-
Genoombrede associatieanalyse
Genoombrede associatiestudie (GWAS) heeft tot doel genetische varianten (genotype) te identificeren die geassocieerd zijn met specifieke eigenschappen (fenotype).De GWAS-studie onderzoekt genetische markers die het hele genoom van een groot aantal individuen doorkruisen en voorspelt genotype-fenotype-associaties door statistische analyse op populatieniveau.Het is op grote schaal toegepast in onderzoek naar ziekten bij de mens en functionele genwinning op complexe eigenschappen van dieren of planten.
-
RNA-sequencing met één kern
De vooruitgang in het vastleggen van afzonderlijke cellen en de constructietechniek van individuele bibliotheken, gecombineerd met sequencing met hoge doorvoer, maakt studies van genexpressie per cel mogelijk.Het maakt een diepere en complete systeemanalyse van complexe celpopulaties mogelijk, waarbij grotendeels wordt vermeden dat de heterogeniteit ervan wordt gemaskeerd door het gemiddelde van alle cellen te nemen.
Sommige cellen zijn echter niet geschikt om in eencellige suspensie te worden verwerkt, dus zijn er andere monstervoorbereidingsmethoden nodig – kernextractie uit weefsels, dat wil zeggen dat de kern rechtstreeks uit weefsels of cellen wordt geëxtraheerd en tot een enkele kernsuspensie wordt bereid voor single-nucleus suspensie. celsequencing.
BMK biedt 10× Genomics ChromiumTM-gebaseerde eencellige RNA-sequencing-service.Deze dienst wordt op grote schaal gebruikt in onderzoeken naar ziektegerelateerde onderzoeken, zoals differentiatie van immuuncellen, heterogeniteit van tumoren, weefselontwikkeling, enz.
Ruimtelijke transcriptoomchip: 10× Genomics
Platform: Illumina NovaSeq-platform
-
Sequencing van het hele genoom van planten en dieren
Hersequencing van het hele genoom, ook wel bekend als WGS, maakt het onthullen van zowel veel voorkomende als zeldzame mutaties op het hele genoom mogelijk, waaronder Single Nucleotide Polymorphism (SNP), Insertion Deletion (InDel), Structuurvariatie (SV) en Copy Number Variation (CNV). ).SV's vormen een groter deel van de variatiebasis dan SNP's en hebben een grotere impact op het genoom, wat een significant effect heeft op levende organismen.Long-read resequencing maakt een preciezere identificatie van grote fragmenten en gecompliceerde variaties mogelijk, omdat long-reads het veel gemakkelijker maken om chromosomale kruisingen over gecompliceerde gebieden zoals tandemherhalingen, GC/AT-rijke gebieden en hypervariabele gebieden te maken.
Platform: Illumina, PacBio, Nanopore
-
BMKMANU S1000 Ruimtelijk transcriptoom
De ruimtelijke organisatie van cellen speelt een cruciale rol in verschillende biologische processen, zoals immuuninfiltratie, embryo-ontwikkeling, enz. Ruimtelijke transcriptoomsequencing, die genexpressieprofilering aangeeft terwijl informatie over de ruimtelijke positie behouden blijft, heeft geweldige inzichten opgeleverd in de weefselarchitectuur op transcriptoomniveau.Met de ontwikkeling van technologie moeten de ultraheldere weefselmorfologie en het echte structurele verschil in ruimtelijke moleculaire expressie met een hogere resolutie worden bestudeerd.BMKGENE biedt uitgebreide, one-stop-service voor ruimtelijke transcriptoomsequencing, van monsters tot biologische inzichten.
Ruimtelijke transcriptomics-technologieën hebben nieuwe perspectieven in diverse onderzoeksarena mogelijk gemaakt door het genexpressieprofiel op te lossen met ruimtelijke inhoud in heterogene monsters.
Ruimtelijke transcriptoomchip: BMKMANU S1000
Platform: Illumina NovaSeq-platform
-
10x Genomics Visium ruimtelijk transcriptoom
Visium Spatial Gene Expression is een reguliere ruimtelijke transcriptoomsequencingtechnologie voor het classificeren van weefsel op basis van totaal mRNA.Breng het hele transcriptoom in kaart met de morfologische context om nieuwe inzichten te ontdekken in de normale ontwikkeling, ziektepathologie en klinisch translationeel onderzoek.BMKGENE biedt uitgebreide, one-stop-service voor ruimtelijke transcriptoomsequencing, van monsters tot biologische inzichten.
Ruimtelijke transcriptomics-technologieën hebben nieuwe perspectieven in diverse onderzoeksarena mogelijk gemaakt door het genexpressieprofiel op te lossen met ruimtelijke inhoud in heterogene monsters.
Ruimtelijke transcriptoomchip: 10x Genomics Visium
Platform:Illumina NovaSeq-platform
-
Volledige lengte mRNA-sequencing-Nanopore
RNA-sequencing is een hulpmiddel van onschatbare waarde geweest voor uitgebreide transcriptoomanalyse.Ongetwijfeld heeft de traditionele short-read sequencing op dit vlak een groot aantal belangrijke ontwikkelingen tot stand gebracht.Niettemin stuit het vaak op beperkingen bij isovormidentificaties over de volledige lengte, kwantificering en PCR-bias.
