Hi-C byggt erfðamengi samkoma
Þjónustukostir
Yfirlit yfir Hi-C
(Lieberman-Aiden E o.fl.,Vísindi, 2009)
● Engin þörf á að smíða erfðafræðilega þýði fyrir contig akkeri;
● Hærri þéttleiki merkja sem leiðir til hærra samfellda akkerishlutfalls yfir 90%;
● Gerir kleift að meta og leiðrétta núverandi erfðamengissamsetningar;
● Styttri afgreiðslutími með meiri nákvæmni í samsetningu erfðamengis;
● Mikil reynsla af yfir 1000 Hi-C bókasöfnum smíðuð fyrir yfir 500 tegundir;
● Yfir 100 vel heppnuð tilvik með uppsöfnuðum birtum áhrifaþáttum yfir 760;
● Hi-C byggt erfðamengissamsetning fyrir fjöllitað erfðamengi, 100% festingarhlutfall náðist í fyrra verkefni;
● Innanhúss einkaleyfi og höfundarréttur hugbúnaðar fyrir Hi-C tilraunir og gagnagreiningu;
● Sjálfþróaður sjónrænn gagnastillingarhugbúnaður, gerir kleift að flytja blokkir handvirkt, snúa við, afturkalla og endurgera.
Þjónustulýsingar
|
Tegund bókasafns
|
Pallur | Leslengd | Mæli með stefnu |
| Hæ-C | Illumina NovaSeq | PE150 | ≥ 100X |
Lífupplýsingagreiningar
● Gæðaeftirlit með hráum gögnum
● Hi-C bókasafn gæðaeftirlit
● Hi-C byggt erfðamengi samsetning
● Mat eftir samsetningu
Dæmi um kröfur og afhending
Dæmi um kröfur:
| Dýr | Sveppur | Plöntur
|
| Frosinn vefur: 1-2g á hvert safn Frumur: 1x 10^7 frumur á hvert safn | Frosinn vefur: 1g á hvert safn | Frosinn vefur: 1-2g á hvert safn
|
| *Við mælum eindregið með því að senda að minnsta kosti 2 skammta (1 g hvor) fyrir Hi-C tilraunina. | ||
Mælt er með sýnishornafhendingu
Ílát: 2 ml miðflóttahólkur (tini er ekki mælt með)
Fyrir flest sýni mælum við með að varðveita ekki í etanóli.
Merking sýnis: Sýnishorn þurfa að vera greinilega merkt og eins og framlagt sýnishorn upplýsingaeyðublaðs.
Sending: Þurrís: Fyrst þarf að pakka sýnum í poka og grafa í þurrís.
Þjónustuvinnuflæði
Hönnun tilrauna
Sýnishorn afhending
DNA útdráttur
Bókasafnsbygging
Röðun
Gagnagreining
Þjónusta eftir sölu
*Sýningarniðurstöður sem sýndar eru hér eru allar úr erfðamengi sem birt er með Biomarker Technologies
1.Hi-C samskipti hita kort afCamptotheca acuminataerfðamengi.Eins og sýnt er á kortinu er styrkleiki víxlverkana neikvæða fylgni við línulega fjarlægð, sem gefur til kynna mjög nákvæma samsetningu á litningastigi.(Akkerishlutfall: 96,03%)
Kang M o.fl.,Náttúrusamskipti, 2021
2.Hi-C auðveldaði staðfestingu á öfugum á milliGossypium hirsutumL. TM-1 A06 ogG. arboreumChr06
Yang Z o.fl.,Náttúrusamskipti, 2019
3.Samsetning og tvíættaðgreining á erfðamengi kassava SC205.Hi-C hitakort sýnir skýra skiptingu í einsleitum litningum.
Hu W o.fl.,Sameindaplanta, 2021
4.Hi-C hitakort á genamengi tveggja Ficus tegunda:F.microcarpa(festingarhlutfall: 99,3%) ogF.hispida (festingarhlutfall: 99,7%)
Zhang X o.fl.,Cell, 2020
BMK mál
Erfðamengi Banyantrésins og frævunargeitungsins veita innsýn í samþróun fíkjugeitunga
Birt: Cell, 2020
Röðunarstefna:
F. microcarpa erfðamengi: u.þ.b.84 X PacBio RSII (36,87 Gb) + Hi-C (44 Gb)
F. hispidaerfðamengi: u.þ.b.97 X PacBio RSII (36,12 Gb) + Hi-C (60 Gb)
Eupristina verticillataerfðamengi: u.þ.b.170 X PacBio RSII (65 Gb)
Helstu niðurstöður
1.Tvö erfðamengi banyantrés og eitt erfðamengi frævunargeitunga voru smíðuð með PacBio raðgreiningu, Hi-C og tengingakorti.
(1)F. microcarpaerfðamengi: Samkoma 426 Mb (97,7% af áætlaðri erfðamengisstærð) var komið á fót með contig N50 upp á 908 Kb, BUSCO einkunn 95,6%.Alls voru 423 Mb raðir festar við 13 litninga með Hi-C.Erfðamengiskýring leiddi til 29.416 próteinkóða gena.
(2)F. Hispidaerfðamengi: Samkoma 360 Mb (97,3% af áætlaðri erfðamengisstærð) var afrakstur með contig N50 upp á 492 Kb og BUSCO einkunn upp á 97,4%.Alls voru 359 Mb raðir festar á 14 litninga með Hi-C og mjög eins og háþéttni tengingarkort.
(3)Eupristina verticillataerfðamengi: Samkoma 387 Mb (Áætluð erfðamengi stærð: 382 Mb) var komið á fót með contig N50 upp á 3,1 Mb og BUSCO einkunn upp á 97,7%.
2. Samanburðargreining á erfðafræði leiddi í ljós mikinn fjölda byggingarbreytinga á milli tveggjaFíkuserfðamengi, sem veitti ómetanlegt erfðaefni fyrir aðlögunarþróunarrannsóknir.Þessi rannsókn veitti í fyrsta skipti innsýn í samþróun fíkjugeitunga á erfðafræðilegu stigi.
 Circos skýringarmynd um erfðafræðilega eiginleika tveggjaFíkuserfðamengi, þar með talið litninga, hluta tvítekningar (SD), transposons (LTR, TEs, DNA TEs), genatjáning og samsetning |  Auðkenning á Y-litningi og kynákvörðunargeni |
Zhang, X., o.fl.„Erfðaefni Banyantrésins og frævunargeitungsins veita innsýn í samþróun fíkjugeitunga.Cell 183.4(2020).
