BMKCloud ලොග් වන්න
1

යොමු ජෙනෝමය සහිත mRNA-seq (NGS)

百迈客云网站-11

යොමු ජෙනෝමය සහිත mRNA-seq (NGS)

RNA-seq යනු ජීව විද්‍යාවන් සහ බෝග විද්‍යාවන් පුරා සම්මත මෙවලමක් වන අතර එය ජෙනෝම සහ ප්‍රෝටීන අතර පරතරය අඩු කරයි. එහි ශක්තිය පවතින්නේ නව පිටපත් සොයා ගැනීම සහ එක් විශ්ලේෂණයකින් ඒවායේ ප්‍රකාශනය ප්‍රමාණනය කිරීම තුළ ය. එය සංසන්දනාත්මක පිටපත් කිරීමේ අධ්‍යයනයන් සඳහා බහුලව භාවිතා වේ, විවිධ ලක්ෂණ හෝ ෆීනෝටයිප් වලට අදාළ ජාන මත ආලෝකය විහිදුවයි, එනම් විකෘති වල් වර්ග සමඟ සංසන්දනය කිරීම හෝ නිශ්චිත තත්වයන් යටතේ ජාන ප්‍රකාශනය හෙළිදරව් කිරීම වැනි. BMKCloud mRNA(Reference) APP ප්‍රකාශන ප්‍රමාණනය, අවකල ප්‍රකාශන විශ්ලේෂණය (DEG) සහ අනුක්‍රමික ව්‍යුහ විශ්ලේෂණයන් mRNA-seq(NGS) ජෛව තොරතුරු නල මාර්ගයට ඒකාබද්ධ කරන අතර සමාන මෘදුකාංගවල ශක්තීන් ඒකාබද්ධ කරයි, පහසුව සහ පරිශීලක-හිතකාමී බව සහතික කරයි. පරිශීලකයින්ට ඔවුන්ගේ RNA-seq දත්ත වලාකුළට උඩුගත කළ හැකි අතර, එහිදී යෙදුම පුළුල්, එක්-නැවතුම් ජෛව තොරතුරු විශ්ලේෂණ විසඳුමක් ලබා දෙයි. ඊට අමතරව, එය පාරිභෝගික අත්දැකීම් ප්‍රමුඛත්වය දෙයි, පරිශීලකයින්ගේ නිශ්චිත අවශ්‍යතාවලට ගැලපෙන පුද්ගලාරෝපිත මෙහෙයුම් ලබා දෙයි. පරිශීලකයින්ට පරාමිතීන් සකසා නල මාර්ග මෙහෙයුම තනිවම ඉදිරිපත් කළ හැකිය, අන්තර්ක්‍රියාකාරී වාර්තාව පරීක්ෂා කළ හැකිය, දත්ත/රූප සටහන් නැරඹිය හැකිය සහ ඉලක්ක ජාන තේරීම, ක්‍රියාකාරී පොකුරුකරණය, රූප සටහන් ආදිය වැනි දත්ත කැණීම් සම්පූර්ණ කළ හැකිය.

ආදර්ශන ප්‍රතිඵල
දත්ත කැණීම
ආනයන අවශ්‍යතාවය
ප්‍රධාන විශ්ලේෂණය
යොමුව
ආදර්ශන ප්‍රතිඵල

දත්ත කැණීම

ආනයන අවශ්‍යතාවය

වේදිකාව:ඉලුමිනා, එම්ජීඅයි
උපායමාර්ගය:RNA-Seq
පිරිසැලසුම: පැරීඩ්, පිරිසිදු දත්ත.
පුස්තකාල වර්ගය:fr-unstranded, fr-firststrand හෝ fr-secondstrand
කියවීමේ දිග:150 බීපී
ගොනු වර්ගය:*.fastq, *.fq, *.fastq.gz හෝ *.fq.gz. පද්ධතියඔවුන්ගේ ගොනු නම් අනුව .fastq ගොනු ස්වයංක්‍රීයව යුගල කරන්න,උදා: *_1.fastq *._2.fastq සමඟ යුගල කර ඇත.
සාම්පල ගණන:අංකයට සීමාවන් නොමැතසාම්පල ගණන, නමුත් විශ්ලේෂණ කාලය ගණන වැඩි වන විට වැඩි වේසාම්පල වර්ධනය වේ.
නිර්දේශිත දත්ත ප්‍රමාණය:සාම්පලයකට 6G

ප්‍රධාන විශ්ලේෂණය
mRNA-seq හි ප්‍රධාන විශ්ලේෂණය සහ ජෛව තොරතුරු මෙවලම් (යොමුව)නල මාර්ගය පහත පරිදි වේ:
1. අමුදත්ත තත්ත්ව පාලනය:
•අඩු ගුණාත්මක අනුපිළිවෙලවල් ඉවත් කිරීම, ඇඩැප්ටර අනුපිළිවෙලවල්,ආදිය;
•මෙවලම්: අභ්‍යන්තරව සංවර්ධනය කරන ලද නල මාර්ගය;
2. යොමු ජෙනෝමයකට දත්ත පෙළගැස්වීම:
•ඊට එරෙහිව ස්ප්ලයිස්-දැනුවත් ඇල්ගොරිතමයක් සමඟ කියවීම් පෙළගැස්වීමයොමු ජෙනෝමය.
මෙවලම්:හිස්සැට්2, සැම්ටූල්ස්
3. පුස්තකාල තත්ත්ව විශ්ලේෂණය:
•දිග විශ්ලේෂණය, අනුක්‍රමික සන්තෘප්තිය විශ්ලේෂණය ආදිය ඇතුළත් කරන්න;
මෙවලම්:සැම්ටූල්ස්;
4. අනුක්‍රමික ව්‍යුහ විශ්ලේෂණය:
•විකල්ප ස්ප්ලයිසින් විශ්ලේෂණය, ජාන ව්‍යුහ ප්‍රශස්තිකරණය,නව ජාන අනාවැකි ආදිය;
මෙවලම්:ස්ට්‍රින්ග්ටයි, gffසසඳන්න, ගැට්ක්,දියමන්ති, ඉන්ටර්ප්‍රොස්කෑන්, සහහ්මර්.
5. අවකල ප්‍රකාශන විශ්ලේෂණය:
•DEG පරීක්ෂාව, සහ-සම්බන්ධතා විශ්ලේෂණය, ක්‍රියාකාරීත්වයපොහොසත් කිරීම;
විවිධ දෘශ්‍යකරණ ප්‍රතිඵල;
RසමඟSEGseq, ඩීසෙක්2, ජීජීප්ලොට්2, DEXSeq
යොමුව
1. කිම්, ඩේවාන් සහ තවත් අය “ප්‍රස්ථාර පාදක ජෙනෝම පෙළගැස්ම සහHISAT2 සහ HISAT-ප්‍රවේණි වර්ගය සමඟ ප්‍රවේණිගත කිරීම.”ස්වභාවයජෛව තාක්ෂණය37 (2019): 907 - 915.
2. මැකේනා, ආරොන් සහ තවත් අය “ජෙනෝම විශ්ලේෂණ මෙවලම් කට්ටලය: aඊළඟ පරම්පරාවේ DNA විශ්ලේෂණය සඳහා MapReduce රාමුවදත්ත අනුපිළිවෙලට සැකසීම."ජෙනෝම පර්යේෂණ20 9 (2010): 1297-303.
3. ලී, හෙන්ග් සහ තවත් අය. “අනුක්‍රමික පෙළගැස්ම/සිතියම් ආකෘතිය සහSAM මෙවලම්.”ජෛව තොරතුරු විද්‍යාව25 (2009): 2078 - 2079.
4. Perśea, Mihaela et al. “StringTie වැඩිදියුණු කළ හැකි වේRNA-seq කියවීම් වලින් පිටපත් කිරීමේ කොටසක් ප්‍රතිනිර්මාණය කිරීම.”ස්වභාවයජෛව තාක්ෂණය33 (2015): 290-295.
5. ලව්, මයිකල් අයි. සහ තවත් අය “නැමීමේ වෙනස පිළිබඳ මධ්‍යස්ථ ඇස්තමේන්තුව සහDESeq2 සමඟ RNA-seq දත්ත සඳහා විසරණය.”ජෙනෝමයජීව විද්‍යාව15 (2014): සංස්. පිටුව.
6. එඩී, ෂෝන් ආර්.. “වේගවත් පැතිකඩ HMM සෙවීම්.”PLoS පරිගණක ජීව විද්‍යාව7 (2011): සංස්. පිටුව.

මිල ගණන් ලබා ගන්න

ඔබගේ පණිවිඩය මෙහි ලියා අපට එවන්න.

ඔබගේ පණිවිඩය අපට එවන්න: