Klein RNA

Small RNA's zijn korte, niet-coderende RNA's met een gemiddelde lengte van 18-30 nt, waaronder miRNA, siRNA en piRNA, die een belangrijke rol spelen in regulatieprocessen. De BMKCloud sRNA-pipeline biedt zowel standaard- als aangepaste analyses voor miRNA-identificatie. Na het trimmen van reads en kwaliteitscontrole worden reads vergeleken met meerdere databases om sRNA's te classificeren en miRNA's te selecteren, en vervolgens gekoppeld aan het referentiegenoom. MiRNA's worden geïdentificeerd op basis van bekende miRNA-databases, wat informatie oplevert over de secundaire structuur, miRNA-familie en doelgenen. Differentiële expressieanalyse identificeert differentieel tot expressie gebrachte miRNA's en de bijbehorende doelgenen worden functioneel geannoteerd om verrijkte categorieën te vinden.