16S/18S/ITS Amplicon-sequencing-NGS
Servicevoordelen
● Isolatievrije en snelle identificatie van microbiële samenstelling in milieumonsters
● Hoge resolutie in weinig voorkomende componenten in milieumonsters
● Nieuwste QIIME2-analysestroom met diverse analyses op het gebied van database, annotatie, OTU/ASV.
● Hoge verwerkingscapaciteit, hogere nauwkeurigheid
● Toepasbaar op diverse microbiële gemeenschapsstudies
● BMK beschikt over uitgebreide ervaring met meer dan 100.000 monsters/jaar, waaronder bodem, water, gas, slib, uitwerpselen, darmen, huid, fermentatiebouillon, insecten, planten, enz.
● BMKCloud vergemakkelijkte de interpretatie van gegevens met 45 gepersonaliseerde analysetools
Servicespecificaties
| Volgorde aanbrengen inPlatform | Bibliotheek | Aanbevolen gegevensopbrengst | Geschatte doorlooptijd |
| Illumina NovaSeq-platform | PE250 | 50K/100K/300K-tags | 30 dagen |
Bio-informatica analyses
● Kwaliteitscontrole van ruwe gegevens
● OTU-clustering/De-noise (ASV)
● OTU-annotatie
● Alfadiversiteit
● Bètadiversiteit
● Intergroepsanalyse
● Associatieanalyse tegen experimentele factoren
● Functiegenvoorspelling
Monstervereisten en levering
Voorbeeldvereisten:
VoorDNA-extracten:
| Voorbeeldtype | Hoeveelheid | Concentratie | Puurheid |
| DNA-extracten | > 30 ng | > 1 ng/μl | OD260/280= 1,6-2,5 |
Voor milieumonsters:
| Voorbeeldtype | Aanbevolen bemonsteringsprocedure |
| Bodem | Monsterhoeveelheid: ca.5 gram;De resterende verdorde substantie moet van het oppervlak worden verwijderd;Maal grote stukken en passeer door een filter van 2 mm;Aliquot-monsters in steriele EP-buis of cyrotube voor reservering. |
| Ontlasting | Monsterhoeveelheid: ca.5 gram;Verzamel en aliquoteer monsters in een steriele EP-buis of cryobuis voor reservering. |
| Darminhoud | Monsters moeten onder aseptische omstandigheden worden verwerkt.Was het verzamelde weefsel met PBS;Centrifugeer de PBS en verzamel het neerslagmiddel in EP-buizen. |
| Slib | Monsterhoeveelheid: ca.5 gram;Verzamel het slibmonster en verdeel het in een steriele EP-buis of cryobuis ter reservering |
| Waterlichaam | Voor monsters met een beperkte hoeveelheid microbiële stoffen, zoals kraanwater, bronwater enz., verzamel ten minste 1 liter water en voer dit door een filter van 0,22 μm om de microbiële stoffen op het membraan te verrijken.Bewaar het membraan in een steriele buis. |
| Huid | Schraap het huidoppervlak voorzichtig af met een steriel wattenstaafje of chirurgisch mesje en plaats het in een steriele buis. |
Aanbevolen monsterlevering
Bevries de monsters in vloeibare stikstof gedurende 3-4 uur en bewaar ze in vloeibare stikstof of -80 graden tot langetermijnreservering.Verzending van monsters met droogijs is vereist.
Servicewerkstroom
Levering van monsters
Bouw van bibliotheek
Volgorde aanbrengen in
Gegevensanalyse
After-sales diensten
1. Soortenverdeling
2. Warmtekaart: clustering van soortenrijkdom
3. Zeldzame factiecurve
4.NMDS-analyse
5.Lefse-analyse
BMK-zaak
Zwaarlijvige personen met en zonder diabetes type 2 vertonen een verschillende microbiële functionele capaciteit en samenstelling van de darmen
Gepubliceerd:Celgastheer en microbe, 2019
Sequentiestrategie:
Magere niet-diabetes (n=633);Zwaarlijvige niet-diabetes (n=494);Obesitas-type 2-diabetes (n=153);
Doelgebied: 16S rDNA V1-V2
Platform: Illumina Miseq (NGS-gebaseerde ampliconsequencing)
Een subset van DNA-extracten werd onderworpen aan metagenomische sequencing op Illumina Hiseq
Belangrijkste resultaten
Microbiële profileringen van deze stofwisselingsziekten werden met succes gedifferentieerd.
Door de microbiële kenmerken gegenereerd door 16S-sequencing te vergelijken, bleek obesitas geassocieerd te zijn met veranderingen in de microbiële samenstelling en individuele kenmerken, vooral een significante afname van Akkermansia, Faecalibacterium, Oscillibacter, Alistipes, enz. Bovendien bleek T2D geassocieerd te zijn met een toename van Escherichia/shigella. .
Referentie
Thingholm, LB, et al.“Zwaarlijvige personen met en zonder diabetes type 2 vertonen een verschillende microbiële functionele capaciteit en samenstelling van de darmen.”Celgastheer en microbe26.2(2019).
