ශාක/සත්ව සම්පූර්ණ ජෙනෝම අනුක්‍රමණය
සේවා විශේෂාංග
ඩි නව
මෙම තාක්ෂණය විශේෂයෙන් ඉහළ විෂම සෛලීයතාව, පුනරාවර්තන කලාප, පොලිපොලයිඩ් ජෙනෝම, අසාමාන්‍ය CG අන්තර්ගතයන් වැනි අභියෝගාත්මක ජෙනෝම සඳහා ප්‍රයෝජනවත් වේ.
අපගේ එක්-නැවතුම් විසඳුම මඟින් උසස් තත්ත්වයේ නවෝ එකලස් කරන ලද ජෙනෝමයක් ලබා දෙන ඒකාබද්ධ අනුක්‍රමික සේවා සහ ජෛව තොරතුරු විශ්ලේෂණයන් සපයයි. ඉලුමිනා සමඟ මූලික ජෙනෝම සමීක්ෂණයක් ජෙනෝම ප්‍රමාණය සහ සංකීර්ණත්වය පිළිබඳ ඇස්තමේන්තු සපයන අතර, මෙම තොරතුරු PacBio HiFi සමඟ දිගු-කියවූ අනුක්‍රමණයේ ඊළඟ පියවර මඟ පෙන්වීමට භාවිතා කරයි, ඉන්පසුඩි නෝවෝකොන්ටිග් එකලස් කිරීම. HiC එකලස් කිරීමේ පසුකාලීන භාවිතය මඟින් කොන්ටිග් ජෙනෝමයට නැංගුරම් ලා ගැනීමට හැකි වන අතර, වර්ණදේහ මට්ටමේ එකලස් කිරීමක් ලබා ගනී. අවසාන වශයෙන්, ජාන පුරෝකථනය සහ ප්‍රකාශිත ජාන අනුක්‍රමණය කිරීම මගින් ජෙනෝමය සටහන් කරනු ලැබේ, කෙටි හා දිගු කියවීම් සහිත පිටපත් කිරීමේ ක්‍රම වෙත යොමු වේ.
-- බහු අනුක්‍රමික සහ ජෛව තොරතුරු සේවා එක්-නැවතුම් විසඳුමක් තුළ ඒකාබද්ධ කිරීම.ඉදිකිරීම් නවකතාවට සුදුසු සේවාව
-- උනන්දුවක් දක්වන විශේෂ සඳහා ජෙනෝම හෝ පවතින යොමු ජෙනෝම වැඩිදියුණු කිරීම.
අනුක්‍රමණය
-- පුස්තකාල සකස් කිරීම සම්මත හෝ PCR-නිදහස් විය හැක.
-- අනුක්‍රමික වේදිකා 4 කින් ලබා ගත හැකිය: ඉලුමිනා නෝවාසෙක්, එම්ජීඅයි ටී 7, නැනෝපෝර් ප්‍රොමිතියන් පී 48 හෝ පැක්බයෝ රෙවියෝ.
-- විචල්‍ය ඇමතුම් කෙරෙහි අවධානය යොමු කළ ජෛව තොරතුරු විශ්ලේෂණය: SNP, InDel, SV සහ CNV
සේවා වාසි
● ● ශ්‍රව්‍ය දෘශ්‍යකරණයපුළුල් විශේෂඥතාව සහ ප්‍රකාශන වාර්තාව: සඳහාඩි නෝවෝසේවාවන්, ඩිප්ලොයිඩ් ජෙනෝම සහ පොලිප්ලොයිඩ් සහ ඇලෝපොලිප්ලොයිඩ් විශේෂවල ඉතා සංකීර්ණ ජෙනෝම ඇතුළු විවිධ විශේෂවල උසස් තත්ත්වයේ ජෙනෝම එකලස් කිරීමේ දැවැන්ත අත්දැකීම් අපි රැස් කරගෙන ඇත්තෙමු. 2018 සිට, අපි ඉහළ බලපෑමක් ඇති ප්‍රකාශන 300 කට අධික සංඛ්‍යාවකට දායක වී ඇති අතර, ඉන් 20+ ක් නේචර් ජෙනටික්ස් හි ප්‍රකාශයට පත් කර ඇත. ජෙනෝම නැවත අනුක්‍රමණය කිරීමේදී, අපි විශේෂ 1000කට වඩා රැස් කළ අතර, එහි ප්‍රතිඵලයක් ලෙස 5000කට වඩා සමුච්චිත බලපෑම් සාධකයක් සහිත ප්‍රකාශිත අවස්ථා 1000කට වඩා ඇති විය.
● ● ශ්‍රව්‍ය දෘශ්‍යකරණයඑක්-නැවතුම් විසඳුම: ක්‍රියාත්මකයිඩි නෝවෝඅනුපිළිවෙල, අපගේ ඒකාබද්ධ ප්‍රවේශය බහු අනුක්‍රමික තාක්ෂණයන් සහ ජෛව තොරතුරු විශ්ලේෂණ ඒකාබද්ධ වැඩ ප්‍රවාහයකට ඒකාබද්ධ කර උසස් තත්ත්වයේ එකලස් කරන ලද ජෙනෝමයක් ලබා දෙයි.
● ● ශ්‍රව්‍ය දෘශ්‍යකරණයඔබේ අවශ්‍යතාවලට ගැලපෙන පරිදි: අපගේ සේවා කාර්ය ප්‍රවාහය අභිරුචිකරණය කළ හැකි අතර, විවිධ ලක්ෂණ සහ නිශ්චිත පර්යේෂණ අවශ්‍යතා සහිත ජෙනෝම සඳහා අනුවර්තනය වීමට ඉඩ සලසයි.
● ● ශ්‍රව්‍ය දෘශ්‍යකරණයඉහළ කුසලතා ඇති ජෛව තොරතුරු විද්‍යාව සහ රසායනාගාර කණ්ඩායම: එය සඳහාද යන්නඩි නෝවෝඅනුක්‍රමණය හෝ නැවත අනුක්‍රමණය කිරීමේදී, ව්‍යාපෘතියේ සාර්ථකත්වය සහතික කිරීම සඳහා අපගේ කණ්ඩායමට කුසලතා ඇති මෙවලම් සහ දැනුමක් ඇත. ඔවුන් සංවර්ධනය කර ඇති පේටන්ට් බලපත්‍ර සහ මෘදුකාංග ප්‍රකාශන හිමිකම් මාලාවෙන් මෙය සනාථ කළ හැකිය.
● අලෙවියෙන් පසු සහාය:අපගේ කැපවීම ව්‍යාපෘති නිම කිරීමෙන් ඔබ්බට විහිදෙන අතර අලෙවියෙන් පසු සේවා කාලය මාස 3 කි. මෙම කාලය තුළ, ප්‍රතිඵලවලට අදාළ ඕනෑම ප්‍රශ්නයක් විසඳීම සඳහා අපි ව්‍යාපෘති පසු විපරම්, දෝශ නිරාකරණ සහාය සහ ප්‍රශ්නෝත්තර සැසි පිරිනමන්නෙමු.
● ● ශ්‍රව්‍ය දෘශ්‍යකරණයවිස්තීර්ණ ජෛව තොරතුරු විශ්ලේෂණය: විචල්‍ය ඇමතුම් සහ ශ්‍රිත විවරණ ඇතුළුව.
● ● ශ්‍රව්‍ය දෘශ්‍යකරණයඅනුපිළිවෙල සඳහා විස්තීර්ණ විවරණ: හඳුනාගත් වෙනස්කම් සහිත ජාන ක්‍රියාකාරීව විවරණය කිරීමට සහ අනුරූප පොහොසත් කිරීමේ විශ්ලේෂණය සිදු කිරීමට අපි බහු දත්ත සමුදායන් භාවිතා කරමු, ඔබේ පර්යේෂණ ව්‍යාපෘති පිළිබඳ අවබෝධයක් ලබා දෙන්නෙමු.
