Producten

Specifieke locus versterkte fragmentsequencing (SLAF-Seq)

Specific-Locus Amplified Fragment Sequencing (SLAF-Seq) Uitgelichte afbeelding

High-throughput genotypering, vooral bij grootschalige populaties, is een fundamentele stap in genetische associatiestudies, die een genetische basis biedt voor functionele genontdekking, evolutionaire analyse, enz. In plaats van diepgaande re-sequencing van het hele genoom, wordt er gebruik gemaakt van ‘reduced representation genome sequencing’ (RRGS). ) wordt geïntroduceerd om de sequentiekosten per monster te minimaliseren, terwijl een redelijke efficiëntie bij het ontdekken van genetische markers behouden blijft.Dit wordt gewoonlijk bereikt door het restrictiefragment binnen een bepaald groottebereik te extraheren, dat de gereduceerde representatiebibliotheek (RRL) wordt genoemd.Specific-locus amplified fragment sequencing (SLAF-Seq) is een zelf ontwikkelde strategie voor SNP-genotypering met of zonder referentiegenoom.
Platform: Illumina NovaSeq-platform

Neem contact met ons op

Servicedetails

Demoresultaten

Aanbevolen publicaties

Servicedetails

Technisch schema

Werkstroom

Servicevoordelen

Hoge efficiëntie voor het ontdekken van markers- High-throughput sequencing-technologie helpt SLAF-Seq bij het ontdekken van honderdduizenden tags binnen het hele genoom.

Lage afhankelijkheid van het genoom- Het kan worden toegepast op soorten met of zonder referentiegenoom.

Flexibel schemaontwerp- Single-enzym, dual-enzym, multi-enzymvertering en verschillende soorten enzymen, ze kunnen allemaal worden geselecteerd om tegemoet te komen aan verschillende onderzoeksdoelen of -soorten.Pre-evaluatie in silico wordt gebruikt om een optimaal enzymontwerp te garanderen.

Efficiënte enzymatische vertering- Er is een voorexperiment uitgevoerd om de omstandigheden te optimaliseren, waardoor het formele experiment stabiel en betrouwbaar is.De efficiëntie van de fragmentverzameling kan meer dan 95% bereiken.

Gelijkmatig verdeelde SLAF-tags- SLAF-tags zijn in de grootste mate gelijkmatig verdeeld over alle chromosomen, waarbij een gemiddelde van 1 SLAF per 4 kb wordt bereikt.

Effectief voorkomen van herhalingen- De repetitieve sequentie in SLAF-Seq-gegevens is teruggebracht tot minder dan 5%, vooral bij soorten met een hoog herhalingsniveau, zoals tarwe, maïs, enz.

Uitgebreide ervaring-Meer dan 2000 gesloten SLAF-Seq-projecten over honderden soorten, waaronder planten, zoogdieren, vogels, insecten, aqua-organismen, enz.

Zelfontwikkelde bioinformatische workflow- Een geïntegreerde bioinformatische workflow voor SLAF-Seq is ontwikkeld door BMKGENE om de betrouwbaarheid en nauwkeurigheid van de uiteindelijke output te garanderen.

Servicespecificaties

Platform	Conc.(ng/gl)	Totaal (ug)	OD260/280
Illumina NovaSeq	>35	>1.6(Deel>15μl)	1,6-2,5

Opmerking: Er zullen drie monsters, elk met drie enzymschema's, worden uitgevoerd als pre-experiment.

Aanbevolen sequentiestrategie

Sequentiediepte: 10X/Tag

Genoomgrootte	Aanbevolen SLAF-tags
< 500 MB	100K of WGS
500 Mb- 1 Gb	100 K
1 Gb -2 Gb	200 K
Gigantische of complexe genomen	300 - 400K

Toepassingen

Aanbevolen

Bevolkingsschaal

Sequencingstrategie en diepgang

Diepte

Etiket nummer

GWAS

Monsternummer ≥ 200

10X

Volgens

genoom grootte

Genetische evolutie

Individuen van elk

subgroep ≥ 10;

totaal aantal monsters ≥ 30

10X

Aanbevolen monsterlevering

Verpakking: centrifugebuisje van 2 ml

Voor de meeste monsters raden wij aan om ze niet in ethanol te bewaren.

Etikettering van monsters: Monsters moeten duidelijk geëtiketteerd zijn en identiek zijn aan het ingediende monsterinformatieformulier.

Verzending: Droogijs: Monsters moeten eerst in zakken worden verpakt en in droogijs worden begraven.

Serviceworkflow

Voorbeeld-QC

Proefexperiment

SLAF-experiment

Voorbereiding bibliotheek

Volgorde aanbrengen in

Gegevensanalyse

After-sales diensten

Vorig: DNA/RNA-sequencing – Nanopore-sequencer

Volgende: Menselijke hele exome-sequencing

1. Statistieken van kaartresultaten

2. Ontwikkeling van SLAF-markers

3. Annotatie van variaties

Jaar	logboek	IF	Titel	Toepassingen
2022	Communicatie over de natuur	17.694	Genomische basis van de giga-chromosomen en het giga-genoom van boompioen Paeonia ostii	SLAF-GWAS
2015	Nieuwe fytoloog	7.433	De voetafdrukken van domesticatie verankeren genomische regio’s van agronomisch belang soja bonen	SLAF-GWAS
2022	Tijdschrift voor geavanceerd onderzoek	12.822	Genoombrede kunstmatige introgressies van Gossypium barbadense in G. hirsutum onthullen superieure loci voor gelijktijdige verbetering van de kwaliteit en opbrengst van katoenvezels onderscheidende kenmerken	SLAF-Evolutionaire genetica
2019	Moleculaire plant	10.81	Populatiegenomische analyse en De Novo Assembly onthullen de oorsprong van Weedy Rijst als evolutionair spel	SLAF-Evolutionaire genetica
2019	Natuurgenetica	31.616	Genoomsequentie en genetische diversiteit van de karper, Cyprinus carpio	SLAF-koppelingskaart
2014	Natuurgenetica	25.455	Het genoom van gekweekte pinda's geeft inzicht in karyotypes van peulvruchten, polyploïde evolutie en domesticatie van gewassen.	SLAF-koppelingskaart
2022	Tijdschrift voor plantenbiotechnologie	9.803	Identificatie van ST1 onthult een selectie waarbij de zaadmorfologie wordt gelift en oliegehalte tijdens de domesticatie van sojabonen	SLAF-Marker-ontwikkeling
2022	Internationaal tijdschrift voor moleculaire wetenschappen	6.208	Identificatie en DNA-markerontwikkeling voor een Wheat-Leymus mollis 2Ns (2D) Disomische chromosoomsubstitutie	SLAF-Marker-ontwikkeling