Nanopore-sequencing onderscheidt zich van andere sequencing-platforms doordat de nucleotiden direct worden uitgelezen zonder DNA-synthese en longreads genereren bij tientallen kilobasen.Dit maakt directe uitlezing mogelijk door volledige transcripties te kruisen en de uitdagingen in studies op isovormniveau aan te pakken.
Platform：Nanopore PromethION
Bibliotheek:cDNA-PCR
-
mRNA-sequencing over de volledige lengte -PacBio
De nieuwevolledige transcriptoomsequencing, ook bekend alsDe nieuweIso-Seq maakt gebruik van de voordelen van de PacBio-sequencer wat betreft leeslengte, waardoor cDNA-moleculen met de volledige lengte kunnen worden gesequenced zonder onderbrekingen.Dit vermijdt volledig eventuele fouten die worden gegenereerd in de stappen voor het samenstellen van transcripties en construeert unigene-sets met resolutie op isovormniveau.Deze unigene-sets bieden krachtige genetische informatie als ‘referentiegenoom’ op transcriptoomniveau.Bovendien maakt deze service, in combinatie met sequencinggegevens van de volgende generatie, een nauwkeurige kwantificering van expressie op isovormniveau mogelijk.
Platform: PacBio vervolg IIBibliotheek: SMRT-belbibliotheek -
Eukaryote mRNA-sequencing-Illumina
mRNA-sequencing maakt profilering mogelijk van alle mRNA's die onder specifieke omstandigheden uit cellen zijn getranscribeerd.Het is een krachtige technologie voor het onthullen van het genexpressieprofiel, genstructuren en moleculaire mechanismen van bepaalde biologische processen.Tot op heden wordt mRNA-sequencing op grote schaal toegepast in fundamenteel onderzoek, klinische diagnostiek, de ontwikkeling van geneesmiddelen, enz.
Platform: Illumina NovaSeq-platform
-
Niet-referentiegebaseerde mRNA-sequencing-Illumina
Bij mRNA-sequencing wordt gebruik gemaakt van de volgende generatie sequencing-techniek (NGS) om het boodschapper-RNA (mRNA) van Eukaryote te vangen op een specifieke periode waarin bepaalde speciale functies worden geactiveerd.Het langste gesplitste transcript heette 'Unigene' en werd gebruikt als de referentiesequentie voor daaropvolgende analyse, wat een effectief middel is om het moleculaire mechanisme en het regulerende netwerk van de soort zonder referentie te bestuderen.
Na assemblage van transcriptoomgegevens en functionele annotatie van unigene
(1)SSR-analyse, CDS-voorspelling en genstructuur zullen worden uitgevoerd.
(2) Er zal een kwantificering van unigene-expressie in elk monster worden uitgevoerd.
(3) Differentieel tot expressie gebrachte unigenen tussen monsters (of groepen) zullen worden ontdekt op basis van unigene-expressie
(4) Clustering, functionele annotatie en verrijkingsanalyse van differentieel tot expressie gebrachte unigenen zullen worden uitgevoerd
-
Lange niet-coderende sequencing-Illumina
Lange niet-coderende RNA's (lncRNA's) zijn een type RNA-moleculen met een lengte van meer dan 200 nt, die worden gekenmerkt door een extreem laag codeerpotentieel.LncRNA, als sleutellid in niet-coderende RNA's, wordt voornamelijk aangetroffen in de kern en plasma.De ontwikkeling in sequencingtechnologie en bio-informatica maakt de identificatie van talrijke nieuwe lncRNA's mogelijk en koppelt deze aan biologische functies.Accumulatieve bewijzen suggereren dat lncRNA op grote schaal betrokken is bij epigenetische regulatie, transcriptieregulatie en post-transcriptieregulatie.
-
Kleine RNA-sequencing-Illumina
Klein RNA verwijst naar een klasse niet-coderende RNA-moleculen die gewoonlijk minder dan 200 nt lang zijn, waaronder micro-RNA (miRNA), klein interferentie-RNA (siRNA) en piwi-interacterend RNA (piRNA).
MicroRNA (miRNA) is een klasse van endogeen klein RNA met een lengte van ongeveer 20-24 nt, dat een verscheidenheid aan belangrijke regulerende rollen in cellen speelt.miRNA is betrokken bij veel levensprocessen die weefselspecifieke en stadiumspecifieke expressie onthullen en zeer geconserveerd zijn bij verschillende soorten.
-
circRNA-sequencing-Illumina
CircRNA's (circulaire RNA's) zijn een klasse van niet-coderende RNA-moleculen die een tekort hebben aan de 5'-eindkap en de 3'-uiteinde poly(A)-staart.CircRNA's voeren een cirkelvormige structuur uit door de covalente binding die een status heeft tegen de vertering van RNA-exonucleases.circRNA speelt een belangrijke rol in de groei en ontwikkeling van organismen en hun weerstand tegen de externe omgeving.
CircRNA heeft vele functies, die miRNA competitief kunnen binden, de regulerende functie van ceRNA kunnen uitoefenen en genexpressie kunnen reguleren.De afgelopen jaren is ook gebleken dat het nauw verband houdt met het optreden en de ontwikkeling van ziekten, en dat het grote toepassingsvooruitzichten heeft in de richting van markers voor ziektediagnose, enzovoort.