සේවා පිරිවිතර
| හඳුනාගත යුතු ප්‍රභේද | අනුක්‍රමික උපාය මාර්ගය | නිර්දේශිත ගැඹුර |
| SNP සහ InDel | ඉලුමිනා නෝවාසෙක් PE150 හෝ MGI T7 | 10x |
| SV සහ CNV (අඩු නිරවද්‍යතාවයකින්) | 30x | |
| SV සහ CNV (වඩාත් නිවැරදි) | නැනෝපෝර් ප්‍රොම් පී 48 | 20x |
| SNPs, Indels, SV සහ CNV | පැක්බයෝ රිවියෝ | 10x |
නියැදි අවශ්‍යතා
| පටක හෝ නිස්සාරණය කරන ලද න්‍යෂ්ටික අම්ල | ඉලුමිනා/එම්ජීඅයි | නැනෝපෝර් (8 Kb පුස්තකාලය) | පැක්බයෝ (15 Kb පුස්තකාලය)
| ||
| සත්ව විස්සෙරා | ≥ 0.2 ග්රෑම් | ≥ 0.5 ග්රෑම් | ≥ 1 ග්රෑම්
| ||
| සත්ව මාංශ පේශි | |||||
| ක්ෂීරපායී රුධිරය | ≥ 0.3 මිලි | ≥ 0.5 මිලි
| ≥ 1 මිලි
| ||
| කුකුළු මස්/මාළු ලේ | ≥ 0.05 මිලි | ≥ 0.1 මිලි
| ≥ 0.1 මිලි
| ||
| ශාකය - නැවුම් කොළ | ≥ 0.5 ග්රෑම් | ≥ 1 ග්රෑම්
| ≥ 2 ග්රෑම්
| ||
| සංස්කෘතික සෛල | ≥ 1x106 | ≥ 5x106 | ≥ 5x106
| ||
| කෘමි මෘදු පටක/තනි පුද්ගල | ≥ 0.2 ග්රෑම් | ≥ 0.3 ග්රෑම්
| ≥ 1 ග්රෑම්
| ||
| ජලජ ජීවියා - මාංශ පේශි පටක | ≥ 0.3 ග්රෑම් | ≥ 1 ග්රෑම් | ≥ 1.5 ග්රෑම් | ||
| ජලජ ජීවියා - ඇල්ගී | ≥ 0.5 ග්රෑම් | ≥ 1.5 ග්රෑම් | ≥ 3 ග්රෑම් | ||
| උපුටා ගත් DNA
| සාන්ද්රණය: ≥ 1 ng/µL ප්‍රමාණය: ≥ 30 ng සීමිත හෝ පිරිහීම හෝ දූෂණය නොමැති වීම
| සාන්ද්රණය ප්‍රමාණය
ඕඩී 260/280
ඕ.ඩී.260/230
සීමිත හෝ පිරිහීම හෝ දූෂණය නොමැති වීම
| ≥ 40 ng/μL 2 µg/ප්‍රවාහ කෝෂය/නියැදිය
1.7 - 2.2
1.5 - 3.0 | සාන්ද්රණය ප්‍රමාණය
ඕඩී 260/280
ඕ.ඩී.260/230
සීමිත හෝ පිරිහීම හෝ දූෂණය නොමැති වීම | ≥ 50 ng/μL 8 µg/ප්‍රවාහ කෝෂය/නියැදිය
1.7 - 2.2
1.8 - 2.5 |
| PCR-නිදහස් පුස්තකාල සූදානම: සාන්ද්රණය ≥ 40 ng/µL ප්‍රමාණය ≥ 500 ng | |||||
සේවා වැඩ ප්‍රවාහය
සාම්පල භාරදීම
DNA නිස්සාරණය
පුස්තකාල ඉදිකිරීම
අනුපිළිවෙල
දත්ත විශ්ලේෂණය
දත්ත බෙදා හැරීම
ඩි නවජෛව තොරතුරු නල මාර්ගය
එකලස් කිරීම සඳහා අපගේ විවිධ නල මාර්ග පිළිබඳ දළ විශ්ලේෂණයක් බැලීමට ඔබට අවශ්‍ය නම්:
සම්පූර්ණ ජෛව තොරතුරු විශ්ලේෂණය, පියවර 4කට වෙන් කර ඇත:
1. NGS කියවීම් සහිත k-mer විශ්ලේෂණය මත පදනම් වූ ජෙනෝම සමීක්ෂණය.එය අපට තොරතුරු ලබා දෙනු ඇත:
- ජෙනෝම ප්‍රමාණය ඇස්තමේන්තු කිරීම
- විෂමජාතීයතාවය තක්සේරු කිරීම
- පුනරාවර්තන කලාප ඇස්තමේන්තු කිරීම
2. PacBio HiFi සමඟ ජෙනෝම එකලස් කිරීම.දිගු කියවීම් භාවිතා කිරීමෙන් අපට ලැබෙන්නේ:
- ඩි නවඑකලස් කිරීම
- එකලස් කිරීමේ තක්සේරුව: ජෙනෝම සම්පූර්ණත්වය සඳහා BUSCO විශ්ලේෂණය සහ NGS සහ PacBio HiFi කියවීම් සිතියම්ගත කිරීම ඇතුළුව.
3. Hi-C එකලස් කිරීම.අපි එකලස් කිරීම අවසන් කළ පසු, ජෙනෝම ත්‍රිමාණ ව්‍යුහය පිළිබඳ තොරතුරු තිබීම දැනුම ගැඹුරු කරන අතර අප ගොඩනඟන යොමු ජෙනෝමය පොහොසත් කරයි.
- වලංගු Hi-C අන්තර්ක්‍රියා ඇස්තමේන්තු කිරීම සඳහා Hi-C පුස්තකාල QC.
- Hi-C එකලස් කිරීම. අපි කණ්ඩායම් වශයෙන් කොන්ටිග් පොකුරු කිරීම සිදු කරන්නෙමු, ඉන්පසු එක් එක් කණ්ඩායම තුළ කොන්ටිග් ඇණවුම් කිරීම සහ කොන්ටිග් දිශානතිය පැවරීම සිදු කරන්නෙමු.
- Hi-C ඇගයීම
4. ජෙනෝම විවරණය:
- කේතනය නොකළ RNA පුරෝකථනය
- පුනරාවර්තන අනුපිළිවෙල හඳුනාගැනීම (ට්‍රාන්ස්පෝසන් සහ ටැන්ඩම් පුනරාවර්තන)
- ජාන අනාවැකිය
- ඩි නව: ආරම්භක ඇල්ගොරිතම
- සමජාතීයතාවය මත පදනම්ව
- දිගු සහ කෙටි කියවීම් සහිත, පිටපත් කිරීම මත පදනම්ව: කියවීම් යනුඩි නෝවෝකෙටුම්පත් ජෙනෝමයට එකලස් කර හෝ සිතියම්ගත කර ඇත
- බහු දත්ත සමුදායන් සහිත පුරෝකථනය කරන ලද ජානවල විවරණය
නැවත අනුපිළිවෙලට සකස් කිරීමජෛව තොරතුරු නල මාර්ගය
පහත විශ්ලේෂණයන් ඇතුළත් වේ:
- අමු දත්ත තත්ත්ව පාලනය
- යොමු ජෙනෝමයට පෙළගැස්වීමේ සංඛ්‍යාලේඛන
- ප්‍රභේද හඳුනාගැනීම: SNP, InDel, SV සහ CNV
- ප්‍රභේදවල ක්‍රියාකාරී විවරණය
යොමු ජෙනෝමයට පෙළගැස්වීමේ සංඛ්‍යාලේඛන - අනුක්‍රමික ගැඹුර ව්‍යාප්තිය
බහු සාම්පල අතර SNP ඇමතුම
InDel හඳුනාගැනීම - CDS කලාපයේ සහ ජෙනෝමය පුරා කලාපයේ InDel දිග පිළිබඳ සංඛ්‍යාලේඛන.
ජෙනෝමය පුරා විචල්‍ය ව්‍යාප්තිය - සර්කෝස් කුමන්ත්‍රණය
හඳුනාගත් ප්‍රභේද සහිත ජානවල ක්‍රියාකාරී විවරණය - ජාන ඔන්ටොලොජි
චායි, ප්‍ර. සහ තවත් අය (2023) 'කපු වල ඇන්තොසියානින් සමුච්චය වීම නියාමනය කිරීම හරහා ග්ලූටතයෝන් S-ට්‍රාන්ස්ෆෙරේස් GhTT19 මල් පෙති වර්ණක තීරණය කරයි',ශාක ජෛව තාක්‍ෂණ සඟරාව, 21(2), පි. 433. doi: 10.1111/PBI.13965.
චෙන්ග්, එච්. සහ තවත් අය (2023) 'වර්ණදේහ මට්ටමේ වල් හෙවියා බ්‍රසීලියන්සිස් ජෙනෝමය ජෙනෝම-සහායිත අභිජනනය සඳහා නව මෙවලම් සහ රබර් අස්වැන්න ඉහළ නැංවීම සඳහා වටිනා ස්ථාන සපයයි',ශාක ජෛව තාක්‍ෂණ සඟරාව, 21(5), පිටු. 1058–1072. doi: 10.1111/PBI.14018.
