Klein RNA

Kleine RNA's (sRNA's) zijn korte, niet-coderende RNA's met een gemiddelde lengte van 18-30 nucleotiden, waaronder miRNA, siRNA en piRNA, die een belangrijke rol spelen in regulerende processen. De BMKCloud sRNA-pipeline biedt zowel standaard als aangepaste analyses voor miRNA-identificatie. Na het trimmen en de kwaliteitscontrole van de reads worden de reads uitgelijnd met meerdere databases om sRNA's te classificeren en miRNA's te selecteren, die vervolgens worden gekoppeld aan het referentiegenome. miRNA's worden geïdentificeerd op basis van bekende miRNA-databases, die informatie verschaffen over de secundaire structuur, miRNA-familie en doelgenen. Differentiële expressieanalyse identificeert differentieel tot expressie gebrachte miRNA's en de corresponderende doelgenen worden functioneel geannoteerd om verrijkte categorieën te vinden.