-
Genoombrede associatieanalyse
Genoombrede associatiestudie (GWAS) is gericht op het identificeren van genetische varianten (genotype) die geassocieerd zijn met specifieke eigenschappen (fenotype).GWAS-studie onderzoekt genetische markers die het hele genoom van een groot aantal individuen doorkruisen en voorspelt genotype-fenotype-associaties door statistische analyse op populatieniveau.Het is op grote schaal toegepast in onderzoek naar ziekten bij de mens en functionele gene mining op complexe eigenschappen van dieren of planten.
-
Single-nucleus RNA-sequencing
De vooruitgang in het vastleggen van afzonderlijke cellen en de constructietechniek van individuele bibliotheken in combinatie met high-throughput sequencing maakt cel-voor-cel genexpressiestudies mogelijk.Het maakt een diepere en volledige systeemanalyse van complexe celpopulaties mogelijk, waarbij het maskeren van hun heterogeniteit grotendeels wordt vermeden door het gemiddelde van alle cellen te nemen.
Sommige cellen zijn echter niet geschikt om tot een eencellige suspensie te worden gemaakt, dus zijn er andere methoden voor monstervoorbereiding nodig – kernextractie uit weefsels is nodig, dat wil zeggen dat de kern rechtstreeks uit weefsels of cellen wordt geëxtraheerd en tot een enkelvoudige kernsuspensie wordt bereid voor enkelvoudige celsuspensie. sequentiëring van cellen.
BMK biedt 10 × Genomics ChromiumTM-gebaseerde eencellige RNA-sequencingservice.Deze service wordt veel gebruikt in onderzoeken naar ziektegerelateerde onderzoeken, zoals differentiatie van immuuncellen, heterogeniteit van tumoren, weefselontwikkeling, enz.
Ruimtelijke transcriptoomchip: 10× Genomics
Platform: Illumina NovaSeq 6000
-
Sequentiebepaling van het volledige genoom van planten/dieren
Hele genoom-re-sequencing, ook bekend als WGS, maakt het mogelijk om zowel gewone als zeldzame mutaties op het hele genoom te onthullen, waaronder Single Nucleotide Polymorphism (SNP), Insertion Deletion (InDel), Structure-variatie (SV) en Copy Number Variation (CNV). ).SV's vormen een groter deel van de variatiebasis dan SNP's en hebben een grotere impact op het genoom, wat een significant effect heeft op levende organismen.Long-read resequencing maakt een nauwkeurigere identificatie van grote fragmenten en gecompliceerde variaties mogelijk, omdat lange reads het veel gemakkelijker maken om chromosomale kruisingen te maken over gecompliceerde regio's zoals tandemherhalingen, GC/AT-rijke regio's en hypervariabele regio's.
Platform: Illumina, PacBio, Nanopore
-
BMKMANU S1000 Ruimtelijk transcriptoom
Ruimtelijke organisatie van cellen speelt een cruciale rol in verschillende biologische processen, zoals immuuninfiltratie, embryo-ontwikkeling, enz. Ruimtelijke transcriptoomsequencing, die genexpressieprofilering aangeeft met behoud van informatie over ruimtelijke positie, heeft geweldige inzichten opgeleverd in weefselarchitectuur op transcriptoomniveau.Met de ontwikkeling van technologie moeten de ultraheldere weefselmorfologie en het echte structurele verschil van ruimtelijke moleculaire expressie met een hogere resolutie worden bestudeerd.BMKGENE biedt uitgebreide, one-stop ruimtelijke transcriptoomsequencingservice van monsters tot biologische inzichten.
Ruimtelijke transcriptomics-technologieën hebben nieuwe perspectieven in diverse onderzoeksarena mogelijk gemaakt door het genexpressieprofiel op te lossen met ruimtelijke inhoud in heterogene monsters.
Ruimtelijke transcriptoomchip: BMKMANU S1000
Platform: Illumina NovaSeq 6000
-
10x Genomics Visium ruimtelijk transcriptoom
Visium Spatial Gene Expression is een gangbare ruimtelijke transcriptoomsequencingtechnologie voor het classificeren van weefsel op basis van totaal mRNA.Breng het hele transcriptoom in kaart met morfologische context om nieuwe inzichten te ontdekken in normale ontwikkeling, ziektepathologie en klinisch translationeel onderzoek.BMKGENE biedt uitgebreide, one-stop ruimtelijke transcriptoomsequencingservice van monsters tot biologische inzichten.
