In 2021, chonaic BMKGENE 31 taighde genome De novo a foilsíodh go rathúil in irisí ardtionchair le fachtóirí tionchair iomlána os cionn 320. Comhúdaraíodh 15 de na hailt Bhí 4 cinn díobh comh-údar ag BMKGENE mar na chéad údair
Díreach tar éis thús na bliana 2022, tá dhá alt taighde foilsithe cheana féin ar an iris “Natural Genetics” agus “Molecular Plant” faoi seach.Is iad sin, “Molann dhá haplotypes éagsúla ó ghéanóm lychee an-heitrisigeach imeachtaí dúchasacha neamhspleácha le haghaidh saothróga luath-aibithe agus déanacha” (taighde genome Lychee, arna stiúradh ag Coláiste na Gairneoireachta, Ollscoil Talmhaíochta na Síne Theas, agus comhoibrithe eolaíochta, foilsithe ar Géineolaíocht Nádúrtha. ), agus “Seichimh genome de na cúig speiceas Sitopsis de Aegilops agus bunús na cruithneachta polaplóideach B-fogenome” (géanóm cúig speiceas Sitopsis, arna stiúradh ag foireann taighde an Ollaimh Bao Liu in Oirthuaisceart Gnáth-Ollscoil.).Déanfaimid athbhreithniú freisin ar an dá alt seo agus roinnfimid lenár léitheoirí.
Anois, déanaimis sracfhéachaint ar na hailt taighde den scoth a foilsíodh in 2021 arna gcomhúdar ag BMK agus ár n-áiseanna comhoibrithe.
Géanóm Gléasra - Rásanna ar ilspeicis.
1. Cuireann tionól genome ardchaighdeáin béim ar shaintréithe géanóm seagal agus géinte tábhachtacha agronomic
Áis Chomhoibrithe: Ollscoil Talmhaíochta Henan
Iris: Géineolaíocht Nádúrtha
Fachtóir Tionchair: 38.31
Sa tionscadal seo, rinneadh seicheamh ar ghéanóim Weining seagal, éagsúlacht seagal Síneach den scoth.B'ionann na contigs cóimeáilte (7.74 Gb) agus 98.47% den mhéid géanóm measta (7.86 Gb), agus 93.67% de na contigs (7.25 Gb) sannta do sheacht crómasóim.B'ionann eilimintí athchleachtacha agus 90.31% den ghéanóim le chéile.Tugann anailísí breise ar thionól Weining solas nua ar dhúblálacha géine ar fud an ghéinim agus ar a dtionchar ar ghéinte bithshintéise stáirse, eagrú fisiciúil loci coimpléascach prolamin, gnéithe léiriú géine mar bhunús le trait ceannteidil luath agus réigiúin chromosómacha tuartha atá bainteach le dúchas agus lócais i seagal.Geallann an seicheamh genome seo dlús a chur le staidéir ghéanómaíochta agus pórúcháin ar seagal agus ar bharra gránach gaolmhara.
2.Rose gan prickle: léargais genomic atá nasctha le hoiriúnú taise
Áis Chomhoibrithe: Kunming Institiúid na luibheolaíochta, Acadamh Eolaíochtaí na Síne
Iris: Athbhreithniú Eolaíochta Náisiúnta
Fachtóir Tionchair: 17.273
Sa tionscadal seo, bailíodh samplaí de 'Basye's Thornless' (BT, cultivar de Rosa wichuraiana saor ó phrickle), 'Old Blush' (OB, géinitíopa bunaitheoir i ndifreáil rósanna), a hibridí F1 agus BCF1.Agus gineadh tionól genome tagartha ardcháilíochta chun gnéithe géiniteacha a bhaineann le forbairt gas prickle a aithint.Tá méid an genome thart ar 530.6 Mb.Chun cáilíocht an ghéanóm comhchruinnithe a fhíorú, rinneadh anailís ar nós comparáid léarscáile géiniteacha, BUSCO, NGS, athchóimeáil léite, comparáid le haplotype OB, rialú bunráta earráide seicheamhaithe agus seiceáil luach Innéacs Tionóil LTR ar fud an ghéanóim (LAI=20.03).Nochtann an taighde seo an patrún oidhreachta casta agus an mheicníocht rialála a bhaineann le priacail ghais agus chuir sé bonn agus acmhainní nua ar fáil dúinn chun staidéar a dhéanamh ar bhitheolaíocht rósaí agus ar mharcóirí móilíneacha mianach a bhaineann le tréithe tábhachtacha.
Léiríonn Seicheamh 3.Whole-Genome Allopolyploids Sintéisithe i Cucumis Léargais ar Éabhlóid Géanóim Allopolyploidization
Áis Chomhoibrithe: Ollscoil Talmhaíochta Nanjing
Iris: Ard-Eolaíocht
Fachtóir Tionchair: 16.801
Thuairiscigh an staidéar seo an genome ardcháilíochta de allotetraploid sintéiseach a fhaightear trí úsáid a bhaint as hibridiú interspecific idir cúcamar (C. sativus, 2n = 14) agus a speiceas coibhneasta fiáin (C. hystrix, 2n = 24) agus dúbailt crómasóim ina dhiaidh sin, arb é an chéad cheann é. allopolyploid sintéiseach seicheamhaithe go hiomlán.Chuir cóimeáil an ghéanóm an sreabhadh oibre den seicheamhú “PacBio+BioNano+Hi-C+Illumina” i bhfeidhm, bhí méid genome de 530.8Mb agus contig N50 = 6.5Mb mar thoradh air.Sannadh léann do 19 pseudochromosomes agus subgenomes.Thug na torthaí le fios gurb é hibridiú, seachas dúbailt géanóm, is cúis le formhór na n-athruithe géanómacha i ngéanóim núicléacha agus cp araon.Mhol sé go soláthraíonn an heitrisigeachas seasta oiriúnú struis méadaithe do C.×hytivus.Soláthraíonn na torthaí léargais nua ar éabhlóid polaplóideach plandaí agus cuireann siad straitéis póraithe ionchasach ar fáil do bharra amach anseo.
4. Anailísí Géanóm Comparáideach Aibhsigh Leathnú Géanóm Idirghabhála Transposon agus Ailtireacht Éabhlóideach Fillte Géanóm 3D i gCotton
Áis Chomhoibrithe: Ollscoil Talmhaíochta Huazhong
Iris: Bitheolaíocht Mhóilíneach agus Éabhlóid
Fachtóir Tionchair: 16.242
Bhain an tionscadal seo úsáid as Seicheamhú Nanopore chun genome de thrí speiceas cadáis a chur le chéile, eadhon: Gossypium rotundifolium (K2, méid genome = 2.44Gb, contigN50 = 5.33Mb), G. arboreum (A2, méid genome = 1.62Gb, contigN50 = 11.69Mb), agus G. raimondii (D5, méid genome = 0.75Gb, contigN50 = 17.04 Gb).Cuireadh os cionn 99% de na trí ghéanóm ar fad le chéile trí Hi-C.Is iad torthaí anailíse BUSCO ná 92.5%, 93.9% agus 95.4% faoi seach.Léirigh na huimhreacha seo go léir gur grád tagartha iad na trí ghéanóim tionóil.Le hanailísí comparáideacha géanóim rinneadh doiciméadú ar shonraí an aimplithe TE a bhaineann go sonrach leis an líneáil a chuir leis na difríochtaí móra i méid an ghéanóim.Léiríonn an staidéar seo an ról atá ag leathnú géanóm tras-idirghabhála in éabhlóid struchtúr crómatin ardoird i bplandaí.
