Producten

circRNA-sequencing-Illumina

CircRNA's (circulaire RNA's) zijn een klasse van niet-coderende RNA-moleculen die een tekort hebben aan de 5'-eindkap en de 3'-uiteinde poly(A)-staart.CircRNA's voeren een cirkelvormige structuur uit door de covalente binding die een status heeft tegen de vertering van RNA-exonucleases.circRNA speelt een belangrijke rol in de groei en ontwikkeling van organismen en hun weerstand tegen de externe omgeving.
CircRNA heeft vele functies, die miRNA competitief kunnen binden, de regulerende functie van ceRNA kunnen uitoefenen en genexpressie kunnen reguleren.De afgelopen jaren is ook gebleken dat het nauw verband houdt met het optreden en de ontwikkeling van ziekten, en dat het grote toepassingsvooruitzichten biedt in de richting van markers voor ziektediagnose, enzovoort.

Neem contact met ons op

Servicedetails

Bio-informatica

Demoresultaten

Casestudy

Servicevoordelen

● CircRNA is sterk gecorreleerd met de regulering van de mRNA-expressie

● Deelgenomen aan het regulatiesysteem van circRNA - miRNA - mRNA

● Identificatie en statistieken van bekende circRNA en nieuwe circRNA-voorspellingen

● Op BMKCloud gebaseerde resultaatlevering: op maat gemaakte datamining beschikbaar op het platform.

● After-sales services geldig gedurende 3 maanden na voltooiing van het project

Monstervereisten en levering

Bibliotheek	Platform	Aanbevolen gegevens	Gegevens kwaliteitscontrole
rRNA-uitputting	Illumina PE150	16 GB	Q30≥85%

Nucleotiden:

Conc. (ng/μl)

Hoeveelheid (μg)

Puurheid

Integriteit

≥ 100

≥ 0,5

OD260/280=1,7-2,5

OD260/230=0,5-2,5

Beperkte of geen eiwit- of DNA-verontreiniging weergegeven op de gel.

Voor planten: RIN≥6,5;

Voor dieren: RIN≥7,0;

5,0≥28S/18S≥1,0;

beperkte of geen basislijnhoogte

Voorbeeldvereisten:

Weefsel: Gewicht (droog): ≥1 g

*Voor weefsel kleiner dan 5 mg raden wij aan om snel ingevroren (in vloeibare stikstof) weefselmonsters op te sturen.

Celsuspensie: celgetal = 3×10⁷
*Wij raden aan om bevroren cellysaat te verzenden.In het geval dat het aantal cellen kleiner is dan 5×10⁵wordt snel ingevroren in vloeibare stikstof aanbevolen.

Bloedstalen:
PA×genBloodRNATube;
6 mlLTRIzol en 2 ml bloed(TRIzol:Bloed=3:1)

Aanbevolen monsterlevering
Verpakking: centrifugebuisje van 2 ml (aluminiumfolie wordt niet aanbevolen)
Monsterlabeling: groeperen+repliceren, bijvoorbeeld A1, A2, A3;B1, B2, B3... ...

Verzending:
Droogijs: Monsters moeten in zakken worden verpakt en in droogijs worden begraven.
RNAstable-buizen: RNA-monsters kunnen worden gedroogd in een RNA-stabilisatiebuis (bijv. RNAstable®) en bij kamertemperatuur worden verzonden.

Servicewerkstroom

Experimentontwerp

Levering van monsters

RNA-extractie

Bouw van bibliotheek

Volgorde aanbrengen in

Gegevensanalyse

After-sales diensten

Vorig: Hele transcriptoomsequencing – Illumina

Volgende: Kleine RNA-sequencing-Illumina

Bio-informatica

1. CircRNA-hosts

Er is gerapporteerd dat de meerderheid van de circRNA's afkomstig is van exons in plaats van introns of intergene regio's.Bovendien varieert de verdeling van circRNA aanzienlijk tussen chromosomen.Daarom is het van grote waarde om verschillende distributies van circRNA-gastheren tussen verschillende monsters te evalueren, inclusief de distributie daarvan op verschillende genregio's en op verschillende chromosomen.

Verdeling van circRNA-host

Verdeling van circRNA-gastheer

2. Clusteranalyse op DE-circRNA
Hiërarchische clustering van circRNA's met differentieel expressie

Hiërarchische clustering van differentieel tot expressie gebrachte circRNA's

3.GO-annotatie op DE-circRNA-gastheergenen

C01_vs_C02

GO-classificatie van DE-circRNA-gastheergenen

BMK-zaak

CPSF4 reguleert circRNA-vorming en microRNA-gemedieerde genuitschakeling bij hepatocellulair carcinoom

Gepubliceerd: Oncogeen,2021

Belangrijkste resultaten

1. CPSF4-expressie wordt opgereguleerd in HCC en die hoge expressie van CPSF4 wordt geassocieerd met een slechte prognose bij HCC-patiënten
2. CPSF4 verlaagt de niveaus van circRNA's, die een polyadenylatiesignaalsequentie bezitten, en deze afname van circRNA's vermindert de accumulatie van miRNA en verstoort de door miRNA gemedieerde genuitschakeling in HCC
3. Experimenten met celkweek- en xenograft-muismodellen hebben aangetoond dat CPSF4 de proliferatie van HCC-cellen bevordert en de tumorigeniciteit verbetert.Bovendien antagoneert CPSF4 het tumoronderdrukkende effect van zijn stroomafwaartse circRNA in HCC

PB-casestudy over RNA-sequencing van volledige lengte

miRNA-niveaus en eiwitniveaus

Referentie

Wang X, Dong J, Li X, et al.CPSF4 reguleert circRNA-vorming en microRNA-gemedieerde genuitschakeling bij hepatocellulair carcinoom [J].Oncogene.DOI: 10.1038/s41388-021-01867-6