Ruimtelijke transcriptomics-technologieën hebben nieuwe perspectieven in diverse onderzoeksarena mogelijk gemaakt door genexpressieprofielen op te lossen met ruimtelijke inhoud in heterogene monsters.
Ruimtelijke transcriptoomchip: 10x Genomics Visium
Platform:Illumina NovaSeq 6000
-
Full-Length mRNA Sequencing-Nanopore
RNA-sequencing is een hulpmiddel van onschatbare waarde geweest voor uitgebreide transcriptoomanalyse.Ongetwijfeld heeft traditionele short-read sequencing hier tal van belangrijke ontwikkelingen doorgemaakt.Desalniettemin stuit het vaak op beperkingen in isovormidentificaties over de volledige lengte, kwantificering, PCR-bias.
Nanopore-sequencing onderscheidt zich van andere sequencing-platforms, doordat de nucleotiden direct worden gelezen zonder DNA-synthese en een lange aflezing genereert met tientallen kilobasen.Dit maakt directe uitlezing mogelijk door volledige transcripties te kruisen en de uitdagingen in studies op isovormniveau aan te pakken.
Platform：Nanopore PromethION
Bibliotheek:cDNA-PCR
-
MRNA-sequencing over de volledige lengte -PacBio
Nieuwfull-length transcriptome sequencing, ook wel bekend alsNieuwIso-Seq maakt gebruik van de voordelen van de PacBio-sequencer in leeslengte, waardoor de sequentie van cDNA-moleculen over de volledige lengte zonder onderbrekingen mogelijk is.Dit vermijdt volledig alle fouten die worden gegenereerd in stappen voor het samenstellen van transcripten en construeert unigene-sets met resolutie op isoform-niveau.Deze unigene-sets bieden krachtige genetische informatie als "referentiegenoom" op transcriptoomniveau.Bovendien maakt deze service, in combinatie met sequencinggegevens van de volgende generatie, een nauwkeurige kwantificering van expressie op isovormniveau mogelijk.
Platform: PacBio Sequel IIBibliotheek: SMRT belbibliotheek -
Eukaryote mRNA-sequencing-Illumina
mRNA-sequencing maakt profilering mogelijk van alle mRNA's die onder specifieke omstandigheden uit cellen zijn getranscribeerd.Het is een krachtige technologie voor het onthullen van genexpressieprofielen, genstructuren en moleculaire mechanismen van bepaalde biologische processen.Tot op heden wordt mRNA-sequencing op grote schaal gebruikt in fundamenteel onderzoek, klinische diagnostiek, geneesmiddelenontwikkeling, enz.
Platform: Illumina NovaSeq 6000
-
Niet op referentie gebaseerde mRNA-sequencing-Illumina
mRNA-sequencing maakt gebruik van de volgende generatie sequencing-techniek (NGS) om het boodschapper-RNA (mRNA) van eukaryoot vast te leggen op een specifieke periode dat sommige speciale functies worden geactiveerd.Het langste gesplitste transcript werd 'Unigene' genoemd en werd gebruikt als de referentiesequentie voor daaropvolgende analyse, wat een effectief middel is om het moleculaire mechanisme en het regulerende netwerk van de soort zonder referentie te bestuderen.
Na assemblage van transcriptoomgegevens en unigene functionele annotatie
(1)SSR-analyse, CDS-voorspelling en genstructuur zullen worden uitgevoerd.
(2) Kwantificering van unigene-expressie in elk monster zal worden uitgevoerd.
(3) Differentieel tot expressie gebrachte unigenen tussen monsters (of groepen) zullen worden ontdekt op basis van unigene-expressie
(4) Clustering, functionele annotatie en verrijkingsanalyse van differentieel tot expressie gebrachte unigenen zullen worden uitgevoerd
-
Lange niet-coderende sequencing-Illumina
Lange niet-coderende RNA's (lncRNA's) zijn een type RNA-moleculen met een lengte van meer dan 200 nt, die worden gekenmerkt door een extreem laag coderingspotentieel.LncRNA, als een sleutellid in niet-coderende RNA's, wordt voornamelijk aangetroffen in de kern en plasma.De ontwikkeling in sequencing-technologie en bio-informatica maakt identificatie van talloze nieuwe lncRNA's mogelijk en associeert die met biologische functies.Accumulatief bewijs suggereert dat lncRNA op grote schaal betrokken is bij epigenetische regulatie, transcriptieregulatie en post-transcriptieregulatie.
