16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-NGS
Servicefuncties
● Sequentieplatform: Illumina NovaSeq.
● Amplificatie van korte regio's van 16S, 18S en ITS, naast andere amplificatiedoelen.
● Flexibele keuze van amplicon.
● Eerdere projectervaring met meerdere versterkingsdoelen.
Servicevoordelen
●Isolatievrij:Snelle identificatie van microbiële samenstelling in milieumonsters.
●Hoge resolutie: In componenten die in lage concentraties voorkomen in milieumonsters.
●Breed toepasbaar: Diverse microbiële gemeenschapsstudies.
●Uitgebreide bioinformatische analyse: Het nieuwste QIIME2-pakket (kwantitatief inzicht in microbiële ecologie) met diverse analyses op het gebied van database, annotatie en OTU/ASV.
●Uitgebreide expertise:BMKGENE voert jaarlijks 150.000 amplicon-sequencingprojecten uit en beschikt over meer dan tien jaar ervaring, een uiterst bekwaam analyseteam, uitgebreide content en uitstekende aftersalesondersteuning.
Servicespecificaties
| Bibliotheek | Sequentiestrategie | Aanbevolen gegevens |
| Amplicon | Illumina PE250 | 50/100/300K tags (paren lezen) |
Servicevereisten
| Concentratie (ng/µL) | Totaalbedrag (ng) | Volume (µL) |
| ≥1 | ≥200 | ≥20 |
● Bodem/slib: 1-2 g
● Darminhoud - dier: 0,5-2 g
● Darminhoud-insect: 0,1-0,25 g
● Plantoppervlak (verrijkt sediment): 0,1-0,5 g
● Fermentatiebouillon verrijkt sediment): 0,1-0,5 g
● Ontlasting (grote dieren): 0,5-2 g
● Uitwerpselen (muis): 3-5 korrels
● Vloeistof voor pulmonale alveolaire lavage: filterpapier
● Vaginale swab: 5-6 swabs
● Huid-/genitaal uitstrijkje/speeksel/mondweefsel/faryngeaal uitstrijkje/rectaal uitstrijkje: 2-3 uitstrijkjes
● Oppervlaktemicro-organismen: filterpapier
● Waterlichaam/lucht/biofilm: filterpapier
● Endofyten: 1-2 g
● Tandplak: 0,5-1 g
Servicewerkstroom
Monsterlevering
Bibliotheekbouw
Sequentiebepaling
Gegevensanalyse
Aftersales-service
Bevat de volgende analyse:
- Kwaliteitscontrole van ruwe data
- OTU-clustering / De-noise (ASV)
- OTU-annotatie
- Alfadiversiteitsanalyse: meerdere indexen, waaronder Shannon, Simpson en ACE.
- Beta-diversiteitsanalyse
- Intergroepsanalyse
- Correlatieanalyse: tussen omgevingsfactoren en OUT-samenstelling en -diversiteit
- 16S functionele genvoorspelling
Histogram van taxonomische distributie
taxonomische overvloed clustering heatmap
Alfa-diversiteitsanalyse: verdunningscurve
bètadiversiteitsanalyse: NMDS
Intergroepsanalyse: ontdekking van LEFSE-biomarkers
Ontdek de ontwikkelingen die mogelijk worden gemaakt door de amplicon-sequencingdiensten van BMKGene met Illumina via een zorgvuldig samengestelde verzameling publicaties.
Dong, C. et al. (2022) 'Opbouw, kernmicrobiota en functie van de rhizosfeer, bodem- en schorsmicrobiota in Eucommia ulmoides', Frontiers in Microbiology, 13. doi: 10.3389/FMICB.2022.855317/FULL.
Li, Y. et al. (2023) 'Synthetische transplantatie van bacteriële consortia voor de behandeling van door Gardnerella vaginalis geïnduceerde bacteriële vaginose bij muizen', Microbiome, 11(1), pp. 1–14. doi: 10.1186/s40168-023-01497-y
Yang, J., Fu, Y. en Liu, H. (2022) 'Microbiomen van luchtstof verzameld tijdens het op de grond gebaseerde gesloten bioregeneratieve levensondersteunende experiment “Lunar Palace 365”', Environmental Microbiomes, 17(1), pp. 1–20. doi: 10.1186/S40793-022-00399-0/FIGURES/8.
Yin, S. et al. (2022) 'Grondstofafhankelijke overvloed van functionele genen gerelateerd aan stikstoftransformatie gecontroleerd stikstofverlies bij compostering', Bioresource Technology, 361, p. 127678. doi: 10.1016/J.BIORTECH.2022.127678.
