page_head_bg

Vörur

Metagenomic Sequencing -NGS

Metagenome vísar til safns alls erfðaefnis úr blönduðu samfélagi lífvera, svo sem umhverfismetagenome, mannametagenome, osfrv. Það inniheldur erfðamengi bæði ræktanlegra og óræktanlegra örvera.Metagenomic raðgreining er sameindaverkfæri sem notað er til að greina blönduð erfðafræðileg efni sem dregin eru út úr umhverfissýnum, sem veitir nákvæmar upplýsingar um tegundafjölbreytileika og gnægð, stofnuppbyggingu, fylgjendatengsl, starfræn gen og fylgninet við umhverfisþætti.

Pallur:Illumina NovaSeq6000


Upplýsingar um þjónustu

Niðurstöður kynningar

Dæmirannsókn

Þjónustukostir

● Einangrun og ræktunarlaus fyrir örverusamfélagssnið

● Há upplausn við greiningu á tegundum í litlu magni í umhverfissýnum

● Hugmyndin um „meta-“ samþættir alla líffræðilega eiginleika á virknistigi, tegundastigi og genastigi, sem endurspeglar kraftmikla sýn sem er nær raunveruleikanum.

● BMK safnar gríðarlegri reynslu í fjölbreyttum sýnishornum með yfir 10.000 sýni unnin.

Þjónustulýsingar

 Pallur

Röðun

Mælt er með gögnum

Afgreiðslutími

Illumina NovaSeq 6000

PE150

6 G/10 G/20 G

45 virkir dagar

Lífupplýsingagreiningar

● Gæðaeftirlit með hráum gögnum

● Metagenome samkoma

● Óþarfi genasett og athugasemd

● Fjölbreytileikagreining tegunda

● Fjölbreytileikagreining erfðavirkni

● Millihópagreining

● Sambandsgreining gegn tilraunaþáttum

liuchengtu11

Dæmi um kröfur og afhending

Dæmi um kröfur:

FyrirDNA útdrættir:

Tegund sýnis

Magn

Einbeiting

Hreinleiki

DNA útdrættir

> 100 ng

> 1 ng/μl

OD260/280= 1,6-2,5

Fyrir umhverfissýni:

Tegund sýnis

Mælt er með sýnatökuaðferð

Jarðvegur

Magn sýnatöku: ca.5 g;Fjarlægja þarf visnað efni sem eftir er af yfirborði;Malaðu stóra bita og farðu í gegnum 2 mm síu;Dæmdu sýni í dauðhreinsuðu EP-röri eða cyrotube til fyrirvara.

Saur

Magn sýnatöku: ca.5 g;Safnaðu og deiltu sýnum í dauðhreinsað EP-rör eða frystirör til að panta.

Innihald í þörmum

Sýni þarf að vinna við smitgát.Þvoið uppsafnaðan vef með PBS;Miðfleyttu PBS og safnaðu botnfallinu í EP-rör.

Seyru

Magn sýnatöku: ca.5 g;Safnaðu og deyfðu seyrusýni í dauðhreinsuðu EP-rör eða frystirör til að panta

Vatnshlot

Fyrir sýni með takmarkað magn af örverum, eins og kranavatni, brunnvatni osfrv., Safnaðu að minnsta kosti 1 L af vatni og farðu í gegnum 0,22 μm síu til að auðga örveru á himnunni.Geymið himnuna í dauðhreinsuðu röri.

Húð

Skafið yfirborð húðarinnar varlega með sæfðri bómullarþurrku eða skurðarblaði og setjið það í dauðhreinsað túpu.

Mælt er með sýnishornafhendingu

Frystu sýnin í fljótandi köfnunarefni í 3-4 klukkustundir og geymdu í fljótandi köfnunarefni eða -80 gráður til langtíma geymslu.Sýnisflutningur með þurrís er nauðsynlegur.

Þjónustuvinnuflæði

logo_02

Sýnishorn afhending

logo_04

Bókasafnsbygging

logo_05

Röðun

logo_06

Gagnagreining

logo_07

Þjónusta eftir sölu


  • Fyrri:
  • Næst:

  • 1.Visturit: Dreifing tegunda

    3

    2. Virk gen sem eru merkt við KEGG efnaskiptaferla

    4

    3.Hitakort: Mismunandi aðgerðir byggðar á hlutfallslegu genamagni54.Circos of CARD sýklalyfjaónæmisgena

    6

    BMK mál

    Algengi sýklalyfjaónæmis gena og bakteríusýkla meðfram jarðvegs-mangrove rótarsamfellu

    Birt:Tímarit um hættuleg efni, 2021

    Röðunarstefna:

    Efni: DNA útdrætti úr fjórum brotum af mangrove rót tengdum sýnum: ógróðursettum jarðvegi, rhizosphere, episphere og endosphere hólf
    Pallur: Illumina HiSeq 2500
    Markmið: Metagenome
    16S rRNA gen V3-V4 svæði

    Helstu niðurstöður

    Metagenomic raðgreining og metabarcoding snið á jarðvegi-rótarsamfellu mangrove saplings voru unnin í því skyni að rannsaka útbreiðslu sýklalyfjaónæmisgena (ARG) úr jarðvegi í plöntur.Metagenomic gögn leiddu í ljós að 91,4% af sýklalyfjaónæmisgenum voru almennt auðkennd í öllum fjórum jarðvegshólfunum sem nefnd eru hér að ofan, sem sýndu stöðugan hátt.16S rRNA amplicon raðgreining myndaði 29.285 raðir, sem tákna 346 tegundir.Með því að sameina tegundasnið með raðgreiningu magns, reyndist þessi dreifing vera óháð rótartengdri örveru, hins vegar gæti það verið auðveldað með hreyfanlegum erfðaþáttum.Þessi rannsókn greindi flæði ARGs og sýkla úr jarðvegi inn í plönturnar í gegnum samtengda jarðvegsrótarsamfellu.

    Tilvísun

    Wang, C., Hu, R., Strong, PJ, Zhuang, W., & Shu, L. .(2020).Algengi sýklalyfjaónæmisgena og bakteríusýkla meðfram jarðvegs-mangrove rótarsamfellu.Journal of Hazardous Materials, 408, 124985.

    fáðu tilboð

    Skrifaðu skilaboðin þín hér og sendu okkur

    Sendu skilaboðin þín til okkar: