16S/18S/ITS Ampliconsequencing-NGS
Servicekenmerken
● Sequentieplatform: Illumina NovaSeq.
● Amplificatie van korte regio's van 16S, 18S en ITS, naast andere amplificatiedoelen.
● Flexibele keuzemogelijkheden voor het amplicon.
● Eerdere projectervaring met meerdere versterkingsdoelen.
Servicevoordelen
●Isolatievrij:Snelle identificatie van de microbiële samenstelling in milieumonsters.
●Hoge resolutie: In componenten die in lage concentraties voorkomen in milieumonsters.
●Breed toepasbaar: Onderzoek naar diverse microbiële gemeenschappen.
●Uitgebreide bioinformatische analyse: Het nieuwste QIIME2-pakket (quantitative insight into microbial ecology) met diverse analyses op het gebied van database, annotatie en OTU/ASV.
●Uitgebreide expertiseMet jaarlijks 150.000 ampliconsequencingprojecten brengt BMKGENE meer dan tien jaar ervaring, een zeer bekwaam analyseteam, uitgebreide content en uitstekende after-sales support met zich mee.
Servicespecificaties
| Bibliotheek | Sequentiestrategie | Aanbevolen gegevens |
| Amplicon | Illumina PE250 | 50/100/300K tags (leesparen) |
Servicevereisten
| Concentratie (ng/µL) | Totale hoeveelheid (ng) | Volume (µL) |
| ≥1 | ≥200 | ≥20 |
● Grond/slib: 1-2 g
● Darminhoud - dierlijk: 0,5-2 g
● Darminhoud - insect: 0,1-0,25 g
● Plantoppervlak (verrijkt sediment): 0,1-0,5 g
● (Sediment verrijkt met fermentatiebouillon): 0,1-0,5 g
● Ontlasting (grote dieren): 0,5-2 g
● Ontlasting (muis): 3-5 korrels
● Longspoelvloeistof: filterpapier
● Vaginale uitstrijk: 5-6 uitstrijkjes
● Huid-/genitale uitstrijk/speeksel-/mondweefsel-/keeluitstrijk/rectale uitstrijk: 2-3 uitstrijkjes
● Oppervlaktemicro-organismen: filterpapier
● Water/lucht/biofilm: filterpapier
● Endofyten: 1-2 g
● Tandplaque: 0,5-1 g
Servicewerkstroom
Monsterlevering
Bibliotheekbouw
Volgorde bepalen
Gegevensanalyse
Klantenservice na aankoop
Omvat de volgende analyse:
- Kwaliteitscontrole van ruwe data
- OTU-clustering / Ruisonderdrukking (ASV)
- OTU-annotatie
- Alfa-diversiteitsanalyse: meerdere indexen, waaronder Shannon, Simpson en ACE.
- Beta-diversiteitsanalyse
- Intergroepsanalyse
- Correlatieanalyse: tussen omgevingsfactoren en de samenstelling en diversiteit van OUT
- 16S functionele genvoorspelling
Histogram van de taxonomische verspreiding
Hittekaart met clustering van taxonomische abundantie
Alfa-diversiteitsanalyse: rarefactiecurve
bèta-diversiteitsanalyse: NMDS
Intergroepsanalyse: Ontdekking van LEFSE-biomarkers
Ontdek de vooruitgang die mogelijk is gemaakt door de ampliconsequencingdiensten van BMKGene in samenwerking met Illumina aan de hand van een zorgvuldig samengestelde collectie publicaties.
Dong, C. et al. (2022) 'Samenstelling, kernmicrobiota en functie van de rhizosfeerbodem- en schorsmicrobiota in Eucommia ulmoides', Frontiers in Microbiology, 13. doi: 10.3389/FMICB.2022.855317/FULL.
Li, Y. et al. (2023) 'Transplantatie van synthetische bacteriële consortia voor de behandeling van door Gardnerella vaginalis veroorzaakte bacteriële vaginose bij muizen', Microbiome, 11(1), pp. 1–14. doi: 10.1186/s40168-023-01497-y
Yang, J., Fu, Y. en Liu, H. (2022) 'Microbiomen van luchtstof verzameld tijdens het op de grond gebaseerde gesloten bioregeneratieve levensondersteuningsexperiment “Lunar Palace 365”', Environmental Microbiomes, 17(1), pp. 1–20. doi: 10.1186/S40793-022-00399-0/FIGURES/8.
Yin, S. et al. (2022) 'Feedstock-dependent abundance of functional genes related to nitrogen transformation controlled nitrogen loss in composting', Bioresource Technology, 361, p. 127678. doi: 10.1016/J.BIORTECH.2022.127678.
