Specifieke locus versterkte fragmentsequentie (SLAF-Seq)
Werkstroom
De service beschikt over een aantal in-silico-ontwerpen om de optimale enzymselectie bij de voorbereiding van de bibliotheek te garanderen.
Technisch schema
Servicefuncties
● Sequentiebepaling op NovaSeq met PE150.
● Bibliotheekvoorbereiding met dubbele barcodes, waardoor pooling van meer dan 1000 monsters mogelijk is.
● Onafhankelijk van referentiegenoom:
Met referentiegenoom: SNP- en InDel-ontdekking
Zonder referentiegenoom: monsterclustering en SNP-detectie
● In dein silicoIn de pre-ontwerpfase worden meerdere restrictie-enzymcombinaties gescreend om de combinaties te vinden die een uniforme verdeling van SLAF-tags over het genoom genereren.
● Tijdens het pre-experiment worden drie enzymcombinaties getest in drie monsters om negen SLAF-bibliotheken te genereren. Deze informatie wordt gebruikt om de optimale restrictie-enzymcombinatie voor het project te kiezen.
Servicevoordelen
●Ontdekking van hoge genetische markers:We integreren een dubbel barcodesysteem met hoge doorvoersnelheid, wat de gelijktijdige sequencing van grote populaties en locusspecifieke amplificatie mogelijk maakt, wat de efficiëntie verhoogt. Zo zorgen we ervoor dat de tagnummers voldoen aan de uiteenlopende vereisten van verschillende onderzoeksvragen.
● Lage afhankelijkheid van het genoom:Het kan worden toegepast op soorten met of zonder referentiegenoom.
●Flexibel schemaontwerp: Er kan gekozen worden voor enkelvoudige enzym-, dubbel-enzym-, multi-enzym-vertering en verschillende typen enzymen, afhankelijk van de onderzoeksdoelen of soorten.
● Hoge efficiëntie bij enzymatische vertering: Het uitvoeren van eenin silicoeen voorontwerp en een voorexperiment garanderen een optimaal ontwerp met een gelijkmatige verdeling van SLAF-tags op het chromosoom (1 SLAF-tag/4Kb) en een verminderde repetitieve sequentie (<5%).
●Uitgebreide expertise:Wij brengen een schat aan ervaring mee naar elk project en hebben inmiddels meer dan 5000 SLAF-Seq-projecten afgerond met betrekking tot honderden soorten, waaronder planten, zoogdieren, vogels, insecten en waterorganismen.
● Zelfontwikkelde bioinformatische workflowWe hebben een geïntegreerde bioinformatische workflow voor SLAF-Seq ontwikkeld om de betrouwbaarheid en nauwkeurigheid van de uiteindelijke output te garanderen.
Servicespecificaties
| Type analyse | Aanbevolen populatieschaal | Sequentiestrategie | |
| Diepte van tag-sequentie | Tagnummer | ||
| Genetische kaarten | 2 ouders en >150 nakomelingen | Ouders: 20x WGS Nakomelingen: 10x | Genoomgrootte: <400 Mb: WGS wordt aanbevolen <1 Gb: 100K tags 1-2Gb:: 200K tags >2Gb: 300K tags Maximaal 500k tags |
| Genome-Wide Association Studies (GWAS) | ≥200 monsters | 10x | |
| Genetische evolutie | ≥30 monsters, met >10 monsters uit elke subgroep | 10x | |
Servicevereisten
Concentratie ≥ 5 ng/µL
Totaalbedrag ≥ 80 ng
Nanodruppel OD260/280=1,6-2,5
Agarosegel: geen of beperkte afbraak of contaminatie
Aanbevolen monsterlevering
Container: 2 ml centrifugebuis
(Voor de meeste monsters adviseren wij om ze niet in ethanol te bewaren)
Etikettering van monsters: Monsters moeten duidelijk gelabeld zijn en identiek aan de informatie op het ingediende monsterformulier.
Verzending: Droogijs: Monsters moeten eerst in zakken worden verpakt en in droogijs worden begraven.
Serviceworkflow
Voorbeeld QC
Pilot-experiment
SLAF-experiment
Bibliotheekvoorbereiding
Sequentiebepaling
Gegevensanalyse
Aftersales-services
Onze bioinformatische analyse omvat:
Gegevens-QC en gegevenstrimming om N-rijke reads, adapter-reads of reads van lage kwaliteit te verwijderen.
Een tweede kwaliteitscontrole van de schone metingen is bedoeld om de basisverdeling, de sequentiekwaliteit en een gegevensbeoordeling te controleren, maar ook om de verteringsefficiëntie en de verkregen inserts te controleren.
