Specific-Locus Amplified Fragment Sequencing (SLAF-Seq)
Werkstroom
De dienst maakt gebruik van een aantal in silico-voorontwerpen om de optimale enzymselectie bij de voorbereiding van de bibliotheek te garanderen.
Technisch schema
Servicekenmerken
● Sequentiebepaling op NovaSeq met PE150.
● Bibliotheekvoorbereiding met dubbele barcode, waardoor het samenvoegen van meer dan 1000 monsters mogelijk is.
● Onafhankelijk van het referentiegenome:
Met behulp van een referentiegenome: ontdekking van SNP's en InDels
Zonder referentiegenome: monsterclustering en SNP-detectie
● In dein-silicoIn de voorontwerpfase worden meerdere combinaties van restrictie-enzymen gescreend om de combinaties te vinden die een uniforme verdeling van SLAF-tags over het genoom genereren.
● Tijdens het vooronderzoek worden drie enzymcombinaties getest in 3 monsters om 9 SLAF-bibliotheken te genereren. Deze informatie wordt gebruikt om de optimale restrictie-enzymcombinatie voor het project te kiezen.
Servicevoordelen
●Ontdekking van belangrijke genetische merkersWe integreren een high-throughput dubbel barcodesysteem dat de gelijktijdige sequentiebepaling van grote populaties mogelijk maakt, en locus-specifieke amplificatie die de efficiëntie verhoogt, waardoor het aantal tags voldoet aan de uiteenlopende eisen van diverse onderzoeksvragen.
● Lage afhankelijkheid van het genoomHet kan worden toegepast op soorten met of zonder referentiegenome.
●Flexibel schemaontwerpEr kan gekozen worden voor een enkele, dubbele of meervoudige enzymvertering, evenals diverse soorten enzymen, afhankelijk van de onderzoeksdoelstelling of de soort.
● Hoge efficiëntie bij enzymatische vertering: Het uitvoeren van eenin-silicoVoorafgaand ontwerp en een voorafgaand experiment garanderen een optimaal ontwerp met een gelijkmatige verdeling van SLAF-tags over het chromosoom (1 SLAF-tag/4 kB) en een gereduceerd aantal herhalende sequenties (<5%).
●Uitgebreide expertiseWe brengen een schat aan ervaring mee naar elk project, met een bewezen staat van dienst in het afronden van meer dan 5000 SLAF-Seq-projecten voor honderden soorten, waaronder planten, zoogdieren, vogels, insecten en waterorganismen.
● Zelfontwikkelde bioinformatische workflowWe hebben een geïntegreerde bioinformatische workflow voor SLAF-Seq ontwikkeld om de betrouwbaarheid en nauwkeurigheid van de uiteindelijke output te garanderen.
Servicespecificaties
| Type analyse | Aanbevolen bevolkingsgrootte | Sequentiestrategie | |
| Diepte van tagsequencing | Labelnummer | ||
| Genetische kaarten | 2 ouders en >150 nakomelingen | Ouders: 20x WGS Nakomelingen: 10x | Grootte van het genoom: <400 Mb: WGS wordt aanbevolen <1Gb: 100K tags 1-2Gb:: 200K tags >2 GB: 300.000 tags Maximaal 500.000 tags |
| Genoombrede associatiestudies (GWAS) | ≥200 monsters | 10x | |
| Genetische evolutie | ≥30 monsters, met >10 monsters uit elke subgroep | 10x | |
Servicevereisten
Concentratie ≥ 5 ng/µL
Totale hoeveelheid ≥ 80 ng
Nanodrop OD260/280=1,6-2,5
Agarosegel: geen of beperkte afbraak of verontreiniging.
Aanbevolen proeflevering
Container: centrifugebuisje van 2 ml
(Voor de meeste monsters raden we af om ze in ethanol te bewaren.)
Etikettering van de monsters: De monsters moeten duidelijk geëtiketteerd zijn en identiek aan de informatie op het ingediende monsterformulier.
Verzending: Droogijs: De monsters moeten eerst in zakken worden verpakt en in droogijs worden begraven.
Serviceworkflow
Kwaliteitscontrole van het monster
Proefexperiment
SLAF-experiment
Bibliotheekvoorbereiding
Volgorde bepalen
Gegevensanalyse
Klantenservice na aankoop
Onze bioinformatische analyse omvat:
Gegevenskwaliteitscontrole en gegevenstrimming om N-rijke reads, adapterreads of reads van lage kwaliteit te verwijderen.
Een tweede kwaliteitscontrole van de gezuiverde sequenties om de basisverdeling, de sequentiekwaliteit en een data-evaluatie te controleren, maar ook om de digestie-efficiëntie en de verkregen inserties te controleren.
