Metagenomische sequentiebepaling - NGS
Een metagenoom is een verzameling van het totale genetische materiaal van een gemengde gemeenschap van organismen, zoals omgevingsmetagenomen en menselijke metagenomen. Het bevat genomen van zowel kweekbare als niet-kweekbare micro-organismen. Shotgun-metagenoomsequencing met NGS maakt het mogelijk om deze complexe genomische landschappen in omgevingsmonsters te bestuderen. Het biedt meer dan alleen taxonomische profilering en geeft ook gedetailleerde inzichten in soortendiversiteit, abundantiedynamiek en complexe populatiestructuren. Naast taxonomische studies biedt shotgun-metagenoomsequencing ook een functioneel genomisch perspectief, waardoor gecodeerde genen en hun mogelijke rol in ecologische processen kunnen worden onderzocht. Ten slotte draagt het vaststellen van correlatienetwerken tussen genetische elementen en omgevingsfactoren bij aan een holistisch begrip van de complexe wisselwerking tussen microbiële gemeenschappen en hun ecologische achtergrond. Kortom, metagenoomsequencing is een cruciaal instrument voor het ontrafelen van de genomische complexiteit van diverse microbiële gemeenschappen en het belichten van de veelzijdige relaties tussen genetica en ecologie binnen deze complexe ecosystemen.
Platformen: Illumina NovaSeq en DNBSEQ-T7
Servicevoordelen
●Isolatie- en kweekvrije methode voor het profileren van microbiële gemeenschappen: Maakt het mogelijk om genetisch materiaal van niet-kweekbare organismen te sequencen.
●Hoge resolutie: Soorten met een lage abundantie detecteren in milieumonsters.
●Uitgebreide bioinformatische analyse:De focus ligt niet alleen op de taxonomische diversiteit, maar ook op de functionele diversiteit van de gemeenschap.
●Ruime ervaring:Met een bewezen staat van dienst in het succesvol afronden van meerdere metagenomics-projecten in diverse onderzoeksgebieden en het verwerken van meer dan 200.000 monsters, brengt ons team een schat aan ervaring mee naar elk project.
Servicespecificaties
| Sequentieplatform | Sequentiestrategie | Aanbevolen gegevens | Kwaliteitscontrole |
| Illumina NovaSeq of DNBSEQ-T7 | PE150 | 6-20Gb | Q30≥85% |
Servicevereisten
| Concentratie (ng/µL) | Totale hoeveelheid (ng) | Volume (µL) |
| ≥1 | ≥30 | ≥20 |
● Grond/slib: 2-3 g
● Darminhoud - dierlijk: 0,5-2 g
● Darminhoud - insect: 0,1-0,25 g
● Plantoppervlak (verrijkt sediment): 0,5-1 g
● (Sediment verrijkt met fermentatiebouillon): 0,2-0,5 g
● Ontlasting (grote dieren): 0,5-2 g
● Ontlasting (muis): 3-5 korrels
● Longspoelvloeistof: filterpapier
● Vaginale uitstrijk: 5-6 uitstrijkjes
● Huid-/genitale uitstrijk/speeksel-/mondweefsel-/keeluitstrijk/rectale uitstrijk: 2-3 uitstrijkjes
● Micro-organismen op het oppervlak: 5-6 swabs
● Water/lucht/biofilm: filterpapier
● Endofyten: 2-3 g
● Tandplaque: 0,5-1 g
Servicewerkstroom
Monsterlevering
Bibliotheekbouw
Volgorde bepalen
Gegevensanalyse
Klantenservice na aankoop
Omvat de volgende analyse:
● Kwaliteitscontrole van sequentiedata
● Metagenoomassemblage en genvoorspelling
● Genannotatie
● Taxonomische alfa-diversiteitsanalyse
● Functionele analyse van de gemeenschap: biologische functie, metabolisme, antibioticaresistentie
● Analyse van zowel functionele als taxonomische diversiteit:
Beta-diversiteitsanalyse
Intergroepsanalyse
Correlatieanalyse: tussen omgevingsfactoren en de samenstelling en diversiteit van OUT
Functionele analyse: CARD-antibioticaresistentie
Differentiële analyse van KEGG-metabolische routes: heatmap van significante routes
Alfa-diversiteit van taxonomische verspreiding: ACE-index
Beta-diversiteit van taxonomische verspreiding: PCoA
Ontdek de vooruitgang die mogelijk is gemaakt door de metagenoomsequentiediensten van BMKGene in samenwerking met Illumina aan de hand van een zorgvuldig samengestelde collectie publicaties.
Hai, Q. et al. (2023) 'Metagenomische en metabolomische analyse van veranderingen in de darminhoud van regenboogforel (Oncorhynchus mykiss) geïnfecteerd met het infectieuze hematopoëtische necrosevirus bij verschillende kweekwatertemperaturen',Grenzen in de microbiologie, 14, p. 1275649. doi: 10.3389/FMICB.2023.1275649.
Mao, C. et al. (2023) 'Microbiële gemeenschappen, resistentiegenen en resistoomrisico's in stedelijke meren met verschillende trofische niveaus: interne verbanden en externe invloeden',Tijdschrift voor vooruitgang in gevaarlijke materialen, 9, blz. 100233. doi: 10.1016/J.HAZADV.2023.100233.
Su, M. et al. (2022) 'Metagenomische analyse onthult verschillen in samenstelling en functie tussen vloeistof- en vaste stof-geassocieerde micro-organismen in de pens van schapen',Grenzen in de microbiologie, 13, p. 851567. doi: 10.3389/FMICB.2022.851567.
Yin, J. et al. (2023) 'Microbiota afkomstig van obese Ningxiang-varkens herprogrammeert het carnitinemetabolisme om de vetzuurafzetting in de spieren van magere DLY-varkens te bevorderen',De innovatie, 4(5), blz. 100486. doi: 10.1016/J.XINN.2023.100486.
Zhao, X. et al. (2023) 'Metagenomische inzichten in de potentiële risico's van representatief biologisch/niet-afbreekbaar plastic en niet-plastic afval in de boven- en benedenloop van de Haihe-monding, China',Wetenschap van de totale omgeving, 887, blz. 164026. doi: 10.1016/J.SCITOTENV.2023.164026.