Nadat de waarden zijn gecontroleerd, zijn er twee opties:
- In kaart brengen van het referentiegenoom
- Zonder referentiegenoom: clustering
Hierna wordt de analyse van SLAF-tags gebruikt om varianten aan te roepen om te helpen bij de detectie van markers: SNP, InDel, SNV, CV-aanroep en annotatie.
Verdeling van SLAF-tags op chromosomen:
Verdeling van SNP's op chromosomen:
SNP-annotatie
Jiang S, Li S, Luo J, Wang X en Shi C (2023) QTL-mapping en transcriptoomanalyse van het suikergehalte tijdens de rijping van fruitPyrus pyrifolia.Voorzijde. Plantkunde.14:1137104. doi: 10.3389/fpls.2023.1137104
Li, J., Zhang, Y., Ma, R., Huang, W., Hou, J., Fang, C., & Sun, L. (2022). Identificatie van st1 onthult een selectie waarbij de zaadmorfologie en het oliegehalte meeliften tijdens de domesticatie van sojabonen.Plantenbiotechnologie tijdschrift, 20(6), 1110-1121. https://doi.org/10.1111/pbi.13791
Xu, P., Zhang, X., Wang, X.et al.Genoomsequentie en genetische diversiteit van de gewone karper,Cyprinus carpio.Nat Genet 46, 1212–1219 (2014). https://doi.org/10.1038/ng.3098
Zhuang, W., Chen, H., Yang, M.et al.Het genoom van gecultiveerde pinda's geeft inzicht in het karyotype van peulvruchten, de polyploïde evolutie en de domesticatie van gewassen.Nat Genet 51, 865–876 (2019). https://doi.org/10.1038/s41588-019-0402-2
| Jaar | Tijdschrift | IF | Titel | Toepassingen |
| 2022 | Natuurcommunicatie | 17.694 | Genomische basis van de gigachromosomen en het gigagenoom van de boompioen Paeonia ostii | SLAF-GWAS |
| 2015 | Nieuwe fytoloog | 7.433 | Domesticatievoetafdrukken verankeren genomische regio's van agronomisch belang in sojabonen | SLAF-GWAS |
| 2022 | Tijdschrift voor Geavanceerd Onderzoek | 12.822 | Genoomwijde kunstmatige introgressies van Gossypium barbadense in G. hirsutum onthullen superieure loci voor gelijktijdige verbetering van de kwaliteit en opbrengst van katoenvezels onderscheidende kenmerken | SLAF-Evolutionaire genetica |
| 2019 | Moleculaire plant | 10.81 | Populatie-genomische analyse en de novo-assemblage onthullen de oorsprong van onkruid Rijst als evolutionair spel | SLAF-Evolutionaire genetica |
| 2019 | Natuurgenetica | 31.616 | Genoomsequentie en genetische diversiteit van de gewone karper, Cyprinus carpio | SLAF-koppelingskaart |
| 2014 | Natuurgenetica | 25.455 | Het genoom van gekweekte pinda's biedt inzicht in de karyotypen en polyploïde eigenschappen van peulvruchten. evolutie en domesticatie van gewassen. | SLAF-koppelingskaart |
| 2022 | Plantenbiotechnologie tijdschrift | 9.803 | Identificatie van ST1 onthult een selectie waarbij sprake is van meeliften op de zaadmorfologie en oliegehalte tijdens de domesticatie van sojabonen | SLAF-Marker ontwikkeling |
| 2022 | Internationaal tijdschrift voor moleculaire wetenschappen | 6.208 | Identificatie en DNA-markerontwikkeling voor een tarwe-Leymus mollis 2Ns (2D) Disomische chromosoomsubstitutie | SLAF-Marker ontwikkeling |
| Jaar | Tijdschrift | IF | Titel | Toepassingen |
| 2023 | Grenzen in de plantenwetenschap | 6.735 | QTL-mapping en transcriptoomanalyse van het suikergehalte tijdens de vruchtrijping van Pyrus pyrifolia | Genetische kaart |
| 2022 | Plantenbiotechnologie tijdschrift | 8.154 | Identificatie van ST1 onthult een selectie waarbij sprake is van meeliften op de zaadmorfologie en het oliegehalte tijdens de domesticatie van sojabonen
| SNP-oproep |
| 2022 | Grenzen in de plantenwetenschap | 6.623 | Genome-Wide Association Mapping van Hulless Barely-fenotypes in een droogteomgeving.
| GWAS |
