Metagenomic Sequencing -NGS
Þjónustukostir
● Einangrun og ræktunarlaus fyrir örverusamfélagssnið
● Há upplausn við greiningu á tegundum í litlu magni í umhverfissýnum
● Hugmyndin um „meta-“ samþættir alla líffræðilega eiginleika á virknistigi, tegundastigi og genastigi, sem endurspeglar kraftmikla sýn sem er nær raunveruleikanum.
● BMK safnar gríðarlegri reynslu í fjölbreyttum sýnishornum með yfir 10.000 sýni unnin.
Þjónustulýsingar
| Pallur | Röðun | Mælt er með gögnum | Afgreiðslutími |
| Illumina NovaSeq 6000 | PE150 | 6 G/10 G/20 G | 45 virkir dagar |
Lífupplýsingagreiningar
● Gæðaeftirlit með hráum gögnum
● Metagenome samkoma
● Óþarfi genasett og athugasemd
● Fjölbreytileikagreining tegunda
● Fjölbreytileikagreining erfðavirkni
● Millihópagreining
● Sambandsgreining gegn tilraunaþáttum
Dæmi um kröfur og afhending
Dæmi um kröfur:
FyrirDNA útdrættir:
| Tegund sýnis | Magn | Einbeiting | Hreinleiki |
| DNA útdrættir | ＞ 100 ng | ＞ 1 ng/μl | OD260/280= 1,6-2,5 |
Fyrir umhverfissýni:
| Tegund sýnis | Mælt er með sýnatökuaðferð |
| Jarðvegur | Magn sýnatöku: ca.5 g;Fjarlægja þarf visnað efni sem eftir er af yfirborði;Malaðu stóra bita og farðu í gegnum 2 mm síu;Dæmdu sýni í dauðhreinsuðu EP-röri eða cyrotube til fyrirvara. |
| Saur | Magn sýnatöku: ca.5 g;Safnaðu og deiltu sýnum í dauðhreinsað EP-rör eða frystirör til að panta. |
| Innihald í þörmum | Sýni þarf að vinna við smitgát.Þvoið uppsafnaðan vef með PBS;Miðfleyttu PBS og safnaðu botnfallinu í EP-rör. |
| Seyru | Magn sýnatöku: ca.5 g;Safnaðu og deyfðu seyrusýni í dauðhreinsuðu EP-rör eða frystirör til að panta |
| Vatnshlot | Fyrir sýni með takmarkað magn af örverum, eins og kranavatni, brunnvatni osfrv., Safnaðu að minnsta kosti 1 L af vatni og farðu í gegnum 0,22 μm síu til að auðga örveru á himnunni.Geymið himnuna í dauðhreinsuðu röri. |
| Húð | Skafið yfirborð húðarinnar varlega með sæfðri bómullarþurrku eða skurðarblaði og setjið það í dauðhreinsað túpu. |
Mælt er með sýnishornafhendingu
Frystu sýnin í fljótandi köfnunarefni í 3-4 klukkustundir og geymdu í fljótandi köfnunarefni eða -80 gráður til langtíma geymslu.Sýnisflutningur með þurrís er nauðsynlegur.
Þjónustuvinnuflæði
Sýnishorn afhending
Bókasafnsbygging
Röðun
Gagnagreining
Þjónusta eftir sölu
1.Visturit: Dreifing tegunda
2. Virk gen sem eru merkt við KEGG efnaskiptaferla
3.Hitakort: Mismunandi aðgerðir byggðar á hlutfallslegu genamagni
4.Circos of CARD sýklalyfjaónæmisgena
BMK mál
Algengi sýklalyfjaónæmis gena og bakteríusýkla meðfram jarðvegs-mangrove rótarsamfellu
Birt:Tímarit um hættuleg efni, 2021
Röðunarstefna:
Efni: DNA útdrætti úr fjórum brotum af mangrove rót tengdum sýnum: ógróðursettum jarðvegi, rhizosphere, episphere og endosphere hólf
Pallur: Illumina HiSeq 2500
Markmið: Metagenome
16S rRNA gen V3-V4 svæði
Helstu niðurstöður
Metagenomic raðgreining og metabarcoding snið á jarðvegi-rótarsamfellu mangrove saplings voru unnin í því skyni að rannsaka útbreiðslu sýklalyfjaónæmisgena (ARG) úr jarðvegi í plöntur.Metagenomic gögn leiddu í ljós að 91,4% af sýklalyfjaónæmisgenum voru almennt auðkennd í öllum fjórum jarðvegshólfunum sem nefnd eru hér að ofan, sem sýndu stöðugan hátt.16S rRNA amplicon raðgreining myndaði 29.285 raðir, sem tákna 346 tegundir.Með því að sameina tegundasnið með raðgreiningu magns, reyndist þessi dreifing vera óháð rótartengdri örveru, hins vegar gæti það verið auðveldað með hreyfanlegum erfðaþáttum.Þessi rannsókn greindi flæði ARGs og sýkla úr jarðvegi inn í plönturnar í gegnum samtengda jarðvegsrótarsamfellu.
Tilvísun
Wang, C., Hu, R., Strong, PJ, Zhuang, W., & Shu, L. .(2020).Algengi sýklalyfjaónæmisgena og bakteríusýkla meðfram jarðvegs-mangrove rótarsamfellu.Journal of Hazardous Materials, 408, 124985.
