Hi-C-gebaseerde genoomassemblage
Hi-C is een methode die is ontworpen om de configuratie van chromosomen vast te leggen door nabijheidsgebaseerde interacties te combineren met high-throughput sequencing. De intensiteit van deze interacties zou negatief gecorreleerd zijn met de fysieke afstand op chromosomen. Daarom worden Hi-C-gegevens gebruikt om de clustering, ordening en oriëntatie van geassembleerde sequenties in een conceptgenoom te sturen en deze te verankeren op een bepaald aantal chromosomen. Deze technologie maakt een genoomassemblage op chromosoomniveau mogelijk, zelfs zonder een populatiegebaseerde genetische kaart. Elk genoom heeft een Hi-C nodig.
Servicekenmerken
● Sequentiebepaling op Illumina NovaSeq met PE150.
● Voor deze service zijn weefselmonsters nodig in plaats van geëxtraheerde nucleïnezuren, die met formaldehyde worden gecrosslinkt om de DNA-eiwitinteracties te behouden.
● Het Hi-C-experiment omvat restrictie en reparatie van de kleverige uiteinden met biotine, gevolgd door circularisatie van de resulterende stompe uiteinden met behoud van de interacties. Het DNA wordt vervolgens neergeslagen met streptavidinekorrels en gezuiverd voor de daaropvolgende bibliotheekvoorbereiding.
Servicevoordelen
Overzicht van Hi-C
(Lieberman-Aiden E et al.,Wetenschap(2009)
●De noodzaak voor genetische populatiegegevens wegnemen:Hi-C vervangt de essentiële informatie die nodig is voor de verankering van contigs.
●Hoge markeringsdichtheid:wat resulteert in een hoge contig-verankeringsverhouding van meer dan 90%.
●Uitgebreide expertise en publicatiegeschiedenis:BMKGene heeft uitgebreide ervaring met meer dan 2000 Hi-C-genoomassemblages van 1000 verschillende soorten en diverse patenten. Meer dan 200 gepubliceerde gevallen hebben een cumulatieve impactfactor van meer dan 2000.
●Zeer bekwaam bio-informaticateam:Met eigen patenten en softwareauteursrechten voor Hi-C-experimenten en data-analyse maakt de zelfontwikkelde data-visualisatiesoftware het mogelijk om blokken handmatig te verplaatsen, om te keren, te annuleren en opnieuw uit te voeren.
●Ondersteuning na de verkoop:Onze betrokkenheid gaat verder dan de afronding van het project; we bieden een serviceperiode van 3 maanden na de verkoop. Gedurende deze periode bieden we projectopvolging, hulp bij het oplossen van problemen en vraag- en antwoordsessies om al uw vragen over de resultaten te beantwoorden.
●Uitgebreide annotatieWe gebruiken meerdere databases om de genen met geïdentificeerde variaties functioneel te annoteren en voeren de bijbehorende verrijkingsanalyse uit, wat inzichten oplevert voor diverse onderzoeksprojecten.
Servicespecificaties
| Bibliotheekvoorbereiding | Sequentiestrategie | Aanbevolen gegevensuitvoer | Kwaliteitscontrole |
| Hi-C-bibliotheek | Illumina NovaSeq PE150 | 100x | Q30 ≥ 85% |
Voorbeeldvereisten
| Weefsel | Vereiste hoeveelheid |
| Dierlijke ingewanden | ≥ 2 g |
| Dierlijk spierweefsel | |
| Zoogdierbloed | ≥ 2 ml |
| Pluimvee-/visbloed | |
| Plant - Vers blad | ≥ 3 g |
| Gekweekte cellen | ≥ 1x107 |
| Insect | ≥ 2 g |
Servicewerkstroom
Experimenteel ontwerp
Monsterlevering
Bibliotheekbouw
Volgorde bepalen
Gegevensanalyse
Klantenservice na aankoop
1) Kwaliteitscontrole van ruwe data
2) Kwaliteitscontrole van de Hi-C-bibliotheek: schatting van geldige Hi-C-interacties
3) Hi-C-assemblage: clustering van contigs in groepen, gevolgd door ordening van de contigs binnen elke groep en toewijzing van de oriëntatie van de contigs.
4) Hi-C-evaluatie
Kwaliteitscontrole van de Hi-C-bibliotheek – schatting van geldige interactieparen in de Hi-C-bibliotheek
Hi-C-assemblage – statistieken
Evaluatie na assemblage – heatmap van signaalintensiteit tussen bins
Ontdek de vooruitgang die mogelijk is gemaakt door de Hi-C-assemblagediensten van BMKGene aan de hand van een zorgvuldig samengestelde collectie publicaties.
Tian, T. et al. (2023) 'Genoomassemblage en genetische analyse van een prominent droogtebestendig maïskiemplasma', Nature Genetics 2023 55:3, 55(3), pp. 496–506. doi: 10.1038/s41588-023-01297-y.
Wang, ZL et al. (2020) 'Een chromosoom-schaalassemblage van het genoom van de Aziatische honingbij Apis cerana', Frontiers in Genetics, 11, p. 524140. doi: 10.3389/FGENE.2020.00279/BIBTEX.
Zhang, F. et al. (2023) 'Het onthullen van de evolutie van de biosynthese van tropaanalkaloïden door analyse van twee genomen in de Solanaceae-familie', Nature Communications 2023 14:1, 14(1), pp. 1–18. doi: 10.1038/s41467-023-37133-4.
Zhang, X. et al. (2020) 'Genomen van de banyanboom en de bestuivende wesp bieden inzicht in de co-evolutie tussen vijgen en wespen', Cell, 183(4), pp. 875-889.e17. doi: 10.1016/J.CELL.2020.09.043