5. Cóimeáil agus anailís ar scála crómasóim ar bharr bithmhaise Miscanthus lutarioriparius genome
Áis Chomhoibrithe: Ionad Sármhaitheasa CAS in Eolaíochtaí Plandaí móilíneacha
Iris: Nature Communications
Fachtóir Tionchair: 14.912
Thuairiscigh an tionscadal seo comhthionól ar scála crómasóim de ghéanóim Miscanthus lutarioriparius trí sheicheamhú Oxford Nanopore agus teicneolaíochtaí Hi-C a chomhcheangal.Clúdaíonn an tionól 2.07Gb 96.64% den genome, agus contig N50 de 1.71 Mb.Bhí thart ar 94.30% de na sraitheanna iomlána ar ancaire i 19 pseudochromosomes.Trí chomparáid a dhéanamh le seicheamh BAC, meastóireacht LAI, meastóireacht BUSCO, ath-chóimeáil le sonraí NGS, ath-chóimeáil sonraí transcriptome, rinneadh measúnú ar an genome mar ardcháilíocht agus leanúnachas.Deimhnítear bunús allotetraploid an M. lutarioriparius trí úsáid a bhaint as athchraoltaí satailíte lárionadaigh.Tá géinte dúblacha tandem de M. lutarioriparius saibhrithe feidhmiúil, ní hamháin i dtéarmaí a bhaineann le freagairt ar strus, ach biosintéis balla cille.Is dócha go mbíonn ról ag dúbailtí géine san fhótaisintéis C4 agus go gcuireann siad le fótaisintéis Miscanthus C4 ag teocht íseal.Sholáthair an taighde tagairt thábhachtach chun staidéar a dhéanamh ar phlandaí ilbhliantúla.
6. Soláthraíonn comhthionól genome Camptotheca acuminata ar leibhéal crómasóim léargas ar bhunús éabhlóideach bithsintéise camptothecin
Áis Chomhoibrithe: Ollscoil Sichuan
Iris: Nature Communications
Fachtóir Tionchair: 14.912
Thuairiscigh an tionscadal seo comhthionól genome C. acuminata ardcháilíochta crómasóim ar leibhéal, le méid genome de 414.95Mb agus contingN50 1.47Mb.Fuaireamar amach go bhfuil taithí ag C. acuminata ar dhúbláil iomlán-genome neamhspleách agus go bhfuil go leor géinte a eascraíonn as sin bainteach le bithsintéis camptothecin.Mar sin, chuir éagsúlacht fheidhmiúil géine LAMT agus éabhlóid dhearfach dhá ghéinte SLAS go mór leis an biosintéis camptothecin i C. acuminata.Chuir na torthaí béim ar an tábhacht a bhaineann le cóimeáil genome ardcháilíochta chun athruithe géiniteacha i dtionscnamh éabhlóideach meitibilít thánaisteach a aithint.
Nochtann genome 7.Allele-sainithe idirdhealú biallelic le linn éabhlóid casabhaigh
Áis Chomhoibrithe: Acadamh Eolaíochtaí Talmhaíochta Tropacha na Síne
Iris: Gléasra Móilíneach
Fachtóir Tionchair: 13.162
Chuir an tionscadal seo le chéile géanóm tagartha le haghaidh casabhaigh le contigN50 1.1Mb ag baint úsáide as ardán seicheamhaithe Pacific Biosciences (PacBio).Tar éis meastóireachta ag BUSCO, innéacs LAI, agus léarscáil ghéiniteach ard-dlúis, deimhnítear an genome cóimeáilte mar ghrád tagartha.Sainaithníodh na réigiúin iomarcacha agus cuireadh contigs ar ancaire ar 18 pseudochromosomes ag baint úsáide as naisc Hi-C.Tá an géanóm tagartha ardcháilíochta agus sainithe ailléil seo le haghaidh casabhaigh luachmhar chun dé-ailéilí éagsúla a aithint ar chrómasóm homalógacha, rud a ligeann do dhifreáil agus léiriú ceannasacht dé-ailéilí agus a bhfórsaí tiomána éabhlóideacha bunúsacha a iniúchadh.D’éascaigh sé straitéisí pórúcháin nuálaíocha i gcasabh agus i mbarraí an-heitrisigeacha eile.
8. Léargas genomic ar fhás tapa paulownias agus foirmiú broom witches Paulownia
Áis Chomhoibrithe: Ollscoil Talmhaíochta Henan
Iris: Gléasra Móilíneach
Fachtóir Tionchair: 13.162
Chuir an tionscadal seo le chéile géanóm núicléach ardcháilíochta Paulownia fortunei, 511.6 Mb i méid, agus 93.2% de na seichimh curtha ar ancaire go 20 pseudochromosomes.Baintear éifeachtúlacht fótaisintéise níos airde amach trí fhótaisintéis C3 a chomhtháthú agus an cosán meitibileachta aigéad crassulacean, rud a d'fhéadfadh a bheith tar éis cur le nós fáis an-tapa na gcrann paulownia.Léirigh seicheamh breise genome fíteaplasma PaWB, in éineacht le hanailísí feidhmiúla, go n-idirghníomhaíonn an t-éifeachtaí PaWB-SAP54 go díreach le Paulownia PfSPLa, rud a fhágann díghrádú PfSPLa ag an gcosán ubiquitin-mediated agus cruthaítear giolcach na cailleach mar thoradh air.Thug na sonraí léargas suntasach ar bhitheolaíocht paulownias agus ar an meicníocht rialála chun PaWB a fhoirmiú.
