Lange niet-coderende sequentiebepaling - Illumina
Servicevoordelen
●Gezamenlijke analyse van mRNA en lncRNADoor de kwantificering van mRNA-transcripten te combineren met de studie van lncRNA en hun doelwitten, is het mogelijk een diepgaand overzicht te krijgen van het regulatiemechanisme dat ten grondslag ligt aan de cellulaire respons.
●Uitgebreide expertiseWe hebben meer dan 230.000 monsters verwerkt, afkomstig uit uiteenlopende bronnen en met uiteenlopende projectdoelstellingen. We zetten onze uitgebreide expertise in voor elk project.
●Gezamenlijke analyse van mRNA en lncRNAWe combineren de kwantificering van mRNA-transcripten met de studie van lncRNA en hun doelwitten, waardoor we een diepgaand overzicht kunnen krijgen van het regulatiemechanisme dat ten grondslag ligt aan de cellulaire respons.
●Strenge kwaliteitscontroleWe implementeren essentiële controlepunten in alle fasen, van monsterpreparatie tot bibliotheekvoorbereiding, sequencing en bio-informatica. Onze nauwgezette monitoring garandeert de levering van consistent hoogwaardige resultaten.
●Uitgebreide annotatieWe gebruiken meerdere databases om de differentieel tot expressie gebrachte genen (DEGs) functioneel te annoteren en bijbehorende verrijkingsanalyses uit te voeren. Deze uitgebreide aanpak biedt inzicht in de cellulaire en moleculaire processen die ten grondslag liggen aan de transcriptoomrespons, zodat u alle mogelijke informatie over de gegevens van uw experiment krijgt.
●Klantenservice na aankoopWij begrijpen hoe belangrijk het is om aanwezig te zijn, daarom gaat onze betrokkenheid verder dan de projectafronding met een serviceperiode van 3 maanden na de verkoop. Gedurende deze periode bieden we projectopvolging, hulp bij het oplossen van problemen en vraag- en antwoordsessies om eventuele vragen over de resultaten te beantwoorden.
Monstervereisten en levering
| Bibliotheek | Platform | Aanbevolen gegevens | Gegevenskwaliteitscontrole |
| rRNA-arme directionele bibliotheek | Illumina PE150 | 10-16 GB | Q30≥85% |
Nucleotiden:
| Concentratie (ng/μl) | Hoeveelheid (μg) | Zuiverheid | Integriteit |
| ≥ 80 | ≥ 0,8 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Er is weinig tot geen verontreiniging met eiwitten of DNA op de gel te zien. | RIN≥6,0; 5.0≥28S/18S≥1.0; beperkte of geen basisverhoging |
● Planten:
Wortel, stengel of bloemblad: 450 mg
Blad of zaad: 300 mg
Fruit: 1,2 g
● Dier:
Hart of darmen: 450 mg
Inwendige organen of hersenen: 240 mg
Spieren: 600 mg
Botten, haar of huid: 1,5 g
● Geleedpotigen:
Insecten: 9 g
Schaaldieren: 450 mg
● Volbloed:2 buizen
● Cellen: 106 cellen
● Serum en plasma: 6 ml
Aanbevolen proeflevering
Container: centrifugebuisje van 2 ml (aluminiumfolie wordt afgeraden)
Voorbeeldlabeling: Groep + herhaling, bijv. A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Verzending:
1. Droogijs: De monsters moeten in zakken worden verpakt en in droogijs worden begraven.
2. RNAstable-buizen: RNA-monsters kunnen worden gedroogd in RNAstable-buizen (bijv. RNAstable®) en bij kamertemperatuur worden verzonden.
Servicewerkstroom
Experimenteel ontwerp
Monsterlevering
RNA-extractie
Bibliotheekbouw
Volgorde bepalen
Gegevensanalyse
Klantenservice na aankoop
Bio-informatica
- Ruwe data
- Gegevenskwaliteitscontrole
- Genoomuitlijning
- Genstructuur (alternatieve splicing, optimalisatie van de genstructuur en voorspelling van nieuwe genen)
- Kwantificering van genexpressie
- Differentiële expressieanalyse
- DEG-annotatie en -verrijking + Differentieel tot expressie gebrachte lncRNA-doelgenen
- Transcriptidentificatie
- lncRNA-identificatie (lncRNA-conservatie en bekende lncRNA's)
- voorspelling van lncRNA-doelgenen
- kwantificering van lncRNA-expressie
- Gezamenlijke analyse met mRNA-gegevens
Differentiële genexpressie (DEGs)-analyse
Kwantificering van lncRNA-expressie – clustering
Verrijking van lncRNA-doelgenen
Gezamenlijke analyse van mRNA- en lncRNA-posities – Circos-grafiek (middelste cirkel is mRNA en binnenste cirkel is lncRNA)
Ontdek de vooruitgang die mogelijk is gemaakt door de lncRNA-sequencingdiensten van BMKGene aan de hand van een zorgvuldig samengestelde collectie publicaties.
Ji, H. et al. (2020) 'Identificatie, functionele voorspelling en verificatie van belangrijke lncRNA's gerelateerd aan koude stress in de lever van ratten',Wetenschappelijke rapporten2020 10:1, 10(1), pp. 1–14. doi: 10.1038/s41598-020-57451-7.
Jia, Z. et al. (2021) 'Integratieve transcriptomische analyse onthult het immuunmechanisme van een CyHV-3-resistente karperstam',Grenzen in de immunologie, 12, blz. 687151. doi: 10.3389/FIMMU.2021.687151/BIBTEX.
Wang, XJ et al. (2022) 'Op multi-omics-integratie gebaseerde prioritering van concurrerende endogene RNA-regulatienetwerken in kleincellige longkanker: moleculaire kenmerken en kandidaat-geneesmiddelen',Grenzen in de oncologie, 12, blz. 904865. doi: 10.3389/FONC.2022.904865/BIBTEX.
Xiao, L. et al. (2020) 'Genetische ontleding van het gen-co-expressienetwerk dat ten grondslag ligt aan fotosynthese in Populus',Tijdschrift voor plantenbiotechnologie, 18(4), pp. 1015–1026. doi: 10.1111/PBI.13270.
Zheng, H. et al. (2022) 'Een wereldwijd regulerend netwerk voor ontregelde genexpressie en abnormale metabole signalering in immuuncellen in de microomgeving van de ziekte van Graves en de thyreoïditis van Hashimoto',Grenzen in de immunologie, 13, blz. 879824. doi: 10.3389/FIMMU.2022.879824/BIBTEX.