ලී, සී. සහ තවත් අය (2021) 'ජෙනෝම අනුපිළිවෙල ගෝලීය විසරණ මාර්ග හෙළි කරන අතර මුහුදු අශ්ව පරිණාමයේ අභිසාරී ජාන අනුවර්තනයන් යෝජනා කරයි',ස්වභාව සන්නිවේදනය, 12(1). ඩොයි: 10.1038/S41467-021-21379-X.
ලී, වයි. සහ තවත් අය (2023) 'මහා පරිමාණ වර්ණදේහ වෙනස්කම් ගයාල් (බොස් ෆ්‍රන්ටලිස්) හි ජෙනෝම මට්ටමේ ප්‍රකාශන වෙනස්කම්, පාරිසරික අනුවර්තනය සහ විශේෂීකරණයට හේතු වේ',අණුක ජීව විද්‍යාව සහ පරිණාමය, 40(1). doi: 10.1093/MOLBEV/MSAD006.
ටියැන්, ටී. සහ තවත් අය (2023) 'ප්‍රමුඛ නියඟයට ඔරොත්තු දෙන බඩ ඉරිඟු විෂබීජ ප්ලාස්මයක ජෙනෝම එකලස් කිරීම සහ ජානමය විච්ඡේදනය',ස්වභාව ජාන විද්‍යාව 202355:3, 55(3), පි. 496-506. doi: 10.1038/s41588-023-01297-y.
ෂැං, එෆ්. සහ තවත් අය (2023) 'සොලනේසී පවුලේ ජෙනෝම දෙකක් විශ්ලේෂණය කිරීමෙන් ට්‍රොපේන් ඇල්කලෝයිඩ් ජෛව සංස්ලේෂණයේ පරිණාමය හෙළිදරව් කිරීම',ස්වභාව සන්නිවේදනය2023 14:1, 14(1), පිටු 1–18. doi: 10.1038/s41467-023-37133-4.
සෙන්ග්, ටී. සහ තවත් අය (2022) 'කාලයත් සමඟ චීන දේශීය කුකුළන්ගේ ජෙනෝම සහ මෙතිලේෂන් වෙනස්කම් විශ්ලේෂණය කිරීමෙන් විශේෂ සංරක්ෂණය පිළිබඳ අවබෝධයක් ලබා ගත හැකිය',සන්නිවේදන ජීව විද්‍යාව, 5(1), පිටු 1–12. doi: 10.1038/s42003-022-03907-7.
අභියෝගාත්මක නඩු අධ්‍යයන:
ටෙලමියර් සිට ටෙලමියර් එකලස් කිරීම:Fu, A. et al. (2023) 'කටුක කොමඩු වල ටෙලෝමියර්-ටු-ටෙලෝමියර් ජෙනෝම එකලස් කිරීම (Momordica charantia L. var. abbreviata Ser.) පලතුරු වර්ධනය, සංයුතිය සහ ඉදීමේ ජානමය ලක්ෂණ හෙළි කරයි',උද්‍යාන විද්‍යා පර්යේෂණ, 10(1). doi: 10.1093/HR/UHAC228.
හැප්ලොටයිප් එකලස් කිරීම:හූ, ඩබ්ලිව්. සහ තවත් අය (2021) 'ඇලීල්-නිර්වචනය කරන ලද ජෙනෝමය මඤ්ඤොක්කා පරිණාමය අතරතුර ද්වි-ඇලෙලික් අවකලනය හෙළි කරයි',අණුක ශාකය, 14(6), පි. 851-854. doi: 10.1016/j.molp.2021.04.009.
යෝධ ජෙනෝම එකලස් කිරීම:යුවාන්, ජේ. සහ තවත් අය (2022) 'ගස් පියෝනියා ඔස්ටි හි ගිගා-වර්ණදේහවල සහ ගිගා-ජෙනෝමයේ ජානමය පදනම',ස්වභාව සන්නිවේදනය2022 13:1, 13(1), පිටු 1–16. doi: 10.1038/s41467-022-35063-1.
පොලිප්ලොයිඩ් ජෙනෝම එකලස් කිරීම:ෂැං, කියු. සහ තවත් අය (2022) 'ඔටොපොලිප්ලොයිඩ් උක් සැකරම් ස්පොන්ටේනියම් හි මෑත කාලීන වර්ණදේහ අඩු කිරීම පිළිබඳ ජානමය අවබෝධය',ස්වභාව ජාන විද්‍යාව 202254:6, 54(6), පි. 885-896. doi: 10.1038/s41588-022-01084-1.
