Metagenomische sequencing-NGS
Een metagenoom is een verzameling van het totale genetische materiaal van een gemengde gemeenschap van organismen, zoals milieu- en menselijke metagenomen. Het bevat genomen van zowel kweekbare als niet-kweekbare micro-organismen. Shotgun-metagenomische sequencing met NGS maakt de studie mogelijk van deze ingewikkelde genomische landschappen ingebed in milieumonsters door meer te bieden dan alleen taxonomische profilering, en ook gedetailleerde inzichten te geven in de soortendiversiteit, de dynamiek van de overvloed en complexe populatiestructuren. Naast taxonomische studies biedt shotgun-metagenomica ook een functioneel genomicsperspectief, waardoor de verkenning van gecodeerde genen en hun vermeende rol in ecologische processen mogelijk wordt gemaakt. Ten slotte draagt het opzetten van correlatienetwerken tussen genetische elementen en omgevingsfactoren bij aan een holistisch begrip van de ingewikkelde wisselwerking tussen microbiële gemeenschappen en hun ecologische achtergrond. Concluderend is metagenomische sequencing een cruciaal instrument voor het ontrafelen van de genomische ingewikkeldheden van diverse microbiële gemeenschappen, waardoor de veelzijdige relaties tussen genetica en ecologie binnen deze complexe ecosystemen worden belicht.
Platformen: Illumina NovaSeq en DNBSEQ-T7
Servicevoordelen
●Isolatie- en kweekvrije methode voor profilering van microbiële gemeenschappen: Het mogelijk maken van de sequentiebepaling van genetisch materiaal van niet-cultiveerbare organismen.
●Hoge resolutie: Detecteer soorten met een lage dichtheid in milieumonsters.
●Uitgebreide bio-informatica-analyse:Niet alleen gericht op taxonomische diversiteit, maar ook op de functionele diversiteit van de gemeenschap.
●Uitgebreide ervaring:Met een track record van het succesvol afsluiten van meerdere metagenomics-projecten in verschillende onderzoeksdomeinen en het verwerken van meer dan 200.000 monsters, brengt ons team een schat aan ervaring mee naar elk project.
Servicespecificaties
| Sequencing-platform | Sequentiestrategie | Gegevens aanbevolen | Kwaliteitscontrole |
| Illumina NovaSeq of DNBSEQ-T7 | PE150 | 6-20 GB | Q30≥85% |
Servicevereisten
| Concentratie (ng/μL) | Totaal bedrag (ng) | Volume (µl) |
| ≥1 | ≥30 | ≥20 |
● Bodem/slib: 2-3g
● Darminhoud-dier: 0,5-2g
● Darminhoud-insect: 0,1-0,25g
● Plantoppervlak (verrijkt sediment): 0,5-1 g
● Met fermentatiebouillon verrijkt sediment): 0,2-0,5 g
● Feces (grote dieren): 0,5-2g
● Feces (muis): 3-5 korrels
● Pulmonale alveolaire spoelvloeistof: filtreerpapier
● Vaginale uitstrijkje: 5-6 wattenstaafjes
● Huid/genitaal uitstrijkje/speeksel/mondig zacht weefsel/keelholteuitstrijkje/rectaal uitstrijkje: 2-3 wattenstaafjes
● Oppervlaktemicro-organisme: 5-6 wattenstaafjes
● Waterlichaam/lucht/biofilm: filterpapier
● Endofyten: 2-3g
● Tandplak: 0,5-1g
Servicewerkstroom
Levering van monsters
Bouw van bibliotheek
Sequencing
Gegevensanalyse
After-sales diensten
Bevat de volgende analyse:
● Sequencing-gegevenskwaliteitscontrole
● Metagenoomassemblage en genvoorspelling
● Gen-annotatie
● Taxonomische alfadiversiteitsanalyse
● Functionele analyse van de gemeenschap: biologische functie, metabolische werking, antibioticaresistentie
● Analyse van zowel functionele als taxonomische diversiteit:
Bèta-diversiteitsanalyse
Intergroepsanalyse
Correlatieanalyse: tussen omgevingsfactoren en OUT-samenstelling en diversiteit
Functionele analyse: CARD-antibioticaresistentie
Differentiële analyse van KEGG-metabolische routes: heatmap van significante routes
Alfadiversiteit van taxonomische distributie: ACE-index
Bètadiversiteit van taxonomische distributie: PCoA
Ontdek de vooruitgang die wordt mogelijk gemaakt door de metagenoomsequencingdiensten van BMKGene met Illumina via een samengestelde verzameling publicaties.
Hai, Q. et al. (2023) 'Metagenomische en metabolomische analyse van veranderingen in de darminhoud van regenboogforel (Oncorhynchus mykiss) geïnfecteerd met infectieus hematopoietisch necrosevirus bij verschillende kweekwatertemperaturen',Grenzen in de microbiologie, 14, blz. 1275649. doi: 10.3389/FMICB.2023.1275649.
Mao, C. et al. (2023) 'Microbiële gemeenschappen, resistentiegenen en resistente risico's in stedelijke meren van verschillende trofische staten: interne links en externe invloeden',Journal of Hazardous Materials-vooruitgang, 9, blz. 100233. doi: 10.1016/J.HAZADV.2023.100233.
Su, M. et al. (2022) 'Metagenomische analyse onthulde verschillen in samenstelling en functie tussen vloeistof-geassocieerde en vaste-geassocieerde micro-organismen van schapenpens',Grenzen in de microbiologie, 13, blz. 851567. doi: 10.3389/FMICB.2022.851567.
Yin, J. et al. (2023) 'Zwaarlijvige microbiota afkomstig van Ningxiang-varkens herbedraden het carnitinemetabolisme om de afzetting van spiervetzuren bij magere DLY-varkens te bevorderen',De innovatie, 4(5), blz. 100486. doi: 10.1016/J.XINN.2023.100486.
Zhao, X. et al. (2023) 'Metagenomische inzichten in de potentiële risico's van representatief bio/niet-afbreekbaar plastic en niet-plastic afval in de boven- en benedenloop van de Haihe-monding, China',Wetenschap van het totale milieu, 887, blz. 164026. doi: 10.1016/J.SCITOTENV.2023.164026.
