mRNA-seq (NGS) met referentiegenoom

mRNA-seq (NGS) met referentiegenoom

RNA-seq is een standaardtool in de levens- en gewaswetenschappen en overbrugt de kloof tussen genomen en proteomen. De kracht ervan ligt in het ontdekken van nieuwe transcripten en het kwantificeren van hun expressie in één assay. Het wordt veel gebruikt voor vergelijkende transcriptoomstudies en werpt licht op genen die gerelateerd zijn aan verschillende eigenschappen of fenotypes, zoals het vergelijken van mutanten met wildtypes of het onthullen van genexpressie onder specifieke omstandigheden. De BMKCloud mRNA(Reference) APP integreert expressiekwantificering, differentiële expressieanalyse (DEG) en sequentiestructuuranalyses in de mRNA-seq(NGS) bioinformaticapijplijn en combineert de sterke punten van vergelijkbare software, wat zorgt voor gemak en gebruiksvriendelijkheid. Gebruikers kunnen hun RNA-seq-data uploaden naar de cloud, waar de app een complete, alles-in-één bioinformatische analyseoplossing biedt. Daarnaast geeft het prioriteit aan de klantervaring en biedt het gepersonaliseerde bewerkingen die zijn afgestemd op de specifieke behoeften van gebruikers. Gebruikers kunnen zelf parameters instellen en de pijplijnmissie indienen, het interactieve rapport controleren, gegevens/diagrammen bekijken en data mining uitvoeren, zoals: doelgenselectie, functionele clustering, diagrammen maken, etc.

Demo-resultaten

Datamining

Importvereiste

Hoofdanalyse

Referentie

Demo-resultaten

Datamining

Importvereiste

Platform:Illumina, MGI
Strategie:RNA-Seq
Indeling: Gepareerd, schone data.
Bibliotheektype:fr-ongestrand, fr-eerstestrand of fr-tweedestrand
Leeslengte:150 basispunten
Bestandstype:*.fastq, *.fq, *.fastq.gz of *.fq.gz. Het systeem zalautomatisch de .fastq-bestanden koppelen op basis van hun bestandsnamen,bijv. *_1.fastq gepaard met *._2.fastq.
Aantal monsters:Er zijn geen beperkingen op het aantalvan monsters, maar de analysetijd zal toenemen naarmate het aantalmonsters groeit.
Aanbevolen datahoeveelheid:6G per monster

Hoofdanalyse

De belangrijkste analyse- en bioinformatische hulpmiddelen van mRNA-seq (referentie)pijpleiding is als volgt:

1. Kwaliteitscontrole van ruwe data:

•Verwijdering van sequenties van lage kwaliteit, adaptersequenties,enz;

•Hulpmiddelen: intern ontwikkelde pijplijn;

2. Uitlijning van gegevens met een referentiegenoom:

•Het uitlijnen van reads met een splice-bewust algoritme tegen dereferentiegenoom.

•Hulpmiddelen:HISAT2, samtools

3. Analyse van de bibliotheekkwaliteit:

•Invoeglengte-analyse, sequentieverzadigingsanalyse, enz.;

•Hulpmiddelen:samtools;

4. Sequentiestructuuranalyse:

•Alternatieve splicinganalyse, optimalisatie van genstructuur,nieuwe genvoorspelling, enz.;

•Hulpmiddelen:StringTie, gffcompare, GATK,DIAMANT, InterProScan, EnHMMER.

5. Differentiële expressieanalyse:

•DEG-screening, correlatieanalyse, functioneleverrijking;

•Verschillende visualisatieresultaten;

•RmetSEGseq, DESeq2, ggplot2, DEXSeq

Referentie

1. Kim, Daehwan et al. “Grafisch-gebaseerde genoomuitlijning engenotypering met HISAT2 en HISAT-genotype.”NatuurBiotechnologie37 (2019): 907 - 915.

2. McKenna, Aaron et al. “De genoomanalyse-toolkit: eenMapReduce-framework voor het analyseren van DNA van de volgende generatiesequentiegegevens.”Genoomonderzoek20 9 (2010): 1297-303 .

3. Li, Heng et al. “Het Sequence Alignment/Map-formaat enSAMtools.”Bioinformatica25 (2009): 2078 - 2079.

4. Perțea, Mihaela et al. “StringTie maakt verbeterde mogelijkreconstructie van een transcriptoom uit RNA-seq reads.”NatuurBiotechnologie33 (2015): 290-295.

5. Love, Michael I. et al. “Gemodereerde schatting van vouwverandering enverspreiding voor RNA-seq-gegevens met DESeq2.”GenoomBiologie15 (2014): zn. pag.

6. Eddy, Sean R.. “Versnelde profiel-HMM-zoekopdrachten.”PLoS Computationele biologie7 (2011): zn. pag.

mRNA-seq (NGS) met referentiegenoom

mRNA-seq (NGS) met referentiegenoom

Vraag een offerte aan

Stuur uw bericht naar ons: