Heatmap
De Heatmap-tool accepteert een matrixgegevensbestand als invoer en stelt gebruikers in staat om gegevens te filteren, normaliseren en clusteren. Heatmaps worden voornamelijk gebruikt voor clusteranalyse van genexpressieniveaus tussen verschillende monsters.
Genannotatie
De tool voor genannotatie voert genannotatie uit op basis van sequentie-uitlijning van ingevoerde FASTA-bestanden met verschillende databases.
Basistool voor lokale uitlijningszoekopdrachten (BLAST)
De BLAST-tool is een in BMKCloud geïntegreerde versie van NCBI BLAST en kan worden gebruikt om dezelfde functies uit te voeren met gegevens die naar het BMKCloud-account zijn geüpload.
CDS_UTR-voorspelling
De CDS_UTR Prediction-tool is ontworpen om coderende gebieden (CDS) en niet-coderende gebieden (UTR) in gegeven transcriptsequenties te voorspellen op basis van BLAST-resultaten tegen bekende eiwitdatabases en ORF-voorspellingsresultaten.
Manhattan-complot
De Manhattan Plot-tool maakt het mogelijk om experimenten met een groot aantal monsters weer te geven en wordt veel gebruikt in genoombrede associatiestudies (GWAS).
Circos-diagram
De CIRCOS-diagramtool biedt een efficiënte visualisatie van hoe genomische kenmerken over het genoom verdeeld zijn. Veelvoorkomende kenmerken zijn onder andere kwantitatieve loci, SNPs, InDels, structurele varianten en kopieaantalvarianten.
Gene Ontology (GO) Verrijking
De GO Enrichment-tool biedt functionele verrijkingsanalyse. De belangrijkste software in deze tool is het TopGO-Bioconductor-pakket, dat differentiële expressieanalyse, GO-verrijkingsanalyse en visualisatie van de resultaten omvat.
Gewogen gen-co-expressienetwerkanalyse (WGCNA)
WGCNA is een veelgebruikte data mining-methode voor het ontdekken van gen-co-expressiemodules. Het is toepasbaar op diverse expressiedatasets, waaronder microarray- en NGS-genexpressiedata.
InterProScan
De InterProScan-tool biedt InterPro-eiwitsequentieanalyse en -classificatie.
GO KEGG-verrijking
De GO KEGG Enrichment-tool is ontworpen om een GO-verrijkingshistogram, een KEGG-verrijkingshistogram en een KEGG-verrijkingspad te genereren op basis van een aangeleverde genenset en bijbehorende annotatie.
