Eukaryotische mRNA-analyse (opties op basis van referentiegegevens en de novo-analyse beschikbaar)
Deze pipeline gebruikt NGS RNA-Seq-gegevens als input en produceert resultaten van meerdere vervolganalyses, waaronder maar niet beperkt tot: beoordeling van de kwaliteit van de sequentiedata,de novoAnnotatie van transcriptieplaatsen, analyse van variabele splicing, analyse van differentiële expressie, functieannotatie en verrijkingsanalyse.
Analyse van lange niet-coderende RNA's
Lange niet-coderende RNA's (lncRNA's) zijn niet-coderende transcripten met een lengte van meer dan 200 nucleotiden, waarvan bekend is dat ze een rol spelen in de organisatie en regulatie van chromatine. High-throughput sequencing-technologieën en bio-informatica hebben ons inzicht in lncRNA-sequenties en positioneringsinformatie vergroot, waardoor we lncRNA's met cruciale regulerende functies kunnen identificeren. Deze pipeline biedt lncRNA-analyse, naast de analyses die worden genoemd in de Eukaryotic mRNA Analysis pipeline.
16S/18S/ITS ampliconsequencing
De analysepipeline voor microbiële diversiteit met behulp van ampliconsequencing is ontwikkeld op basis van jarenlange ervaring met de analyse van microbiële diversiteitsprojecten. De pipeline bevat gestandaardiseerde basisanalyses, die de gangbare analyse-inhoud van huidig microbiologisch onderzoek bestrijken, en gepersonaliseerde analyses. Het analyserapport is rijk en uitgebreid, met de mogelijkheid om diverse persoonlijke analyses uit te voeren. Bovendien kunnen monsters en groepen tijdens de analyse worden aangepast voor verdere personalisatie en controle.
Shotgun-metagenomische analyse
De Shotgun Metagenomic Analysis-pipeline maakt gebruik van NGS-gegevens van gemengd genomisch materiaal, geëxtraheerd uit omgevingsmonsters. De analyses bieden gedetailleerde informatie over soortendiversiteit en -abundantie, populatiestructuur, fylogenetische verwantschap, functionele genen en correlatienetwerken met omgevingsfactoren.
NGS-WGS variantanalyse
De NGS-WGS-variantanalyse is een geïntegreerde pijplijn voor variantdetectie die kwaliteitscontrole van gegevens, sequentie-uitlijning, annotatie en genmutatieanalyse uitvoert. De pijplijn volgt de GATK-best practices voor SNP- en InDel-detectie en gebruikt Manta voor het identificeren van structurele varianten.
Genoombrede associatiestudie (GWAS)
De GWAS-pipeline is een vervolganalyse die eerder gegenereerde VCF-bestanden en bijbehorende fenotypegegevens van een cohort individuen als input gebruikt. Met behulp van specifieke statistische methoden is GWAS erop gericht om nucleotidevariaties in het hele genoom te ontdekken die gecorreleerd zijn met fenotypische verschillen. Het speelt een cruciale rol bij het onderzoeken van functionele genen die geassocieerd zijn met complexe menselijke ziekten en ingewikkelde eigenschappen bij planten en dieren.
Bulksegregatieanalyse (BSA)
Bij BSA-analyse worden individuen met extreme fenotypische kenmerken uit een segregerende populatie samengevoegd. Door differentiële loci tussen de samengevoegde monsters te vergelijken, identificeert deze methode snel nauw verwante moleculaire markers die geassocieerd zijn met doelgenen. De methode wordt veel gebruikt bij genetische kartering van planten en dieren en is een waardevol hulpmiddel voor marker-ondersteunde veredeling.
Evolutionaire genetische analyse
De workflow voor evolutionaire genetische analyse maakt gebruik van de uitgebreide ervaring van BMKGENE in genetische evolutieprojecten en omvat de constructie van fylogenetische bomen, analyse van koppelingsonevenwicht, beoordeling van genetische diversiteit, identificatie van selectieve sweeps, verwantschapsanalyse, principale componentenanalyse en karakterisering van de populatiestructuur.
