Metagenomics (NGS)

Shotgun-metagenomics met Illumina is een populaire tool voor het bestuderen van microbiomen door DNA uit complexe monsters direct te sequencen, wat zowel taxonomische als functionele diversiteit mogelijk maakt. De metagenomische (NGS)-pijplijn van BMKCloud begint met kwaliteitscontrole en metagenoomassemblage, van waaruit genen worden voorspeld en geclusterd in niet-redundante datasets die geannoteerd zijn voor functie en taxonomie met behulp van meerdere databases. Deze informatie wordt gebruikt om taxonomische diversiteit binnen steekproeven (alfadiversiteit) en diversiteit tussen steekproeven (bètadiversiteit) te analyseren. Differentiële analyse tussen groepen vindt OTU's en biologische functies die verschillen tussen de twee groepen met behulp van zowel parametrische als niet-parametrische tests, terwijl correlatieanalyse deze verschillen relateert aan omgevingsfactoren.