Heatmap
De Heatmap-tool accepteert een matrixbestand als invoer en stelt gebruikers in staat om gegevens te filteren, normaliseren en clusteren. De belangrijkste toepassing van heatmaps is clusteranalyse van genexpressieniveaus tussen verschillende monsters.
Gen-annotatie
Met de tool voor genannotatie voert u genannotatie uit op basis van de sequentie-uitlijning van FASTA-invoerbestanden met verschillende databases.
Basistool voor lokaal uitlijningsonderzoek (BLAST)
De BLAST-tool is een in BMKCloud geïntegreerde versie van NCBI BLAST en kan worden gebruikt om dezelfde functies uit te voeren met behulp van gegevens die naar het BMKCloud-account zijn geüpload.
CDS_UTR-voorspelling
De CDS_UTR-voorspellingstool is ontworpen om coderende regio's (CDS) en niet-coderende regio's (UTR) in gegeven transcriptsequenties te voorspellen op basis van BLAST-resultaten ten opzichte van bekende eiwitdatabases en ORF-voorspellingsuitkomsten.
Manhattan Perceel
Met de Manhattan Plot-tool kunt u experimenten met een groot aantal steekproeven weergeven. Deze tool wordt veel gebruikt in genoomwijde associatiestudies (GWAS).
Circos-diagram
De CIRCOS Diagram-tool biedt efficiënte visualisatie van hoe genomische kenmerken over het genoom verdeeld zijn. Veelvoorkomende kenmerken zijn onder andere kwantitatieve loci, SNP's, InDels, structurele varianten en varianten in kopie-aantallen.
Gene Ontology (GO) Verrijking
De GO Enrichment-tool biedt functionele verrijkingsanalyse. De belangrijkste software in deze tool is het TopGO-Bioconductor-pakket, dat differentiële expressieanalyse, GO-verrijkingsanalyse en visualisatie van de resultaten omvat.
Gewogen genco-expressienetwerkanalyse (WGCNA)
WGCNA is een veelgebruikte dataminingmethode voor het ontdekken van genco-expressiemodules. Het is toepasbaar op diverse expressiedatasets, waaronder microarray- en NGS-genexpressiedata.
InterProScan
Met de InterProScan-tool kunt u InterPro-eiwitsequenties analyseren en classificeren.
GO KEGG-verrijking
De GO KEGG Enrichment-tool is ontworpen om een GO-verrijkingshistogram, KEGG-verrijkingshistogram en KEGG-verrijkingspad te genereren op basis van een verstrekte genenset en bijbehorende annotatie.