Metagenómísk raðgreining -NGS
Metagenóm er safn af heildarerfðaefni blandaðs samfélags lífvera, svo sem umhverfis- og mannaerfðamengis. Það inniheldur erfðamengi bæði ræktanlegra og óræktanlegra örvera. Röðun erfðamengis með haglabyssutækni (NGS) gerir kleift að rannsaka þetta flókna erfðalandslag sem er fellt inn í umhverfissýni með því að veita meira en flokkunarfræðilega greiningu, heldur einnig ítarlega innsýn í tegundafjölbreytni, gnægð og flókna stofnbyggingu. Auk flokkunarfræðilegra rannsókna býður haglabyssuerfðamengisgreining einnig upp á virknierfðafræðilegt sjónarhorn, sem gerir kleift að kanna kóðuð gena og hugsanlegt hlutverk þeirra í vistfræðilegum ferlum. Að lokum stuðlar stofnun fylgnineta milli erfðaþátta og umhverfisþátta að heildrænni skilningi á flóknu samspili örverusamfélaga og vistfræðilegs bakgrunns þeirra. Að lokum er erfðamengisraðgreining lykiltæki til að afhjúpa flækjustig erfðamengis fjölbreyttra örverusamfélaga og varpa ljósi á margþætt tengsl erfðafræði og vistfræði innan þessara flóknu vistkerfa.
Pallar: Illumina NovaSeq og DNBSEQ-T7
Kostir þjónustu
●Einangrunar- og ræktunarfrjáls aðferð til að greina örverusamfélagAð gera kleift að raðgreina erfðaefni úr óræktanlegum lífverum.
●Há upplausnGreina tegundir sem eru fátíðar í umhverfissýnum.
●Ítarleg lífupplýsingagreining:Ekki aðeins áhersla á flokkunarfræðilegan fjölbreytileika heldur einnig á virknisfjölbreytileika samfélagsins.
●Mikil reynsla:Með reynslu af því að ljúka fjölmörgum erfðafræðilegum verkefnum á ýmsum rannsóknarsviðum og vinna úr yfir 200.000 sýnum, færir teymið okkar mikla reynslu inn í hvert verkefni.
Þjónustulýsingar
| Raðgreiningarpallur | Raðgreiningaraðferð | Gögn ráðlögð | Gæðaeftirlit |
| Illumina NovaSeq eða DNBSEQ-T7 | PE150 | 6-20 Gb | Q30≥85% |
Þjónustukröfur
| Styrkur (ng/µL) | Heildarupphæð (ng) | Rúmmál (µL) |
| ≥1 | ≥30 | ≥20 |
● Jarðvegur/slam: 2-3 g
● Þarmainnihald - dýr: 0,5-2 g
● Innihald þarma - skordýr: 0,1-0,25 g
● Yfirborð plöntunnar (auðgað botnfall): 0,5-1 g
● Botnfall auðgað með gerjunarseyði): 0,2-0,5 g
● Saur (stór dýr): 0,5-2 g
● Saur (mús): 3-5 korn
● Lungnablöðruskolunarvökvi: síupappír
● Leggöngusýni: 5-6 sýni
● Húð-/kynfærasýni/munnvatnssýni/mjúkvefsýni í munni/koksýni/endaþarmssýni: 2-3 sýni
● Yfirborðsörvera: 5-6 sýni
● Vatnsflötur/loft/líffilma: síupappír
● Innfrumur: 2-3 g
● Tannsteinn: 0,5-1 g
Þjónustuvinnuflæði
Sýnishornsafhending
Bygging bókasafna
Raðgreining
Gagnagreining
Þjónusta eftir sölu
Inniheldur eftirfarandi greiningu:
● Gæðaeftirlit með raðgreiningargögnum
● Samsetning erfðamengis og genaspá
● Genaskýringar
● Flokkunarfræðileg alfa fjölbreytileikagreining
● Virknisgreining samfélagsins: líffræðileg virkni, efnaskipti, sýklalyfjaónæmi
● Greining á bæði virkni og flokkunarfræðilegri fjölbreytni:
Beta fjölbreytileikagreining
Greining milli hópa
Fylgnigreining: milli umhverfisþátta og samsetningar og fjölbreytileika OUT
Virknisgreining: CARD sýklalyfjaónæmi
Mismunagreining á KEGG efnaskiptaferlum: hitakort af mikilvægum ferlum
Alfa-fjölbreytni flokkunarfræðilegrar dreifingar: ACE vísitala
Beta fjölbreytni flokkunarfræðilegrar dreifingar: PCoA
Kannaðu framfarirnar sem BMKGene hefur gert mögulegar með raðgreiningarþjónustu Illumina í gegnum safn ritrýndra greina.
Hai, Q. o.fl. (2023) „Metagenómísk og efnaskiptafræðileg greining á breytingum á þarmainnihaldi regnbogasilungs (Oncorhynchus mykiss) sem smitaður er af smitandi blóðmyndandi drepsveiru við mismunandi vatnshita í ræktun“.Landamæri í örverufræði, 14, bls. 1275649. doi: 10.3389/FMICB.2023.1275649.
Mao, C. o.fl. (2023) „Örverusamfélög, ónæmisgen og áhætta af völdum ónæmis í þéttbýlisvötnum með mismunandi næringarstig: Innri tengsl og ytri áhrif“,Tímarit um framfarir í hættulegum efnum, 9, bls. 100233. doi: 10.1016/J.HAZADV.2023.100233.
Su, M. o.fl. (2022) „Metagenómísk greining leiddi í ljós mun á samsetningu og virkni örvera í vökva- og föstu formi í sauðfjárvömb“,Landamæri í örverufræði, 13, bls. 851567. doi: 10.3389/FMICB.2022.851567.
Yin, J. o.fl. (2023) „Offeit Ningxiang-svínaflóra endurnýjar efnaskipti karnitíns til að stuðla að útfellingu fitusýra í vöðvum hjá magrum, lífsnauðsynlegum svínum“.Nýsköpunin4(5), bls. 100486. doi: 10.1016/J.XINN.2023.100486.
Zhao, X. o.fl. (2023) „Metagenómísk innsýn í hugsanlega áhættu af dæmigerðu lífrænu/óbrjótanlegu plasti og plastlausu rusli í efri og neðri hluta Haihe-árósa í Kína“.Vísindi alls umhverfisins, 887, bls. 164026. doi: 10.1016/J.SCITOTENV.2023.164026.
