnuflæði
Sýnishorn
Bókasafnsbygging
Raðgreining
Gagnagreining
Eftir sölu þjónustu
Inniheldur eftirfarandi greiningu:
● Röðunargæðaeftirlit gagna
● Metagenome samsetning og genspá
● Genaskýring
● Taxonomic alfa fjölbreytni greining
● Virk greining samfélagsins: Líffræðileg virkni, efnaskipta, sýklalyfjaónæmi
● Greining á bæði hagnýtum og flokkunarfræðilegum fjölbreytileika:
Beta fjölbreytileikagreining
Greining milli hópa
Fylgnagreining: Milli umhverfisþátta og samsetningar og fjölbreytni
Virk greining: Kort sýklalyfjaónæmi
Mismunandi greining á efnaskiptaferlum KEGG: hitakort um verulegar leiðir
Alfa fjölbreytni í flokkunarfræðilegri dreifingu: Ace Index
Beta fjölbreytni í flokkunarfræðilegri dreifingu: PCOA
Kannaðu framfarir sem auðveldar með Metagenome raðgreiningarþjónustu BMKGENE með Illumina með sýningarstýrðu safni útgáfna.
Hai, Q. o.fl. (2023) 'Metagenomic og umbrotsgreining á breytingum á þörmum innihalds regnbogasilungs (Oncorhynchus mykiss) smituð með smitandi blóðmyndandi drepveiru við mismunandi ræktun vatnshitastigs',Landamæri í örverufræði, 14, bls. 1275649. DOI: 10.3389/FMICB.2023.1275649.
Mao, C. o.fl. (2023) 'Örverusamfélög, viðnám gen og viðnám áhættu í þéttbýlisvötnum af mismunandi trophic ríkjum: innri tenglar og ytri áhrif',Journal of Duritous Materials Advances, 9, bls. 100233. DOI: 10.1016/j.hazadv.2023.100233.
Su, M. o.fl. (2022) „Metagenomic greining leiddi í ljós mun á samsetningu og virkni milli vökvatengdra og fastra örvera í sauðfjárhræðslu“,Landamæri í örverufræði, 13, bls. 851567. DOI: 10.3389/FMICB.2022.851567.
Yin, J. o.fl. (2023) 'Offitusjúklingar ningxiang svínafleiddir örveru endurstrengir umbrot karnitíns til að stuðla að vöðva fitusýru í mjóum dly svínum',Nýsköpunin, 4 (5), bls. 100486. DOI: 10.1016/j.xinn.2023.100486.
Zhao, X. o.fl. (2023) 'Metagenomic innsýn í hugsanlega áhættu af dæmigerðu lífríki/óbrjótanlegu plasti og ekki plast rusli í efri og neðri hluta Haihe árós, Kína',Vísindi í heildarumhverfinu, 887, bls. 164026. DOI: 10.1016/j.scitotenv.2023.164026.