Nadat de leesresultaten zijn gecontroleerd, zijn er twee opties:
- Mapping naar referentiegenotype
- Zonder referentiegenome: clustering
Vervolgens wordt de analyse van SLAF-tags gebruikt voor het detecteren van varianten ter ondersteuning van de merkerontdekking: SNP-, InDel-, SNV- en CV-detectie en -annotatie.
Verspreiding van SLAF-tags op chromosomen:
Verspreiding van SNPs op chromosomen:
SNP-annotatie
Jiang S, Li S, Luo J, Wang X en Shi C (2023) QTL-mapping en transcriptoomanalyse van het suikergehalte tijdens de rijping van fruitPyrus pyrifolia.Voorkant. Plantwetenschappen.14:1137104. doi: 10.3389/fpls.2023.1137104
Li, J., Zhang, Y., Ma, R., Huang, W., Hou, J., Fang, C., & Sun, L. (2022). Identificatie van st1 onthult een selectie waarbij sprake is van meeliften op zaadmorfologie en oliegehalte tijdens de domesticatie van sojabonen.Tijdschrift voor plantenbiotechnologie, 20(6), 1110-1121. https://doi.org/10.1111/pbi.13791
Xu, P., Zhang, X., Wang, X.et al.Genoomsequentie en genetische diversiteit van de gewone karper,Cyprinus carpio.Nat Genet 46, 1212–1219 (2014). https://doi.org/10.1038/ng.3098
Zhuang, W., Chen, H., Yang, M.et al.Het genoom van de gecultiveerde pinda biedt inzicht in de karyotypes van peulvruchten, polyploïde evolutie en de domesticatie van gewassen.Nat Genet 51, 865–876 (2019). https://doi.org/10.1038/s41588-019-0402-2
| Jaar | Tijdschrift | IF | Titel | Toepassingen |
| 2022 | Natuurcommunicatie | 17.694 | Genomische basis van de gigachromosomen en het gigagenoom van de boompioen Paeonia ostii | SLAF-GWAS |
| 2015 | Nieuwe fytoloog | 7.433 | De sporen van domesticatie verankeren genomische regio's van agronomisch belang in sojabonen | SLAF-GWAS |
| 2022 | Tijdschrift voor geavanceerd onderzoek | 12.822 | Kunstmatige introgressie van Gossypium barbadense in G. hirsutum op genoombrede schaal. onthullen superieure loci voor gelijktijdige verbetering van de kwaliteit en opbrengst van katoenvezels onderscheidende kenmerken | SLAF - Evolutionaire genetica |
| 2019 | Moleculaire Plant | 10.81 | Populatiegenomische analyse en de novo-assemblage onthullen de oorsprong van onkruid. Rijst als evolutionair spel | SLAF - Evolutionaire genetica |
| 2019 | Natuurlijke genetica | 31.616 | Genoomsequentie en genetische diversiteit van de gewone karper, Cyprinus carpio | SLAF-koppelingskaart |
| 2014 | Natuurlijke genetica | 25.455 | Het genoom van de gecultiveerde pinda biedt inzicht in de karyotypes en polyploïdie van peulvruchten. evolutie en domesticatie van gewassen. | SLAF-koppelingskaart |
| 2022 | Tijdschrift voor plantenbiotechnologie | 9.803 | De identificatie van ST1 onthult een selectie waarbij sprake is van meeliften op de zaadmorfologie. en het oliegehalte tijdens de domesticatie van sojabonen | SLAF-Marker ontwikkeling |
| 2022 | Internationaal tijdschrift voor moleculaire wetenschappen | 6.208 | Identificatie en ontwikkeling van DNA-markers voor een tarwe-Leymus mollis 2Ns (2D) Disomische chromosoomsubstitutie | SLAF-Marker ontwikkeling |
| Jaar | Tijdschrift | IF | Titel | Toepassingen |
| 2023 | Grenzen in de plantenwetenschap | 6.735 | QTL-mapping en transcriptoomanalyse van het suikergehalte tijdens de vruchtrijping van Pyrus pyrifolia | Genetische kaart |
| 2022 | Tijdschrift voor plantenbiotechnologie | 8.154 | De identificatie van ST1 onthult een selectieproces waarbij zaadmorfologie en oliegehalte werden overgedragen tijdens de domesticatie van sojabonen.
| SNP-oproep |
| 2022 | Grenzen in de plantenwetenschap | 6.623 | Genoombrede associatieanalyse van fenotypes van gepelde gerst in een droogteomgeving.
| GWAS |
