Producten

RNA-sequencing met één kern

De vooruitgang in het vastleggen van afzonderlijke cellen en de constructietechniek van individuele bibliotheken, gecombineerd met sequencing met hoge doorvoer, maakt studies van genexpressie per cel mogelijk.Het maakt een diepere en complete systeemanalyse van complexe celpopulaties mogelijk, waarbij grotendeels wordt vermeden dat de heterogeniteit ervan wordt gemaskeerd door het gemiddelde van alle cellen te nemen.

Sommige cellen zijn echter niet geschikt om in eencellige suspensie te worden verwerkt, dus zijn er andere monstervoorbereidingsmethoden nodig – kernextractie uit weefsels, dat wil zeggen dat de kern rechtstreeks uit weefsels of cellen wordt geëxtraheerd en tot een enkele kernsuspensie wordt bereid voor single-nucleus suspensie. celsequencing.

BMK biedt 10× Genomics ChromiumTM-gebaseerde eencellige RNA-sequencing-service.Deze dienst wordt op grote schaal gebruikt in onderzoeken naar ziektegerelateerde onderzoeken, zoals differentiatie van immuuncellen, heterogeniteit van tumoren, weefselontwikkeling, enz.

Ruimtelijke transcriptoomchip: 10× Genomics

Platform: Illumina NovaSeq-platform

Neem contact met ons op

Servicedetails

Bio-informatica

Demoresultaten

Technisch principe

De isolatie van kernen wordt bereikt door 10× Genomics ChromiumTM, dat bestaat uit een achtkanaals microfluïdicasysteem met dubbele kruisingen.In dit systeem worden gelkralen met streepjescodes en primer, enzymen en een enkele kern ingekapseld in een oliedruppel ter grootte van een nanoliter, waardoor Gel Bead-in-Emulsion (GEM) ontstaat.Zodra GEM is gevormd, worden in elke GEM cellyse en het vrijgeven van streepjescodes uitgevoerd.mRNA wordt omgekeerd getranscribeerd in cDNA-moleculen met 10x barcodes en UMI, die verder onderworpen zijn aan de standaardconstructie van sequencing-bibliotheken.

Weefsel niet geschikt voor bereiding van enkelvoudige celsuspensies

Cel / Weefsel	Reden
Onvers bevroren weefsel	Kan geen nieuwe of lang bewaarde organisaties ophalen
Spiercel, megakaryocyt, vet…	De celdiameter is te groot om in het instrument te komen
Lever…	Te kwetsbaar om te breken, niet in staat afzonderlijke cellen te onderscheiden
Neuroncel, Hersenen…	Gevoeliger, gemakkelijk te benadrukken, zal de sequentieresultaten veranderen
Alvleesklier, schildklier…	Rijk aan endogene enzymen, die de productie van eencellige suspensie beïnvloeden

Enkele kern versus eencellige

Enkele kern	Eencellig
Onbeperkte celdiameter	Celdiameter: 10-40 μm
Het materiaal kan bevroren weefsel zijn	Het materiaal moet vers weefsel zijn
Lage stress van bevroren cellen	Enzymbehandeling kan een celstressreactie veroorzaken
Er hoeven geen rode bloedcellen verwijderd te worden	Rode bloedcellen moeten worden verwijderd
Nucleair drukt bio-informatie uit	De hele cel brengt bio-informatie tot expressie