Hi-C byggð erfðamengissamsetning
Hi-C er aðferð sem er hönnuð til að fanga litningaskipan með því að sameina nálægðartengdar víxlverkanir og afköstaröðun. Talið er að styrkleiki þessara víxlverkana sé neikvætt tengdur fjarlægð á litningum. Þess vegna eru Hi-C gögn notuð til að leiðbeina þyrpingu, röðun og stefnumörkun samsettra raða í drögum að erfðamengi og festa þær við ákveðinn fjölda litninga. Þessi tækni gerir kleift að setja saman erfðamengi á litningastigi án þess að erfðakort byggt á þýði sé til staðar. Hvert einasta erfðamengi þarfnast Hi-C.
Þjónustueiginleikar
● Raðgreining á Illumina NovaSeq með PE150.
● Þjónustan krefst vefjasýna, í stað útdreginna kjarnsýra, til að tengja við formaldehýð og varðveita víxlverkun DNA og próteina.
● Hi-C tilraunin felur í sér takmörkun og viðgerð á klístruðum endum með bíótíni, og síðan hringlaga endarnir sem myndast, en varðveita víxlverkanirnar. DNA-ið er síðan dregið niður með streptavíðínperlum og hreinsað til síðari undirbúnings safnsins.
Kostir þjónustu
Yfirlit yfir Hi-C
(Lieberman-Aiden E. o.fl.,Vísindi, 2009)
●Að útrýma þörfinni fyrir erfðafræðilegar upplýsingar um íbúa:Hi-C kemur í staðinn fyrir nauðsynlegar upplýsingar sem þarf til að festa samfellda akkeri.
●Hár merkjaþéttleiki:sem leiðir til hás samfellds akkeringarhlutfalls yfir 90%.
●Víðtæk sérþekking og útgáfuferill:BMKGene hefur mikla reynslu af meira en 2000 tilfellum af Hi-C erfðamengissamsetningu frá 1000 mismunandi tegundum og ýmsum einkaleyfum. Yfir 200 birt tilfelli hafa uppsafnaðan áhrifastuðul upp á yfir 2000.
●Mjög hæft teymi í lífupplýsingafræði:Með einkaleyfum og höfundarrétti hugbúnaðar fyrir Hi-C tilraunir og gagnagreiningu innanhúss, gerir sjálfþróaði hugbúnaðurinn fyrir sjónræna gagnagerð kleift að færa, snúa við, afturkalla og endurtaka blokkir handvirkt.
●Stuðningur eftir sölu:Skuldbinding okkar nær lengra en verkefnið er lokið og býður upp á þriggja mánaða þjónustu eftir sölu. Á þessum tíma bjóðum við upp á eftirfylgni með verkefninu, aðstoð við bilanaleit og spurninga- og svaratíma til að svara öllum fyrirspurnum sem tengjast niðurstöðunum.
●Ítarleg skýringVið notum marga gagnagrunna til að merkja genin með greindum afbrigðum og framkvæma samsvarandi auðgunargreiningu, sem veitir innsýn í fjölmörg rannsóknarverkefni.
Þjónustulýsingar
| Undirbúningur bókasafns | Raðgreiningaraðferð | Ráðlagður gagnaúttak | Gæðaeftirlit |
| Hi-C bókasafn | Illumina NovaSeq PE150 | 100x | Q30 ≥ 85% |
Kröfur um sýnishorn
| Vefur | Nauðsynleg upphæð |
| Innyfli dýra | ≥ 2 g |
| Dýravöðvi | |
| Spendýrablóð | ≥ 2 ml |
| Blóð úr alifuglum/fiskum | |
| Planta - Ferskt lauf | ≥ 3 g |
| Ræktaðar frumur | ≥ 1x107 |
| Skordýr | ≥ 2 g |
Þjónustuvinnuflæði
Tilraunahönnun
Sýnishornsafhending
Bygging bókasafna
Raðgreining
Gagnagreining
Þjónusta eftir sölu
1) Óunnin gögn, gæðaeftirlit
2) QC bókasafnsgreining: mat á gildum Hi-C víxlverkunum
3) Hi-C samsetning: flokkun samfelldra hluta í hópa, síðan röðun samfelldra hluta innan hvers hóps og úthlutun stefnu samfelldra hluta
4) Hi-C mat
Hi-C bókasafnsgæðaeftirlit – mat á gildum Hi-C víxlverkunarpörum
Hi-C samsetning – tölfræði
Mat eftir samsetningu – hitakort af merkjastyrk milli hólfa
Kannaðu framfarirnar sem Hi-C samsetningarþjónusta BMKGene hefur gert mögulegar í gegnum úrval af ritum.
Tian, T. o.fl. (2023) „Samsetning erfðamengis og erfðagreining á áberandi þurrkaþolnum maísfrumna“, Nature Genetics 2023 55:3, 55(3), bls. 496–506. doi: 10.1038/s41588-023-01297-y.
Wang, ZL o.fl. (2020) „Samsetning erfðamengis asísku hunangsflugunnar Apis cerana á litningakvarða“, Frontiers in Genetics, 11, bls. 524140. doi: 10.3389/FGENE.2020.00279/BIBTEX.
Zhang, F. o.fl. (2023) „Að sýna þróun myndunar trópanalkalóíða með því að greina tvö erfðamengi í Solanaceae fjölskyldunni“, Nature Communications 2023 14:1, 14(1), bls. 1–18. doi: 10.1038/s41467-023-37133-4.
Zhang, X. o.fl. (2020) „Erfðamengi banjantrésins og frævandi geitunga veita innsýn í samþróun fíkju og geitunga“, Cell, 183(4), bls. 875-889.e17. doi: 10.1016/J.CELL.2020.09.043