Géanóm ainmhithe – Léargas domhain ar éabhlóid speiceas
1. An genome de Nautilus pompilius illuminates éabhlóid súl agus biomineralization
Áis Chomhoibrithe: Institiúid Aigéaneolaíochta na Síne Theas, CAS
Iris: Éiceolaíocht Nádúrtha & éabhlóid
Fachtóir Tionchair: 15.462
Chuir an tionscadal seo géanóm iomlán i láthair do Nautilus pompilius.Tá an genome íostach aige i measc ceifileapóid seicheamhaithe, is é sin 730.58Mb le contigN50 = 1.1Mb.Is é toradh meastóireachta BUSCO ná 91.31%.In éineacht le hanailís transcriptome, proteome, teaghlaigh géine agus phylogenetic, chuir an genome seo tagairt bhunúsach ar fáil do nuálaíochtaí ceifileapóid, mar an tsúil bioráin agus bithmhianú.Thug an taighde le fios go bhféadfadh baint a bheith ag damáiste d’iomláine braisle géine Hox le sliogán imeacht na Mollusks.Is é an rud is tábhachtaí ná gur dócha gur mhúnlaigh nuálaíochtaí iolracha géanómaíochta, lena n-áirítear caillteanais ghéinte, crapadh neamhspleách agus méadú ar theaghlaigh ghéine ar leith agus a líonraí rialála gaolmhara, éabhlóid na súl bioráin nautilus.Ba acmhainn luachmhar é an genome nautilus chun na cásanna éabhlóideacha agus na nuálaíochtaí géanómaíochta a mhúnlaíonn na ceifileapóid atá ar marthain a athchruthú.
Soláthraíonn anailís genome 2. Seadragon léargais ar a feinitíopa agus lócas cinneadh gnéis
Áis Chomhoibrithe: Institiúid Aigéaneolaíochta na Síne Theas, CAS
Iris: Dul Chun Cinn Eolaíochta
Fachtóir Tionchair: 14.132
Chuir an tionscadal seo de novo seicheamhú ar ghéanóim fireanna agus baineanna den mhuir-dhragán (Phyllopteryx taeniolatus) agus a speiceas a bhfuil dlúthbhaint aige leis, an píbiasc ailigéadar (Syngnathoides biaculeatus).Is é an méid genome do Phyllopteryx taeniolatus ná ~659 Mb (♂) agus ~663 Mb (♀), le contigN50 de 10.0Mb agus 12.1mb.is é an méid genome do Phyllopteryx taeniolatus 637 Mb (♂) agus ~ 648 Mb (♀), le contigN50 de 18.0Mb agus 21.0Mb.Trí anailís phylogenetic, is tacsón deirfiúracha de Syngnathinae an seadragon coiteann agus an píbín ailigéadar, agus tá siad éagsúil timpeall 27.3 Ma ó shin.Léiríonn próifílí trascríobh ó úrscéal éabhlóideach, na haguisíní cosúil le duilleog, go bhfuil sraith géinte a bhfuil baint acu go hiondúil le forbairt eití comhroghnach chomh maith le saibhriú tras-scripteanna le haghaidh deisiú fíocháin fhéideartha agus géinte cosanta imdhíonachta.Aithníodh lócas toimhdiúil a chinneann inscne a ionchódaíonn géine amhr2y a bhaineann go sonrach le fir a roinntear le seadragon coiteann agus iasc píb ailigéadar.Chuir an tionscadal seo fianaise ríthábhachtach ar fáil do staidéir ar éabhlóid oiriúnaitheach.
Am postála: Meán Fómhair-19-2022