pagina_hoofd_bg

Producten

Metagenomische sequentiebepaling -NGS

Metagenoom verwijst naar een verzameling van totaal genetisch materiaal van een gemengde gemeenschap van organismen, zoals omgevingsmetagenoom, menselijk metagenoom, enz. Het bevat genomen van zowel kweekbare als niet-kweekbare micro-organismen.Metagenomische sequencing is een moleculair hulpmiddel dat wordt gebruikt om de gemengde genomische materialen te analyseren die zijn geëxtraheerd uit milieumonsters, die gedetailleerde informatie verschaffen over soortendiversiteit en overvloed, populatiestructuur, fylogenetische relatie, functionele genen en correlatienetwerk met omgevingsfactoren.

Platform:Illumina NovaSeq6000


Servicegegevens

Demo-resultaten

Casestudy

Servicevoordelen

● Isolatie- en kweekvrij voor profilering van microbiële gemeenschappen

● Hoge resolutie bij het detecteren van weinig voorkomende soorten in milieumonsters

● Het idee van "meta-" integreert alle biologische kenmerken op functioneel niveau, soortniveau en genniveau, wat een dynamische kijk weerspiegelt die dichter bij de werkelijkheid staat.

● BMK bouwt enorme ervaring op in diverse soorten monsters met meer dan 10.000 verwerkte monsters.

Servicespecificaties

 Platform

Volgorde aanbrengen in

Aanbevolen gegevens

Doorlooptijd

Illumina NovaSeq 6000

PE150

6 G/10 G/20 G

45 werkdagen

Bioinformatica analyses

● Kwaliteitscontrole van onbewerkte gegevens

● Metagenoom-assemblage

● Niet-redundante genenset en annotatie

● Analyse van soortendiversiteit

● Analyse van genetische functiediversiteit

● Intergroepsanalyse

● Associatieanalyse tegen experimentele factoren

liuchengtu11

Voorbeeldvereisten en levering

Voorbeeldvereisten:

VoorDNA-extracten:

Voorbeeldtype

Hoeveelheid

Concentratie

Puurheid

DNA-extracten

> 100 ng

> 1 ng/μl

OD260/280= 1,6-2,5

Voor milieumonsters:

Voorbeeldtype

Aanbevolen bemonsteringsprocedure

Bodem

Bemonsteringshoeveelheid: ca.5 g;Resterende verdorde substantie moet van het oppervlak worden verwijderd;Maal grote stukken en passeer door 2 mm filter;Aliquot monsters in steriele EP-tube of cyrotube voor reservering.

Ontlasting

Bemonsteringshoeveelheid: ca.5 g;Verzamel en aliquoteer monsters in steriele EP-buis of cryobuis voor reservering.

Darminhoud

Monsters moeten aseptisch worden verwerkt.Was verzameld weefsel met PBS;Centrifugeer de PBS en vang het neerslag op in EP-buisjes.

Slib

Bemonsteringshoeveelheid: ca.5 g;Verzamel en verdeel het slibmonster in een steriele EP-buis of cryobuis voor reservering

Waterlichaam

Voor monsters met een beperkte hoeveelheid microbiële stoffen, zoals kraanwater, bronwater, enz., moet u ten minste 1 liter water verzamelen en door een filter van 0,22 μm gaan om de microbiële stoffen op het membraan te verrijken.Bewaar het membraan in een steriele buis.

Huid

Schraap het huidoppervlak voorzichtig schoon met een steriel wattenstaafje of een chirurgisch mes en plaats het in een steriele buis.

Aanbevolen monsterlevering

Vries de monsters in vloeibare stikstof gedurende 3-4 uur in en bewaar ze in vloeibare stikstof of -80 graden tot langdurige reservering.Monsterverzending met droogijs is vereist.

Servicewerkstroom

logo_02

Monster levering

logo_04

Bibliotheek constructie

logo_05

Volgorde aanbrengen in

logo_06

Gegevens analyse

logo_07

Service na verkoop


  • Vorig:
  • Volgende:

  • 1.Histogram: verspreiding van soorten

    3

    2.Functionele genen geannoteerd aan KEGG-metabole routes

    4

    3. Warmtekaart: differentiële functies op basis van relatieve genovervloed54.Circos van CARD-genen voor antibioticaresistentie

    6

    BMK-zaak

    Prevalentie van antibioticaresistentiegenen en bacteriële pathogenen langs het bodem-mangrovewortelcontinuüm

    gepubliceerd:Journal of gevaarlijke stoffen, 2021

    Sequentiestrategie:

    Materialen: DNA-extracten van vier fragmenten van mangrovewortel-geassocieerde monsters: ongeplante grond, rhizosfeer-, episfeer- en endosfeercompartimenten
    Platform: Illumina HiSeq 2500
    Doelen: Metagenoom
    16S rRNA gen V3-V4 regio

    Belangrijkste resultaten

    Metagenomische sequencing en metabarcoding-profilering op het bodem-wortel continuüm van mangroveboompjes werden verwerkt om de verspreiding van antibioticaresistentiegenen (ARG's) van de bodem naar planten te bestuderen.Metagenomische gegevens onthulden dat 91,4% van de genen voor antibioticaresistentie algemeen werden geïdentificeerd in alle vier bovengenoemde bodemcompartimenten, wat een continue trend vertoonde.16S rRNA amplicon-sequencing genereerde 29.285 sequenties, die 346 soorten vertegenwoordigen.Gecombineerd met soortprofilering door amplicon-sequencing, bleek deze verspreiding onafhankelijk te zijn van wortel-geassocieerde microbiota, maar het zou kunnen worden vergemakkelijkt door mobiele genetische elementen.Deze studie identificeerde de stroom van ARG's en ziekteverwekkers van de bodem naar de planten via een onderling verbonden bodem-wortel continuüm.

    Referentie

    Wang, C., Hu, R., Strong, PJ, Zhuang, W., & Shu, L..(2020).Prevalentie van antibioticaresistentiegenen en bacteriële pathogenen langs het bodem-mangrovewortelcontinuüm.Journal of gevaarlijke stoffen, 408, 124985.

    vraag een offerte aan

    Schrijf hier uw bericht en stuur het naar ons op

    Stuur uw bericht naar ons: